macs2_callpeak - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

macs2_callpeak - Modellbasierte Analyse für ChIP-Sequenzierung

BESCHREIBUNG

Verwendung: macs2 callpeak [-h] -t TDATEI [TDATEI …] [-c [CDATEI [CDATEI …]]]

[-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size PUFFER_SIZE] [--outdir
OUTDIR] [-n NAME] [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift UMSCHALT] [--extsize
EXTSIZE] [-q QWERT | -p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO] [--down-sample]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal KLEINLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad]
[--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--cutoff-analysis] [--call-summits] [--fe-cutoff
[FECUTOFF]

optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden

Eingang Dateien Argumente:
-t TFILE [TFILE ...], --Behandlung TDATEI [TDATEI ...]
ChIP-seq-Behandlungsdatei. Wenn mehrere Dateien als '-t AB C' angegeben werden, dann werden sie
alle müssen gelesen und zusammengeführt werden. ERFORDERLICH.

-c [CFILE [CFILE ...]], --Steuerung [CFILE [CFILE ...]]
Kontrolldatei. Wenn mehrere Dateien als '-c AB C' angegeben werden, werden sie zusammengefasst zu
Schätzen Sie das ChIP-seq-Hintergrundrauschen.

-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}, --Format
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}
Format der Tag-Datei, "AUTO", "BED" oder "ELAND" oder "ELANDMULTI" oder "ELANDEXPORT" oder
"SAM" oder "BAM" oder "BOWTIE" oder "BAMPE". Die Standardoption AUTO lässt MACS entscheiden
welches Format die Datei hat. Bitte überprüfen Sie die Definition in der README-Datei, wenn Sie wählen
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE. STANDARD: "AUTO"

-g GSIZE, --gsize GRÖSSE
Effektive Genomgröße. Es kann 1.0e+9 oder 1000000000 sein, oder Abkürzungen:'hs' für Mensch
(2.7e9), „mm“ für Maus (1.87e9), „ce“ für C. elegans (9e7) und „dm“ für Fruchtfliege
(1.2e8), Standard:hs

--keep-dup BEHALTEN SIE DUPLIKATE
Es steuert das MACS-Verhalten gegenüber doppelten Tags an genau derselben Stelle --
die gleiche Koordination und der gleiche Strang. Die Option „auto“ lässt MACS berechnen
die maximale Anzahl an Tags an genau derselben Stelle basierend auf der Binomverteilung unter Verwendung
1e-5 als p-Wert-Grenzwert; und die Option „alle“ behält alle Tags bei. Wenn eine Ganzzahl
angegeben, wird höchstens diese Anzahl an Tags am selben Ort aufbewahrt. Die Standardeinstellung
ist, ein Tag an der gleichen Stelle zu behalten. Standard: 1

--Puffergröße PUFFERGRÖSSE
Puffergröße zur schrittweisen Erhöhung der internen Arraygröße zum Speichern von Lesevorgängen
Ausrichtungsinformationen. In den meisten Fällen müssen Sie diesen Parameter nicht ändern.
Wenn jedoch eine große Anzahl von Chromosomen/Contigs/Scaffolds in Ihrem
Ausrichtung, wird empfohlen, eine kleinere Puffergröße anzugeben, um zu verringern
Speicherverbrauch (das Lesen der Alignment-Dateien dauert jedoch länger). Mindestspeicher
zum Lesen einer Alignment-Datei wird eine Anzahl von CHROMOSOM * BUFFER_SIZE * 2 angefordert.
Bytes. STANDARD: 100000

Ausgang Argumente:
--outdir AUSSEN
Wenn angegeben, werden alle Ausgabedateien in dieses Verzeichnis geschrieben. Standard: die
aktuelles Arbeitsverzeichnis

-n NAME, --Name NAME/FUNKTION
Experimentname, der zur Generierung von Ausgabedateinamen verwendet wird. STANDARD: „NA“

-B, --bdg
Ob erweiterte Fragment-Pileups und lokale Lambda-Tracks (zwei
Dateien) bei jedem bp in eine bedGraph-Datei. STANDARD: False

- ausführlich AUSFÜHRLICH
Legen Sie die Ausführlichkeitsstufe der Laufzeitnachricht fest. 0: nur kritische Meldung anzeigen, 1: anzeigen
zusätzliche Warnmeldung, 2: Prozessinformationen anzeigen, 3: Debug-Meldungen anzeigen.
STANDARD:2

--Trackline
Weist MACS an, die Trackline in die bedGraph-Dateien einzuschließen. Um diese Trackline einzuschließen,
während der Anzeige von bedGraph im UCSC-Genombrowser können Name und Beschreibung von
die Datei auch. Mein Vorschlag ist jedoch, bedGraph in bigWig zu konvertieren und dann anzuzeigen
die kleinere und schnellere binäre bigWig-Datei im UCSC-Genombrowser sowie
nachgelagerte Analyse. Erfordern -B muss eingestellt werden. Standard: Trackline nicht einschließen.

