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PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mafft - Multiples Alignment-Programm für Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

ZUSAMMENFASSUNG

maff [Optionen] Eingabe [> Ausgabe]

Linsi Eingabe [> Ausgabe]

Ginsi Eingabe [> Ausgabe]

einsi Eingabe [> Ausgabe]

fftnsi Eingabe [> Ausgabe]

fftns Eingabe [> Ausgabe]

nwns Eingabe [> Ausgabe]

nwnsi Eingabe [> Ausgabe]

mafft-profil group1 group2 [> Ausgabe]

Eingabe, group1 und group2 muss im FASTA-Format vorliegen.

BESCHREIBUNG

MAFFT ist ein Programm zur Ausrichtung mehrerer Sequenzen für unixähnliche Betriebssysteme. Es bietet
eine Reihe von mehreren Ausrichtungsmethoden.

Genauigkeitsorientiert Methoden:
· L-INS-i (wahrscheinlich am genauesten; empfohlen für <200 Sequenzen; iterative Verfeinerung
Verfahren mit lokalen paarweisen Ausrichtungsinformationen):

maff --localpair --maxiterate 1000 Eingabe [> Ausgabe]

Linsi Eingabe [> Ausgabe]

· G-INS-i (geeignet für Sequenzen ähnlicher Länge; empfohlen für <200 Sequenzen;
iterative Verfeinerungsmethode unter Einbeziehung globaler paarweiser Ausrichtungsinformationen):

maff --globalpair --maxiterate 1000 Eingabe [> Ausgabe]

Ginsi Eingabe [> Ausgabe]

· E-INS-i (geeignet für Sequenzen mit großen nicht-alignablen Regionen; empfohlen für
<200 Sequenzen):

maff --ep 0 --genafpair --maxiterate 1000 Eingabe [> Ausgabe]

einsi Eingabe [> Ausgabe]

Für E-INS-i ist die --ep 0 Option wird empfohlen, um große Lücken zuzulassen.

Geschwindigkeitsorientiert Methoden:
· FFT-NS-i (iterative Verfeinerungsmethode; nur zwei Zyklen):

maff --retree 2 --maxiterate 2 Eingabe [> Ausgabe]

fftnsi Eingabe [> Ausgabe]

· FFT-NS-i (iterative Verfeinerungsmethode; max. 1000 Iterationen):

maff --retree 2 --maxiterate 1000 Eingabe [> Ausgabe]

· FFT-NS-2 (schnell; progressive Methode):

maff --retree 2 --maxiterate 0 Eingabe [> Ausgabe]

fftns Eingabe [> Ausgabe]

· FFT-NS-1 (sehr schnell; empfohlen für >2000 Sequenzen; progressive Methode mit grobem
Leitbaum):

maff --retree 1 --maxiterate 0 Eingabe [> Ausgabe]

· NW-NS-i (iterative Verfeinerungsmethode ohne FFT-Approximation; nur zwei Zyklen):

maff --retree 2 --maxiterate 2 --nofft Eingabe [> Ausgabe]

nwnsi Eingabe [> Ausgabe]

· NW-NS-2 (schnell; progressive Methode ohne FFT-Approximation):

maff --retree 2 --maxiterate 0 --nofft Eingabe [> Ausgabe]

nwns Eingabe [> Ausgabe]

· NW-NS-PartTree-1 (empfohlen für ~10,000 bis ~50,000 Sequenzen; progressive Methode
mit dem PartTree-Algorithmus):

maff --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --parttree Eingabe [> Ausgabe]

Gruppe-zu-Gruppe Ausrichtungen

mafft-profil group1 group2 [> Ausgabe]

oder:

maff --maxiterate 1000 --Samen group1 --Samen group2 /dev/null [> Ausgabe]

OPTIONAL

Algorithmus
--Auto
Wählt automatisch eine geeignete Strategie aus L-INS-i, FFT-NS-i und FFT-NS-2,
nach Datengröße. Standard: aus (immer FFT-NS-2)

---6merpaar
Die Entfernung wird basierend auf der Anzahl der geteilten 6mer berechnet. Standard ein

--globalpair
Alle paarweisen Ausrichtungen werden mit dem Needleman-Wunsch-Algorithmus berechnet. Mehr
genau, aber langsamer als --6merpair. Geeignet für einen Satz global ausrichtbarer
Sequenzen. Anwendbar auf bis zu ~200 Sequenzen. Eine Kombination mit --maxiterate 1000
wird empfohlen (G-INS-i). Standard: aus (6mer Distanz wird verwendet)

--localpair
Alle paarweisen Ausrichtungen werden mit dem Smith-Waterman-Algorithmus berechnet. Genauer
aber langsamer als --6merpair. Geeignet für einen Satz lokal ausrichtbarer Sequenzen.
Anwendbar auf bis zu ~200 Sequenzen. Eine Kombination mit --maxiterate 1000 ist
empfohlen (L-INS-i). Standard: aus (6mer Distanz wird verwendet)

--genafpair
Alle paarweisen Ausrichtungen werden mit einem lokalen Algorithmus mit dem verallgemeinerten
affine Gap-Kosten (Altschul 1998). Genauer, aber langsamer als --6merpair. Geeignet
wenn große interne Lücken erwartet werden. Anwendbar auf bis zu ~200 Sequenzen. EIN
Kombination mit --maxiterate 1000 wird empfohlen (E-INS-i). Standard: aus (6mer
Entfernung wird verwendet)

--fastapair
Alle paarweisen Ausrichtungen werden mit FASTA berechnet (Pearson und Lipman 1988). FASTA ist
erforderlich. Standard: aus (6mer Distanz wird verwendet)

