Dies ist der Befehl LAshow, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
LAshow – lokale Ausrichtungen aus .las-Dateien anzeigen
ZUSAMMENFASSUNG
LAshow [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|dam [src2:db|dam] ausrichten: las
[lautet: DATEI | lautet: Reichweite ... ]
BESCHREIBUNG
LAshow erzeugt eine gedruckte Liste der in der angegebenen .las-Datei enthaltenen lokalen Ausrichtungen
Datei, aus der die A- und B-Werte stammen src1 oder src1 und src2, bzw. Wenn ein
Wird eine Datei oder eine Liste von Lesebereichen angegeben, dann werden nur die Überlappungen angezeigt, für die der A-Read vorliegt
Der durch die Datei oder Liste angegebene Satz wird angezeigt. Sehen DBshow(1) für eine Erläuterung von
wie die Datei und die Liste der Lesebereiche interpretiert werden.
OPTIONAL
-F Vertauschen Sie die Rollen der a- und b-Anzeigen in der Anzeige
-U Verwenden Sie Großbuchstaben für die DNA-Sequenz anstelle der standardmäßigen Kleinbuchstaben
-iVertiefung
Legen Sie bei Bedarf den Einzug für die Cartoon- und/oder Ausrichtungsanzeigen fest.
(Standard: 4)
-banzahl_symbole
Legen Sie die Anzahl der Symbole auf beiden Seiten der ausgerichteten Segmente in einer Ausrichtung fest
Anzeige. (Standard: 10)
-ww Dieser Parameter wird für die von angegebenen Anzeigemodi verwendet -a und -r. (Standard:
100)
-o Zeigen Sie nur Ausrichtungen an, bei denen es sich um ordnungsgemäße Überlappungen handelt, also dort, wo eine Sequenz endet
tritt an jedem Ende der Ausrichtung auf
DISPLAY MODI
-c Cartoon-Darstellung der Ausrichtung
-a, -r Zeigen Sie eine Ausrichtung der lokalen Ausrichtung an
Das -a Option setzt genau w Spalten pro Segment der Anzeige, während die -r zu erhalten
legt genau fest w a-read-Symbole in jedem Segment der Anzeige. Der -r Anzeigemodus ist
nützlich, wenn man zwei Alignments mit demselben A-Read visuell vergleichen möchte. Wenn ein
Kombination der -c, -a und -r Flaggen gesetzt sind, dann kommt zuerst der Cartoon, dann der -a
Ausrichtung und schließlich die -r Ausrichtung.
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