Dies ist der Befehl „qualityScores“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
qualityScores – eine Komponente der Subread-Suite
ANWENDUNG
qualitätsScores [Optionen] -i -o
Erforderliche Argumente:
-i
Name der Eingabedatei inklusive gelesener Daten. Das Standardformat ist Fastq.
-o
Name der Ausgabedatei, bei der es sich um eine Textdatei handelt, die Phred-Scores für jede Lesebasis enthält.
Optionale Argumente:
--gzFASTQinput Die Eingabedatei liegt im gezippten Fastq-Format vor.
--BAMinput
Die Eingabedatei liegt im BAM-Format vor.
--SAMinput
Die Eingabedatei liegt im SAM-Format vor.
--first-end
Verwenden Sie nur erste Lesevorgänge für Paired-End-Daten. Gilt nur für Paired-End-BAM/SAM
Eingang.
--second-end
Verwenden Sie in Paired-End-Daten nur zweite Lesevorgänge. Gilt nur für Paired-End-BAM/SAM
Eingang.
--counted-reads Gesamtzahl der aus der Eingabe zu extrahierenden Lesevorgänge
Datei. Standardmäßig 10,000.
--phred-offset <33|64> beziehen sich auf den Subread-Aligner.
Nutzen Sie QualityScores online über die Dienste von onworks.net
