mdrun_mpi_d.openmpi – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-mdrun – Führen Sie eine Simulation durch, führen Sie eine Normalmodusanalyse oder eine Energieminimierung durch

ZUSAMMENFASSUNG

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-Tabelle [<.xvg>]]
[-Tabletf [<.xvg>]] [-tablep [<.xvg>]] [-tableb [<.xvg>]]
[-Wiederholung [<.xtc/.trr/...>]] [-ei [<.edi>]]
[-multidir [ [...]]] [-Mitglied [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-Mn [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-Feld [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-fromm [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-wenn [<.xvg>]] [-Tauschen [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-ddorder ]
[-npme ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-Pin ] [-Pinoffset ]
[-Nadelschritt ] [-gpu_id ] [-[no]ddcheck]
[-rdd ] [-rkon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[no]tunepme]
[-[nein]v] [-[nein]kompakt] [-pforce ] [-[keine] Reproduktion]
[-cpt ] [-[no]cpnum] [-[nein]anhängen] [-nSchritte ]
[-maxh ] [-multi ] [-replex ] [-neben ]
[-Nachsaat ]

BESCHREIBUNG

Dieser Version of die Programm werden wir einzige Lauf während mit automatisierten die OpenMPI Parallel Computing
Bibliothek. Weitere Informationen finden Sie auch in den mpirun(1). Nutzen Sie die normal gmx(1) Programm für konventionellen Single-Threaded
Operationen.

gmx mdrun ist die wichtigste rechnergestützte Chemie-Engine innerhalb von GROMACS. Offensichtlich ist es
führt Simulationen der Molekulardynamik durch, kann aber auch stochastische Dynamik durchführen.
Energieminimierung, Testteilcheneinfügung oder (Neu-)Berechnung von Energien. Normaler Modus
Analyse ist eine weitere Option. In diesem Fall mdrun Erstellt eine Hesse-Matrix aus Single
Konformation. Stellen Sie für normale Normalmodus-ähnliche Berechnungen sicher, dass die Struktur
vorausgesetzt, dass die Energie ordnungsgemäß minimiert wird. Die erzeugte Matrix kann durch diagonalisiert werden gmx
nmeig.

Die mdrun Das Programm liest die Laufeingabedatei (-s) und verteilt die Topologie über Ränge, wenn
Installation! mdrun erzeugt mindestens vier Ausgabedateien. Eine einzelne Protokolldatei (-g) ist geschrieben.
Die Flugbahndatei (-o), enthält Koordinaten, Geschwindigkeiten und optional Kräfte. Der
Strukturdatei (-c) enthält die Koordinaten und Geschwindigkeiten des letzten Schritts. Die Energie
Datei (-e) enthält Energien, Temperatur, Druck usw., viele dieser Dinge
wird auch in der Protokolldatei abgedruckt. Optional können Koordinaten in eine komprimierte Datei geschrieben werden
Flugbahndatei (-x).

Die Option -dhdl wird nur verwendet, wenn die Berechnung der freien Energie aktiviert ist.

Das effiziente parallele Ausführen von mdrun ist ein komplexes Thema, von dem viele Aspekte betroffen sind
werden im Online-Benutzerhandbuch behandelt. Sie sollten dort nach praktischen Ratschlägen für die Verwendung vieler suchen
der in mdrun verfügbaren Optionen.

ED (Essential Dynamics)-Probenahme und/oder zusätzliche Flutungspotenziale werden durch eingeschaltet
Verwendung der -ei Flagge gefolgt von einem .edi Datei. Das .edi Datei kann mit dem erstellt werden
make_edi Tool oder über Optionen im essdyn-Menü des WHAT IF-Programms. mdrun
produziert eine .xvg Ausgabedatei, die Projektionen von Positionen, Geschwindigkeiten und Kräften enthält
auf ausgewählte Eigenvektoren.

Wenn benutzerdefinierte mögliche Funktionen im ausgewählt wurden .mdp Datei die -Tabelle
Option wird verwendet, um zu bestehen mdrun eine formatierte Tabelle mit möglichen Funktionen. Die Datei wird gelesen
entweder aus dem aktuellen Verzeichnis oder aus dem GMXLIB Verzeichnis. Eine Reihe vorformatierter
Tabellen sind in der dargestellt GMXLIB dir, für 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
Potentiale mit normalem Coulomb. Wenn Paarinteraktionen vorliegen, wird eine separate Tabelle für
Paarinteraktionsfunktionen werden mit gelesen -tablep .

