rasmol – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

rasmol – Molekulargrafik-Visualisierungstool v2.7.5

ZUSAMMENFASSUNG

Rasmol [-nodiplay] [[-Format ] Dateinamen] [-Skript Skriptdatei]

FORMATEN

-pdb Proteindatenbank
-mdl MOL-Dateiformat von MDL
-mol2 Das Sybyl MOL2-Format von Tripos
-xyz Das XYZ (XMol)-Format von MSC
-mopac MOPAC-Eingabe- oder Ausgabedateiformat
-Alchimie Alchemy-Dateiformat
-Charm CHARMm-Dateiformat
-cif IUCr CIF oder CIF-Dateiformat

HINWEISE

Diese Software wurde aus mehreren Quellen erstellt. Ein Großteil des Codes stammt von RasMol 2.6,
wie von Roger Sayle erstellt. Der Torsionswinkelcode, der neue POVRAY3-Code und andere Funktionen
sind von den RasMol2.6x1-Revisionen von Arne Mueller abgeleitet. Die Ramachandran-Druckerhandlung
Der Code wurde von fisipl abgeleitet, das von Frances C. Bernstein erstellt wurde. Siehe die Proteindatenbank
Programmband.

Der Code zur Anzeige mehrerer Moleküle und zur Ermöglichung der Bindungsrotation ist größtenteils abgeleitet
aus den UCB-Mods von Gary Grossman und Marco Molinaro, aufgenommen mit Genehmigung von Eileen
Lewis vom ModularCHEM-Konsortium.

Die CIF-Modifikationen nutzen eine Bibliothek, die teilweise auf CBFlib von Paul J. Ellis und basiert
Herbert J. Bernstein. Teile von CBFlib basieren lose auf dem CIFPARSE-Softwarepaket
vom NDB an der Rutgers University. Bitte geben Sie die RasMol-Befehle ein Hilfe Kopieren, Hilfe
im Allgemeinen Hilfe IUCR, Hilfe CBFlib,
und Hilfe CIFPARSE für entsprechende Hinweise. Bitte eintippen Hilfe Urheberrecht für das Urheberrecht
Hinweise. Wenn Sie RasMol V2.6 oder eine frühere Version verwenden, geben Sie den Befehl RasMol ein Hilfe
alte Bekanntmachung.

KOPIEREN

Diese Version basiert direkt auf RasMol Version 2.7.4.2, auf RasMol Version 2.7.4.2
RasMol Version 2.7.4, auf RasMol Version 2.7.3.1, auf RasMol Version 2.7.3, auf RasMol
Version 2.7.2.1.1, Rasmol Version 2.7.2, RasMol Version 2.7.1.1 und RasTop Version 1.3 und
indirekt auf den Versionen RasMol 2.5-ucb und 2.6-ucb sowie Version 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1
und RasMol_2.6.4.

RasMol 2.7.5 darf unter den Bedingungen der GNU General Public License (der GNU General Public License) verbreitet werden
GPL), siehe

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

oder die Datei GPL oder geben Sie den Befehl ein Hilfe GPL

oder RasMol 2.7.5 darf unter der RASMOL-Lizenz vertrieben werden. Siehe Datei HINWEIS oder Typ
der Befehl Hilfe RASLIC

GPL
GNU General Public License
Version 2, Juni 1991

Urheberrecht (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
Jeder darf wörtliche Kopien kopieren und verteilen
dieses Lizenzdokuments, aber das Ändern ist nicht erlaubt.

Präambel

Die Lizenzen für die meisten Softwareprogramme sind so konzipiert, dass sie Ihnen die Freiheit zum Teilen nehmen
und es ändern. Im Gegensatz dazu soll die GNU General Public License dazu dienen
Garantieren Sie Ihre Freiheit, freie Software zu teilen und zu ändern – um die Software sicherzustellen
ist für alle Benutzer kostenlos. Diese General Public License gilt für die meisten kostenlosen
Software Foundation und jedes andere Programm, dessen Autoren sich dazu verpflichten
es benutzen. (Einige andere Software der Free Software Foundation fällt unter die GNU
(Stattdessen die Library General Public License verwenden.) Sie können sie auch auf Ihre Programme anwenden.

Wenn wir von freier Software sprechen, beziehen wir uns auf Freiheit, nicht auf den Preis. Unser
General Public Licenses sollen sicherstellen, dass Sie die Freiheit dazu haben
Verteilen Sie Kopien kostenloser Software (und berechnen Sie für diesen Service, wenn Sie möchten).
Sie erhalten den Quellcode oder können ihn erhalten, wenn Sie ihn möchten, damit Sie ihn ändern können
Software oder verwenden Sie Teile davon in neuen kostenlosen Programmen; und dass Sie wissen, dass Sie es können
diese Dinge.

Um Ihre Rechte zu schützen, müssen wir Einschränkungen einführen, die es niemandem verbieten, dies zu verweigern
Ihnen diese Rechte zu verweigern oder Sie zum Verzicht auf die Rechte aufzufordern. Diese Einschränkungen
Übersetzen Sie bestimmte Verantwortlichkeiten für Sie, wenn Sie Kopien davon verteilen
Software oder wenn Sie sie ändern.

Wenn Sie beispielsweise Kopien eines solchen Programms verteilen, sei es kostenlos oder gegen eine Gebühr
Wenn Sie eine Gebühr erheben, müssen Sie den Empfängern alle Ihnen zustehenden Rechte einräumen. Sie müssen sicherstellen
dass auch sie den Quellcode erhalten oder erhalten können. Und Sie müssen ihnen diese zeigen
Bedingungen, damit sie ihre Rechte kennen.

Wir schützen Ihre Rechte in zwei Schritten: (1) Urheberrecht an der Software und (2) Angebot
Sie erhalten diese Lizenz, die Ihnen die rechtliche Erlaubnis zum Kopieren, Verteilen und/oder Ändern gibt
die Software.

Auch zum Schutz jedes einzelnen Autors und unseres wollen wir dies sicherstellen
Jeder versteht, dass es für diese kostenlose Software keine Garantie gibt. Wenn die
Wir möchten, dass die Empfänger davon erfahren, dass Software von jemand anderem verändert und weitergegeben wird
dass das, was sie haben, nicht das Original ist, so dass alle Probleme von anderen verursacht werden
wird den Ruf der Originalautoren nicht beeinträchtigen.

Schließlich ist jedes freie Programm ständig durch Softwarepatente bedroht. wir wünschen
um die Gefahr zu vermeiden, die Weitervertreiber eines kostenlosen Programms individuell erlangen
Patentlizenzen, die das Programm faktisch proprietär machen. Um dies zu verhindern, haben wir
haben klargestellt, dass jedes Patent für die freie Nutzung durch jedermann lizenziert werden muss oder nicht
überhaupt lizenziert.

Die genauen Bedingungen für die Vervielfältigung, Verbreitung und Änderung
Folgen.

GNU General Public License
ALLGEMEINE GESCHÄFTSBEDINGUNGEN FÜR KOPIEREN, VERTEILEN UND ÄNDERN

0. Diese Lizenz gilt für jedes Programm oder andere Werk, das einen Hinweis enthält
vom Urheberrechtsinhaber mit der Aussage platziert, dass es gemäß den Bedingungen dieses Dokuments verbreitet werden darf
Allgemeine öffentliche Lizenz. Das „Programm“ im Folgenden bezieht sich auf jedes solche Programm oder Werk,
und ein „auf dem Programm basierendes Werk“ bezeichnet entweder das Programm oder ein abgeleitetes Werk
im Sinne des Urheberrechts: das heißt, ein Werk, das das Programm oder einen Teil davon enthält
entweder wörtlich oder mit Änderungen und/oder in eine andere Sprache übersetzt.
(Im Folgenden wird die Übersetzung ohne Einschränkung in den Begriff einbezogen
„Änderung“.) Jeder Lizenznehmer wird mit „Sie“ angesprochen.

Andere Tätigkeiten als das Kopieren, Verteilen und Modifizieren fallen nicht darunter
diese Lizenz; sie liegen außerhalb seines Geltungsbereichs. Die Ausführung des Programms ist nicht der Fall
eingeschränkt, und die Ausgabe des Programms ist nur dann abgedeckt, wenn ihr Inhalt darin enthalten ist
ein auf dem Programm basierendes Werk darstellen (unabhängig davon, ob es durch Ausführen erstellt wurde).
das Programm). Ob das stimmt, hängt davon ab, was das Programm tut.

