jackhmmer - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

jackhmmer - Sequenz(en) iterativ gegen eine Proteindatenbank durchsuchen

ZUSAMMENFASSUNG

Jackhmmer [Optionen]

BESCHREIBUNG

Jackhmmer durchsucht iterativ jede Abfragesequenz in gegen das Ziel
Sequenz(en) in . Die erste Iteration ist identisch mit a Phmmer Suche. Für die
nächste Iteration, ein mehrfaches Alignment der Abfrage zusammen mit allen Zielsequenzen
befriedigend Aufnahme Schwellenwerte montiert wird, wird aus dieser Ausrichtung ein Profil konstruiert
(identisch mit der Verwendung) hmmbau auf der Ausrichtung) und Profilsuche der erledigt
(identisch mit an hmmsuche mit dem Profil).

Die Abfrage kann '-' (ein Bindestrich) sein, in diesem Fall sind die Abfragesequenzen
lese von a Pipe statt aus einer Datei. Die kann nicht aus a gelesen werden
Strom, weil Jackhmmer muss mehrere Durchgänge über die Datenbank durchführen.

Das Ausgabeformat ist menschenlesbar, aber oft so umfangreich, dass
es zu lesen ist unpraktisch, und es zu analysieren ist mühsam. Die --tblout und --domtblout Optionen
Speichern Sie die Ausgabe in einfachen Tabellenformaten, die prägnant und leichter zu analysieren sind. Die -o zu erhalten
ermöglicht das Umleiten der Hauptausgabe, einschließlich des Wegwerfens in /dev/null.

OPTIONAL

-h Hilfe; Drucken Sie eine kurze Erinnerung an die Verwendung der Befehlszeile und alle verfügbaren Optionen.

-N Setzen Sie die maximale Anzahl von Iterationen auf . Der Standardwert ist 5. Wenn N=1, ist das Ergebnis
entspricht einer Phmmer Suche.

OPTIONAL STEUERN AUSGABE

Standardmäßig erscheint die Ausgabe für jede Iteration auf stdout in einer etwas menschenlesbaren,
einigermaßen lesbares Format. Diese Optionen ermöglichen das Umleiten dieser Ausgabe oder das Speichern
zusätzliche Arten der Ausgabe in Dateien, einschließlich Prüfpunktdateien für jede Iteration.

-o Leiten Sie die menschenlesbare Ausgabe in eine Datei .

-A Speichern Sie nach der letzten Iteration eine kommentierte Mehrfachausrichtung aller Treffer
Erfüllung der Einschlussschwellen (auch einschließlich der ursprünglichen Abfrage) an in
Stockholmer Format.

--tblout
Speichern Sie nach der letzten Iteration eine tabellarische Zusammenfassung der Top-Sequenz-Treffer unter in einem
leicht zu analysierendes, spaltenförmiges, durch Leerzeichen getrenntes Format.

--domtblout
Speichern Sie nach der letzten Iteration eine tabellarische Zusammenfassung der Top-Domain-Treffer unter in einem
leicht zu analysierendes, spaltenförmiges, durch Leerzeichen getrenntes Format.

--chkhmm
Überprüfen Sie zu Beginn jeder Iteration das Abfrage-HMM und speichern Sie es in einer Datei namens
- .Hmm woher ist die Iterationsnummer (von 1..N).

--chkali
Überprüfen Sie am Ende jeder Iteration ein Alignment aller Domänen, die
Einschlussschwellen (z. B. was wird das Abfrage-HMM für die nächste Iteration),
Speichern Sie es in einer Datei namens <Kontrollpunkt Datei Präfix>- .sto im Stockholmer Format,
woher ist die Iterationsnummer (von 1..N).

- gem Verwenden Sie in der Hauptausgabe Zugriffe anstelle von Namen, sofern für Profile verfügbar
und/oder Sequenzen.

- noali
Lassen Sie den Ausrichtungsabschnitt in der Hauptausgabe weg. Dies kann die Leistung stark reduzieren
Volumen.

--nottextw
Begrenzen Sie die Länge jeder Zeile in der Hauptausgabe. Der Standardwert ist ein Limit von 120
Zeichen pro Zeile, was dazu beiträgt, die Ausgabe sauber auf Terminals anzuzeigen und
in Editoren, können aber Zielprofil-Beschreibungszeilen abschneiden.

