miconv – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

miconv – Konvertiert medizinische Bilddaten zwischen Formaten.

ZUSAMMENFASSUNG

Mikonv [Optionen] []

BESCHREIBUNG

miconv: Konvertiert medizinische Bilddaten zwischen Formaten.

Dateiformate werden automatisch anhand ihrer Dateierweiterung identifiziert. Es erwartet bei
mindestens zwei Dateinamen/Verzeichnisse (für die Eingabe- und Ausgabedatei) am Ende des
Befehlszeile. Eine Ausnahme bildet die Option „-l“, die nur eine erfordert
Dateiname/Verzeichnis, um den Inhalt aufzulisten.

Allgemeines Optionen:
-l: Listet durch Leerzeichen getrennte Sätze von Protokollparametern und Exits auf. Verwenden Sie „-l help“, um eine zu erhalten
Liste möglicher Parameter und „-l all“, um alle Parameter aufzulisten. Der Parameter
„Ausgabedatei“ muss bei Verwendung dieser Option weggelassen werden.

-p: Dieses Protokoll als Standardwerte laden

Protokoll Optionen:
-Datum: Datum des Scans [jjjjmmtt] (Standard = 20140807jjjjmmtt)

-FP: Sichtfeld in Phasenrichtung [mm] (Standard = 220.0 mm)

-Fr: FOV in Leserichtung [mm] (Standard=220.0 mm)

-fs: FOV in Schichtrichtung [mm] (Standard = 5.0 mm)

-Nr: Anzahl aufeinanderfolgender Messungen (Standard=1)

-nx: Anzahl der Punkte in Leserichtung (Standard=128)

-ny: Anzahl der Punkte in Phasenrichtung (Standard=128)

-nz: Anzahl der Punkte in Slice-Richtung (Standard=1)

-Geburt: Geburtsdatum des Patienten [JJJJMMTT] (Standard = 00000000JJJJMMTT)

-pid: Eindeutige Patientenkennung (Standard = Unbekannt)

-pname: Vollständiger Patientenname (Standard = Unbekannt)

-psex: Geschlecht des Patienten (Optionen=MFO, Standard=O)

-pgewicht: Gewicht des Patienten [kg] (Standard = 50.0 kg)

-wissenschaftlich: Name des Wissenschaftlers (Standard = Unbekannt)

-SD: Abstand zwischen den Schichten (von Mitte zu Mitte) [mm] (Standard = 10.0 mm)

-serd: Serienbeschreibung (Standard = Unbekannt)

-serno: Seriennummer (Standard=1)

-st: Scheibendicke [mm] (Standard = 5.0 mm)

-Zucht: Studienbeschreibung (Standard = Unbekannt)

-tcname: Name der Sendespule (Standard = Unbekannt)

-Tee: Zeit bis zum Echo der Sequenz [ms] (Standard = 80.0 ms)

-Zeit: Zeitpunkt des Scans [hhmmss] (Standard=091009hhmmss)

-tr: Zeit zwischen aufeinanderfolgenden Anregungen [ms] (Standard = 1000.0 ms)

Reichen Sie das lesen Optionen:
-cplx: Behandeln Sie Daten als komplex und extrahieren Sie die angegebene Komponente (Optionen=keine abs pha real
imag , Standard=keine)

-ds: Datensatzindex, der extrahiert werden soll, wenn mehrere Datensätze gelesen werden

-Filter: Nur die Datensätze lesen, deren Protokollparameter „Schlüssel“ die Zeichenfolge enthält
'Wert' (angegeben im Format 'Schlüssel=Wert')

-fmap: Um die Speichernutzung zu reduzieren, behalten Sie die Dateizuordnung bei, nachdem Sie (Roh-)Daten gelesen, aber geschrieben haben
in das Array führt zu einem Absturz

-jdx: Wenn mehrere JDX-Arrays vorhanden sind, wählen Sie diese Option aus

-rDialekt: Daten im angegebenen Dialekt des Formats lesen. (Standard ist kein Dialekt)

-R F: Format lesen, zum Überschreiben der Dateierweiterung verwenden (Optionen=automatische Erkennung, 3db-Analyse, asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, Standard = automatische Erkennung)

-überspringen: Überspringen Sie diese Anzahl an Bytes, bevor Sie die Rohdaten lesen (Standard = 0).

Reichen Sie das schreiben Optionen:
-anhängen: An vorhandene Datei anhängen, nur für Rohdaten

-fnamepar: Durch Leerzeichen getrennte Liste von Protokollparametern, die beim Erstellen eindeutiger Parameter einbezogen werden sollen
Dateinamen

-noscale: Werte beim Speichern von Ganzzahlen nicht neu skalieren

-Teilt: Aufteilung von Protokoll-Daten-Paaren in separate Dateien erzwingen.

-Art: Bilddarstellungstyp (Optionen=automatisch float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , Standard=automatisch)

-wDialekt: Daten im angegebenen Dialekt des Formats schreiben. (Standard ist kein Dialekt)

-wf: Format schreiben, zum Überschreiben der Dateierweiterung verwenden (Optionen = automatische Erkennung, 3db-Analyse, asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, Standard = automatische Erkennung)

-wp: Speichern Sie das Protokoll separat in dieser Datei.