1. Sie dürfen wörtliche Kopien des Quellcodes des Programms kopieren und verteilen
Sie erhalten es, in jedem Medium, vorausgesetzt, dass Sie es auffällig und angemessen erhalten
auf jeder Kopie einen entsprechenden Urheberrechtshinweis und einen Gewährleistungsausschluss veröffentlichen;
Halten Sie alle Hinweise, die sich auf diese Lizenz beziehen, und auf das Fehlen solcher Hinweise intakt
Garantie; und geben Sie allen anderen Empfängern des Programms eine Kopie dieser Lizenz weiter
mit dem Programm.

Für die physische Übertragung einer Kopie können Sie eine Gebühr erheben
Sie haben die Möglichkeit, gegen eine Gebühr einen Garantieschutz anzubieten.

2. Sie sind berechtigt, Ihre Kopie(n) des Programms oder Teile davon zu ändern
Erstellen eines auf dem Programm basierenden Werks und Kopieren und Verteilen solcher Änderungen oder
Arbeiten Sie gemäß den Bedingungen des Abschnitts 1 oben, vorausgesetzt, dass Sie auch alle dieser Bedingungen erfüllen
Voraussetzungen:

a) Sie müssen dafür sorgen, dass die geänderten Dateien auffällige Hinweise tragen
Geben Sie an, dass Sie die Dateien geändert haben, und geben Sie das Datum jeder Änderung an.

b) Sie müssen alle Arbeiten veranlassen, die Sie verbreiten oder veröffentlichen, die in
ganz oder teilweise enthält oder ist aus dem Programm oder einem anderen abgeleitet
ein Teil davon, als Ganzes kostenlos an alle Dritten lizenziert zu werden
Parteien unter den Bedingungen dieser Lizenz.

c) Wenn das geänderte Programm normalerweise Befehle interaktiv liest
Wenn es ausgeführt wird, müssen Sie es verursachen, wenn es für solche ausgeführt wird
interaktive Verwendung in der gewöhnlichsten Weise, um eine zu drucken oder anzuzeigen
Ankündigung mit einem entsprechenden Copyright-Hinweis und a
Beachten Sie, dass es keine Garantie gibt (oder dass Sie dies angeben
eine Garantie) und dass Benutzer das Programm unter weitergeben dürfen
diese Bedingungen und teilt dem Benutzer mit, wie er eine Kopie davon einsehen kann
Lizenz. (Ausnahme: wenn das Programm selbst aber interaktiv ist
Normalerweise druckt eine solche Ankündigung nicht, auf der Ihre Arbeit basiert
Das Programm muss keine Ansage drucken.)

Diese Anforderungen gelten für das geänderte Werk als Ganzes. Wenn identifizierbare Abschnitte
dieser Arbeit sind nicht aus dem Programm abgeleitet und können vernünftigerweise berücksichtigt werden
unabhängige und separate Werke in sich selbst, dann gilt dies für diese Lizenz und ihre Bedingungen
gelten nicht für diese Abschnitte, wenn Sie sie als separate Werke verbreiten. Aber wenn
Sie verteilen dieselben Abschnitte als Teil eines Ganzen, auf dem ein Werk basiert
Programm, die Verbreitung des Ganzen muss zu den Bedingungen dieser Lizenz erfolgen, deren
Berechtigungen für andere Lizenznehmer erstrecken sich auf das gesamte Ganze und somit auf jeden einzelnen
jeden Teil, unabhängig davon, wer es geschrieben hat.

Daher ist es nicht die Absicht dieses Abschnitts, Rechte geltend zu machen oder Ihre Rechte anzufechten
ein vollständig von Ihnen geschriebenes Werk; Vielmehr geht es darum, das Recht darauf auszuüben
den Vertrieb von abgeleiteten oder kollektiven Werken auf der Grundlage des Programms zu kontrollieren.

Darüber hinaus ist die bloße Zusammenfassung eines anderen Werks, das nicht auf dem Programm basiert, mit dem
Programm (oder mit einem auf dem Programm basierenden Werk) auf einem Datenträger eines Speichers oder
Verbreitungsmedium bringt das andere Werk nicht in den Geltungsbereich dieser Lizenz.

3. Sie dürfen das Programm (oder ein darauf basierendes Werk gemäß Abschnitt
2) im Objektcode oder in ausführbarer Form gemäß den Bestimmungen der Abschnitte 1 und 2 oben
vorausgesetzt, dass Sie außerdem einen der folgenden Schritte ausführen:

a) Begleiten Sie es mit der vollständigen entsprechenden maschinenlesbaren
Quellcode, der unter den Bedingungen der Abschnitte verteilt werden muss
1 und 2 oben auf einem Medium, das üblicherweise für den Softwareaustausch verwendet wird; oder,

b) Begleiten Sie es mit einem schriftlichen Angebot, das mindestens drei Mal gültig ist
Jahre, um Dritte zu geben, gegen eine Gebühr nicht mehr als Ihre
Kosten für die physische Durchführung der Quelldistribution, eine vollständige
maschinenlesbare Kopie des entsprechenden Quellcodes sein
unter den Bedingungen der Abschnitte 1 und 2 oben auf einem Medium verteilt
üblicherweise für den Softwareaustausch verwendet; oder,

c) Begleiten Sie es mit den Informationen, die Sie über das Angebot erhalten haben
entsprechenden Quellcode zu verteilen. (Diese Alternative ist
Nur für den nichtkommerziellen Vertrieb und nur bei Ihnen zulässig
erhielt das Programm in Objektcode oder ausführbarer Form mit solchen
ein Angebot gemäß Unterabschnitt b oben.)

Der Quellcode für ein Werk bezeichnet die bevorzugte Form, in der das Werk erstellt werden soll
Änderungen daran. Für ein ausführbares Werk bedeutet vollständiger Quellcode alles
Quellcode für alle darin enthaltenen Module sowie alle zugehörigen Schnittstellendefinitionen
Dateien sowie die Skripte, die zur Steuerung der Kompilierung und Installation der verwendet werden
ausführbar. Als besondere Ausnahme muss der Quellcode jedoch nicht weitergegeben werden
alles einschließen, was normalverteilt ist (entweder in Quell- oder Binärform)
mit den Hauptkomponenten (Compiler, Kernel usw.) des Betriebssystems
die die ausführbare Datei ausführt, es sei denn, diese Komponente selbst begleitet die ausführbare Datei.

Wenn die Verteilung von ausführbarem Code oder Objektcode durch Bereitstellung des Zugriffs auf Kopien erfolgt
von einem bestimmten Ort aus und bietet dann einen gleichwertigen Zugriff zum Kopieren des Quellcodes
von derselben Stelle gilt als Weitergabe des Quellcodes, auch wenn es sich um Dritte handelt
Die Parteien sind nicht verpflichtet, die Quelle zusammen mit dem Objektcode zu kopieren.

4. Sie dürfen das Programm nicht kopieren, modifizieren, unterlizenzieren oder verteilen, außer als
ausdrücklich unter dieser Lizenz bereitgestellt. Jeder anderweitige Versuch des Kopierens, Modifizierens,
Unterlizenzierung oder Verbreitung des Programms ist ungültig und endet automatisch
Rechte unter dieser Lizenz. Parteien, die Kopien oder Rechte erhalten haben,
Die Lizenzen, die Sie im Rahmen dieser Lizenz erhalten, werden für die Dauer dieser Lizenz nicht gekündigt
Die Parteien bleiben in voller Übereinstimmung.

5. Sie sind nicht verpflichtet, diese Lizenz zu akzeptieren, da Sie sie nicht unterzeichnet haben.
Allerdings erteilt Ihnen nichts anderes die Erlaubnis, das Programm zu ändern oder zu verbreiten oder
seine abgeleiteten Werke. Diese Handlungen sind gesetzlich verboten, wenn Sie dies nicht akzeptieren
diese Lizenz. Daher ist es durch die Änderung oder Verbreitung des Programms (oder eines Werks) nicht möglich
basierend auf dem Programm), erklären Sie Ihr Einverständnis mit dieser Lizenz, dies zu tun, und
alle seine Geschäftsbedingungen für das Kopieren, Verteilen oder Modifizieren des Programms oder
funktioniert darauf basierend.