--textw
Setzen Sie die Zeilenlängenbegrenzung des Hauptausgangs auf Zeichen pro Zeile. Die Standardeinstellung ist
120

OPTIONAL STEUERN SINGLE SEQUENCE WERTUNG (ERSTE WIEDERHOLUNG)

Standardmäßig verwendet die erste Iteration ein Suchmodell, das aus einer einzelnen Abfrage erstellt wurde
Reihenfolge. Dieses Modell wird unter Verwendung einer standardmäßigen 20x20-Substitutionsmatrix für den Rest konstruiert
Wahrscheinlichkeiten und zwei zusätzliche Parameter für positionsunabhängige Lückenöffnung und Lücke
Wahrscheinlichkeiten erweitern. Diese Optionen ermöglichen die standardmäßigen Einzelsequenz-Scoring-Parameter
geändert werden.

--popen
Legen Sie die Lückenöffnungswahrscheinlichkeit für ein Einzelsequenz-Abfragemodell auf . fest . Der Standard
ist 0.02. muss >= 0 und < 0.5 sein.

--pextend
Setzen Sie die Lückenerweiterungswahrscheinlichkeit für ein Einzelsequenz-Abfragemodell auf dem „Vermischten Geschmack“. Seine
Standard ist 0.4. muss >= 0 und < 1.0 sein.

--mx
Erhalten Sie Rest-Alignment-Wahrscheinlichkeiten aus der eingebauten Substitutionsmatrix namens
. Mehrere Standardmatrizen sind integriert und müssen nicht ausgelesen werden
Dateien. Der Matrixname kann PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45 sein,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 oder BLOSUM90. Nur einer von --mx und --mxfile
Optionen verwendet werden können.

--mxfile
Erhalten Sie Rest-Alignment-Wahrscheinlichkeiten aus der Substitutionsmatrix in der Datei
. Die Standard-Score-Matrix ist BLOSUM62 (diese Matrix ist intern von HMMER
und muss nicht als Datei vorliegen). Das Format einer Substitutionsmatrix
ist das von BLAST, FASTA und anderen Sequenzen akzeptierte Standardformat
Analyse-Software.

OPTIONAL STEUERN REPORTING SCHWELLEN

Berichtsschwellen steuern, welche Treffer in Ausgabedateien gemeldet werden (die Hauptausgabe,
--tblout und --domtblout). In jeder Iteration werden Sequenztreffer und Domänentreffer eingestuft
nach statistischer Signifikanz (E-Wert) und die Ausgabe wird in zwei Abschnitten generiert, die per-
Ziel- und Pro-Domain-Ausgabe. In der Ausgabe pro Ziel werden standardmäßig alle Sequenztreffer mit einem
E-Wert <= 10 werden gemeldet. In der Ausgabe pro Domäne wird für jedes Ziel, das per-
Meldeschwellen für das Ziel, alle Domains, die die Meldeschwellen pro Domain erfüllen, sind
berichtet. Standardmäßig sind dies Domänen mit bedingten E-Werten von <= 10. Folgendes
Optionen ermöglichen es Ihnen, die standardmäßigen E-Wert-Berichtsschwellenwerte zu ändern oder Bit-Score zu verwenden
Schwellen statt.

-E Reportsequenzen mit E-Werten <= in der Ausgabe pro Sequenz. Der Standardwert ist 10.0.

-T Verwenden Sie einen Bit-Score-Schwellenwert für die Ausgabe pro Sequenz anstelle eines E-Wert-Schwellenwerts
(jede Einstellung von -E wird ignoriert). Reportsequenzen mit einem Bit-Score von >= . Durch
Standardmäßig ist diese Option nicht eingestellt.

-Z Deklarieren Sie die Gesamtgröße der Datenbank als Sequenzen, für Zwecke des E-Wertes
Berechnung. Normalerweise werden E-Werte relativ zur Größe der Datenbank berechnet
Sie tatsächlich gesucht haben (z. B. die Anzahl der Sequenzen in target_seqdb). In einigen
Fällen (zum Beispiel, wenn Sie Ihre Zielsequenzdatenbank in mehrere aufgeteilt haben
Dateien für die Parallelisierung Ihrer Suche), wissen Sie vielleicht besser, wie groß die tatsächliche Größe ist
Ihres Suchraums ist.