Filters:
-ausrichten : Daten an der Geometrie (Voxelpositionen) von ausrichten
eine externe Datei

-Automask : Maske mit automatischem histogrammbasierten Schwellenwert erstellen

-Cluster : Erstellen Sie Cluster von benachbarten/nächstnachbarnungleichen Voxeln ungleich Null, sortiert nach Größe

-falten <Faltungskern (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),Kerndurchmesser [mm]> : Faltung in räumlichen Dimensionen

-Trend abwenden <Anzahl der zu entfernenden Niederfrequenzkomponenten, Nullmittelwert des Ergebnisses
Zeitverlauf>: Langsame Drift im Laufe der Zeit entfernen

-bearbeiten <Positions-/Bereichszeichenfolge im Format (timeframe,slicepos,phasepos,readpos),neuer Wert
of voxel> : Einzelne Voxelwerte bearbeiten

-genmask : Maske erstellen, die alle Voxel mit Wert enthält
im angegebenen Bereich

-isotrop : Bildvoxel durch Interpolation isotrop machen (image
Geometrie wird sich nicht ändern)

-Tiefpass : Tiefpassfilterung

-max : Alle Werte über dem Maximalwert abschneiden

-maxip : Führen Sie eine Projektion mit maximaler Intensität durch
über vorgegebene Richtung

-verschmelzen : Datensätze durch Erweitern der Zeitdimension zu einem einzigen Datensatz zusammenführen

-Mindest : Alle Werte unter dem Mindestwert abschneiden

-minip : Führen Sie eine Projektion mit minimaler Intensität durch
über vorgegebene Richtung

-noNaN : Ersetzt jedes NaN durch den angegebenen Wert

-pflip : Daten in Phasenrichtung spiegeln

-prange : Bereich auswählen in
Phasenrichtung

-proj : Mittelwertprojektion über gegeben durchführen
Richtung

-quantilmask : Maske erstellen, die alle Voxel über dem angegebenen Bruchteil enthält
Schwelle

-Resample : Zeitliche Größenänderung von Bilddaten

-Größengröße : Räumliche Größenänderung von Bilddaten

-Reslice : schneidet das Bild neu in eine bestimmte Größe
Orientierung

-rflip : Daten in Leserichtung umdrehen

-verrotten : Rotation in der Ebene

-ordnen : Bereich auswählen in
Leserichtung

-Rahmen : Bildwerte neu skalieren

-sflip : Daten in Slice-Richtung spiegeln

-Verschiebung <readRichtungsverschiebung [Pixel],phaseRichtungsverschiebung [Pixel],sliceRichtungsverschiebung
[Pixel]>: Daten räumlich verschieben

-Slicetime : Richtig für
unterschiedliche Erfassungszeitpunkte von Schichten

-spleißen : spleißt die
Bild in die angegebene Richtung

-srange : Bereich auswählen in
Schnittrichtung

-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]>: Dimensionen durch Angabe einer Richtung austauschen/spiegeln
Dreifach mit optionalem Reflexionszeichen angehängt

-Fliese : Schnitte zu einem quadratischen 2D-Bild kombinieren

-seltsam : Bereich auswählen in
Zeitrichtung

-tshift : Daten zeitlich verschieben

-Typmax : Alle Werte über dem Maximum eines bestimmten Datentyps abschneiden

-typemin : Alle Werte unterhalb des Mindestwerts eines bestimmten Datentyps abschneiden

-usemask : Erstellen Sie einen 1D-Datensatz einschließlich aller Werte in der Maske aus der Datei

Andere Optionen:
-v oder zum Debuggen/Tracing aller Komponenten oder einer einzelnen
Komponente bzw. Mögliche Werte für Loglevel sind: 0(noLog), 1(errorLog),
2 (Warnprotokoll), 3 (Infoprotokoll).

-h, --help, -Hilfe, --Version : Hilfetext oder Versionsinformationen drucken

Unterstützte Datei Erweiterungen (Formate):
3db (Iris3D-Binärdaten)

analysieren
(NIFTI/ANALYZE, Dialekte: fsl)

asc (ASCII, Dialekte: tcourse)

coi (JCAMP-DX-Datensätze)

dat (Matlab ASCII 2D-Datenmatrix)

dcm (DICOM, Dialekte: Siemens)

double (doppelte Rohdaten)

float (Float-Rohdaten)

gz (GNU-Zip-Container für andere Formate)

hdr (Interfile, Dialekte: neurostat)

hdr (NIFTI/ANALYZE, Dialekte: fsl)

idx (3D-Indizes von Nicht-Nullen in ASCII)

ima (DICOM, Dialekte: Siemens)

interfile
(Interfile, Dialekte: Neurostat)

jdx (JCAMP-DX-Bildformat)

mag (DICOM, Dialekte: Siemens)

mhd (MetaImage)

nii (NIFTI/ANALYZE, Dialekte: fsl)

ph (DICOM, Dialekte: Siemens)

png (Portable Network Graphics)

pos (xy-Positionen von Nicht-Nullen in ASCII)

pro (ODIN-Messprotokolle)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (vorzeichenbehaftete 16-Bit-Rohdaten)

s32bit (vorzeichenbehaftete 32-Bit-Rohdaten)

s8bit (vorzeichenbehaftete 8-Bit-Rohdaten)

smp (JCAMP-DX-Datensätze)

u16bit (vorzeichenlose 16-Bit-Rohdaten)

u32bit (vorzeichenlose 32-Bit-Rohdaten)

u8bit (vorzeichenlose 8-Bit-Rohdaten)

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