6. Jedes Mal, wenn Sie das Programm (oder ein auf dem Programm basierendes Werk) weiterverbreiten, wird die
Der Empfänger erhält vom ursprünglichen Lizenzgeber automatisch eine Lizenz zum Kopieren,
Das Programm gemäß diesen Geschäftsbedingungen verbreiten oder ändern. Sie können
keine weiteren Beschränkungen der Ausübung der Rechte durch die Empfänger vorsehen
hierin gewährt. Sie sind nicht dafür verantwortlich, die Einhaltung durch Dritte durchzusetzen
zu dieser Lizenz.

7. Wenn als Folge eines Gerichtsurteils oder der Behauptung einer Patentverletzung
oder aus einem anderen Grund (nicht beschränkt auf Patentfragen) werden Bedingungen auferlegt
Sie (sei es durch Gerichtsbeschluss, Vereinbarung oder auf andere Weise), die den Bedingungen widersprechen
dieser Lizenz entbinden Sie nicht von den Bedingungen dieser Lizenz. Wenn
Sie können die Daten nicht verteilen, um gleichzeitig Ihren Verpflichtungen aus diesem Vertrag nachzukommen
Lizenz und alle anderen damit verbundenen Verpflichtungen, dann dürfen Sie dies infolgedessen nicht tun
das Programm überhaupt verbreiten. Zum Beispiel, wenn eine Patentlizenz dies nicht zulassen würde
lizenzfreie Weiterverbreitung des Programms durch alle, die Kopien direkt erhalten
oder indirekt durch Sie, dann wäre die einzige Möglichkeit, sowohl es als auch dies zu befriedigen
Die Lizenz würde darin bestehen, vollständig auf die Verbreitung des Programms zu verzichten.

Sollte ein Teil dieses Abschnitts aus irgendeinem Grund ungültig oder nicht durchsetzbar sein
Unter bestimmten Umständen soll der Rest des Abschnitts gelten und die
Abschnitt als Ganzes soll unter anderen Umständen gelten.

Es ist nicht der Zweck dieses Abschnitts, Sie dazu zu verleiten, Patente oder Patente zu verletzen
andere Schutzrechtsansprüche geltend zu machen oder die Gültigkeit solcher Ansprüche anzufechten; diese Abteilung
dient ausschließlich dem Schutz der Integrität der Verbreitung freier Software
System, das durch öffentliche Lizenzpraktiken implementiert wird. Viele Leute haben gemacht
großzügige Beiträge zu der breiten Palette an Software, die dadurch vertrieben wird
System im Vertrauen auf die konsequente Anwendung dieses Systems; es liegt an der
Der Autor/Spender muss entscheiden, ob er oder sie bereit ist, die Software über andere zu verbreiten
ein anderes System und ein Lizenznehmer kann diese Wahl nicht vorschreiben.

Dieser Abschnitt soll gründlich verdeutlichen, was als a angesehen wird
Folge des Rests dieser Lizenz.

8. Wenn die Verbreitung und/oder Nutzung des Programms in bestimmten Fällen eingeschränkt ist
Länder entweder durch Patente oder durch urheberrechtlich geschützte Schnittstellen, das ursprüngliche Urheberrecht
Der Inhaber, der das Programm unter diese Lizenz stellt, kann eine explizite geografische Angabe hinzufügen
Vertriebsbeschränkung unter Ausschluss dieser Länder, so dass der Vertrieb erfolgt
nur in oder zwischen Ländern zulässig, die nicht dadurch ausgeschlossen sind. In diesem Fall gilt diese Lizenz
beinhaltet die Einschränkung, als ob sie im Hauptteil dieser Lizenz enthalten wäre.

9. Die Free Software Foundation kann überarbeitete und/oder neue Versionen davon veröffentlichen
Von Zeit zu Zeit eine General Public License. Solche neuen Versionen werden ähnlich sein
Geist der vorliegenden Version, kann jedoch im Detail abweichen, um neue Probleme anzugehen oder
Bedenken.

Jede Version erhält eine eindeutige Versionsnummer. Wenn das Programm a
Versionsnummer dieser Lizenz, die für sie und „jede spätere Version“ gilt, Sie
Sie haben die Möglichkeit, die Allgemeinen Geschäftsbedingungen dieser Version oder von zu befolgen
jede spätere Version, die von der Free Software Foundation veröffentlicht wird. Wenn das Programm dies tut
Geben Sie keine Versionsnummer dieser Lizenz an, Sie können jederzeit eine beliebige Version wählen
herausgegeben von der Free Software Foundation.

10. Wenn Sie Teile des Programms in andere kostenlose Programme integrieren möchten
deren Vertriebsbedingungen abweichende Vertriebsbedingungen haben, schreiben Sie bitte an den Autor und fragen Sie nach
Erlaubnis. Für Software, die dem Urheberrecht der Free Software Foundation unterliegt,
Schreiben Sie an die Free Software Foundation. Hierfür machen wir manchmal Ausnahmen. Unser
Die Entscheidung wird sich an den beiden Zielen orientieren, die Freiheit aller zu wahren
Derivate unserer kostenlosen Software und zur Förderung der gemeinsamen Nutzung und Wiederverwendung von Software
allgemein.

KEINE GARANTIE

11. DA DAS PROGRAMM KOSTENLOS LIZENZIERT IST, GIBT ES KEINE GARANTIE FÜR DAS
PROGRAMM, SOWEIT NACH GELTENDEM RECHT ZULÄSSIG. Sofern nicht anders angegeben
DIE URHEBERRECHTSINHABER UND/ODER ANDERE PARTEIEN STELLEN DAS PROGRAMM SCHRIFTLICH „WIE BESEHEN“ ZUR VERFÜGUNG.
OHNE JEGLICHE GEWÄHRLEISTUNG, WEDER AUSDRÜCKLICH NOCH STILLSCHWEIGEND, EINSCHLIESSLICH, ABER NICHT
BESCHRÄNKT AUF DIE STILLSCHWEIGENDEN GEWÄHRLEISTUNGEN DER MARKTGÄNGIGKEIT UND EIGNUNG FÜR EINE BESTIMMUNG
ZWECK. Das gesamte Risiko hinsichtlich der Qualität und Leistung des Programms liegt bei
DU. Sollte sich das Programm als fehlerhaft erweisen, übernehmen Sie die Kosten für alles Notwendige
WARTUNG, REPARATUR ODER KORREKTUR.

12. IN KEINEM FALL, ES SEI DENN, DIES IST DURCH GELTENDES RECHT ERFORDERLICH ODER SCHRIFTLICH VEREINBART
JEGLICHER COPYRIGHT-INHABER ODER JEGLICHE ANDERE PARTEIEN, DIE DIESE ÄNDERN UND/ODER WEITERVERBREITEN KÖNNEN
PROGRAMM WIE OBEN ZULÄSSIG, HAFTBAR IHNEN GEGENÜBER FÜR SCHÄDEN, EINSCHLIESSLICH ALLGEMEINER,
SPEZIELLE, ZUFÄLLIGE ODER FOLGESCHÄDEN, DIE SICH AUS DER NUTZUNG ODER DER UNMÖGLICHKEIT ZUR VERWENDUNG ERGEBEN
NUTZUNG DES PROGRAMMS (einschließlich, aber nicht beschränkt auf Datenverlust oder Datenwiedergabe).
UNGENAUIGKEIT ODER VERLUSTE, DIE VON IHNEN ODER DRITTEN VERURSACHT WERDEN ODER EIN FEHLER DES PROGRAMMS
ZUM BETRIEB MIT ANDEREN PROGRAMMEN), AUCH WENN DIESER INHABER ODER DIE ANDERE PARTEI DIES IST
AUF DIE MÖGLICHKEIT SOLCHER SCHÄDEN INFORMIERT.

ENDE DER BEDINGUNGEN

Wie Sie diese Bedingungen auf Ihre eigenen, neuen Programme anwenden

Wenn Sie ein neues Programm entwickeln und möchten, dass es den größtmöglichen Nutzen bringt
Für die Öffentlichkeit besteht der beste Weg, dies zu erreichen, darin, es zu freier Software zu machen
Jeder kann unter diesen Bedingungen weitergeben und ändern.

Fügen Sie dazu dem Programm die folgenden Hinweise bei. Die Befestigung ist am sichersten
Fügen Sie sie an den Anfang jeder Quelldatei ein, um den Ausschluss möglichst effektiv zu vermitteln
Garantie; und jede Datei sollte mindestens die Zeile „Copyright“ und einen Zeiger auf haben
wo die vollständige Bekanntmachung zu finden ist.