--SPMR Wenn True, speichert MACS das Signal pro Million Lesevorgänge für Fragment-Pileup-Profile.
Erfordern -B gesetzt werden. Standard: False

Verschiebung Modell Argumente:
-s TGRÖSSE, --tGröße TGRÖSSE
Etikettengröße. Dadurch wird die automatisch erkannte Tag-Größe überschrieben. STANDARD: Nicht eingestellt

--sw BW
Bandbreite zum Auswählen von Regionen zur Berechnung der Fragmentgröße. Dieser Wert wird nur verwendet
beim Aufbau des Schaltmodells. STANDARD: 300

-m MFOLD MFOLD, --mfold MFOLD MFOLD
Wählen Sie die Regionen innerhalb des MFOLD-Bereichs mit hohem Konfidenz-Anreicherungsverhältnis aus
Hintergrund zum Erstellen eines Modells. Die Faltenanreicherung in den Regionen muss niedriger als die obere sein
Grenzwert und höher als der untere Grenzwert. Verwendung als „-m 10 30“. STANDARD:5 50

--fix-bimodal
Ob der automatische Paarmodellprozess eingeschaltet wird. Wenn gesetzt, wenn MACS nicht erstellen konnte
gepaartes Modell, es werden die Nomodel-Einstellungen verwendet, die --exsize Parameter zum Erweitern
jeder Tag in Richtung 3'. Diese automatische Fixierung nicht zu verwenden ist eine Standardeinstellung
Verhalten jetzt. STANDARD: Falsch

--nomodel
Ob das Verschiebungsmodell erstellt werden soll oder nicht. Wenn True, erstellt MACS kein Modell. von
Standardmäßig bedeutet dies eine Verschiebungsgröße von 100. Versuchen Sie, dies durch Festlegen von extsize zu ändern. STANDARD:
falsch

--Schicht SHIFT
(NICHT das Erbe --shiftsize Option!) Die willkürliche Verschiebung des bp. Verwenden Sie Diskretion
während es anders als der Standardwert eingestellt wird. Wenn NOMODEL eingestellt ist, verwendet MACS dies
Wert, um die Schnittenden (5') in Richtung 5'->3' zu verschieben, dann EXTSIZE anwenden auf
erweitern sie zu Fragmenten. Wenn dieser Wert negativ ist, werden die Enden in Richtung
3'->5' Richtung. Es wird empfohlen, den Standardwert 0 für ChIP-Seq-Datensätze beizubehalten, oder -1
* Hälfte von EXTSIZE zusammen mit der Option EXTSIZE zum Erkennen angereicherter Schnittstellen
wie bestimmte DNAseI-Seq-Datensätze. Beachten Sie, dass Sie keine anderen Werte als 0 festlegen können, wenn
Das Format für Paired-End-Daten ist BAMPE. STANDARD: 0.

--extsize EXTSIZE
Die beliebige Erweiterungsgröße in bp. Wenn nomodel wahr ist, verwendet MACS diesen Wert
als Fragmentgröße, um jeden Read zum 3'-Ende zu erweitern, und stapeln Sie sie dann. Es ist
genau doppelt so viele wie die veralteten SHIFTSIZE. In der vorherigen Sprache ist jeder Lesevorgang
5'->3' Richtung zur Mitte des Fragments um 1/2 d verschoben, dann auf beide erweitert
Richtung mit 1/2 d. Das ist gleichbedeutend damit, dass jeder Lesevorgang in Richtung
5'->3' in Anzeigengrößenfragment. STANDARD: 200. EXTSIZE und SHIFT können kombiniert werden, wenn
Aktivieren Sie die Option SHIFT.

Haupt Aufruf Argumente:
-q QWERT, --qWert QWERT
Minimaler FDR-Grenzwert (q-Wert) für die Spitzenerkennung. STANDARD: 0.05. -q und -p sind
sich gegenseitig ausschließen.

-p PVALUE, --pvalue PWERT
P-Wert-Grenzwert für Spitzenerkennung. STANDARD: nicht festgelegt. -q und -p sind gegenseitig
exklusiv. Wenn der p-Wert-Grenzwert gesetzt ist, wird der q-Wert nicht berechnet und gemeldet als
-1 in der endgültigen XLS-Datei.

