Dies ist der Befehl indigo-deco, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
indigo-deco – Molekülgerüstdetektion und R-Gruppen-Entfaltung
ZUSAMMENFASSUNG
Indigo-Deko Dateien [Parameter]
Indigo-Deko -h
BESCHREIBUNG
Indigo-Deko Führt die Detektion von Molekülgerüsten und die R-Gruppen-Entfaltung durch. Akzeptiert
Formate sind: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES und CML.
OPTIONAL
Indigo-Deko akzeptiert die folgenden Parameter.
-h Hilfenachricht drucken
-a Ungefähres Gerüst berechnen (Standard ist exakt)
-s
Schreiben Sie das maximal gefundene Gerüst in Molfile
-S
Alle gefundenen Gerüste in die SD-Datei schreiben
-l
Gerüst nicht berechnen, sondern aus Datei laden
-sr
Schreiben Sie ein Gerüst mit R-Sites in eine Datei
-o
Schreiben Sie die resultierenden hervorgehobenen Moleküle in eine Datei
-r
Schreiben Sie die resultierenden Moleküle mit getrennten R-Gruppen in die Datei
erstellt Keine aromatische Betrachtung
-- Markiert das Ende der Optionen
Beispiele:
Indigo-Deko *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Liest Moleküle aus Molfiles im aktuellen Verzeichnis und speichert das maximal gefundene Gerüst
zu scaf.mol und speichern Sie markierte Moleküle in hl.sdf.
Indigo-Deko Struktur.mol viele.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Ein Molekül aus structure.mol und mehrere Moleküle aus Many.sdf lesen und speichern
Moleküle mit r-rgoups in rg.sdf und speichern Sie alle gefundenen Gerüste in allscafs.sdf.
Indigo-Deko *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Mehrere Moleküle aus jeder SMILES-Datei im aktuellen Verzeichnis lesen, lesen
Gerüst aus readyscaf.mol importieren und markierte Moleküle in hl.sdf speichern.
Nutzen Sie indigo-deco online über die Dienste von onworks.net