Wenn tabellierte gebundene Funktionen in der Topologie vorhanden sind, sind es Interaktionsfunktionen
Lesen Sie mit dem -tableb Möglichkeit. Geben Sie für jede unterschiedliche tabellarische Interaktion die Tabelle ein
Der Dateiname wird auf andere Weise geändert: Vor der Dateierweiterung steht ein Unterstrich
angehängt, dann ein „b“ für Bindungen, ein „a“ für Winkel oder ein „d“ für Dieder und schließlich das
Tabellennummer des Interaktionstyps.

Die Optionen -px und -pf werden zum Schreiben von Pull-COM-Koordinaten und Kräften beim Ziehen verwendet
ist in der ausgewählt .mdp Datei.

Schließlich können einige experimentelle Algorithmen getestet werden, wenn die entsprechenden Optionen vorliegen
gegeben. Derzeit untersucht werden: Polarisierbarkeit.

Die Option -Mitglied macht das, was früher g_membed war, nämlich die Einbettung eines Proteins in eine Membran.
Dieses Modul erfordert eine Reihe von Einstellungen, die in einer Datendatei bereitgestellt werden
Argument dieser Option. Weitere Einzelheiten zur Membraneinbettung finden Sie in der Dokumentation unter
die Bedienungsanleitung. Die Optionen -Mn und -mp werden zur Bereitstellung der Index- und Topologiedateien verwendet
für die Einbettung verwendet.

Die Option -pforce ist nützlich, wenn Sie den Verdacht haben, dass eine Simulation aufgrund einer zu großen Größe abstürzt
Kräfte. Mit dieser Option können Koordinaten und Kräfte von Atomen mit einer Kraft größer als a ermittelt werden
Ein bestimmter Wert wird in stderr gedruckt.

In regelmäßigen Abständen werden Checkpoints geschrieben, die den vollständigen Zustand des Systems enthalten
(Möglichkeit -cpt) zur Datei hinzufügen -cpo, sofern nicht Option -cpt ist auf -1 gesetzt. Der vorherige Kontrollpunkt
wird gesichert state_prev.cpt um sicherzustellen, dass das System stets auf dem aktuellen Stand ist
verfügbar, auch wenn die Simulation während des Schreibens eines Prüfpunkts beendet wird. Mit -cpnum
Alle Prüfpunktdateien werden beibehalten und mit der Schrittnummer angehängt. Eine Simulation kann sein
Fahren Sie mit dem Lesen des vollständigen Status aus der Datei mit der Option fort -cpi. Diese Option ist intelligent
in der Art, dass GROMACS einfach von einem normalen Lauf ausgeht, wenn keine Checkpoint-Datei gefunden wird
beginnt mit dem ersten Schritt des .tpr Datei. Standardmäßig wird die Ausgabe angehängt
die vorhandenen Ausgabedateien. Die Prüfpunktdatei enthält Prüfsummen aller Ausgabedateien.
So dass Sie niemals Daten verlieren, wenn einige Ausgabedateien geändert, beschädigt oder beschädigt werden
ENTFERNT. Es gibt drei Szenarien mit -cpi:

* Es sind keine Dateien mit übereinstimmenden Namen vorhanden: Neue Ausgabedateien werden geschrieben

* Alle Dateien sind mit Namen und Prüfsummen vorhanden, die mit den im Prüfpunkt gespeicherten übereinstimmen
Datei: Dateien werden angehängt

* Andernfalls werden keine Dateien geändert und ein schwerwiegender Fehler wird generiert

Mit -noappend Neue Ausgabedateien werden geöffnet und allen wird die Simulationsteilenummer hinzugefügt
Ausgabedateinamen. Beachten Sie, dass in allen Fällen die Prüfpunktdatei selbst nicht umbenannt wird und
wird überschrieben, es sei denn, sein Name stimmt nicht mit dem überein -cpo .

