Dies ist die Befehlszeile, die beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
insegt – Kreuzung von Sequenzierungsdaten der zweiten Generation mit Annotationen
ZUSAMMENFASSUNG
einfügen [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
INSEGT ist ein Tool zur Analyse von Alignments von RNA-Seq-Reads (Single-End oder Paired-End).
durch die Verwendung von Gen-Annotationen.
Die Eingabe in INSEGT ist eine SAM-Datei mit den Ausrichtungen und eine Datei mit den Ausrichtungen
Annotationen des Referenzgenoms, entweder im GFF- oder GTF-Format.
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
Optionen: :
-ro, --read-output FILE
Name der Ausgabedatei für die Leseausgabe, die die zugeordneten Anmerkungen enthält, gefolgt von
ihre übergeordnete Anmerkung. Gültiger Dateityp ist: gff.
-äo, --anno-output FILE
Name der Ausgabedatei für die Anno-Ausgabe, die die Anmerkungen ähnlich der GFF enthält
Eingabe und zusätzlich die Anzahl der zugeordneten Lesevorgänge und den normalisierten Ausdruck
Ebenen in RPKM. Gültiger Dateityp ist: gff.
Zu, --tuple-output FILE
Name der Ausgabedatei für die Tupelausgabe, die Exon-Tupel enthält, die durch Lesevorgänge oder verbunden sind
Partnerpaare. Gültiger Dateityp ist: gff.
-NS, --fusion-output STR
Name der Ausgabedatei für die Fusionsausgabe, die Exon-Tupel von Genfusionen enthält
(Erweiterte Option, derzeit kein Ausgabeport für KNIME). Einer von gff.
-n, --ntuple INT
ntuple Standard: 2.
-o, --offset-intervall INT
Offset auf kurze Ausrichtungsintervalle für die Suche. Standard: 5.
-t, --threshold-gaps INT
Schwellenwert für zulässige Lücken in der Ausrichtung (keine Introns). Standard: 5.
-c, --threshold-count INT
Schwelle für min. Anzahl der Tupel für die Ausgabe. Standard: 1.
-r, --threshold-rpkm DOPPELT
Schwelle für min. RPKM des Tupels für die Ausgabe. Standard: 0.0.
-m, --max-tuple
Erstellen Sie nur maxTuple (die vom gesamten Lesevorgang umfasst werden).
-e, --exact-ntuple
Erstelle nur Tupel mit der exakten Länge n. Standardmäßig alle Tupel bis zur angegebenen Länge
berechnet werden (falls -m eingestellt ist, -e wird ignoriert).
-u, --unknown-orientation
Die Ausrichtung der Lesevorgänge ist unbekannt.
Beispiele:
insegt
example/alignments.sam example/annotations.gff
Führen Sie INSEGT für Beispieldateien mit Standardparametern aus.
insegt -m example/alignments.sam example/annotations.gff
Führen Sie INSEGT für Beispieldateien aus und berechnen Sie nur maxTuple.
insegt -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
Führen Sie INSEGT für Beispieldateien aus und geben Sie nur Tupel mit einer Mindestgröße aus. Zählung von 2.
VERSION
eingefügte Version: 1.0 Letzte Aktualisierung 2012-09-11
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