mincreshape – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mincreshape – schneidet eine Hyperplatte aus einer Minc-Datei (mit Neuordnung der Abmessungen)

ZUSAMMENFASSUNG

Mincreshape [ ] .mnc .mnc

BESCHREIBUNG

Mincreshape's Die Hauptaufgabe besteht darin, ein Hyperslab aus einer Minc-Datei herauszuschneiden und in eine neue einzufügen
minc-Datei. „Was ist ein Hyperslab?“, fragen Sie. Es handelt sich einfach um eine mehrdimensionale Box
mit einem Startindex (ein Vektor, der eine Voxelkoordinate angibt) und einem Zählvektor (eine Anzahl von
Voxel entlang jeder Achse). Ein einzelner Ausschnitt aus einem Volumen ist ein Hyperslab (mit einer Anzahl von 1).
in Scheibenrichtung) ist ein kleiner Block, der aus einem großen Volumen herausgezogen wird, ein Hyperslab, a
Ein einzelnes Echovolumen aus einem Multiecho-MRT-Datensatz ist ein Hyperslab, ein einmaliger Punkt aus einem
Die dynamische Erfassung ist ein Hyperslab – Sie verstehen, worauf es ankommt. Besuche die -Start, -Anzahl und
-Dimrange Optionen für weitere Einzelheiten dazu (und schauen Sie sich die Beispiele an!). Wenn du
Wenn Sie nur einen Punkt entlang einer Bemaßung herausziehen, haben Sie die Möglichkeit, dies zu tun
Dimension verschwinden, also Mincreshape gibt Ihnen die Möglichkeit, die Dimensionalität von zu reduzieren
eine Minc-Datei. Außerdem sind Sie nicht darauf beschränkt, eine Hyperplatte anzugeben, die sich nur innerhalb befindet
In der Eingabedatei können Sie über die Grenzen der Abmessungen in der Eingabedatei hinausgehen und
Darüber hinaus können Sie eine Zählung angeben, die die Daten entlang einer Dimension umdreht.

Als ob das alles nicht genug wäre, Mincreshape verfügt über die Möglichkeit, Abmessungen neu anzuordnen. Am meisten
Ein offensichtlicher Fall ist die Umwandlung eines transversalen Bildes in ein koronales Bild. Aber Sie können a eingeben
Liste der Dimensionsnamen, um eine beliebige Reihenfolge der Dimensionen zu erhalten.

Lust auf mehr!?! Okay okay. Mincreform führt alle ICV-Operationen der Minc-Bibliothek durch
in der Befehlszeile verfügbar. Für diejenigen, die Dinge definiert mögen: Ein ICV ist ein Bild
Konvertierungsvariable (fragen Sie mich nicht, warum ich sie so genannt habe), mit der Sie im Grunde sagen können, was
Daten, wie es aussehen wird. Mit anderen Worten: Es führt eine Reihe von Konvertierungen für Sie durch.
Diese Konvertierungen umfassen die Änderung von Typ, Bereich und Normalisierung der Voxelwerte.
Erweitern oder Zusammenziehen von Bildern (durch Voxel-Duplizierung oder Mittelung), um ein bestimmtes Bild zu erhalten
Bildgröße und Konvertieren von Vektorbildern in Skalarbilder.

Damit Sie nicht verwirrt werden, möchte ich es Ihnen hier klar sagen: Mincreshape macht das alles
Zuerst werden ICV-Konvertierungen vorgenommen, dann werden die Hyperslab- und Dimensionsneuordnungsvorgänge angewendet
das Ergebnis davon. Wenn Sie sie also miteinander mischen möchten (z -imgsize, -Start, -Anzahl),
Machen Sie es sich zuerst klar.

Okay, behalten Sie Ihren Platz: Hier ist eine Liste mit Optionen.

OPTIONAL

Beachten Sie, dass Optionen in abgekürzter Form angegeben werden können (sofern sie eindeutig sind) und
kann überall auf der Kommandozeile angegeben werden.

Allgemeines Optionen

-2 Erstellen Sie Ausgabedateien im MINC 2.0-Format.

-Klamotten
Überschreiben Sie eine vorhandene Datei.

