make_das_confp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

make_das_conf.pl – Erstellen Sie GBrowse-Konfigurationsdateien aus DAS-Quellen

ZUSAMMENFASSUNG

% make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf

BESCHREIBUNG

Dieses Skript generiert einen groben Entwurf einer Konfigurationsdatei, die zum Durchsuchen eines Remote-DAS geeignet ist
Server.

Um dieses Skript zu verwenden, geben Sie ihm die URL eines DAS-Servers an. Wenn Sie auf die DAS-Basis-URL verweisen
(ohne den Namen der Datenquelle), wie in „http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das", es wird
Drucken Sie eine Liste gültiger Datenquellen in die Standardausgabe. Wenn Sie eine vollständige DAS-URL angeben,
wie in "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16", es wird eine gbrowse-Konfiguration gedruckt
Datei in die Standardausgabe.

Möglicherweise möchten Sie die Konfigurationsdatei anpassen, nachdem Sie sie generiert haben. In
Insbesondere möchten Sie die Glyphentypen anpassen, die jeder Spur zugeordnet sind
Passen Sie die Liste der in den Anweisungen angegebenen Beispiele an (standardmäßig verwendet dieses Skript die
vollständige Liste der Einstiegspunkte, die recht lang sein kann).

Beachten Sie auch, dass dieses Skript eine Reihe von Aggregatoren erstellt, die möglicherweise vorhanden sind
richtig. Betrachten Sie den Fall eines DAS-Servers, der die kanonische Struktur für a verwendet
gespleißte mRNA:

Hauptmethode: mRNA
Unterteile: 5'-UTR, CDS, 3'-UTR

Dieses Konvertierungsskript generiert den folgenden Satz von Aggregatoren:

mRNA{mRNA}
5'-UTR{5'-UTR}
CDS{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}

Außerdem werden insgesamt vier Spuren generiert, jeweils eine für die mRNA und jeden ihrer Teile.

Das ist natürlich falsch. Sie sollten diese zu einem einzigen zusammenfassen
Aggregator:

mRNA{5'-UTR,3'-UTR,CDS/mRNA}

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