King-Probe – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

King-Probe – Bewerten und visualisieren Sie die interatomare Packung von Proteinen

BESCHREIBUNG

Syntax: probe input.pdb >> out.kin

oder: probe [flags] „src pattern“ [„target pattern“] pdbfiles... >> out.kin

Flaggen:
-Selbst Selbstkreuzung: src -> src (Standard)

-Beide In beide Richtungen schneiden: src <=> targ

-Einmal einzelner Schnittpunkt: src -> targ

-Aus äußere Van-der-Waals-Oberfläche von src (Lösungsmittelkontaktfläche)

-AUTObondrot Dateinamen
Lesen und Verarbeiten einer Autobondrot-Datei

Verknüpfungen:

< >gleich wie: -4H -mc -das -selbst „altA ogt33“

-STANDARDS
dasselbe wie: < >, erlaubt aber einige andere Flags

-SCOberfläche gleich wie: -fallen -rad1.4 -aus „kein Wasser“

-Ausgesetzt
gleich wie: -fallen -rad1.4 -aus (Hinweis: Benutzer liefert Muster)

-Eine Oberfläche
gleich wie: -fallen -rad0.0 -add1.4 -aus „kein Wasser“

-ZUGANG
gleich wie: -fallen -rad0.0 -add1.4 -aus (Hinweis: Benutzer liefert Muster)

-SCAN0 gleich wie: -4H -mc -selbst „alta blt40 ogt33“

-SCAN1 gleich wie: -4H -wenn „sc alta blt40 ogt33“ „alta blt40 ogt65,(not water ogt33)“

-DUMPAtominfo
Zähle die Atome in der Auswahl: src

(Beachten Sie, dass BOTH und ONCE zwei Muster erfordern, während

OUT, SELF und DUMPATOMINFO erfordern nur ein Muster)

-Implizit
implizite Wasserstoffe

-Explizit
explizite Wasserstoffe (Standard)

-Dichte#
Punktdichte einstellen (Standard 16 Punkte/Quadratmeter)

-Radius#.#
Sondenradius einstellen (Standard 0.25 A)

-ADDvdw#.#
Versatz zu Van-der-Waals-Radien hinzugefügt (Standard 0.0)

-SCALEvdw#.# Skalierungsfaktor für Van-der-Waals-Radien (Standard 1.0)

-COSCale#.#
Skala C=O Kohlenstoff-Van-der-Waals-Radien (Standard 0.94)

-Spitze Zacken statt Punkte zeichnen (Standard)

-Spitze#.#
Spitzenskala festlegen (Standard = 0.5)

-NEINSpike
Zeichne nur Punkte

-HBRegular#.# maximale Überlappung für reguläre Hbonds (Standard = 0.6)

-HBGeladen#.# maximale Überlappung für geladene Hbonds (Standard = 0.8)

-Halten Nicht ausgewählte Atome behalten (Standard)

-Fallen Lassen Sie nicht ausgewählte Atome fallen

-Grenze Begrenzen Sie die Stoßpunkte beim Küssen auf die maximale Entfernung (Standard).

-Keine Begrenzung
Begrenzen Sie die Unebenheiten nicht

-Linse Fügen Sie das Lens-Schlüsselwort zur Kin-Datei hinzu

-NOLENs
Kein Lens-Schlüsselwort zur Kin-Datei hinzufügen (Standard)

-MC umfassen Mainchain->Mainchain-Interaktionen

-HETs Punkte zu Nicht-Wasser-HET-Gruppen hinzufügen (Standard)

-NOHETs
Punkte zu Nicht-Wasser-HET-Gruppen ausschließen

-WASSER
Punkte ins Wasser einbeziehen (Standard)

-JETZT
Punkte zum Wasser ausschließen

-WAT2wat
Punkte zwischen Gewässern anzeigen

-DUMPH2O
enthalten wasser H? Vektorliste in der Ausgabe

-4H Erweitern Sie die Entfernung von Bindungskettenpunkten auf 4 für H (Standard).

