Dies ist der Befehl loadPulses, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
loadPulses - Sequenzierungsimpulsinformationen laden
ZUSAMMENFASSUNG
Ladepulse basDateiname cmpDateiname [Optionen]
BESCHREIBUNG
Ladepulse lädt Sequenzierimpulsinformationen wie Pulsabstand oder Qualität
Informationen in die Datei cmp.h5. Dies ermöglicht eine Analyse von Kinetik und Qualität
Informationen nach Ausrichtungsspalte.
OPTIONAL
basDateiname
Die Eingabe {bas,pls}.h5 oder input.fofn.
cmpDateiname
Die Datei cmp.h5, in die Pulsinformationen geladen werden.
-Metriken Wert
Eine durch Kommas getrennte Liste von Metriken (ohne Leerzeichen).
Gültige Optionen sind:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Standardoptionen sind:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Beenden, wenn Datenfelder in der bas.h5- oder pls.h5-Eingabe fehlen, die
zum Laden einer Metrik erforderlich. Standard ist eine Warnung.
-durchlesen
Laden Sie Pulsinformationen durch Lesen, anstatt Metriken zu puffern.
-bymetrisch
Laden Sie Pulsinformationen nach Metrik und nicht nach Lesen. Dies verbraucht mehr Speicher als
-durchlesen, kann aber schneller sein.
-maxElemente Wert
Legen Sie ein Limit für die Größe der pls/bas-Datei fest, mit der gepuffert werden soll -bymetrisch (Standardwert:
maximaler Int). Verwenden -durchlesen wenn die Grenze überschritten wird.
-maxMemory Wert
Legen Sie ein Limit (in GB) für den Speicher fest, um Daten mit zu puffern -bymetrisch (Standardwert: 4
GB). Verwenden -durchlesen wenn die Grenze überschritten wird.
-metaNElements Wert
Legen Sie die Anzahl der Elemente im Metadaten-Cache zum Lesen der bas/bax/pls.h5-Datei fest.
-rawNElementsWert
Legen Sie die Anzahl der Elemente im Rohdaten-Cache zum Lesen der Datei bas/bax/pls.h5 fest.
-rawChunkSize Wert
Legen Sie die Chunk-Größe des Rohdaten-Cache zum Lesen der Datei bas/bax/pls.h5 fest.
Verwenden Sie loadPulses online mit den onworks.net-Diensten