--Kuppel
Meldedomänen mit bedingten E-Werten <= zusätzlich in der Ausgabe pro Domain
in die Domäne mit der höchsten Punktzahl pro signifikantem Sequenztreffer. Der Standardwert ist 10.0.

--domT
Verwenden Sie einen Bit-Score-Schwellenwert für die Ausgabe pro Domäne anstelle eines E-Wert-Schwellenwerts
(jede Einstellung von --domT wird ignoriert). Meldedomänen mit einem Bit-Score von >= in
Ausgabe pro Domäne, zusätzlich zur Domäne mit der höchsten Punktzahl pro signifikanter Sequenz
Schlag. Standardmäßig ist diese Option nicht eingestellt.

--domZ
Deklarieren Sie die Anzahl der signifikanten Sequenzen als Sequenzen, zum Zwecke der
bedingte E-Wert-Berechnung für zusätzliche Domänensignifikanz. Normalerweise
bedingte E-Werte werden relativ zur Anzahl der durchlaufenen Sequenzen berechnet
Meldeschwelle pro Sequenz.

OPTIONAL STEUERN AUFNAHME SCHWELLEN

Einschlussschwellen steuern, welche Treffer in der Mehrfachausrichtung und im Profil enthalten sind
für die nächste Suchiteration konstruiert. Standardmäßig muss eine Sequenz eine Per-
Sequenz E-Wert von <= 0.001 (siehe -E Option) aufgenommen werden, und alle zusätzlichen Domains in
es muss neben der höchsten Punktzahl einen bedingten E-Wert von <= 0.001 haben (siehe --Kuppel
Möglichkeit). Der Unterschied zwischen Meldeschwellen und Aufnahmeschwellen besteht darin, dass
Einschlussschwellen steuern, welche Treffer tatsächlich in der nächsten Iteration verwendet werden (oder
endgültige Ausgabe Mehrfachausrichtung, wenn die -A Option verwendet wird), während Meldeschwellen
steuern Sie, was Sie in der Ausgabe sehen. Die Meldeschwellen sind im Allgemeinen lockerer, sodass Sie
sehen Sie Grenztreffer im oberen Bereich des Rauschens, die von Interesse sein könnten.

--incE
Folgen mit E-Werten <= . einschließen in nachfolgender Iteration oder endgültiger Ausrichtung
Ausgabe von -A. Der Standardwert ist 0.001.

--inkl
Verwenden Sie einen Bit-Score-Schwellenwert für die Aufnahme pro Sequenz anstelle eines E-Werts
Schwellenwert (beliebige Einstellung von --incE wird ignoriert). Fügen Sie Sequenzen mit einer Punktzahl von ein
>= . Standardmäßig ist diese Option nicht eingestellt.

--incdomE
Domänen mit bedingten E-Werten einschließen <= in nachfolgender Iteration oder final
Ausrichtungsausgabe von -A, zusätzlich zur Domäne mit der höchsten Punktzahl pro signifikantem
Folge getroffen. Der Standardwert ist 0.001.

--incdomT
Verwenden Sie einen Bit-Score-Schwellenwert für die Einbeziehung pro Domäne anstelle eines E-Wert-Schwellenwerts
(jede Einstellung von --inkl wird ignoriert). Domains mit einem Bit-Score von >= . einschließen . Durch
Standardmäßig ist diese Option nicht eingestellt.

OPTIONAL STEUERN BESCHLEUNIGUNG HEURISTIK

HMMER3-Suchen werden in einer dreistufigen Filterpipeline beschleunigt: dem MSV-Filter, dem
Viterbi-Filter und der Vorwärtsfilter. Der erste Filter ist der schnellste und meiste
ungefähre; der letzte ist der vollständige Vorwärts-Scoring-Algorithmus, der langsamste, aber genaueste.
Es gibt auch einen Bias-Filterschritt zwischen MSV und Viterbi. Ziele, die alle Schritte bestehen
in der Beschleunigungspipeline werden dann einer Nachbearbeitung unterzogen -- Domänenidentifikation
und Scoring unter Verwendung des Vorwärts/Rückwärts-Algorithmus.