Beim Checkpointing wird die Ausgabe an zuvor geschriebene Ausgabedateien angehängt, sofern nicht
-noappend verwendet wird oder keine der vorherigen Ausgabedateien vorhanden ist (außer der
Checkpoint-Datei). Die Integrität der anzuhängenden Dateien wird anhand von Prüfsummen überprüft
die in der Checkpoint-Datei gespeichert sind. Dadurch wird sichergestellt, dass die Ausgabe nicht verwechselt werden kann
aufgrund des Anhängens einer Datei beschädigt. Wenn nur einige der vorherigen Ausgabedateien vorhanden sind,
Es wird ein schwerwiegender Fehler generiert und es werden keine alten Ausgabedateien und keine neuen Ausgabedateien geändert
werden geöffnet. Das Ergebnis beim Anhängen ist dasselbe wie bei einem einzelnen Durchlauf. Der
Der Inhalt ist binär identisch, es sei denn, Sie verwenden eine andere Anzahl von Rängen oder eine andere Dynamik
Lastausgleich oder die FFT-Bibliothek nutzt Optimierungen durch Timing.

Mit der Option -maxh Eine Simulation wird beendet und zunächst eine Checkpoint-Datei geschrieben
Nachbarsuchschritt, bei dem die Laufzeit überschritten wird -maxh*0.99 Stunden. Diese Option ist
Besonders nützlich in Kombination mit der Einstellung nschritte auf -1 entweder im MDP oder bei der Verwendung
die gleichnamige Befehlszeilenoption. Dies führt zu einem unendlichen Lauf, der nur beendet wird
wenn die Frist abgelaufen ist -maxh erreicht ist (falls vorhanden) oder beim Empfang eines Signals.

Wann mdrun Wenn ein TERM-Signal empfangen wird, wird nsteps auf den aktuellen Schritt plus eins gesetzt. Wenn
mdrun empfängt ein INT-Signal (z. B. wenn Strg+C gedrückt wird), stoppt es nach dem nächsten
Nachbarsuchschritt (mit nstlist=0 im nächsten Schritt). In beiden Fällen alles Übliche
Die Ausgabe wird in eine Datei geschrieben. Beim Betrieb mit MPI wird ein Signal an einen der mdrun Rangstufen
ausreicht, sollte dieses Signal nicht an mpirun oder den gesendet werden mdrun Prozess, der das ist
Elternteil der anderen.

Die interaktive Molekulardynamik (IMD) kann durch die Verwendung mindestens einer der drei aktiviert werden
IMD-Schalter: Die -imdterm Mit dem Schalter kann die Simulation beendet werden
molekularer Viewer (z. B. VMD). Mit -imdwait, mdrun pausiert, wenn kein IMD-Client vorhanden ist
in Verbindung gebracht. Das Ziehen von der IMD-Fernbedienung kann durch aktiviert werden -imdpull. Der Hafen mdrun
hört, kann durch geändert werden -imdport.Die Datei, auf die verwiesen wird -wenn enthält Atomindizes und
Kräfte, wenn IMD-Ziehen verwendet wird.

Wann mdrun Wird mit MPI gestartet, läuft es standardmäßig nicht niced.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen

-cpi [<.cpt>] (Staat.cpt) (Optional)
Checkpoint-Datei

-Tabelle [<.xvg>] (Tabelle.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-Tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-tablep [<.xvg>] (tablep.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-tableb [<.xvg>] (Tabelle.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-Wiederholung [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (Optional)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (Optional)
ED-Abtasteingang

-multidir [ [...]] (rundir) (Optional)
Verzeichnis ausführen

-Mitglied [<.dat>] (membed.dat) (Optional)
Generische Datendatei

-mp [<.top>] (membed.top) (Optional)
Topologiedatei

-Mn [<.ndx>] (membed.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Flugbahn mit voller Präzision: trr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Optional)
Komprimierte Flugbahn (tng-Format oder portables xdr-Format)

-cpo [<.cpt>] (Staat.cpt) (Optional)
Checkpoint-Datei

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb

-e [<.edr>] (ener.edr)
Energiedatei

-g [<.log>] (md.log)
Logdatei

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-Feld [<.xvg>] (field.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-fromm [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-ro [<.xvg>] (Rotation.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-ra [<.log>] (rotangles.log) (Optional)
Logdatei

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Optional)
Logdatei

-rt [<.log>] (rotorque.log) (Optional)
Logdatei

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Optional)
Hessische Matrix

-dn [<.ndx>] (dipol.ndx) (Optional)
Indexdatei

-wenn [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-Tauschen [<.xvg>] (swapions.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-deffnm
Legen Sie den Standarddateinamen für alle Dateioptionen fest