-noklobber
Überschreiben Sie keine vorhandene Datei (Standard).

-verbose
Fortschrittsinformationen für jeden kopierten Datenblock ausdrucken (Standard). Ein Brocken
Die Größe variiert hauptsächlich, je nachdem, ob Sie die Abmessungen neu bestellen oder nicht
wie groß der interne Puffer sein darf.

-ruhig Drucken Sie keine Fortschrittsinformationen aus.

-max_chunk_size_in_kb Größe
Geben Sie die maximale Größe des Kopierpuffers an (in KB). Der Standardwert ist 4096 KB
(4 MB).

Bild Umwandlung Optionen (Pixel tippe und Bereich):

Standardmäßig werden für Typ, Vorzeichen und gültigen Bereich diejenigen der Eingabedatei verwendet. Wenn Typ ist
angegeben, dann werden sowohl das Vorzeichen als auch der gültige Bereich auf den Standardwert für diesen Typ gesetzt. Wenn Zeichen ist
angegeben, dann wird der gültige Bereich auf den Standardwert für Typ und Vorzeichen gesetzt.

-Dateityp
Führen Sie keine Typkonvertierung durch (Standard).

-Byte Ausgabevoxel im 8-Bit-Integer-Format speichern.

-kurzes Ausgabevoxel im 16-Bit-Integer-Format speichern.

-int Ausgabevoxel im 32-Bit-Integer-Format speichern.

-langes Ersetzt durch -int.

-schweben Speichern Sie Ausgabevoxel im 32-Bit-Gleitkommaformat.

-doppelt
Speichern Sie Ausgabevoxel im 64-Bit-Gleitkommaformat.

-unterzeichnet
Werte als vorzeichenbehaftete Ganzzahlen ausgeben (Standard für short und long). Ignoriert für
Gleitkomma-Typen.

-ohne Vorzeichen
Werte als vorzeichenlose Ganzzahlen ausgeben (Standardwert für Byte). Ignoriert für schwebend
Punkttypen bzw.

-gültiger Bereich Min. max
gibt den gültigen Bereich der Ausgabevoxelwerte in ihrer ganzzahligen Darstellung an.
Standard ist der vollständige Bereich für Typ und Vorzeichen. Diese Option wird ignoriert für
Gleitkommawerte.

-Bildbereich Min. max
Normalisieren Sie Bilder auf einen bestimmten minimalen und maximalen realen Wert (nicht den Voxelwert).

-normalisieren
Normalisieren Sie Bilder für die gesamte Eingabedatei auf ein echtes Minimum und Maximum.

-nonormalisieren
Bilder nicht normalisieren (Standard).

-nopixfill
Konvertieren Sie keine Werte außerhalb des Bereichs in der Eingabedatei, sondern kopieren Sie sie einfach durch.

-pixfill
Ersetzen Sie Werte außerhalb des Bereichs in der Eingabedatei durch den kleinstmöglichen Wert (Standard).

-pixfillvalue Wert
Geben Sie einen neuen Pixelwert an, um Werte außerhalb des Bereichs in der Eingabedatei zu ersetzen.

Bild Umwandlung Optionen (Abmessungen Richtung und Größe):

-Skalar
Konvertieren Sie Vektorbilder in Skalarbilder (ein Vektorbild ist eins mit Vektordimension
als am schnellsten variierende Dimension). Die Vektordimension wird entfernt und die Werte werden entfernt
gemittelt.

-noskalar
Konvertieren Sie Vektorbilder nicht in Skalarbilder (Standard).

+Richtung
Bilder spiegeln, um einen positiven Schrittwert für Raumachsen zu erhalten. Beachten Sie, dass das Umdrehen
der Raumachsen gilt nur für „Bildabmessungen“. Das sind die beiden schnellsten
unterschiedliche (nicht vektorielle) Abmessungen in der Datei. Wenn Sie ein Nicht-Bild umdrehen möchten
Wenn Sie eine Dimension haben, können Sie sie mit in eine Bilddimension umwandeln -dimsize Schwachname= -1 (Das
-1 bedeutet, dass die Größe nicht wirklich geändert wird. Schauen Sie sich die Beispiele an.

