Dies ist der Befehl obgen, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
obgen – 3D-Koordinaten für ein Molekül generieren
ZUSAMMENFASSUNG
obgen [OPTIONAL] Dateinamen
BESCHREIBUNG
Das Obgen-Tool generiert 3D-Koordinaten für Moleküle in einer Datei (z. B. Multimolekül).
SMILES-Dateien). Die resultierende Struktur wird unter Verwendung des gegebenen Kraftfelds und optimiert
mithilfe einer Monte-Carlo-Suche auf das Konformer mit der niedrigsten Energie überprüft. Die Ausgabe wird an gesendet
Standardausgabe im SDF-Dateiformat.
OPTIONAL
Wenn kein Dateiname angegeben wird, gibt obgen alle Optionen einschließlich der verfügbaren Kraftfelder an.
-ff Kraftfeld
Wählen Sie das Kraftfeld aus
Beispiele:
Sehen Sie sich die möglichen Optionen an, einschließlich der verfügbaren Kraftfelder:
obgen
Generieren Sie 3D-Koordinaten für das/die Molekül(e) in der Datei test.smi:
obgen test.smi
Generieren Sie mithilfe des UFF-Kraftfelds 3D-Koordinaten für die Moleküle in der Datei test.smi:
obgen -ff UFF test.smi
Nutzen Sie obgen online über die Dienste von onworks.net