Urheberrecht (C)

Dieses Programm ist freie Software; Sie können es weitergeben und / oder ändern
es unter den Bedingungen der GNU General Public License, wie von veröffentlicht
die Free Software Foundation; entweder Version 2 der Lizenz oder
(nach Ihrer Wahl) jede spätere Version.

Es wird nützlich sein,
aber OHNE GARANTIE; ohne auch nur die implizite garantie von
MARKTGÄNGIGKEIT oder EIGNUNG FÜR EINEN BESTIMMTEN ZWECK. Siehe die
GNU General Public License für weitere Details.

Sie sollten eine Kopie der GNU General Public License erhalten haben
zusammen mit diesem Programm; wenn nicht, schreiben Sie an die Freie Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA

Fügen Sie auch Informationen darüber, wie Sie elektronisch und per Brief erreichbar.

Wenn das Programm interaktiv ist, geben Sie bei der Ausführung einen kurzen Hinweis wie diesen aus
startet im interaktiven Modus:

Gnomovision Version 69, Copyright (C) Jahr Name des Autors
Für Gnomovision gibt es ABSOLUT KEINE GARANTIE; Für Details geben Sie „show w“ ein.
Dies ist freie Software, die Sie gerne weitergeben können
unter bestimmten Bedingungen; Geben Sie `show c' für Details ein.

Die hypothetischen Befehle „show w“ und „show c“ sollten die entsprechenden Teile anzeigen
der General Public License. Natürlich können die von Ihnen verwendeten Befehle aufgerufen werden
etwas anderes als „show w“ und „show c“; Es könnte sich dabei sogar um Mausklicks oder Menüs handeln
Artikel - was auch immer zu Ihrem Programm passt.

Sie sollten sich auch an Ihren Arbeitgeber (wenn Sie als Programmierer arbeiten) oder Ihre Schule wenden, wenn
ggf. einen „Copyright-Haftungsausschluss“ für das Programm zu unterzeichnen. Hier ist ein
Probe; Ändern Sie die Namen:

Yoyodyne, Inc. lehnt hiermit jegliches Urheberrecht an dem Programm ab
„Gnomovision“ (das Pässe bei Compilern macht), geschrieben von James Hacker.

1. April 1989
Ty Coon, Präsident von Vice

Diese allgemeine öffentliche Lizenz erlaubt nicht die Einbindung Ihres Programms in
proprietäre Programme. Wenn es sich bei Ihrem Programm um eine Unterprogrammbibliothek handelt, können Sie dies in Betracht ziehen
nützlicher, um die Verknüpfung proprietärer Anwendungen mit der Bibliothek zu ermöglichen. Wenn dies
ist, was Sie tun möchten, verwenden Sie stattdessen die GNU Library General Public License
Lizenz.

RASLIC Wenn Sie die GPL nicht nutzen, gelten folgende Lizenzbedingungen:

RasMol-Lizenz

Auch wenn die Autoren der verschiedenen hier gefundenen Dokumente und Software dies getan haben
Wir bemühen uns nach Treu und Glauben, sicherzustellen, dass die Dokumente korrekt sind und dass die Software
seine Leistung gemäß der Dokumentation erbringt, und wir würden uns sehr freuen, davon zu hören
alle Probleme, auf die Sie stoßen könnten, die Programme und Dokumente, alle von der erstellten Dateien
Programme werden **WIE BESEHEN** ohne jegliche Garantie für Richtigkeit bereitgestellt.
Marktgängigkeit oder Eignung für einen bestimmten oder allgemeinen Gebrauch.

Die Verantwortung für etwaige nachteilige Folgen aus der Nutzung von Programmen oder
DOKUMENTE ODER JEGLICHE DATEIEN, DIE DURCH DIE VERWENDUNG DER PROGRAMME ODER DOKUMENTE ERSTELLT WERDEN
AUSSCHLIESSLICH MIT DEN BENUTZERN DER PROGRAMME ODER DOKUMENTE ODER DER DATEI ODER DATEIEN UND NICHT MIT
AUTOREN DER PROGRAMME ODER DOKUMENTE.

Vorbehaltlich Ihrer Akzeptanz der oben genannten Bedingungen und Ihres Respekts für die
Bedingungen, die in den nachstehenden Hinweisen aufgeführt sind, sofern Sie nicht vorhaben, welche zu machen
Änderungen vorzunehmen oder abgeleitete Werke zu erstellen, erhalten Sie die Erlaubnis zum freien Kopieren und
Verteilen Sie dieses Paket, sofern Sie Folgendes tun:

1. Legen Sie entweder die vollständige Dokumentation, insbesondere die Datei HINWEIS, bei
Geben Sie an, was Sie verbreiten, oder machen Sie einen klaren Hinweis darauf, wo die Leute eine Kopie davon erhalten können
die Dokumentation; Und

2. Bitte geben Sie bei angemessener Quellenangabe die Version und das Original an
Autoren richtig; Und

3. Bitte erwecken Sie bei niemandem den Eindruck, es handele sich um die Originalautoren
Bereitstellung einer Garantie jeglicher Art.

Wenn Sie größere Teile von RasMol in einem anderen Programm verwenden möchten, erstellen Sie
Änderungen an RasMol vornehmen oder auf andere Weise das vornehmen, was ein Anwalt als a bezeichnen würde
„Abgeleitete Arbeit“ ist Ihnen nicht nur gestattet, sondern Sie werden dazu ermutigt.
Zusätzlich zu den oben besprochenen Dingen gehen Sie bitte wie folgt vor:

4. Bitte erläutern Sie in Ihrer Dokumentation, inwiefern sich Ihre Vorgehensweise hiervon unterscheidet
Version von RasMol; Und

5. Bitte stellen Sie Ihren geänderten Quellcode zur Verfügung.

Diese Version von RasMol ist _nicht_ gemeinfrei, wird aber kostenlos zur Verfügung gestellt
Gemeinschaft in der Hoffnung, die Wissenschaft voranzubringen. Wenn Sie Änderungen vornehmen, nehmen Sie diese bitte vor
in verantwortungsvoller Weise, und bitte bieten Sie uns die Möglichkeit, diese einzubeziehen
Änderungen in zukünftigen Versionen von RasMol.

Allgemein Hinweise
Der folgende Hinweis gilt für dieses Werk insgesamt und für die darin enthaltenen Werke
darin:

* Kreatives Schaffen ist auf den regen Gedankenaustausch angewiesen. Es gibt Gesetze und
Bräuche, die Rechte und Pflichten für Autoren und Benutzer festlegen
was Autoren schaffen. Dieser Hinweis soll Sie nicht von der Nutzung abhalten
Software und Dokumente in diesem Paket, aber um sicherzustellen, dass keine vorhanden sind
Missverständnisse über die Bedingungen einer solchen Nutzung.

* Bitte lesen Sie den folgenden Hinweis sorgfältig durch. Wenn Sie einen Teil nicht verstehen
Wenn Sie von dieser Mitteilung Gebrauch machen, holen Sie bitte vor der Nutzung eine entsprechende professionelle Rechtsberatung ein
der in diesem Softwarepaket enthaltenen Software und Dokumente. Zusätzlich zu
welche weiteren Schritte Sie auch unternehmen müssen, um den Intellektuellen zu respektieren
Eigentumsrechte der jeweiligen Beteiligten, wenn Sie die Software nutzen
und Dokumente in diesem Paket, geben Sie bitte durch Zitieren Quellenangabe an, sofern eine Quellenangabe erforderlich ist
dieses Paket, seine Autoren und die URL oder andere Quelle, von der Sie es erhalten haben,
oder gleichwertige Primärreferenzen in der Literatur mit denselben Autoren.

* Einige der in diesem Softwarepaket enthaltenen Software und Dokumente sind
geistiges Eigentum verschiedener Parteien und die Platzierung in diesem Paket ist nicht zulässig
bedeuten in irgendeiner Weise, dass diese Rechte in irgendeiner Weise aufgehoben oder eingeschränkt wurden.

* In Bezug auf Software oder Dokumente, für die ein Urheberrecht besteht, ALLE
DIE RECHTE SIND DEM INHABER DES URHEBERRECHTS VORBEHALTEN.

