Dies ist der Befehl „load_genbankp“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
load_genbank.pl – Laden Sie eine Bio::DB::GFF-Datenbank aus GENBANK-Dateien.
ZUSAMMENFASSUNG
%load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
%load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
HINWEIS: Das Skript bp_genbank2gff.pl in der BioPerl-Distribution ist dasselbe wie dieses Skript.
BESCHREIBUNG
Dieses Skript lädt eine Bio::DB::GFF-Datenbank mit den Funktionen, die in einer lokalen Datenbank enthalten sind
Genbank-Datei oder ein Beitritt, der von der Genbank abgerufen wird. Verschiedene Befehlszeilenoptionen
Mit dieser Option können Sie steuern, welche Datenbank geladen werden soll und ob dies einer vorhandenen Datenbank gestattet werden soll
überschrieben werden.
Dieses Skript verwendet derzeit nur MySQL, obwohl es sich um einen Grundsatznachweis handelt und dies problemlos möglich wäre
erweitert werden, um mit anderen RDMS zu arbeiten, die von GFF über Adapter unterstützt werden.
BEFEHLSZEILE OPTIONAL
Befehlszeilenoptionen können zu Einzelbuchstabenoptionen abgekürzt werden. zB -d statt
--Datenbank.
--create Erstellung und Initialisierung der Datenbank erzwingen
--dsn Datenquelle (Standard dbi:mysql:test)
--Benutzer Benutzername für die MySQL-Authentifizierung
--passieren Passwort für die MySQL-Authentifizierung
--proxy Proxyserver für den Fernzugriff
--file Die folgenden Argumente sind Genbank/EMBL-Dateinamen (Standard)
--accession Die folgenden Argumente sind Genbank-Zugangsnummern
--stdout Konvertierte GFF-Datei nach stdout schreiben, statt sie zu laden
Verwenden Sie load_genbankp online über die Dienste von onworks.net