-3 Begrenzen Sie die Entfernung von Bindungskettenpunkten auf 3

-2 Begrenzen Sie die Entfernung von Bindungskettenpunkten auf 2

-1 Begrenzen Sie die Entfernung von Bindungskettenpunkten auf 1

-IGNORIEREN „Muster“ explizites Löschen: Durch Muster ausgewählte Atome ignorieren

-DOCHO
Erkennen Sie CH..O-H-Bindungen

-CHO#.#
Skalierungsfaktor für den CH..O-Hbond-Score (Standard = 0.5)

-PolarH
Verwenden Sie kurze Radien polarer Wasserstoffe (Standard).

-NEINPolarH
Verkürzen Sie nicht die Radien polarer Wasserstoffatome

-NOFACEhbond identifizieren keine H-Bindungen zu aromatischen Flächen

-Name „name“ gibt den Gruppennamen an (Standard „Punkte“)

-DOTMASTER
Gruppenname wird als zusätzlicher Master={Name} in Listen verwendet

-NOGroup
Generieren Sie keine @group-Anweisung in der Ausgabe im .kin-Format

-KINemage
Fügen Sie die @kinemage 1-Anweisung am Anfang der Ausgabe im .kin-Format hinzu

-Zählpunkte
Erzeugen Sie eine Anzahl von Punkten – keine Punkteliste

-Unformatiert
Rohpunktinformationen ausgeben

name:pat:type:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:score:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
Ausgabe von Punktinformationen, die für die Anzeige in O formatiert sind

-XVFORMAT
Gibt Punktinformationen aus, die für die Anzeige in XtalView formatiert sind

-EINE LINIE
Geben Sie eine Zeile aus :contacts:by:severity:type:

-GAPcolor
Farbpunkte nach Lückenbetrag (Standard)

-ATOMcolor
Farbpunkte nach Atomtyp

-Grundfarbe
Farbpunkte nach Nukleinsäure-Basentyp

-COLORBase
Farbpunkte nach Lücke und Nukleinsäure-Basentyp

-OUTCOLor „Name“ gibt die Punktfarbe an -AUS (Standard „grau“)

-GAPWeight#
Gewicht für Bewertungslücken festlegen (Standard 0.25)

-BUMPGewicht# relativen Maßstab für die Bewertung von Unebenheiten festlegen (Standard 10.0)

-HBGewicht#
Relative Skala für die Bewertung von Hbonds festlegen (Standard 4.0)

-DIVLow#.#
Unterteilung für Bump-Kategorien (Standard). -0.4)

-DIVHigh#.#
Unterteilung für Kontaktkategorien (Standard 0.25)

-MINOCupancy#.#
Die Auslastung darunter entspricht Null (Standard 0.02).

-Element
Fügen Sie Master-Schaltflächen für verschiedene Elemente in der Kin-Ausgabe hinzu

-NOHBOUT
Geben Sie keine Kontakte für HBonds aus

-NOCLASHOUT
Geben Sie keine Kontakte für Kollisionen aus

-NOVDWOUT
Geben Sie keine Kontakte für Van-der-Waals-Interaktionen aus

-NURBADOUT
onlybadout gibt schlechte Konflikte aus (schwere Überlappungskontakte)

-ZUSAMMENFASSUNG
Ausgabe einer zusammenfassenden Liste der Kontakte und Konflikte

-EINE LINIE
Zusammenfassungsliste online ausgeben

-HINWEISE
Der Rückstandsnamenticker wird während der Verarbeitung nicht angezeigt

-STDBONDs
gehen nur von Standardbindungsmustern in Standardresten aus

-NOPARENT
Binden Sie keine Wasserstoffe, basierend auf der Tabelle der schweren Ausgangsatome

