Dies ist der Befehl micro_razers, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
micro_razers
ZUSAMMENFASSUNG
micro_razers [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
MicroRazerS verwendet eine präfixbasierte Mapping-Strategie, um möglicherweise kleine RNA-Reads abzubilden
Enthält eine 3'-Adaptersequenz.
(c) Copyright 2009 bei Anne-Katrin Emde.
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
Hauptoptionen::
-o, --Ausgabe FILE
Ändern Sie den Namen der Ausgabedatei. Standard: .Ergebnis.
-rr, --Erkennungsrate NUM
Stellen Sie die prozentuale Erkennungsrate im Bereich [80..100] ein. Standard: 100.
-SCH, --Samenlänge NUM
Samenlänge Im Bereich [10..inf]. Standard: 16.
-sE, --seed-error
Lassen Sie einen Fehler im Seed zu
-f, --nach vorne
Karte liest nur, um Stränge weiterzuleiten.
-r, --umkehren
Karte liest nur umgekehrte Stränge.
-mN, --match-N
'N' stimmt mit allen anderen Zeichen überein
-m, --max-Treffer NUM
Nur ANZAHL der besten Treffer im Bereich [1..inf] ausgeben. Standard: 100.
-pa, --purge-mehrdeutig
Purge liest mit mehr als max-hits besten Übereinstimmungen
-lm, --wenig Speicher
Reduzieren Sie die Speichernutzung auf Kosten der Laufzeit
-v, - ausführlich
ausführlicher Modus
-vv, --verbose
sehr ausführlicher Modus
Ausgabeformatoptionen::
-oder, --Ausgabeformat NUM
Ausgabeformat festlegen. 0 = MicroRazerS-Format, 1 = SAM. Im Bereich [0..1].
-a, --Ausrichtung
Geben Sie die Ausrichtung für jede Übereinstimmung aus
-gn, --genom-benennung NUM
Wählen Sie aus, wie Genome benannt werden. 0 = Fasta-ID verwenden, 1 = Aufzählung beginnend mit 1. In
Bereich [0..1]. Standard: 0.
-R, --read-benennung NUM
Wählen Sie aus, wie Lesevorgänge benannt werden. 0 = Fasta-ID verwenden, 1 = Aufzählung beginnend mit 1. In
Bereich [0..1]. Standard: 0.
-Also, --Sortierreihenfolge NUM
Wählen Sie aus, wie Übereinstimmungen sortiert werden. 0 = gelesene Nummer, 1 = Genomposition. Im Bereich
[0..1]. Standard: 0.
-pf, --positionsformat NUM
Wählen Sie die Nummerierung der Anfangs-/Endpositionen (siehe Abschnitt „Koordinaten“ unten). 0 = Lückenraum,
1 = Positionsraum. Im Bereich [0..1]. Standard: 0.
VERSION
micro_razers Version: 1.0.1 Letzte Aktualisierung Juli 2009
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