indigo-depict – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

indigo-depict – Dienstprogramm zur Darstellung von Molekülen und Reaktionen

ZUSAMMENFASSUNG

Indigo-Darstellung infile.{mol,rxn,cml,smi} outfile.{png,svg,pdf} [Parameter]

Indigo-Darstellung infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [Parameter]

Indigo-Darstellung infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [Parameter]

Indigo-Darstellung - SMILES outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [Parameter]

Indigo-Darstellung -Hilfe

BESCHREIBUNG

Indigo-Darstellung wird zur Darstellung von Molekülen verwendet.

OPTIONAL

Indigo-Darstellung kann Eingabedateien oder SMILES-Code aus der Standardeingabe lesen. Das können sein
gefolgt von einem oder mehreren der folgenden Parameter.

-w
Bildbreite in Pixel

-h
Bildhöhe in Pixel

-Bindung
Durchschnittliche Bindungslänge in Pixel

-Margen
Horizontale und vertikale Ränder in Pixel. Standardmäßig keine Ränder

-Dicke
Stellen Sie den relativen Dickenfaktor ein. Standard ist 1.0

-Linienbreite
Stellen Sie den Faktor für die Breite der Klebelinie ein. Standard ist 1.0

-Etikett
Stellen Sie den Anzeigemodus für die Atombeschriftung ein. Standard ist terminal-hetero

-Hydro
Zeigen Sie implizite Wasserstoffatome an. Standard ist on

-[de]arom
[De]Aromatisierung erzwingen

-Stereo
Anzeigemodus für Stereogruppen. Standard ist alt

-cdbwsa
Zentrale Doppelbindungen, die eine benachbarte Stereobindung haben (standardmäßig deaktiviert)

-Anfrage Behandeln Sie die Eingabe als Abfragemolekül oder Reaktion (standardmäßig deaktiviert).

-klug
Behandeln Sie die Eingabe als SMARTS-Abfragemolekül oder -Reaktion (standardmäßig deaktiviert).

-idfield
SDF/RDF-Feld, das anstelle von „%s“ in den Namen gespeicherter Dateien eingefügt werden soll (Standard ist
Molekül-/Reaktionsnummer)

-Katalysatoren
Platzierung der Reaktionskatalysatoren entlang des Pfeils. Standard ist oberhalb und unterhalb

-Kommentar
Textkommentar, der über dem Molekül oder der Reaktion platziert wird. Kein Standardwert

-commentoffset
Vertikaler Abstand (in Pixel) zwischen dem Kommentar und der Struktur

-Kommentarfeld
Verwenden Sie das angegebene SDF/RDF-Feld als Kommentar

-Kommentarname
Verwenden Sie den Molekül-/Reaktionsnamen als Kommentar

-Kommentargröße
Schriftgrößenfaktor des Textkommentars im Verhältnis zur Bindungsdicke. Standard ist 6

-Kommentarpos
Textkommentarposition (standardmäßig unten)

-commentalign <0..1>
Textkommentarausrichtung, ein Gleitkommawert: 0 = links, 0.5 = Mitte, 1 = richtig

-Färbung
Farbgebung aktivieren/deaktivieren. Standard ist on

-hlthick
Aktivieren Sie die Hervorhebung mit dicken Linien und fetten Zeichen

-hlcolor
Aktivieren Sie die Hervorhebung mit Farbe. Komponentenwerte müssen im Bereich [ liegen0..255]

-bgfarbe
Legen Sie die Hintergrundfarbe fest. Komponentenwerte müssen im Bereich [ liegen0..255]

-Grundfarbe
Legen Sie die Standard-Vordergrundfarbe fest. Komponentenwerte müssen im Bereich [ liegen0..255]

-aamcolor
Legen Sie die Farbe der AAM-Indizes fest. Komponentenwerte müssen im Bereich [ liegen0..255]

-dsgcolor
Legen Sie die Farbe der Daten-SGroups fest. Komponentenwerte müssen im Bereich [ liegen0..255]

-Kommentarfarbe
Legen Sie die Farbe des Kommentars fest. Komponentenwerte müssen im Bereich [ liegen0..255]

-Atomzahlen
Atomnummern anzeigen (nur zu Debugzwecken)

-Anleihennummern
Anleihenummern anzeigen (nur zu Debugzwecken)

-einbasiert
Beginnen Sie mit den Atom- und Bindungsindizes bei eins. Der Standardwert ist von Null

-Hilfe Drucken Sie diese Hilfenachricht aus

Beispiele:

Indigo-Darstellung infile.mol outfile.png -Färbung WOW! -aroma
Indigo-Darstellung Datenbank.sdf molekül_%s.png -idfield cdbregno -Dicke 1.1
Indigo-Darstellung Datenbank.smi Datenbank.sdf
Indigo-Darstellung - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -Anfrage
Indigo-Darstellung - OCO>>CC(C)N Reaktion.rxn

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