-SEGID Verwenden Sie das PDB-SegID-Feld, um zwischen Resten zu unterscheiden

-OLDU alten Stil generieren -u Ausgabe: kissEdge2BullsEye usw

-Verbose
Ausführlicher Modus (Standard)

-Referenz
Referenzzeichenfolge anzeigen

-Änderungen
Zeigt eine Liste der Programmänderungen an

-Ruhig Ruhemodus

-Hilfe Erweiterten Hilfehinweis anzeigen (einschließlich anderer Flags)

-AUSFÜHRUNG
Einzeilige Version zu stdout

Musterelemente: (sollten in der Befehlszeile in Anführungszeichen gesetzt werden)

FILE# innerhalb der Datei #

MODEL# innerhalb der Modellnummer

KETTENaa
innerhalb der Kette a

SEGaaaa
Segmentkennung aaaa (wobei _ für Leerzeichen steht)

ALTa alternative Konformation a

ATOMaaaa
Atomname aaaa (wobei _ für Leerzeichen steht) (alle 4 Zeichen werden verwendet, also wäre H
ATOM_H__)

RESaaa Rückstand aaa

# Rückstand #

#a Rest #, füge a ein

#-# Restbereich # (Einfügecodes ignoriert)

ein Resttyp durch Ein-Buchstaben-Codes (z. B. y)

aaa-Resttyp durch Drei-Buchstaben-Codes (z. B. tyr)

ALLE,PROTEIN,MC,SC,BASIS,ALPHA,BETA,STICKSTOFF,KOHLENSTOFF,
SAUERSTOFF, SCHWEFEL, PHOSPHOR, WASSERSTOFF, METALL, POLAR,
UNPOLAR, GELADEN, SPENDER, AKZEPTOR, AROMATISCH, METHYL, HET, WASSER, DNA, RNA

alle oder eine Teilmenge der Atome

OLT# Belegung weniger als # (ganzzahlige Prozentzahl)

OGT# Belegung größer als # (ganzzahlige Prozentzahl)

BLT# B-Wert kleiner als # (Ganzzahl)

BGT# B-Wert größer als # (Ganzzahl)

INSa Code a einfügen (wobei _ für Leerzeichen steht)

INNERHALB #.# VON #.#, #.#, #.#
Atome in der Entfernung vom Punkt

Muster können in durch Kommas getrennten Listen zusammengefasst werden, beispielsweise mit der Bedeutung „trp,phe,tyr“.
TRP oder PHE oder TYR.

Muster, die durch Leerzeichen getrennt sind, müssen alle wahr sein, z. B. „chainb 1-5“ bedeutet
Reste 1 bis 5 in Kette B.

Sie können Muster auch mit Klammern gruppieren und mehrere Muster mit | trennen
bedeutet „oder“ und wählt die Ergänzung mit NOT wie in „not file1“, was nicht in bedeutet
Datei 1.

Eine Autobondrot-Datei ähnelt anderen PDB-Eingabedateien, enthält jedoch Informationen
Identifizieren von Atomen, die Rotationen und anderen Transformationen unterliegen.

Beispiel eines Autobondrot-Dateifragments, das die Calpha-Cbeta-Bindungsrotation und eine Periodizität zeigt
Torsionsstrafenfunktion für diese Rotation

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

Bondrot:chi1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Autobondrot-Befehle verwenden Doppelpunkte, um Werte zu trennen. Transformationen:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # Dummy

Bias-Funktionen:
COS:scale:phaseOffset:frequenz POLY:scale:offset:polynomialDegree CONST:value

Verzweigung:
SPEICHERN und WIEDERHERSTELLEN oder „(“ und „)“

(z. B. um jedes Chi und die Methyls für Isoleucin zu rotieren

Reihenfolge ist: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Ausrichtung festlegen: GO:angle1:angle2:... Dateien einschließen: @filename Kommentare:
# Kommentartext

Sonde: Version 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

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