-Richtung
Bilder spiegeln, um einen negativen Schrittwert für räumliche Achsen zu erhalten.

-irgendeine Richtung
Bilder nicht entlang räumlicher Achsen spiegeln (Standard).

+xRichtung
Spiegeln Sie Bilder, um einen positiven xspace:step-Wert (von links nach rechts) zu erhalten.

-xRichtung
Bilder umkehren, um einen negativen xspace:step-Wert (von rechts nach links) zu erhalten.

-xanydirection
Spiegeln Sie Bilder nicht entlang der X-Achse.

+yRichtung
Bilder umdrehen, um einen positiven yspace:step-Wert (von hinten nach vorne) zu erhalten.

-yRichtung
Bilder umdrehen, um einen negativen yspace:step-Wert (von vorne nach hinten) zu erhalten.

-yanydirection
Spiegeln Sie Bilder nicht entlang der Y-Achse.

+zRichtung
Drehen Sie die Bilder um, um einen positiven zspace:step-Wert zu erhalten (von unten nach oben).

-zRichtung
Bilder umdrehen, um einen negativen zspace:step-Wert (von oben nach unten) zu erhalten.

-verrückte Richtung
Spiegeln Sie Bilder nicht entlang der Z-Achse.

-Aspekt behalten
Behalten Sie das Seitenverhältnis bei, wenn Sie die Größe von Bildern ändern. Das bedeutet, dass Voxel repliziert werden
(oder gemittelt) gleich oft entlang jeder Bilddimension.

-nokeepaspect
Erzwingen Sie nicht die Beibehaltung des Seitenverhältnisses, wenn Sie die Größe von Bildern ändern (Standard).

-imgsize Größe
Geben Sie die gewünschte Bildgröße an (wird verwendet, wenn -Zeilengröße or -colsize nicht angegeben).

-Zeilengröße Größe
Geben Sie die gewünschte Anzahl von Zeilen im Bild an.

-colsize Größe
Geben Sie die gewünschte Anzahl von Spalten im Bild an.

-dimsize Dimension=Größe
Geben Sie die Größe einer benannten Dimension an (Dimension=Größe). Beachten Sie, dass nur die Größenänderung erfolgt
gilt für „Bildabmessungen“ – normalerweise die beiden am schnellsten variierenden (nicht vektoriellen)
Maße. Zur Größenänderung aller am schnellsten variierenden Abmessungen bis zum
Die benannten Dimensionen werden in Bilddimensionen umgewandelt und diese werden dann von beeinflusst
die Richtungsoptionen. Der Dimensionsname und die Größe müssen in einer Befehlszeile enthalten sein
Wenn Sie also Leerzeichen verwenden (was in Ordnung ist), denken Sie daran, diese durch Anführungszeichen zu verbergen
aus der Schale.

Umformung Optionen:

-quer
Schreiben Sie Querschnitte auf.

-sagittal
Schreiben Sie sagittale Schnitte auf.

-koronal
Koronale Schnitte ausschreiben.

-dimorder dim1,dim2,dim3, ...
Geben Sie die Bemaßungsreihenfolge an dunkel? sind die Namen der Dimensionen. Du kannst Geben
weniger Dimensionen als in der Datei vorhanden: Es wird davon ausgegangen, dass sie am schnellsten variieren
Abmessungen in der Ausgabedatei (so -quer ist genau äquivalent zu -dimorder
zspace,yspace,xspace). Auch hier sind Leerzeichen zwischen Namen erlaubt, aber denken Sie daran
Verstecken Sie sie mit Anführungszeichen vor der Shell.

-Dimrange schwach=Anfang[,zählen]
Geben Sie den Bereich der Dimensionsindizes für die Dimension an schwach. Wenn zählen fehlt oder
0, dann bedeutet dies 1, aber entfernen Sie die Dimension aus der Ausgabedatei (a
Bei einer Anzahl von 1 wird eine Dimension der Größe 1 beibehalten. Ein Negativ zählen bedeutet, die Daten umzudrehen
entlang dieser Dimension - in diesem Fall Anfang Gibt die höchste Voxelkoordinate an
für die Dimension (-Dimrange xspace=3,-3 gibt eine umgedrehte Version von
-Dimrange xspace=1,3). Die Optionen -Start und -Anzahl bieten eine alternative Möglichkeit dazu
Geben Sie die gleichen Informationen an.