* Auch wenn die Autoren der verschiedenen hier gefundenen Dokumente und Software dies getan haben
hat sich nach Treu und Glauben bemüht, sicherzustellen, dass die Dokumente korrekt sind und dass die
Wenn die Software entsprechend ihrer Dokumentation funktioniert, würden wir uns sehr freuen
Wir informieren Sie über etwaige Probleme, Programme, Dokumente und Dateien
Die von den Programmen erstellten Dateien werden **WIE BESEHEN** ohne jegliche Gewährleistung zur Verfügung gestellt
Korrektheit, Marktgängigkeit oder Eignung für einen bestimmten oder allgemeinen Gebrauch.

* DIE VERANTWORTUNG FÜR JEGLICHE NACHTEILIGE FOLGEN AUS DER NUTZUNG VON PROGRAMMEN ODER
DOKUMENTE ODER JEGLICHE DATEIEN, DIE DURCH DIE VERWENDUNG DER PROGRAMME ODER DOKUMENTE ERSTELLT WERDEN
AUSSCHLIESSLICH MIT DEN BENUTZERN DER PROGRAMME ODER DOKUMENTE ODER DER DATEI ODER DATEIEN UND NICHT MIT
AUTOREN DER PROGRAMME ODER DOKUMENTE.

Zwei alternative Möglichkeiten zur Lizenzierung dieses Pakets finden Sie in den Dateien GPL und RASLIC.

RasMol V2.6 Hinweise
Der folgende Hinweis gilt für RasMol V 2.6 und ältere RasMol-Versionen.

Die Informationen in diesem Dokument können ohne vorherige Ankündigung geändert werden und werden nicht geändert
stellen eine Verpflichtung des Lieferanten dar. Dieses Paket ist
unter der Bedingung verkauft/verteilt, dass dies nicht im Handels- oder Handelsweg erfolgt
andernfalls ohne die Erlaubnis verliehen, weiterverkauft, vermietet oder sonst wie in Umlauf gebracht werden
mit vorheriger Zustimmung des Lieferanten in irgendeiner Form von Verpackung oder Abdeckung als der in
aus dem es hergestellt wurde. Kein Teil dieses Handbuchs oder der zugehörigen Software darf sein
reproduziert, in einem Abrufsystem auf einer optischen oder magnetischen Platte, einem Band oder einem anderen gespeichert
auf einem anderen Medium übertragen oder in irgendeiner Form oder mit irgendwelchen Mitteln elektronisch, mechanisch,
Fotokopieren, Aufzeichnen oder anderweitig für andere Zwecke als den des Käufers
persönlichen Gebrauch.

Dieses Produkt darf nicht für die Planung, den Bau, die Wartung,
Betrieb oder Nutzung einer nuklearen Anlage noch der Flug, die Navigation oder
Kommunikation von Flugzeugen oder Bodenunterstützungsgeräten. Der Autor soll es nicht sein
für etwaige Ansprüche oder Schäden, die sich aus einer solchen Nutzung ergeben, ganz oder teilweise haftbar,
einschließlich Tod, Konkurs oder Kriegsausbruch.

IUCR Politik
Die IUCr Politik für die Schutz und die Promotion of die STAR Reichen Sie das und CIF
Normen für Austausch und Archivierung elektronisch Ihre Daten.

Übersicht

Das Crystallographic Information File (CIF)[1] ist ein Standard für Informationen
Austausch, veröffentlicht von der International Union of Crystallography (IUCr). CIF
(Hall, Allen & Brown, 1991) ist die empfohlene Methode für die Einreichung von Publikationen
zu Acta Crystallographica Abschnitt C und Berichten über Kristallstrukturbestimmungen
zu anderen Abschnitten der Acta Crystallographica und vielen anderen Zeitschriften. Die Syntax von
Ein CIF ist eine Teilmenge des allgemeineren STAR File[2]-Formats. Die CIF- und STAR-Datei
Ansätze werden zunehmend in den Strukturwissenschaften zum Datenaustausch und eingesetzt
Archivierung und haben maßgeblichen Einfluss auf diese Aktivitäten in anderen Bereichen
Felder.

Erklärung of Absicht

Das Interesse der IUCr an der STAR-Datei liegt als allgemeiner Standard für den Datenaustausch
Wissenschaft und ihr Interesse am CIF, einem konformen Derivat der STAR-Datei, ist
als prägnanter Datenaustausch- und Archivierungsstandard für Kristallographie und Struktur
Wissenschaft.

Schutz of die Normen

Zum Schutz der STAR-Datei und des CIF als Standards für den Austausch und die Archivierung
elektronische Daten, die IUCr, im Namen der wissenschaftlichen Gemeinschaft,

* besitzt die Urheberrechte an den Standards selbst,

* besitzt die zugehörigen Marken und Dienstleistungsmarken und

* besitzt ein Patent auf die STAR-Datei.

Diese geistigen Eigentumsrechte beziehen sich ausschließlich auf die Austauschformate, nicht auf
die darin enthaltenen Daten, noch an der bei der Generierung, dem Zugriff oder dem Zugriff verwendeten Software
Manipulation der Daten.

Promotion of die Normen

Die einzige Anforderung, die die IUCr in ihrer Schutzfunktion an Software stellt
Voraussetzung für die Verarbeitung von STAR-File- oder CIF-Daten ist, dass die folgenden Bedingungen erfüllt sind
vor dem Verkauf oder Vertrieb.

* Software, die behauptet, Dateien zu lesen, die entweder in die STAR-Datei oder in das CIF geschrieben wurden
Der Standard muss in der Lage sein, die relevanten Daten aus einer Datei zu extrahieren, die dem entspricht
STAR-Dateisyntax bzw. CIF-Syntax.

* Software, die behauptet, Dateien entweder im STAR-Datei- oder im CIF-Standard zu schreiben
müssen Dateien erzeugen, die der STAR-Dateisyntax oder der CIF-Syntax entsprechen,
beziehungsweise.

* Software, die behauptet, Definitionen aus einem bestimmten genehmigten Datenwörterbuch zu lesen
Die von der IUCr erstellten Dokumente müssen in der Lage sein, jede relevante Definition zu extrahieren, die konform ist
die Wörterbuchdefinitionssprache (DDL)[3], die diesem Wörterbuch zugeordnet ist.

Die IUCr wird über ihr Komitee für CIF-Standards jeden Entwickler dabei unterstützen
Überprüfen Sie, ob die Software diese Konformitätsbedingungen erfüllt.

Glossar of AGB

[1] CIF:

ist eine Datendatei, die der unter definierten Dateisyntax entspricht http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/index.html

[2] STAR-Datei:

ist eine Datendatei, die der unter definierten Dateisyntax entspricht http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/star/index.html

[3] DDL:

ist eine Sprache, die in einem Datenwörterbuch verwendet wird, um Datenelemente anhand von zu definieren
„Attribute“. Derzeit von der IUCr genehmigte Wörterbücher und die DDL-Versionen
Die zur Erstellung dieser Wörterbücher verwendeten Wörterbücher sind unter aufgeführt http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/ddl/index.html

Letzte Änderung: 30. September 2000

IUCr-Richtlinie Copyright (C) 2000 International Union of Crystallography

CBFLIB Der folgende Haftungsausschluss gilt für CBFlib V0.1, aus dem dieser Code stammt
Teil ist abgeleitet.

* Die hiermit ausgestatteten Artikel wurden unter der Schirmherrschaft der USA entwickelt
Regierung. Weder die USA, noch das USDOE, noch der Leland Stanford Junior
Die Universität und ihre Mitarbeiter geben keine Garantie, sei sie ausdrücklich oder stillschweigend, oder übernehmen diese
jegliche Haftung oder Verantwortung für die Richtigkeit, Vollständigkeit oder Nützlichkeit jeglicher Inhalte
Informationen, Geräte, Produkte oder Prozesse offengelegt werden oder deren Verwendung darstellen
wird keine privaten Rechte verletzen. Erwähnung eines Produkts, seines Herstellers,
oder Lieferanten dürfen keine Zustimmung, Missbilligung oder implizieren, und dies ist auch nicht beabsichtigt
Eignung für eine bestimmte Verwendung. Die USA und die Universität behalten jederzeit die
das Recht, die eingerichteten Gegenstände für jeden Zweck zu nutzen und zu verbreiten.

