Dies ist die Befehlshölle, die im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Infernal - Sequenzanalyse mit Profilen der RNA-Sequenz und Sekundärstruktur
Konsens
ZUSAMMENFASSUNG
bösartig
Sequenzen an einem Kovarianzmodell ausrichten
cmaufbau
Kovarianzmodell(e) aus strukturell annotierten RNA-Mehrfachsequenzen konstruieren
Ausrichtung(en)
cmkalibrieren
Exponentielle Tails für die E-Wert-Bestimmung des Kovarianzmodells anpassen
cmumwandeln
Konvertieren von Infernal-Kovarianzmodelldateien
cmmit
Stichprobenfolgen aus einem Kovarianzmodell
cmfetch
Kovarianzmodell(e) aus einer Datei abrufen
cmpressen
Vorbereiten einer Kovarianzmodelldatenbank für cmscan
cmscan
Suchsequenz(en) gegen eine Kovarianzmodelldatenbank
cmsuche
Suche nach Kovarianzmodell(en) gegen eine Sequenzdatenbank
cmstat
zusammenfassende Statistik für eine Kovarianzmodelldatei
BESCHREIBUNG
Infernal ist eine Suite von mehreren Programmen für strukturelles RNA-Sequenz-Alignment und Datenbank
Homologiesuche. Es verwendet probabilistische Modelle, die als "Kovarianzmodelle" (CMs) bezeichnet werden, um
repräsentieren die wahrscheinlichen evolutionären Homologen eines multiplen Alignments (oder einer einzelnen Sequenz) von
eine strukturelle RNA-Sequenzfamilie.
Zusammen mit der Rfam-Datenbank von RNA-Familien und zugehörigen CMs
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal kann verwendet werden, um Homologe bekannter struktureller
RNA-Familien in Genomen.
Infernal ist eng verwandt mit der HMMER-Softwaresuite für die Sequenzfamilienanalyse mit
Profil-HMMs (http://hmmer.org), sondern wurde speziell für die strukturelle RNA-Sequenz entwickelt
Familien. Neben der Modellierung der konservierten Sequenz einer Familie, wie es Profil-HMMs tun,
CMs modellieren die konservierte, gut verschachtelte (nicht pseudoknotierte) Sekundärstruktur der Familie als
Gut. Folglich sind CM-Such- und Ausrichtungsmethoden relativ rechnerisch
teuer. Infernal verwendet Profil-HMMs als Filter und zum Ableiten von Einschränkungen, um die
CM-Methoden praktischer.
Infernal wird in drei Hauptmodi verwendet: um eine Sequenzdatenbank nach neuen Homologen eines
RNA-Familie (oder Homologe in einem Genom annotieren); um eine CM-Datenbank (wie Rfam) zu durchsuchen, um zu finden
zu welcher bekannten Familie eine Abfragesequenz gehört; und automatisch große
multiple Alignments (dh mit einer effektiv unbegrenzten Anzahl von Sequenzen) mit einem CM
Vertreter einer Sequenzfamilie.
Angenommen, Sie haben ein strukturell annotiertes multiples Sequenz-Alignment einer RNA-Sequenz
interessierenden Familie und Sie möchten eine Sequenzdatenbank nach weiteren Homologen durchsuchen.
Das cmaufbau Programm erstellt Kovarianzmodell(e) aus mehreren Alignment(s) und cmkalibrieren
bestimmt wichtige Parameter zur Einschätzung der statistischen Signifikanz der Datenbank
Treffer auf das Modell bei nachfolgenden Suchen.
Das cmsuche Programm durchsucht CM(s) gegen eine Sequenzdatenbank.
Angenommen, Sie haben Sequenz(en), die Sie mit einer Infernal-basierten CM-Datenbank analysieren möchten
wie Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). Die cmpressen Programm formatiert ein Kovarianzmodell
(wie die Datei, die Sie von Rfam herunterladen würden) in eine Infernal-Binärdatenbank. Die
cmscan Programm durchsucht Sequenz(en) in dieser Datenbank.
Angenommen, Sie möchten viele Sequenzen ausrichten. Sie können einen überschaubar kleinen
strukturelles Alignment eines repräsentativen Satzes von Sequenzen, erstelle ein CM mit cmbuild, und
verwenden Sie die bösartig Programm, um eine beliebige Anzahl von Sequenzen an diesem CM auszurichten.
Infernal enthält auch einige Hilfswerkzeuge für die Arbeit mit großen CM-Datenbanken. cmfetch
ruft einen oder mehrere CMs aus einer Datenbank ab. cmstat druckt zusammenfassende Statistiken zu einem CM
Datei.
Um die Kompatibilität mit früheren Versionen von Infernal sowie mit HMMER zu gewährleisten, cmumwandeln
Programm konvertiert CM-Dateien in einige andere Formate.
Das cmmit Programm erzeugt (simuliert) "homologe" Sequenzen durch Abtasten von einem CM. Es
kann auch eine "Konsens"-Sequenz generieren.
Jedes Programm hat seine eigene Manpage.
Verwenden Sie infernal online mit den onworks.net-Diensten