Die einzigen freien Parameter, die die heuristischen Filter von HMMER steuern, sind im Wesentlichen die P-
Wertschwellen, die den erwarteten Anteil nichthomologer Sequenzen steuern, die bestehen
die Filter. Wenn Sie die Standardschwellenwerte höher einstellen, wird ein höherer Anteil von
inhomologe Sequenz, Erhöhung der Empfindlichkeit auf Kosten der Geschwindigkeit; umgekehrt,
Das Einstellen niedrigerer P-Wert-Schwellen wird einen kleineren Anteil passieren, wodurch die Empfindlichkeit sinkt
und Geschwindigkeit erhöhen. Wenn Sie den P-Wert-Schwellenwert eines Filters auf 1.0 setzen, wird er bestanden
alle Sequenzen und deaktiviert den Filter effektiv.

Durch das Ändern von Filterschwellenwerten werden nur Ziele aus der Berücksichtigung entfernt oder eingeschlossen; Ändern
Filterschwellen ändern keine Bit-Scores, E-Werte oder Ausrichtungen, die alle
nur in der Nachbearbeitung bestimmt.

--max Maximale Empfindlichkeit. Schalten Sie alle Filter aus, einschließlich des Bias-Filters, und laufen Sie voll
Vorwärts-/Rückwärts-Nachbearbeitung auf jedem Ziel. Das erhöht die Sensibilität
leicht, zu einem großen Preis in der Geschwindigkeit.

--F1
Erste Filterschwelle; Stellen Sie den P-Wert-Schwellenwert für den MSV-Filterschritt ein. Die
der Standardwert ist 0.02, was bedeutet, dass ungefähr 2 % der höchsten Punktzahl nicht homolog sind
Es wird erwartet, dass Ziele den Filter passieren.

--F2
Zweite Filterschwelle; Stellen Sie den P-Wert-Schwellenwert für den Viterbi-Filterschritt ein.
Der Standardwert ist 0.001.

--F3
Dritte Filterschwelle; Legen Sie den P-Wert-Schwellenwert für den Vorwärtsfilterschritt fest. Die
Standard ist 1e-5.

- nobias
Schalten Sie den Bias-Filter aus. Dies erhöht die Empfindlichkeit etwas, kann aber zu einem
hohe Geschwindigkeitskosten, insbesondere wenn die Abfrage eine verzerrte Zusammensetzung der Reste aufweist (wie z
eine Region mit repetitiver Sequenz, oder wenn es sich um ein Membranprotein mit großen Regionen von
Hydrophobie). Ohne den Bias-Filter können zu viele Sequenzen den Filter passieren
mit verzerrten Abfragen, was zu einer langsameren Leistung als erwartet führt, da die
rechenintensive Vorwärts-/Rückwärts-Algorithmen schultern eine ungewöhnlich schwere
laden.

OPTIONAL STEUERN PROFIL AUFBAU (SPÄTER ITERATIONEN)

Diese Optionen steuern, wie Konsensspalten in mehreren Ausrichtungen definiert werden, wenn
Profile bauen. Standardmäßig, Jackhmmer enthält immer Ihre ursprüngliche Abfragesequenz in
das Alignment-Ergebnis bei jeder Iteration und die Konsenspositionen werden durch diese Abfrage definiert
Sequenz: das heißt, eine Vorgabe Jackhmmer Profil hat immer die gleiche Länge wie Ihr Original
Abfrage, bei jeder Iteration.

--schnell Konsensspalten als solche mit einem Bruch >= . definieren symfrak von Rückständen wie
gegen Lücken. (Siehe unten für die --symfrac Option.) Obwohl dies die Standardeinstellung ist
Profilbaumöglichkeit an anderer Stelle (in hmmbau, insbesondere), kann es haben
unerwünschte Wirkungen bei Jackhmmer, weil ein Profil iterativ eintreten könnte
Sequenzraum von Ihrer ursprünglichen Abfrage entfernt, sodass nur wenige oder keine Konsensspalten übrig bleiben
seinen Rückständen entspricht.