Hinweis 91 02 01

CIFPARSE
Teile dieser Software basieren lose auf dem CIFPARSE-Softwarepaket von
der NDB an der Rutgers University. Sehen

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE ist Teil der NDBQUERY-Anwendung, einer Programmkomponente von Nucleic
Säuredatenbankprojekt [HM Berman, WK Olson, DL Beveridge, JK
Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, SH Shieh, AR Srinivasan und B. Schneider.
(1992). Die Nukleinsäure-Datenbank: Eine umfassende relationale Datenbank von Drei-
Dimensionsstrukturen von Nukleinsäuren. Biophys J., 63, 751-759.], dessen
Die Zusammenarbeit, insbesondere in Form von Designkonzepten, wird dankbar anerkannt
erstellt von J. Westbrook.

Bitte beachten Sie den folgenden Hinweis in der CIFPARSE-API:

Diese Software wird OHNE GEWÄHRLEISTUNG DER MARKTGÄNGIGKEIT ODER EIGNUNG FÜR A bereitgestellt
BESTIMMTEN ZWECK ODER ANDERE AUSDRÜCKLICHE ODER STILLSCHWEIGENDE GARANTIEN. RUTGERS MACHEN NR
ZUSICHERUNG ODER GARANTIE, DASS DIE SOFTWARE KEIN PATENT VERLETZT,
URHEBERRECHT ODER ANDERES EIGENTUMSRECHT.

BESCHREIBUNG

RasMol ist ein molekulares Grafikprogramm zur Visualisierung von Proteinen und Nukleinsäuren
Säuren und kleine Moleküle. Das Programm zielt auf die Darstellung, Vermittlung und Generierung von ab
Bilder in Publikationsqualität. RasMol läuft auf einer Vielzahl von Architekturen und Betriebssystemen
Systeme einschließlich Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX und VMS-Systeme. UNIX und VMS
Versionen erfordern eine 8-, 24- oder 32-Bit-Farb-X-Windows-Anzeige (X11R4 oder höher). Das X
Die Windows-Version von RasMol bietet optionale Unterstützung für eine Hardware-Wählbox und
Beschleunigte Shared-Memory-Kommunikation (über die Erweiterungen XInput und MIT-SHM), wenn
auf dem aktuellen X-Server verfügbar.

Das Programm liest eine Molekülkoordinatendatei ein und zeigt das Molekül interaktiv an
den Bildschirm in einer Vielzahl von Farbschemata und Moleküldarstellungen. Momentan
Zu den verfügbaren Darstellungen gehören tiefenabhängige Drahtmodelle, „Dreiding“-Stöcke und raumfüllende Darstellungen
(CPK)-Kugeln, Kugel und Stab, feste und strangförmige biomolekulare Bänder, Atommarkierungen und Punkte
Oberflächen.

Es können bis zu 5 Moleküle gleichzeitig geladen und angezeigt werden. Eines oder alle davon
Die Moleküle können gedreht und verschoben werden.

Auf die Hilfefunktion von RasMol kann durch Eingabe von „help“ zugegriffen werden " oder "Hilfe
" aus der Befehlszeile. Eine vollständige Liste der RasMol-Befehle kann angezeigt werden von
Eingabe von „Hilfebefehlen“. Um das Schlüsselwort abzukürzen, kann auch ein einzelnes Fragezeichen verwendet werden
"helfen". Für wichtige Hinweise geben Sie bitte „Hilfehinweise“ ein.

BEFEHLE

RasMol ermöglicht die Ausführung interaktiver Befehle, die am eingegeben werden RasMol> Aufforderung in der
Terminalfenster. Jeder Befehl muss in einer separaten Zeile eingegeben werden. Schlüsselwörter sind Groß- und Kleinschreibung
ist unempfindlich und kann sowohl in Groß- als auch in Kleinbuchstaben eingegeben werden. Alles Leerzeichen
Zeichen werden außer zur Trennung von Schlüsselwörtern und ihren Argumenten ignoriert.

Allen Befehlen kann eine Klammer vorangestellt werden Atom Ausdruck vorübergehend auszuwählen
bestimmte Atome nur für die Ausführung dieses einen Befehls. Nach Ausführung des Befehls
Die vorherige Auswahl wird mit Ausnahme der Befehle wiederhergestellt wählen , eine Beschränkung und Skripte.

Die derzeit von RasMol erkannten Befehle/Schlüsselwörter sind unten aufgeführt.

Backbone (Rückgrat)
Das RasMol Rückgrat Der Befehl ermöglicht die Darstellung eines Polypeptid-Rückgrats als
eine Reihe von Bindungen, die die benachbarten Alpha-Kohlenstoffatome jeder Aminosäure in a verbinden
Kette. Die Anzeige dieser Backbone-„Bonds“ wird durch den Befehl ein- und ausgeschaltet
Parameter auf die gleiche Weise wie beim Drahtmodell Befehl. Der Befehl Rückgrat WOW!
schaltet die ausgewählten „Anleihen“ aus und Rückgrat on oder mit einer Nummer schaltet sie ein. Der
Zahl kann verwendet werden, um den Zylinderradius der Darstellung in beiden Fällen anzugeben
Angström- oder RasMol-Einheiten. Es ergibt sich ein Parameterwert von 500 (2.0 Angström) oder mehr
in einem „Parameterwert zu groß“-Fehler. Backbone-Objekte können mit dem eingefärbt werden
RasMol Farbe Rückgrat Befehl.

Das reservierte Wort Backbone wird auch als vordefinierter Satz („Hilfssätze“) und als verwendet
Parameter auf die kompensieren hbond und kompensieren ssbond Befehle. Der RasMol-Befehl Spur
sorgt im Gegensatz zu für ein geglättetes Rückgrat Rückgrat welches Alpha-Kohlenstoffe verbindet
mit geraden Linien.

Das Backbone kann mit gestrichelten Linien dargestellt werden Rückgrat Strich
Befehl.

Hintergrund
Das RasMol Hintergrund Mit dem Befehl wird die Farbe des „Leinwand“-Hintergrunds festgelegt.
Die Farbe kann entweder als Farbname oder als durch Kommas getrennte Dreiergruppe aus Rot,
Grüne und blaue (RGB) Komponenten sind in eckige Klammern eingeschlossen. Den Befehl eingeben
Hilfe Farben gibt eine Liste der vordefinierten Farbnamen aus, die von RasMol erkannt werden.
Beim Betrieb unter X Windows erkennt RasMol auch die Farben des X-Servers
Datenbank mit Farbnamen.

Die Hintergrund Der Befehl ist gleichbedeutend mit dem RasMol kompensieren Hintergrund Befehl.

Bindung Der RasMol-Befehl Anleihe + fügt die angegebene Bindung hinzu
Zeichnung, Erhöhung der Bindungsreihenfolge, wenn die Bindung bereits existiert. Der Befehl Anleihe
wählen wählt die beiden durch die Atomseriennummern angegebenen Atome aus
als die beiden Enden einer Bindung, um die herum die drehen Anleihe Befehl wird sein
angewandt. Wenn keine Bindung besteht, wird sie erstellt.

Die Drehung um eine zuvor ausgewählte Bindung kann durch festgelegt werden drehen Anleihe
Befehl, oder kann auch mit der Maus gesteuert werden, mit dem Anleihe drehen
Ein / Aus- oder das Äquivalent drehen Anleihe Ein / Aus- Befehle.

Bulgarisch
Das RasMol Bulgarisch Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die bulgarischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

Karikatur
Das RasMol Karikatur Der Befehl führt eine Anzeige eines Moleküls durch Farbbänder als Richardson
Protein im (MolScript)-Stil Cartoons, als dicke (tiefe) Bänder umgesetzt. Der
Der einfachste Weg, eine Cartoon-Darstellung eines Proteins zu erhalten, ist die Verwendung von Cartoons
Option auf dem Display Menü. Die Karikatur Der Befehl stellt den aktuell ausgewählten Befehl dar
Reste als tiefes Band mit einer durch das Befehlsargument angegebenen Breite. Benutzen
Der Befehl ohne Parameter führt dazu, dass die Breite des Menübands von übernommen wird
Sekundärstruktur des Proteins, wie im beschrieben Farbbänder Befehl. Standardmäßig ist die
C-Termini von Beta-Faltblättern werden als Pfeilspitzen angezeigt. Dies kann aktiviert sein und
deaktiviert mit der kompensieren Karikaturen Befehl. Die Tiefe des Cartoons kann angepasst werden
Verwendung der kompensieren Karikaturen Befehl. Das kompensieren Karikaturen Befehl ohne
Parameter setzt diese beiden Optionen auf ihre Standardwerte zurück.

