Dies ist der Befehl profbval, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
profbval – sagt flexible/starre Reste aus der Sequenz voraus
ZUSAMMENFASSUNG
profbval
BESCHREIBUNG
PROFbval ist ein neuronales Netzwerk, das auf Backbone-B-Wert-Daten aus der Röntgenstruktur trainiert wird.
PROFbval wurde auf einem sequenzspezifischen Satz hochauflösender Proteinstrukturen trainiert
der PDB.
Die Mobilität eines bestimmten Rests auf der Proteinoberfläche hängt mit seiner funktionellen Rolle zusammen.
Ein gängiges Maß für die Atommobilität in Proteinen sind B-Wert-Daten aus der Röntgenkristallographie
Strukturen. PROFbval ist eine Methode zur Vorhersage der B-Werte des Rückgrats anhand der Aminosäuresequenz.
PROFbval kann sowohl für Proteinstruktur- als auch für Funktionsvorhersagen nützlich sein. Zum Beispiel,
Ein Biologe kann potenziell antigene Determinanten lokalisieren, indem er die flexibelsten identifiziert
Rückstände auf der Proteinoberfläche. Darüber hinaus kann ein Kristallograph Rückstände lokalisieren
haben möglicherweise hohe experimentelle B-Werte.
Umwandlung (Conversion) of PSI-BLAST Ausrichtung zu HSSP Format
Das aktuellste Verfahren finden Sie unter
.
1. Konvertieren Sie die BLAST-Ausgabe in ein Single Alignment Format (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
saf=
2. Konvertieren Sie das SAF-Format in HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp\
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq
3. Ergebnisse auf 80% Redundanz filtern:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl rot=80 fileOut=
Ausgang Format
Diese Beschreibung gilt für das Standardausgabeformat.
Anzahl
Restzahl
residual
Rückstandstyp
Rohwert des Unterschieds zwischen den beiden Ausgabeknoten
Bnorm
Vorhergesagter normalisierter B-Wert. Die Werte werden normalisiert, sodass sie in einer bestimmten Reihenfolge angezeigt werden
Der Durchschnittswert beträgt 0 und die Standardabweichung beträgt 1. Je höher der Wert, desto mehr
Es wird vorhergesagt, dass ein Rückstand flexibel ist.
Nicht strikter Modus (NS)
weist auf einen flexiblen Rückstand hin. Nach dem NS-Modus sind es die meisten Rückstände
flexibel; Daher ist es wahrscheinlich, dass ein Rückstand auf der Oberfläche vorhergesagt wird, dass er starr ist
eine funktionale Rolle haben.
Strikter Modus (S)
weist auf einen flexiblen Rückstand hin. Nach dem S-Modus etwa ein Drittel der Rückstände
sind flexibel, daher könnte ein Abschnitt von Resten, von dem vorhergesagt wird, dass er flexibel ist, sein
wichtig für die Proteinfunktion sein.
REFERENZEN
Schlessinger A, Yachdav G und Rost B. PROFbval: Vorhersage flexibler und starrer Rückstände in
Proteine. Bioinformatik. 2006. April 1;22(7): 891-3.
Schlessinger A, Rost B. Proteinflexibilität und -steifigkeit, vorhergesagt aus der Sequenz.
Proteine. 2005. Okt. 1;61(1): 115-26.
OPTIONAL
FASTA_FILE
Datei mit Protein-Aminosäuresequenz im Fasta-Format.
RDBPROF_FILE
Sekundärstruktur- und Lösungsmittelzugänglichkeitsvorhersage von PROF im RDB-Format.
HSSP_FILE
PSI-BLAST-Ausrichtungsprofildatei in HSSP-Format konvertiert.
AUSGABE_DATEI
Der Name der endgültigen PROFbavl-Ausgabedatei. Sie können mehrere Ausgabedateien angeben. Du
Dann möchten Sie wahrscheinlich auch eine Liste der Ausgabemodi angeben, einen für jede Ausgabedatei.
Trennen Sie Einträge mit „,“ (Komma ist im Dateinamen nicht erlaubt).
FENSTER
Dies ist das gewünschte Glättungsfenster für die Ausgabe. Die Methode wurde am Fenster trainiert
von 9.
AUSGANG_MODUS
PROFbval kann Ausgabedateien in verschiedenen Formaten für unterschiedliche Zwecke erstellen. Der
Der Standardausgabemodus für das Paket ist 6. Sie können mehrere Ausgabemodi angeben. Du
Dann möchten Sie wahrscheinlich auch eine Liste der Ausgabedateien bereitstellen, eine für jeden Ausgabemodus.
Trennen Sie Einträge mit „,“.
Modi: '-1', '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', 'snap', 'snapfun'
5 Für Metastörung(1)
schnappen
Schnappspaß
Für Schnappspaß(1)
DEBUGGEN
Standard: 0. Mit 1 aktivieren.
BEISPIEL
profbval /usr/share/doc/profbval/examples/cad23.f /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/profbval/examples/cad23-fil.hssp cad23.profbval 9 6
PROFBVAL_ROOT
Das Verzeichnis, in dem gesucht wurde ./scr/createDataFile.pl, ./scr/PROFbval.pl und
./nn_files/jct.in. Wenn nicht eingestellt /usr/share/profbval wird eingesetzt.
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