--gewichti Anzahl
Gewichtungsfaktor für den aus paarweisen Alignments berechneten Konsistenzterm. Gültig
wenn entweder --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair oder --blastpair . ist
ausgewählt. Standard: 2.7

--retree Anzahl
Guide-Baum ist aufgebaut Anzahl Mal in der progressiven Phase. Gültig mit 6mer Abstand.
Standard: 2

--maxiterate Anzahl
Anzahl Zyklen iterativer Verfeinerung werden durchgeführt. Standard: 0

--fft
Verwenden Sie die FFT-Approximation bei der Ausrichtung von Gruppe zu Gruppe. Standard ein

--nofft
Verwenden Sie keine FFT-Approximation beim Alignment von Gruppe zu Gruppe. Standard: aus

--noscore
Die Ausrichtungsbewertung wird in der iterativen Verfeinerungsphase nicht überprüft. Standard: aus (Punktzahl
wird geprüft)

--speichern
Verwenden Sie den Myers-Miller-Algorithmus (1988). Standard: automatisch eingeschaltet, wenn die
Ausrichtungslänge überschreitet 10,000 (aa/nt).

--parttree
Verwenden Sie eine schnelle Baumbildungsmethode (PartTree, Katoh und Toh 2007) mit der 6mer-Distanz.
Empfohlen für eine große Anzahl (> ~10,000) von eingegebenen Sequenzen. Standard: aus

--dpparttree
Der PartTree-Algorithmus wird mit Distanzen verwendet, die auf DP basieren. Etwas genauer und
langsamer als --parttree. Empfohlen für eine große Anzahl (> ~10,000) von Sequenzen sind
Eingang. Standard: aus

--fastaparttree
Der PartTree-Algorithmus wird mit Distanzen verwendet, die auf FASTA basieren. Etwas genauer
und langsamer als --parttree. Empfohlen für eine große Anzahl (> ~10,000) von Sequenzen
Eingabe sind. FASTA ist erforderlich. Standard: aus

--Teilgröße Anzahl
Die Anzahl der Partitionen im PartTree-Algorithmus. Standard: 50

--Gruppengröße Anzahl
Ausrichtung nicht größer machen als Anzahl Sequenzen. Nur gültig mit --*parttree
Optionen. Standard: die Anzahl der Eingabesequenzen

Parameter
- op Anzahl
Lückenöffnungsstrafe bei Gruppe-zu-Gruppe-Ausrichtung. Standard: 1.53

--ep Anzahl
Offset-Wert, der wie Lückenerweiterungsstrafe für die Ausrichtung von Gruppe zu Gruppe funktioniert.
Standard: 0.123

--stutzen Anzahl
Lückenöffnungsstrafe bei lokaler paarweiser Ausrichtung. Gültig, wenn --localpair oder
--genafpair-Option ist ausgewählt. Standard: -2.00

--lep Anzahl
Offsetwert bei lokaler paarweiser Ausrichtung. Gültig, wenn --localpair oder --genafpair
Option ausgewählt ist. Standard: 0.1

--lexp Anzahl
Lückenerweiterungsstrafe bei lokaler paarweiser Ausrichtung. Gültig, wenn --localpair oder
--genafpair-Option ist ausgewählt. Standard: -0.1

--STUTZEN Anzahl
Lückenöffnungsstrafe, um die Ausrichtung zu überspringen. Gültig, wenn die Option --genafpair . ist
ausgewählt. Standard: -6.00

--LEXP Anzahl
Lückenerweiterungsstrafe, um die Ausrichtung zu überspringen. Gültig, wenn die Option --genafpair . ist
ausgewählt. Standard: 0.00

--bl Anzahl
BLÜM Anzahl Matrix (Henikoff und Henikoff 1992) verwendet. Anzahl=30, 45, 62 oder 80.
Standard: 62

--jtt Anzahl
JTT PAM Anzahl (Jones et al. 1992)-Matrix verwendet. Anzahl>0. Standard: BLOSUM62

--tm Anzahl
Transmembran-PAM Anzahl (Jones et al. 1994)-Matrix verwendet. Anzahl>0. Standard:
BLOSUM62

--aamatrix Matrixdatei
Verwenden Sie eine benutzerdefinierte AA-Bewertungsmatrix. Das Format von Matrixdatei ist das gleiche wie bei
SPRENGEN. Wird bei der Eingabe von Nukleotidsequenzen ignoriert. Standard: BLOSUM62

--fmodel
Integrieren Sie die AA/Nuk-Zusammensetzungsinformationen in die Bewertungsmatrix. Standard: aus

Output
--clustalout
Ausgabeformat: Cluster-Format. Standard: aus (Fasta-Format)

--Eingabereihenfolge
Ausgabereihenfolge: wie Eingabe. Standard ein

--nachbestellen
Ausgabereihenfolge: ausgerichtet. Standard: aus (Eingabereihenfolge)

--treeout
Der Führungsbaum wird an die . ausgegeben Eingabe.tree-Datei. Standard: aus

--ruhig
Keine Fortschritte melden. Standard: aus

zufuhr
--nuc
Angenommen, die Sequenzen sind Nukleotid. Standard: automatisch

--amino
Angenommen, die Sequenzen sind Aminosäuren. Standard: automatisch

--Samen Ausrichtung1 [--Samen Ausrichtung2 --Samen Ausrichtung3 ...]
Saatausrichtungen angegeben in Ausrichtung_n (fasta-Format) sind mit Sequenzen in . ausgerichtet
Eingabe. Die Ausrichtung innerhalb jedes Samens bleibt erhalten.

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