Zentrum Das RasMol Zentrum Der Befehl definiert den Punkt, um den herum die drehen Befehl und die
Bildlaufleisten drehen das aktuelle Molekül. Ohne Parameter der Center-Befehl
Setzt das Rotationszentrum auf den Schwerpunkt des Moleküls zurück. Wenn ein
Wenn der Atomausdruck angegeben ist, dreht RasMol das Molekül um den Mittelpunkt
Schwerkraft der durch den Ausdruck angegebenen Menge von Atomen. Wenn also ein einzelnes Atom vorhanden ist
Durch den Ausdruck angegeben, bleibt dieses Atom während der Rotationen „stationär“.

Typ Hilfe Ausdruck Weitere Informationen zu RasMol-Atomausdrücken.

Alternativ kann die Zentrierung als durch Kommas getrenntes Tripel von [CenX, CenY,
CenZ] ist ein Offset in RasMol-Einheiten (1/250 Angström) vom Schwerpunkt.
Das Tripel muss in eckige Klammern eingeschlossen werden.

Die optionalen Formulare Zentrum ... Übersetzen und Zentrum ... Zentrum kann verwendet werden, um
Geben Sie die Verwendung eines verschobenen Rotationszentrums an (nicht unbedingt in der Mitte von).
der Leinwand) oder ein Rotationszentrum, das in der Mitte der Leinwand platziert ist.
Ab RasMol 2.7.2 ist die neue Achse standardmäßig auf der Leinwand zentriert.

Chinesisch.
Das RasMol Chinesisch. Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die chinesischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

Zwischenablage
Das RasMol Zwischenablage Der Befehl platziert eine Kopie des aktuell angezeigten Bildes auf dem
Lokale Grafik-Zwischenablage. Hinweis: Dieser Befehl wird auf UNIX oder VMS noch nicht unterstützt
Maschinen. Es soll die Übertragung von Bildern zwischen Anwendungen erleichtern
unter Microsoft Windows oder auf einem Apple Macintosh.

Bei Verwendung von RasMol auf einem UNIX- oder VMS-System kann diese Funktionalität erreicht werden durch
Erzeugen eines Rasterbilds in einem Format, das vom empfangenden Programm gelesen werden kann
mit RasMol schreiben Befehl.

Farbe Färben Sie die Atome (oder andere Objekte) der ausgewählten Region. Die Farbe kann angegeben werden
entweder als Farbname oder als durch Kommas getrenntes Tripel aus Rot, Grün und Blau (RGB)
Komponenten in eckigen Klammern eingeschlossen. Den Befehl eingeben Hilfe Farben wird ein geben
Liste aller vordefinierten Farbnamen, die von RasMol erkannt werden.

Zulässige Objekte sind Atome, Fesseln, Rückgrat, Bänder, Etiketten, Punkte, hbonds, Karte, und
ssbonds. Wenn kein Objekt angegeben ist, wird das Standardschlüsselwort verwendet Atom wird angenommen. Etwas
Für bestimmte Objekttypen werden Farbschemata definiert. Das Farbschema keine kann sein
Wird auf alle Objekte außer Atomen und Punkten angewendet und gibt an, dass es sich um die ausgewählten Objekte handelt
haben keine eigene Farbe, sondern verwenden die Farbe ihrer zugehörigen Atome (d. h. der
Atome, die sie verbinden). Atom Objekte können auch eingefärbt werden alt, Amino, Kette,
aufladen, cpk, Gruppe, Modell, formschön, Struktur Temperatur or Benutzer. Wasserstoffbrücken
kann auch eingefärbt werden tippe und Punktflächen können ebenfalls eingefärbt werden elektrostatisch
Potential. Für weitere Informationen geben Sie ein Hilfe Farbe . Kartenobjekte können sein
gefärbt nach der spezifischen Farbe des nächstgelegenen Atoms.

Farbmodus
Mit ColourMode kann der Benutzer zwischen der Verwendung des neuen wechseln Farbe Methode. Bei
Gegenwärtig ist die neue Färbetechnik die gleiche wie die alte, jedoch zur Erhaltung
Um die Kompatibilität mit älteren Skripten zu gewährleisten, kann es sinnvoll sein, oben einen „Farbmodus ein“ hinzuzufügen
Ihres Skripts irgendwo, wenn das Skript für Version 2.7.3 von RasMol entwickelt wurde oder
früher. Die neue Farbmethode zielt nach ihrer Fertigstellung darauf ab, einige Fehler in der zu beheben
Malroutinen.

Verbinden
Das RasMol connect Der Befehl wird verwendet, um RasMol zu zwingen, die (neu) zu berechnen
Konnektivität des aktuellen Moleküls. Wenn die ursprüngliche Eingabedatei enthielt
Konnektivitätsinformationen, diese werden verworfen. Der Befehl connect falsch verwendet ein Fasten
heuristischer Algorithmus, der zur Bestimmung der Bindung in großen Biomolekülen geeignet ist
wie Proteine ​​und Nukleinsäuren. Der Befehl connect was immer dies auch sein sollte. verwendet ein langsameres mehr
Genauer Algorithmus basierend auf kovalenten Radien, der besser für kleine geeignet ist
Moleküle, die anorganische Elemente oder gespannte Ringe enthalten. Wenn keine Parameter vorhanden sind
gegeben, bestimmt RasMol anhand der Anzahl der Atome, welcher Algorithmus verwendet werden soll
Eingabedatei. Bei mehr als 255 Atomen verwendet RasMol die schnellere Implementierung.
Dies ist die Methode, mit der bei Bedarf die Bindung eines Moleküls bestimmt werden kann
Lesen Sie sich zunächst mit dem ein Belastung Befehl.

Verschieben Das RasMol verschieben Der Befehl fügt den gegebenen Befehl dem Makro mit dem angegebenen Namen hinzu, falls nicht
Wird ein Name angegeben, wird der Befehl mit einem leeren Namen zum Makro hinzugefügt. Der Befehl zack
ist ein Sonderfall. In diesem Fall wird das Makro gelöscht. Wenn kein Name angegeben ist
Der Befehl muss mit einer Auswahl beginnen, z verschieben (Auswahl).spacefill

Die unter dem angegebenen Namen gesammelten verzögerten Befehle können mit ausgeführt werden
ausführen Befehl

Definierung Das RasMol definieren Mit dem Befehl kann der Benutzer einen beliebigen Satz von Atomen zuordnen
mit einer eindeutigen Kennung. Dies ermöglicht die Definition benutzerdefinierter Sets. Diese
Mengen werden statisch deklariert, dh wenn sie einmal definiert sind, gilt dies für den Inhalt der Menge nicht mehr
ändern, auch wenn der sie definierende Ausdruck von der aktuellen Transformation abhängt
und Darstellung des Moleküls.

Tiefe Das RasMol Tiefe Der Befehl aktiviert, deaktiviert oder positioniert die Back-Clipping-Ebene von
das Molekül. Das Programm zeichnet nur die Teile des Moleküls, die näher beieinander liegen
für den Betrachter als die Clipping-Ebene. Ganzzahlige Werte liegen im Bereich von Null
Rückseite des Moleküls auf 100, was vollständig vor dem Molekül liegt.
Zwischenwerte bestimmen den Prozentsatz des zu zeichnenden Moleküls.

Dieser Befehl interagiert mit dem Platte Befehl, der an der Vorderseite von a befestigt wird
gegebene Z-Clipping-Ebene.

Dots Das RasMol Punkte Der Befehl wird verwendet, um eine Van-der-Waals-Punktoberfläche um das zu erzeugen
aktuell ausgewählte Atome. Punktflächen zeigen regelmäßig verteilte Punkte auf einer Kugel
des Van-der-Waals-Radius um jedes ausgewählte Atom. Punkte, die „vergraben“ würden
innerhalb des Van-der-Waals-Radius eines anderen Atoms (ausgewählt oder nicht) liegen nicht vor
angezeigt. Der Befehl Punkte on löscht alle vorhandenen Punktflächen und generiert eine
Punkte tauchen um den aktuell ausgewählten Atomsatz mit einer Standardpunktdichte von auf
100. Der Befehl Punkte WOW! löscht alle vorhandenen Punktflächen. Die Punktdichte kann sein
wird durch Angabe eines numerischen Parameters zwischen 1 und 1000 angegeben. Dieser Wert
entspricht in etwa der Anzahl der Punkte auf der Oberfläche eines mittelgroßen Objekts
Atom.

