mauveAligner - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mauveAligner - Effiziente Konstruktion multipler Genom-Alignments

ZUSAMMENFASSUNG

mauveAligner [Optionen] ...
Dateiname>

BESCHREIBUNG

Die Alignment-Algorithmen mauveAligner und progressiveMauve wurden als
Befehlszeilenprogramme, die in der herunterladbaren Mauve-Software enthalten sind. Bei der Flucht aus dem
Befehlszeile bieten diese Programme Optionen, die in der grafischen Benutzeroberfläche noch nicht verfügbar sind.

OPTIONAL

--ausgabe=Name der Ausgabedatei.
Druckt standardmäßig auf den Bildschirm

--mütter Nur MUMs finden, nicht versuchen, lokal kollineare Blöcke (LCBs) zu bestimmen

--keine Rekursion Führen Sie keine rekursive Ankeridentifikation durch (impliziert
--no-gapped-alignment)

--no-lcb-Erweiterung Wenn Sie LCBs bestimmen, versuchen Sie nicht, die LCBs zu erweitern

--Samengröße=Anfängliche Seed-Übereinstimmungsgröße, Standard ist log_2 (durchschnittliche Sequenzlänge)

--max-extension-iterations=Beschränken Sie LCB-Erweiterungen auf diese Anzahl von Versuchen,
Standard ist 4

--eliminieren-Einschlüsse Beseitigen Sie verknüpfte Einschlüsse in Teilmengenübereinstimmungen.

--gewicht=Minimales LCB-Gewicht in Basenpaaren pro Sequenz

--match-input=Angegebene Match-Datei verwenden, anstatt nach Matches zu suchen

--lcb-Match-Eingabe Zeigt an, dass die Match-Eingabedatei Matches enthält, die
in LCBs geclustert

--lcb-input=Verwenden Sie die angegebene lcb-Datei, anstatt LCBs zu erstellen (überspringt LCB
Generation)

--scratch-path=Verwenden Sie für große Genome ein Verzeichnis zum Speichern temporärer Daten.
Sollte zweimal oder mehrmals mit unterschiedlichen Pfaden angegeben werden.

--id-matrix=Generieren Sie LCB-Statistiken und schreiben Sie sie in die angegebene Datei

--insel-größe=Finde Inseln, die größer als die angegebene Zahl sind

--island-output=Ausgabeinseln die angegebene Datei (erfordert --Inselgröße)

--backbone-size=Finden Sie Strecken des Rückgrats, die länger sind als die angegebene Anzahl von bp

--max-backbone-gap=Bis zu dieser Länge das Rückgrat durch Lücken unterbrechen lassen in
bp

--backbone-output=Ausgabeinseln die angegebene Datei (erfordert --Inselgröße)

--coverage-output=Ausgabe einer Abdeckungsliste in die angegebene Datei (- für stdout)

--wiederholt Erzeugt eine Wiederholungskarte. Es kann nur eine Sequenz angegeben werden

--output-guide-tree=Schreiben Sie einen Führungsbaum in die angegebene Datei

--kollinear Angenommen, Eingabesequenzen sind kollinear – sie haben keine Umordnungen

Gapped Ausrichtung Kontrollen:
--no-gapped-alignment Führen Sie keine lückenhafte Ausrichtung durch

--max-gapped-aligner-length=Maximale Anzahl von Basenpaaren, mit denen eine Ausrichtung versucht werden kann
der lückenhafte Aligner

--min-recursive-gap-length=Mindestgröße der Lücken, die Mauve rekursiv ausführt
MUM-Verankerung an (Standard ist 200)

Unterzeichnet Permutation Matrix Optionen:
--permutation-matrix-output=Schreiben Sie die LCBs als vorzeichenbehaftete Permutationsmatrix zu
die angegebene Datei

--permutation-matrix-min-weight=Für jedes . wird eine Permutationsmatrix geschrieben
Satz von LCBs mit einem Gewicht zwischen diesem Wert und dem Wert von --Last

Ausrichtung Ausgabe Optionen:
--alignment-output-dir=Gibt einen Satz von Alignment-Dateien (eine pro LCB) an a . aus
gegebenes Verzeichnis

--alignment-output-format=Wählt das Ausgabeformat für --alignment-output-dir

--output-alignment=Schreiben Sie eine Ausrichtung im XMFA-Format auf die angegebene Datei

Unterstützte Alignment-Ausgabeformate sind: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Verwenden Sie mauveAligner online mit den onworks.net-Diensten