--Hand Definieren Sie Konsensspalten im nächsten Profil mit Referenzanmerkung zum Multiple
Ausrichtung. Jackhmmer propagiert die Referenzanmerkung vom vorherigen Profil an
die Mehrfachausrichtung und von dort zum nächsten Profil. Dies ist die Standardeinstellung.

--symfrac
Definieren Sie den Schwellenwert für die Rückstandsfraktion, der erforderlich ist, um eine Konsensspalte zu definieren, wenn
Verwendung der --schnell Möglichkeit. Der Standardwert ist 0.5. Der Symbolbruch in jeder Spalte ist
berechnet unter Berücksichtigung der relativen Sequenzgewichtung und Ignorieren der Lücke
Zeichen, die den Enden von Sequenzfragmenten entsprechen (im Gegensatz zu internen
Einfügungen/Löschungen). Wenn Sie dies auf 0.0 setzen, bedeutet dies, dass jede Ausrichtungsspalte
als Konsens vergeben werden, was in manchen Fällen sinnvoll sein kann. Auf 1.0 einstellen
bedeutet, dass nur Spalten, die 0 Lücken enthalten (interne Einfügungen/Löschungen) werden
als Konsens vergeben.

--fragthresh
Wir wollen terminale Lücken nur dann als Deletionen zählen, wenn die ausgerichtete Sequenz bekannt ist
in voller Länge sein, nicht wenn es ein Fragment ist (zum Beispiel weil nur ein Teil davon
wurde sequenziert). HMMER verwendet eine einfache Regel, um auf Fragmente zu schließen: Wenn die Sequenzlänge
L ist kleiner oder gleich einem Bruch mal die Ausrichtungslänge in Spalten,
dann wird die Sequenz als Fragment behandelt. Der Standardwert ist 0.5. Einstellung
--fragthresh0 definiert keine (nicht leere) Sequenz als Fragment; vielleicht willst du
Tun Sie dies, wenn Sie wissen, dass Sie eine sorgfältig kuratierte Ausrichtung in voller Länge haben
Sequenzen. Einstellung --fragthresh1 definiert alle Sequenzen als Fragmente; du könntest
möchten Sie dies tun, wenn Sie wissen, dass Ihre Ausrichtung ausschließlich aus Fragmenten besteht, wie z
als übersetzte Short Reads in metagenomische Schrotflintendaten.

OPTIONAL STEUERN RELATIV WEIGHTS

Immer wenn ein Profil aus einem multiplen Alignment erstellt wird, verwendet HMMER eine Ad-hoc-Sequenz
Gewichtungsalgorithmus, um eng verwandte Sequenzen herunterzugewichten und entfernt verwandte Sequenzen zu gewichten
Einsen. Dies hat den Effekt, dass Modelle weniger durch ungleiche Phylogenetik verzerrt werden
Darstellung. Zum Beispiel würden zwei identische Sequenzen typischerweise jeweils die Hälfte der
Gewicht, dass eine Sequenz würde (und deshalb Jackhmmer ist nicht besorgt über immer
Ihre ursprüngliche Abfragesequenz in die Ausrichtung jeder Iteration einschließen, selbst wenn sie sie findet
erneut in der gesuchten Datenbank). Diese Optionen steuern, welcher Algorithmus verwendet wird.

--wpb Verwenden Sie das positionsbasierte Sequenzgewichtungsschema von Henikoff [Henikoff und Henikoff,
J.Mol. Biol. 243: 574, 1994]. Dies ist die Standardeinstellung.

--wgsc Verwenden Sie den Gerstein/Sonnhammer/Chothia-Gewichtungsalgorithmus [Gerstein et al., J. Mol.
Biol. 235: 1067, 1994].

--wblosum
Verwenden Sie dasselbe Clustering-Schema, das verwendet wurde, um Daten bei der Berechnung von BLOSUM . zu gewichten
Substitutionsmatrizen [Henikoff und Henikoff, Proc. Natl. Akad. Sci 89:10915, 1992].
Sequenzen sind Single-Linkage-Cluster bei einem Identitätsschwellenwert (Standard 0.62; siehe
--breit) und innerhalb jedes Clusters von c Sequenzen erhält jede Sequenz ein relatives Gewicht
1/c.

