maqview - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Maqview - Maq-Alignment-Indexer und -Viewer

ZUSAMMENFASSUNG

maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [chr[:Anfang[-Ende]] [...]]

maqview [-c in.cns] in.map

BESCHREIBUNG

Maqview ist eine Reihe von Programmen, die einen schnellen wahlfreien Zugriff auf die Alignment-Datei ermöglichen
erzeugt von `aber Q. map' und zeigt die Ausrichtung mit einer netten GUI an (Graphical User
Schnittstelle). Es ist hocheffizient in Geschwindigkeit, Speicher- und Festplattennutzung. Maqview basiert auf
OpenGL und ist dafür bekannt, sowohl unter Mac OS X als auch unter Linux zu funktionieren. Die Portierung auf Windows ist grundsätzlich
einfach.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [chr[:Anfang[-Ende]] [...]]

-i Indizieren Sie die Ausrichtungsdatei

-v Drucken Sie das Alignment in der angegebenen Region im `maq mapview'-Format

-b Ausgabe der Ausrichtung in der angegebenen Region im binären .map-Format

-c FILE Indexieren Sie die Maq-Konsensusdatei, um sie gleichzeitig in maqview anzuzeigen

Programm maqindex indiziert eine maq-Alignment-Datei in.map oder ruft schnell alle eingelesenen Daten ab
eine oder mehrere Regionen. Einer von -i, -v und -b muss benutzt werden. Zum -v or -b, mindestens ein
Region wie `chrX', `chrX:1000' oder `chrX:1,000-2,000' muss angegeben werden. Mehrere Regionen
sind erlaubt.

maqview
maqview [-c in.cns] in.map

-c FILE Die Maq-Konsensusdatei

Programm maqview zeigt die Leseausrichtung in einem grafischen Fenster an. Wann in.cns is
angegeben, ist die oberste Sequenz die Referenz, gefolgt von der Maq-Konsensussequenz;
andernfalls wird der Mehrheitskonsens berechnet.

Maqview hat zwei Ansichten: Sequenzansicht und Boxansicht. In der Sequenzansicht Sequenzen lesen
wird auf dem Bildschirm ausgedruckt. Dunklere Basen zeigen niedrigere Basenqualitäten und rote an
zeigen die Unterschiede zur Referenz auf, wenn in.cns angegeben ist oder an die
Mehrheitskonsens, wenn nicht. In der Kastenansicht sind verschiedene Arten von Nukleotiden
dargestellt als Farbkästchen mit Grün für A, Cyan für C, Orange für G, Rot für T und Dunkel
grau für N. Die Farbsättigung zeigt die Grundqualitäten und die Dickenlinien an
of reads zeigt die Mapping-Qualitäten von Read-Alignments. Vergrößern/Verkleinern wird nur unterstützt
in der Kastenansicht. In beiden Ansichten zeigt die Statusleiste am unteren Rand des Fensters einige
Informationen über die Tastenberührungen und lesen Sie Namen und Basisqualitäten, auf die Sie mit der Maus zeigen.

Das Navigieren in der Ausrichtung wird durch verschiedene Tastenkombinationen erreicht.

· Tastenbelegungen:

? Hilfe anzeigen
Ausgang
Sequenzansicht
Kastenansicht
p Zur vorherigen Referenzsequenz wechseln
n Wechsel zur nächsten Referenzsequenz
r Aktualisieren

Gehen Sie zu der Position, auf die zeigt
h / Bewege dich um eine Basis nach links
ich / Bewege dich um eine Basis nach rechts
k / Um eine Zeile nach oben gehen
J / Um eine Zeile nach unten gehen
> Zum nächsten Lesevorgang wechseln
< Zum vorherigen Lesevorgang wechseln
g / Zum Anfang der aktuellen Referenz wechseln
G / Zum Ende der aktuellen Referenz gehen
du / Um eine Seite nach links gehen
/ Um eine Seite nach rechts gehen
Bewege dich um 100 Basen
Bewege dich um 1000 Basen

+ Neue Ansicht hinzufügen
- Entfernen Sie die aktuelle Ansicht

Automatisches Scrollen nach rechts ein-/ausschalten
^b Automatisches Scrollen nach links ein-/ausschalten
+ Vergrößern
- Rauszoomen
0 Zoomen Sie auf den Standardmaßstab
q Mapping-Qualitäten anzeigen/ausblenden umschalten
e Anzeige der SE/PE-Mapping-Qualitäten umschalten
o Öffnen Sie eine neue Alignment-Datei

· Geben Sie eine ganze Zahl ein und drücken Sie dann um an die gewünschte Position zu springen.

· Geben Sie eine ganze Zahl ein und drücken Sie dann eine andere Taste als um das Scrollen zu beschleunigen
angegebenen Faktor.

· Klicken Sie mit der linken Maustaste und ziehen Sie das gelbe Kreuz im Quadrat, um sich entlang der Sequenz zu bewegen. Rechts
Klicken Sie auf den Verweis, um eine Spalte hervorzuheben.

Verwenden Sie maqview online mit den onworks.net-Diensten