Dies ist der Befehl indexdb_rna, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
indexdb_rna – Tool zum Filtern, Zuordnen und OTU-Auswählen von NGS-Lesevorgängen (indexdb)
ZUSAMMENFASSUNG
indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
SortMeRNA ist ein biologisches Sequenzanalysetool zum Filtern, Kartieren und OTU-Picking
NGS liest. Der Kernalgorithmus basiert auf ungefähren Seeds und ermöglicht schnelle und
empfindliche Analysen von Nukleotidsequenzen. Die Hauptanwendung von SortMeRNA ist das Filtern
rRNA aus metatranskriptomischen Daten. Weitere Anwendungen sind die OTU-Kommissionierung und
Taxonomiezuweisung verfügbar über QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA nimmt als Eingabe eine Datei mit Reads (fasta- oder fastq-Format) und eine oder mehrere rRNA
Datenbankdatei(en) und sortiert rRNA und zurückgewiesene Lesevorgänge in zwei Dateien, die von der
Benutzer. Optional kann es qualitativ hochwertige lokale Alignments von rRNA-Reads gegen die
rRNA-Datenbank. SortMeRNA arbeitet mit Illumina-, 454-, Ion Torrent- und PacBio-Daten und kann
erzeugen SAM- und BLAST-ähnliche Ausrichtungen.
OPTIONAL
VERPFLICHTEND OPTIONAL
--ref STRING, STRING
FASTA-Referenzdatei, Indexdatei
Beispiel:
--ref /Pfad/zu/Datei1.fasta,/Pfad/zu/Index1
Wenn Sie mehrere Referenzsequenzdateien übergeben, trennen Sie sie durch ':'
Beispiel:
--ref /Pfad/f1.fasta,/Pfad/index1:/Pfad/f2.fasta,Pfad/index2
OPTIONAL OPTIONAL
--schnell BOOL
Empfohlene Option zum Ausrichten von ~99 % verwandten Arten (Standard: Aus)
--empfindlich BOOL
Empfohlene Option zum Ausrichten von etwa 75–98 % verwandten Arten (Standard: Ein)
--tmpdir STRING
Verzeichnis, in das temporäre Dateien geschrieben werden sollen
-m INT die Speichermenge (in MB) zum Erstellen des Index (Standard: 3072)
-L INT Samenlänge (Standard: 18)
--max_pos INT
maximale Anzahl von Positionen, die für jedes einzelne L-mer gespeichert werden sollen (Standard: 10000, Einstellung).
--max_pos 0 speichert alle Positionen)
-v BOOL
ausführlich
-h BOOL
Hilfe
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