--zu groß
Wenn eingestellt, skalieren Sie die kleine Probe auf die größere Probe. Standardmäßig wird die größere
Der Datensatz wird in Richtung des kleineren Datensatzes skaliert, was zu kleineren
p/q-Werte und spezifischere Ergebnisse. Bedenken Sie, dass eine Verkleinerung
Hintergrundgeräusche mehr. STANDARD: Falsch

--Verhältnis RATIO
Wenn eingestellt, verwenden Sie ein benutzerdefiniertes Skalierungsverhältnis von ChIP/Steuerung (z. B. berechnet mit NCIS).
für lineare Skalierung. STANDARD: ignorieren

--down-sample
Wenn diese Option aktiviert ist, wird die Stichprobe mit zufälliger Stichprobenauswahl verkleinert. Standardmäßig
MACS verwendet lineare Skalierung. Achtung: Diese Option macht Ihr Ergebnis instabil und
nicht reproduzierbar, da jedes Mal zufällige Lesevorgänge ausgewählt würden. Erwägen Sie die Verwendung
Verwenden Sie stattdessen das Skript „randsample“. Bei gemeinsamer Verwendung mit --SPMR, 1
Millionen eindeutige Lesevorgänge werden nach dem Zufallsprinzip ausgewählt. Achtung: Aufgrund der
Implementierung entspricht die endgültige Anzahl der ausgewählten Lesevorgänge möglicherweise nicht Ihren Erwartungen!
STANDARD: Falsch

--Samen SAMEN
Legen Sie den Zufallsstartwert fest, während Sie die Daten abtasten. Muss eine nicht negative ganze Zahl in sein
um wirksam zu sein. STANDARD: nicht eingestellt

--nolambda
Wenn True, verwendet MACS für jeden Peak das feste Hintergrund-Lambda als lokales Lambda.
Region. Normalerweise berechnet MACS ein dynamisches lokales Lambda, um die lokale Tendenz widerzuspiegeln
aufgrund der möglichen Chromatinstruktur.

--slokal KLEINLOKAL
Die kleine nahe Region in Basenpaaren zur Berechnung des dynamischen Lambda. Dies wird verwendet, um
Erfassen Sie die Verzerrung in der Nähe des Gipfelbereichs. Ungültig, wenn keine Kontrolldaten vorhanden sind.
Wenn Sie diesen Wert auf 0 setzen, überspringt MACS die lokale Lambda-Berechnung. *Beachten Sie*, dass MACS
wird immer eine lokale Lambda-Berechnung der Größe d durchführen. Der endgültige lokale Bias sollte
sei das Maximum des Lambda-Wertes aus den Fenstern der Größen d, slocal und llocal.
STANDARD: 1000

--llocal (lokal) GROSSLOKAL
Die große nahe Region in Basenpaaren zur Berechnung des dynamischen Lambdas. Dies wird verwendet, um
erfassen Sie den Surround-Bias. Wenn Sie diesen Wert auf 0 setzen, überspringt MACS das lokale Lambda
Berechnung. *Beachten Sie*, dass MACS immer eine lokale Lambda-Berechnung der Größe d durchführt.
Berechnung. Der endgültige lokale Bias sollte das Maximum des Lambda-Wertes von d sein,
Fenster der Größen slocal und llocal. STANDARD: 10000.

--breit
Wenn diese Option aktiviert ist, versucht MACS, breite Peaks aufzurufen, indem es nahegelegene, hoch angereicherte Peaks verknüpft.
Regionen. Die Verbindungsregion wird durch einen weiteren Cutoff gesteuert durch
--linking-cutoff. Die maximale Länge der Verknüpfungsregion beträgt das Vierfache von d von MACS.
STANDARD: Falsch

--breit-Cutoff BREITABSCHNITT
Cutoff für breite Region. Diese Option ist nur verfügbar, wenn --breit eingestellt ist. Wenn -p
gesetzt ist, handelt es sich um einen p-Wert-Grenzwert, andernfalls um einen q-Wert-Grenzwert. STANDARD: 0.1

--cutoff-analyse
Wenn diese Einstellung aktiviert ist, analysiert MACS2 die Anzahl oder Gesamtlänge der Peaks, die aufgerufen werden können durch
verschiedene p-Wert-Grenzwerte und geben dann eine Übersichtstabelle aus, um dem Benutzer bei der Entscheidung für eine bessere
Cutoff. Die Tabelle wird in der Datei NAME_cutoff_analysis.txt gespeichert. Beachten Sie, dass Minlen und
Maxgap kann die Ergebnisse beeinflussen. WARNUNG: Die Fertigstellung kann etwa 30-mal länger dauern.
STANDARD: Falsch

Nachbearbeitung Optionen:
--call-summits
Wenn diese Einstellung aktiviert ist, verwendet MACS eine ausgefeiltere Signalverarbeitung, um
Subpeak-Gipfel in jeder angereicherten Peakregion. STANDARD: Falsch

--fe-cutoff FECUTOFF
Wenn der Wert festgelegt ist, wird er verwendet, um Peaks mit geringer Faltanreicherung herauszufiltern.
Beachten Sie, dass MACS2 bei der Berechnung der Fold-Enrichmentierung 1.0 als Pseudoanzahl verwendet. STANDARD: 1.0

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