--wnone
Keine relativen Gewichte. Allen Sequenzen wird ein einheitliches Gewicht zugewiesen.

--breit
Legt den Identitätsschwellenwert fest, der von Single-Linkage-Clustering verwendet wird, wenn verwendet wird --wblosum.
Ungültig mit jedem anderen Gewichtungsschema. Der Standardwert ist 0.62.

OPTIONAL STEUERN EFFEKTIVER SEQUENCE NUMBER

Nachdem die relativen Gewichte bestimmt wurden, werden sie normalisiert, um eine Summe effektiver
Sequenznummer, eff_nseq. Diese Zahl kann die tatsächliche Anzahl der Sequenzen im
Ausrichtung, aber es ist fast immer kleiner. Die standardmäßige Entropiegewichtung
Methode (--eent) reduziert die effektive Sequenznummer, um den Informationsgehalt zu reduzieren
(relative Entropie oder durchschnittlicher erwarteter Wert bei echten Homologen) pro Konsensusposition. Die
Die relative Zielentropie wird durch eine Zweiparameterfunktion gesteuert, wobei die beiden
Parameter sind einstellbar mit --ehe und - esigma.

--eent Passen Sie die effektive Sequenznummer an, um eine bestimmte relative Entropie pro zu erreichen
Position (siehe --ehe). Dies ist die Standardeinstellung.

--eclust
Setzen Sie die effektive Sequenznummer auf die Anzahl der Single-Linkage-Cluster bei a
spezifische Identitätsschwelle (siehe --eid). Diese Option wird nicht empfohlen; Es ist für
Experimente, die bewerten, wie viel besser --eent ist.

--enon
Deaktivieren Sie die effektive Sequenznummernbestimmung und verwenden Sie einfach die tatsächliche Anzahl von
Sequenzen. Ein Grund, warum Sie dies möglicherweise tun möchten, ist zu versuchen, das Relative zu maximieren
Entropie/Position Ihres Modells, was bei kurzen Modellen nützlich sein kann.

--eset
Setzen Sie die effektive Sequenznummer für alle Modelle explizit auf .

--ehe
Setzen Sie das minimale relative Entropie-/Positionsziel auf . Benötigt --eent. Standard
hängt vom Sequenzalphabet ab; für Proteinsequenzen beträgt sie 0.59 Bits/Position.

- esigma
Legt die minimale relative Entropie fest, die von einer gesamten Modellausrichtung beigesteuert wird, über
seine ganze Länge. Dies hat den Effekt, dass kurze Modelle einen höheren relativen
Entropie pro Position als --ehe allein geben würde. Der Standardwert ist 45.0 Bit.

--eid
Legt den fraktionalen paarweisen Identitäts-Cutoff fest, der beim Single-Linkage-Clustering verwendet wird, mit
--eclust Möglichkeit. Der Standardwert ist 0.62.

OPTIONAL STEUERN PRIOREN

Bei der Profilkonstruktion werden gewichtete Zählungen standardmäßig in den Mittelwert posterior umgewandelt
Schätzungen von Wahrscheinlichkeitsparametern unter Verwendung von gemischten Dirichlet-Prioritäten. Standardmischung Dirichlet
Vorherige Parameter für Proteinmodelle und für Nukleinsäuremodelle (RNA und DNA) werden erstellt
in. Mit den folgenden Optionen können Sie die Standardprioritäten überschreiben.

--pnone Verwenden Sie keine Priors. Wahrscheinlichkeitsparameter sind einfach die beobachteten
Frequenzen, nach relativer Sequenzgewichtung.

- Platz Verwenden Sie einen Laplace +1 Prior anstelle der Standardmischung Dirichlet Prior.

OPTIONAL STEUERN E-WERT KALIBRIERUNG

Schätzen der Standortparameter für die erwarteten Score-Verteilungen für den MSV-Filter
Scores, Viterbi-Filter-Scores und Forward-Scores erfordern drei kurze zufällige Sequenzen
Simulationen

--Eml
Legt die Sequenzlänge in der Simulation fest, die den Positionsparameter mu für schätzt
E-Werte des MSV-Filters. Standard ist 200.

