Dies ist der Befehl NAST-iEr, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
nast-ier – NAST-basiertes DNA-Alignment-Tool
BESCHREIBUNG
Das NAST-iEr-Alignment-Dienstprogramm richtet eine einzelne rohe Nukleotidsequenz gegen eine oder mehrere aus
NAST-formatierte Sequenzen.
Der Ausrichtungsalgorithmus umfasst eine globale dynamische Programmierung des Profils zur festen Ausrichtung
(NAST-formatierte) mehrfach ausgerichtete Vorlagensequenzen ohne End-Gap-Strafe.
NAST-iEr ist Teil der Microbiomeutil-Suite.
OPTIONAL
Erforderlich:
--query_FASTA
Abfragedatenbank im FASTA-Format (Nachfolge von NAST-Alignment)
Optional: (es sei denn defaults sind nicht Satz!)
--db_NAST
Referenzdatenbank im NAST-Format (Standard:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
Referenzdatenbank im FASTA-Format (Standard:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
--num_top_hits
Anzahl der Top-Hits, die für die Profilausrichtung verwendet werden sollen (Standard: 10)
--Bewerten
Bewertungsgrenzwert für Top-Hits (Standard: 1e-50)
Nutzen Sie NAST-iEr online über die Dienste von onworks.net
