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loadPulses - Online in der Cloud

Führen Sie LoadPulses beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks über Ubuntu Online, Fedora Online, den Windows-Online-Emulator oder den MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist der Befehl loadPulses, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION


loadPulses - Sequenzierungsimpulsinformationen laden

ZUSAMMENFASSUNG


Ladepulse basDateiname cmpDateiname [Optionen]

BESCHREIBUNG


Ladepulse lädt Sequenzierimpulsinformationen wie Pulsabstand oder Qualität
Informationen in die Datei cmp.h5. Dies ermöglicht eine Analyse von Kinetik und Qualität
Informationen nach Ausrichtungsspalte.

OPTIONAL


basDateiname
Die Eingabe {bas,pls}.h5 oder input.fofn.

cmpDateiname
Die Datei cmp.h5, in die Pulsinformationen geladen werden.

-Metriken Wert
Eine durch Kommas getrennte Liste von Metriken (ohne Leerzeichen).

Gültige Optionen sind:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex

Standardoptionen sind:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD

-failOnMissingData
Beenden, wenn Datenfelder in der bas.h5- oder pls.h5-Eingabe fehlen, die
zum Laden einer Metrik erforderlich. Standard ist eine Warnung.

-durchlesen
Laden Sie Pulsinformationen durch Lesen, anstatt Metriken zu puffern.

-bymetrisch
Laden Sie Pulsinformationen nach Metrik und nicht nach Lesen. Dies verbraucht mehr Speicher als
-durchlesen, kann aber schneller sein.

-maxElemente Wert
Legen Sie ein Limit für die Größe der pls/bas-Datei fest, mit der gepuffert werden soll -bymetrisch (Standardwert:
maximaler Int). Verwenden -durchlesen wenn die Grenze überschritten wird.

-maxMemory Wert
Legen Sie ein Limit (in GB) für den Speicher fest, um Daten mit zu puffern -bymetrisch (Standardwert: 4
GB). Verwenden -durchlesen wenn die Grenze überschritten wird.

-metaNElements Wert
Legen Sie die Anzahl der Elemente im Metadaten-Cache zum Lesen der bas/bax/pls.h5-Datei fest.

-rawNElementsWert
Legen Sie die Anzahl der Elemente im Rohdaten-Cache zum Lesen der Datei bas/bax/pls.h5 fest.

-rawChunkSize Wert
Legen Sie die Chunk-Größe des Rohdaten-Cache zum Lesen der Datei bas/bax/pls.h5 fest.

Verwenden Sie loadPulses online mit den onworks.net-Diensten


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