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kalign – Online in der Cloud

Führen Sie kalign im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks über Ubuntu Online, Fedora Online, den Windows-Online-Emulator oder den MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist der Befehl kalign, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION


kalign – führt eine mehrfache Ausrichtung biologischer Sequenzen durch.

ZUSAMMENFASSUNG


kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Optionen]

kalign [-ich infile.fasta] [-Ö outfile.fasta] [Optionen]

kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Optionen]

BESCHREIBUNG


Kalign ist ein Befehlszeilentool zur Durchführung mehrerer Alignments biologischer Sequenzen. Es
verwendet den String-Matching-Algorithmus von Muth?Manber, um sowohl die Genauigkeit als auch die Geschwindigkeit zu verbessern
der Ausrichtung. Es verwendet einen globalen, progressiven Ausrichtungsansatz, der durch den Einsatz eines erweitert wird
Näherungs-String-Matching-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch Einbindung
lokale Übereinstimmungen in die ansonsten globale Ausrichtung.

OPTIONAL


-s -gpo -gapopen -gap_open x
Lückenöffnungsstrafe.

-e -gpe -gap_ext -Gapextension x
Strafe für Lückenverlängerung.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Strafen für Endlücken.

-m -Bonus -matrix_bonus x
Eine der Substitutionsmatrix hinzugefügte Konstante.

-c -Sortieren <Eingabe, Baum, Lücken.>
Die Reihenfolge, in der die Sequenzen im Ausgabe-Alignment erscheinen.

-g -Feature
Wählt den Funktionsmodus aus und gibt an, welche Funktionen verwendet werden sollen: z. B. alle, maxplp,
STRUKT, PFAM-A?

-same_feature_score
Bewertung für die Ausrichtung derselben Features.

-diff_feature_score
Strafe für die Ausrichtung verschiedener Features.

-d -Entfernung <wu, Paar>
Distanzmethode

-b -Baum -Führerbaum <nj, upgma>
Leitbaummethode.

-z -zcutoff
Parameter, der bei der Wu-Manber-basierten Entfernungsberechnung verwendet wird.

-i -in -Eingang
Name der Eingabedatei.

-o -aus -Ausgang
Name der Ausgabedatei.

-a -gap_inc
Erhöht die Lückenstrafen abhängig von der Anzahl der vorhandenen Lücken.

-f -Format <fasta, msf, aln, kl, macsim>
Das Ausgabeformat.

-q -ruhig
Nichts an STDERR drucken. Nichts von STDIN lesen.

REFERENZEN


· Timo Lassmann und Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign – ein präzises und schnelles Multiple
Sequenzausrichtungsalgorithmus. BMC Bioinformatik 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings und Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
Hochleistungs-Multiple-Alignment von Protein- und Nukleotidsequenzen ermöglicht
äußere Merkmale. Nukleinsäureforschung 3:858–865.

AUTOREN


Thymian Lassmann <[E-Mail geschützt] >
Upstream-Autor von Kalign.

Frank Plessy <[E-Mail geschützt] >
Habe die Manpage geschrieben.

COPYRIGHT


Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalign ist freie Software. Sie können es gemäß den Bedingungen weiterverbreiten und/oder ändern
GNU General Public License, veröffentlicht von der Free Software Foundation.

Diese Handbuchseite wurde von Charles Plessy geschrieben[E-Mail geschützt] > für Debian(TM)
System (kann aber von anderen verwendet werden). Die Erlaubnis zum Kopieren, Verteilen und/oder
Ändern Sie dieses Dokument unter den gleichen Bedingungen wie Kalign selbst.

Auf Debian-Systemen kann der vollständige Text der GNU General Public License Version 2 sein
gefunden in /usr/share/common-licenses/GPL-2.

Nutzen Sie kalign online über die Dienste von onworks.net


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