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-dd (0 0 0)
Domänenzerlegungsgitter, 0 ist optimiert

-ddorder (verschachtelt)
DD-Rangfolge: Interleave, pp_pme, kartesisch

-npme (-1)
Anzahl der separaten Ränge, die für PME verwendet werden sollen, -1 ist eine Schätzung

-nt (0)
Gesamtzahl der zu startenden Threads (0 ist eine Schätzung)

-ntmpi (0)
Anzahl der zu startenden Thread-MPI-Threads (0 ist eine Schätzung)

-ntomp (0)
Anzahl der zu startenden OpenMP-Threads pro MPI-Rang (0 ist eine Schätzung)

-ntomp_pme (0)
Anzahl der zu startenden OpenMP-Threads pro MPI-Rang (0 ist -ntomp)

-Pin (Auto)
Ob mdrun versuchen soll, Thread-Affinitäten festzulegen: automatisch, ein, aus

-Pinoffset (0)
Die niedrigste logische Kernnummer, an die mdrun den ersten Thread anheften soll

-Nadelschritt (0)
Pinning-Abstand in logischen Kernen für Threads. Verwenden Sie 0, um die Anzahl zu minimieren
Threads pro physischem Kern

-gpu_id
Liste der zu verwendenden GPU-Geräte-IDs, gibt den PP-Rang pro Knoten zur GPU-Zuordnung an

-[no]ddcheck (Ja)
Überprüfen Sie alle gebundenen Wechselwirkungen mit DD

-rdd (0)
Der maximale Abstand für gebundene Wechselwirkungen mit DD (nm) lässt sich aus 0 bestimmen
Anfangskoordinaten

-rkon (0)
Maximale Entfernung für P-LINCS (nm), 0 ist eine Schätzung

-dlb (Auto)
Dynamischer Lastausgleich (mit DD): automatisch, nein, ja

-dds (0.8)
Bruchteil in (0,1), um dessen Kehrwert die anfängliche DD-Zellengröße erhöht wird
um einen Spielraum zu schaffen, in dem dynamischer Lastausgleich bei gleichzeitiger Erhaltung erfolgen kann
die minimale Zellengröße.

-gcom (-1)
Globale Kommunikationsfrequenz

-nb (Auto)
Berechnen Sie nicht gebundene Interaktionen auf: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
Legen Sie „nstlist“ fest, wenn Sie eine Verlet-Puffertoleranz verwenden (0 ist eine Schätzung).

-[no]tunepme (Ja)
Optimieren Sie die PME-Last zwischen PP/PME-Rängen oder GPU/CPU

-[nein]v (Nein)
Sei laut und laut

-[nein]kompakt (Ja)
Schreiben Sie eine kompakte Protokolldatei

-pforce (-1)
Drucken Sie alle Kräfte aus, die größer als dieser Wert sind (kJ/mol nm)

-[keine] Reproduktion (Nein)
Vermeiden Sie Optimierungen, die die binäre Reproduzierbarkeit beeinträchtigen

-cpt (15)
Checkpoint-Intervall (Minuten)

-[no]cpnum (Nein)
Kontrollpunktdateien aufbewahren und nummerieren

-[nein]anhängen (Ja)
An vorherige Ausgabedateien anhängen, wenn vom Prüfpunkt aus fortgefahren wird, anstatt etwas hinzuzufügen
die Teilenummer der Simulation in alle Dateinamen ein

-nSchritte (-2)
Diese Anzahl an Schritten ausführen, überschreibt die Dateioption .mdp (-1 bedeutet unendlich, -2 bedeutet
mdp-Option verwenden, kleiner ist ungültig)

-maxh (-1)
Beenden Sie dieses Mal nach dem 0.99-fachen (Stunden)

-multi (0)
Führen Sie mehrere Simulationen parallel durch

-replex (0)
Versuchen Sie in diesem Zeitraum regelmäßig einen Replikataustausch (Schritte).

-neben (0)
Anzahl der zufälligen Austausche zur Durchführung jedes Austauschintervalls (N^3 ist eins).
Anregung). -nex Null oder nicht angegeben ermöglicht den Austausch von Nachbarreplikaten.

-Nachsaat (-1)
Seed für den Replikataustausch, -1 generiert einen Seed

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