--EmN
Legt die Anzahl der Sequenzen in der Simulation fest, die den Positionsparameter mu . schätzt
für MSV-Filter E-Werte. Standard ist 200.

--EvL
Legt die Sequenzlänge in der Simulation fest, die den Positionsparameter mu für schätzt
Viterbi-Filter E-Werte. Standard ist 200.

--EvN
Legt die Anzahl der Sequenzen in der Simulation fest, die den Positionsparameter mu . schätzt
für Viterbi-Filter E-Werte. Standard ist 200.

--EfL
Legt die Sequenzlänge in der Simulation fest, die den Positionsparameter tau . schätzt
für Forward-E-Werte. Standard ist 100.

--EfN
Legt die Anzahl der Sequenzen in der Simulation fest, die den Positionsparameter schätzt
tau für Forward-E-Werte. Standard ist 200.

--Eft
Legt den Schwanzmassenanteil so fest, dass er in die Simulation passt, die den Standort schätzt
Parameter tau für Forward-Werte. Der Standardwert ist 0.04.

anderes OPTIONAL

--nonull2
Deaktivieren Sie die Null2-Score-Korrekturen für verzerrte Kompositionen.

-Z Bestätigen Sie, dass die Gesamtzahl der Ziele in Ihren Suchen , für diese Zwecke
der E-Wert-Berechnungen pro Sequenz statt der tatsächlichen Anzahl von Zielen
gesehen.

--domZ
Bestätigen Sie, dass die Gesamtzahl der Ziele in Ihren Suchen , für diese Zwecke
der bedingten E-Wert-Berechnungen pro Domäne statt der Anzahl der Ziele
die die Meldeschwellen überschritten haben.

--Samen
Setzen Sie den Zufallszahlengenerator mit , eine ganze Zahl >= 0. Wenn ist >0, beliebig
stochastische Simulationen werden reproduzierbar sein; der gleiche Befehl wird das gleiche geben
Ergebnisse. Wenn 0 ist, wird der Zufallszahlengenerator willkürlich gesetzt, und
Stochastische Simulationen variieren von Ausführung zu Ausführung desselben Befehls. Der Standard
Samen ist 42.

--qformat
Erklären Sie, dass die Eingabe query_seqfile ist im Format . Akzeptierte Sequenzdatei
Zu den Formaten gehören FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm und SELEX. Standard
besteht darin, das Format der Datei automatisch zu erkennen.

--tformat
Erklären Sie, dass die Eingabe target_seqdb ist im Format . Akzeptierte Sequenzdatei
Zu den Formaten gehören FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm und SELEX. Standard
besteht darin, das Format der Datei automatisch zu erkennen.

--Zentralprozessor
Setzen Sie die Anzahl der parallelen Worker-Threads auf . Standardmäßig setzt HMMER dies auf
die Anzahl der CPU-Kerne, die es in Ihrem Computer erkennt - das heißt, es versucht zu maximieren
die Nutzung Ihrer verfügbaren Prozessorkerne. Einstellung höher als die Anzahl der
verfügbare Kerne sind von geringem Wert, wenn überhaupt, aber Sie möchten es vielleicht auf etwas einstellen
weniger. Sie können diese Zahl auch steuern, indem Sie eine Umgebungsvariable setzen,
HMMER_NCPU.

Diese Option ist nur verfügbar, wenn HMMER mit Unterstützung für POSIX-Threads kompiliert wurde.
Dies ist die Standardeinstellung, wurde jedoch möglicherweise zur Kompilierzeit für Ihre Site deaktiviert
oder Maschine aus irgendeinem Grund.

--Stall
Zum Debuggen der MPI-Master/Worker-Version: Pause nach Start, um die
Entwickler, um Debugger an die laufenden Master- und Worker-Prozesse anzuhängen. Senden
SIGCONT-Signal zum Auslösen der Pause. (Unter gdb: (GDB) Signal WEITERFORTS) (Nur
verfügbar, wenn die optionale MPI-Unterstützung zur Kompilierzeit aktiviert wurde.)

--mpi Im MPI-Master/Worker-Modus ausführen, mit mpirun. (Nur verfügbar, wenn optional MPI
Unterstützung wurde zur Kompilierzeit aktiviert.)

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