Dies ist der Befehl ltrsift, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
ltrsift – eine grafische Oberfläche zur Nachbearbeitung und Klassifizierung von LTR
Retrotransposon-Kandidaten
ZUSAMMENFASSUNG
ltrsift
BESCHREIBUNG
LTRsift ist ein grafisches Desktop-Tool für die halbautomatische Nachbearbeitung von De-novo-Prognosen
LTR-Retrotransposon-Annotationen, wie sie beispielsweise von LTRharvest und LTRdigest generiert werden.
CONFIGURATION
Die LAST-Binärdateien (lastal und lastdb) sollten sich im Systemsuchpfad befinden. Wenn sie
Wenn dies nicht der Fall ist, ist es möglich, ihren Speicherort mithilfe der Umgebung „GT_LAST_PATH“ anzugeben
Variable vor dem Ausführen von LTRsift. Gleiches gilt für den BLAST-Standort. Verwenden
„GT_BLAST_PATH“, um den vollständigen Pfad zur ausführbaren Datei „blastall“ anzugeben.
Stildateien (die beschreiben, wie das lineare Diagramm der Kandidatenmerkmale aussieht) können sein
Wird über die Umgebungsvariable LTRSIFT_STYLE_FILE festgelegt. Es wird ein sinnvoller Standardstil erstellt
in LTRsift.
Nutzen Sie ltrsift online über die Dienste von onworks.net