-Start koord0,koord1,koord2, ...

Gibt die Startecke der Hyperplatte an (die Koordinaten beginnen am langsamsten).
Dimension zum schnellsten). Wenn weniger Koordinaten angegeben sind, als Dimensionen vorhanden sind
Datei, dann wird davon ausgegangen, dass sie für die langsamsten variierenden Dimensionen gelten und die
Die restlichen Koordinaten werden auf 0 gesetzt. Siehe -Dimrange für mehr Details. Beide -Start und
-Anzahl Geben Sie Vektoren an, die den Abmessungen der Eingabedatei nach dem Bild entsprechen
Umrechnungsoptionen (ICV) wurden angewendet.

-Anzahl size0,size1,size2, ...
Gibt die Kantenlängen der zu lesenden Hyperplatte an (die Koordinaten beginnen am langsamsten).
Dimension zum schnellsten). Wenn weniger Größen angegeben sind, als Abmessungen in der Datei vorhanden sind,
dann wird davon ausgegangen, dass sie für die am langsamsten variierenden Dimensionen und die übrigen gelten
Die Größen werden auf die volle Größe der Dimension eingestellt. Sehen -Dimrange für weitere Informationen an.
Beide -Start und -Anzahl Geben Sie Vektoren an, die den Abmessungen der Eingabedatei entsprechen
Die Bildkonvertierungsoptionen (ICV) wurden angewendet.

Vermisst technische Daten Optionen:

-nofill
Verwenden Sie den Wert Null für Punkte außerhalb des Eingabevolumens (Standard).

-füllen Verwenden Sie einen Füllwert für Punkte außerhalb des Eingabevolumens (minimal möglicher Wert).

-Füllwert Wert
Geben Sie einen Füllwert für Punkte außerhalb des Eingabevolumens an (dies ist ein realer Wert,
kein Pixelwert).

Generisch Optionen für alle Befehle:

-Hilfe Zusammenfassung der Befehlszeilenoptionen drucken und beenden.

-Ausführung
Geben Sie die Versionsnummer des Programms aus und beenden Sie das Programm.

BEISPIELE

Angenommen, wir haben ein Volumen mit den Abmessungen zspace, yspace, xspace (das ist transversal).
und Größen 128, 256, 256. Wenn wir Slice 40 daraus herausholen wollen (unter Beibehaltung der Koordinate).
Informationen für die Zspace-Dimension), dann können wir verwenden

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

Alternativ könnten wir verwenden

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

Oder einfach

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -count 1

Wenn wir die Zspace-Dimension loswerden wollten, könnten wir sie verwenden

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

Nehmen wir einen Block aus der Mitte und drehen ihn entlang des xspace:

mincreshape original.mnc neu.mnc \
-Start 40,10,240 -Zählung 1,200,-200

Aber warum sollte man sich zurückhalten? Gehen wir ins Aus:

mincreshape original.mnc neu.mnc \
-Start 40,-100,340 -Zählung 1,200,-200

Wenn Sie ein sagittales Volumen wünschen, verwenden Sie Folgendes:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

Wie wäre es mit ein paar seitlichen Köpfen – drehen Sie x und y um. Und in Byte konvertieren, um Platz zu sparen
wir sind dabei:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Sie speichern Volumes gerne in der Reihenfolge x, y, z (das heißt, z variiert am schnellsten! Ich kenne einige Leute, die das tun.)
Tu es!)? Okay.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Aber Sie sind ein Minimalist (und haben nichts dagegen, ein Risiko einzugehen). Hier ist das Gleiche (aber es
könnte bei einer anderen Datei kaputt gehen):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

Stellen wir sicher, dass alle Dimensionen ein negatives Schrittattribut haben (siehe Option +Richtung).
für einige Details):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

Nutzen Sie mincreshape online über die Dienste von onworks.net