Dies ist der Befehlsverschwender, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
verschwenderisch - Programm zur mikrobiellen (bakteriellen und archaealen) Gensuche
ZUSAMMENFASSUNG
verschwenderisch [-a trans_datei] [-c] [-d nuc_file] [-f Ausgabetyp] [-g tr_table] [-h] [-i
Eingabedatei] [-m] [-n] [-o Ausgabedatei] [-p Modus] [-q] [-s Startdatei] [-t Trainingsdatei]
[-v]
BESCHREIBUNG
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) ist ein mikrobieller (bakterieller
und Archaeen) Gen-Suchprogramm, das am Oak Ridge National Laboratory und den
Universität von Tennessee.
OPTIONAL
-a: Schreiben Sie Proteinübersetzungen in die ausgewählte Datei.
-c: Geschlossene Enden. Lassen Sie die Gene nicht über die Kanten laufen.
-d: Nukleotidsequenzen von Genen in die ausgewählte Datei schreiben.
-f: Ausgabeformat auswählen (gbk, gff oder sco). Standard ist gbk.
-g: Geben Sie eine zu verwendende Übersetzungstabelle an (Standard 11).
-h: Hilfemenü drucken und beenden.
-i: Eingabedatei angeben (standardmäßig wird von stdin gelesen).
-m: Behandeln Sie Läufe von n als maskierte Sequenzen und bauen Sie keine Gene über sie hinweg auf.
-n: Den Shine-Dalgarno-Trainer umgehen und das Programm zwingen, nach Motiven zu suchen.
-o: Ausgabedatei angeben (Standard schreibt in stdout).
-p: Verfahren auswählen (Single oder Meta). Standard ist einzeln.
-q: Leise laufen (normale stderr-Ausgabe unterdrücken).
-s: Schreiben Sie alle potentiellen Gene (mit Scores) in die ausgewählte Datei.
-t: Schreibe eine Trainingsdatei (falls keine existiert); andernfalls lesen und verwenden Sie die angegebenen
Trainingsdatei.
-v: Versionsnummer drucken und beenden.
Verwenden Sie verschwenderisch online mit den onworks.net-Diensten