Standardmäßig ist die Farbe jedes Punkts auf einer Punktoberfläche die Farbe, die ihm am nächsten liegt
Atom zum Zeitpunkt der Oberflächengenerierung. Die Farbe der gesamten Punktoberfläche kann variieren
mit geändert werden Farbe Punkte Befehl.

Echo Das RasMol Echo Der Befehl wird verwendet, um eine Nachricht im RasMol-Befehl/Terminal anzuzeigen
Fenster. Der String-Parameter kann optional durch doppelte Anführungszeichen begrenzt werden
Figuren. Wenn kein Parameter angegeben ist, wird der Echo Der Befehl zeigt eine leere Zeile an.
Dieser Befehl ist besonders nützlich für die Anzeige von Text aus einem RasMol heraus Skript
Datei.

Englisch
Das RasMol Englisch Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die englischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

Ausführen
Das RasMol ausführen Befehl:

1. speichert die alte Haltung des Moleküls (Translation, Rotation und Zoom)

2. führt das angegebene Makro aus und unterdrückt sowohl Bildschirmaktualisierungen als auch die Aufzeichnung

3. animiert die Bewegung des neu gerenderten Moleküls linear von der alten Haltung zu
die neue Haltung

Das Makro muss zuvor durch Aufrufe von definiert worden sein verschieben Befehl.

Die Animation der Bewegung hängt von den vorherigen Einstellungen des ab Rekord Befehl.

Französisch Das RasMol Französisch Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die französischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

HBonds Das RasMol hbond Der Befehl wird verwendet, um die Wasserstoffbindung des Proteins darzustellen
Rückgrat des Moleküls. Diese Informationen sind hilfreich bei der Beurteilung der Proteine
Sekundärstruktur. Wasserstoffbrückenbindungen werden entweder als gepunktete Linien oder dargestellt
Zylinder zwischen den Donor- und Akzeptorresten. Das erste Mal hbond Befehl
verwendet wird, durchsucht das Programm die Struktur des Moleküls nach Wasserstoffbrückenbindungen
Rückstände und meldet dem Benutzer die Anzahl der Bindungen. Der Befehl hbonds on
zeigt die ausgewählten „Anleihen“ als gepunktete Linien an und die hbonds WOW! schaltet ihre aus
Anzeige. Die Farbe von Hbond-Objekten kann durch geändert werden Farbe hbond Befehl.
Zunächst hat jede Wasserstoffbrücke die Farben ihrer verbundenen Atome.

Standardmäßig werden die gepunkteten Linien zwischen dem aufnehmenden und dem spendenden Sauerstoff gezeichnet
Stickstoff. Durch die Verwendung der kompensieren hbonds Befehlen Sie die Alpha-Kohlenstoffpositionen der
Stattdessen können entsprechende Rückstände verwendet werden. Dies ist besonders bei Untersuchungen hilfreich
Proteine ​​in der Rückgratdarstellung.

Hilfe Das RasMol Hilfe Der Befehl bietet Online-Hilfe zum angegebenen Thema.

Italienisch
Das RasMol Italienisch Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die italienischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

Japanisch
Das RasMol Japanisch Der Befehl stellt die Menüs und Meldungen auf die japanischen Versionen ein.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

Label Das RasMol Etikette Mit dem Befehl kann eine beliebig formatierte Textzeichenfolge zugeordnet werden
mit jedem aktuell ausgewählten Atom. Diese Zeichenfolge kann eine eingebettete Erweiterung enthalten
Spezifizierer, die Eigenschaften des zu kennzeichnenden Atoms anzeigen. Eine Erweiterung
Der Bezeichner besteht aus einem „%“-Zeichen, gefolgt von einem einzelnen alphabetischen Zeichen
Angabe der anzuzeigenden Eigenschaft. Möglicherweise wird ein tatsächliches „%“-Zeichen angezeigt
durch Verwendung des Erweiterungsspezifizierers „%%“.

Mit dem Befehl kann die Atombeschriftung für die aktuell ausgewählten Atome deaktiviert werden
Etikette aus. Wenn kein String als Parameter angegeben wird, verwendet RasMol standardmäßig Labels
passend für das aktuelle Molekül.

Die Farbe jedes Etiketts kann mit geändert werden Farbe Etikette Befehl. Standardmäßig,
Jedes Etikett wird in der gleichen Farbe gezeichnet wie das Atom, an dem es befestigt ist. Der
Größe und Abstand des angezeigten Textes können mit geändert werden kompensieren Schriftgröße
Befehl. Die Breite der Striche im angezeigten Text kann geändert werden
Verwendung der kompensieren Schriftstrich
Befehl.

Laden Sie Laden Sie eine Molekülkoordinatendatei in RasMol. Gültige Moleküldateiformate sind pdb
(Proteindatenbankformat), mdl (MOL-Dateiformat von Molecular Design Limited),
Alchimie (Tripos' Alchemy-Dateiformat), mol2 (Tripos' Sybyl Mol2-Dateiformat),
Charmem (CHARMm-Dateiformat), xyz (MSCs XMol XYZ-Dateiformat), mopac (JP
Stewarts MOPAC-Dateiformat) oder cif (IUCr CIF- oder mmCIF-Dateiformat). Wenn keine Datei
Format angegeben ist, PDB, CIF, or mmCIF wird standardmäßig angenommen. Bis zu 20 Moleküle
können gleichzeitig geladen werden. Wenn CHEM_COMP-Ligandenmodelle in einer mmCIF-Datei enthalten sind,
Sie werden als NMR-Modelle geladen, wobei zunächst alle NMR-Modelle als Modell angegeben werden
Koordinaten, falls angegeben, und dann alle NMR-Modelle für das ideale Modell angeben
Koordinaten.

Um ein Molekül vor dem Laden eines anderen zu löschen, verwenden Sie RasMol zack Befehl. Zu
Wählen Sie ein Molekül zur Manipulation aus und verwenden Sie RasMol Molekül Befehl.

Die Belastung Der Befehl wählt alle Atome im Molekül aus und zentriert es auf dem Bildschirm
und rendert es als CPK-farbiges Drahtgittermodell. Wenn das Molekül keine Bindungen enthält
(d. h. enthält nur Alpha-Kohlenstoffe), wird es als Alpha-Kohlenstoff-Rückgrat dargestellt. Wenn die
Datei gibt weniger Bindungen als Atome an, RasMol bestimmt die Konnektivität anhand der
connect Befehl.

Die Belastung Inline- Der Befehl ermöglicht auch das Speichern von Atomkoordinaten in Skripten
ermöglichen eine bessere Integration mit WWW-Browsern. Ein Ladebefehl, der innerhalb eines Skripts ausgeführt wird
Die Datei kann das Schlüsselwort angeben Inline- anstelle eines herkömmlichen Dateinamens. Diese Option
Gibt an, dass die Koordinaten des zu ladenden Moleküls in derselben Datei gespeichert werden
als die aktuell ausgeführten Befehle.

Karte Das RasMol Karte Befehle manipulieren Elektronendichtekarten in Koordination mit dem
Darstellung von Molekülen. Diese Befehle sind sehr speicherintensiv und funktionieren möglicherweise nicht
Maschinen mit begrenztem Speicher. Jedes Molekül kann so viele Karten haben, wie verfügbar sind
Speicher erlaubt. Karten können aus Dateien gelesen oder aus der Gaußschen Dichte generiert werden
Verteilungen um Atome.

Karte Farbe, eine Karte nach einem vorgegebenen Farbschema einzufärben, Karte generieren, zu
eine Karte aus ausgewählten Atomen basierend auf Pseudo-Gauß-Funktionen erstellen, Karte Ebene, einstellen
Konturierungsebene für ausgewählte Karten, Karte Belastung, um eine Karte aus einer Datei zu laden, Karte Maske"
um eine Maske für die ausgewählten Karten festzulegen, Karte Auflösung, um die Auflösung einzustellen
zur Konturierung ausgewählter Karten, Karte beschränken, um eine oder mehrere Karten auszuwählen und zu
alle anderen deaktivieren, Karte speichern, um Karteninformationen in einer Datei zu speichern, Karte Rahmen, Smartgeräte App
die Skalierung of Pseudo-Gaussianer wann Erzeugung Karten, Karte auswählen, um eins auszuwählen oder
weitere Karten, Karte Show, um Informationen zu einer oder mehreren Karten oder zum anzuzeigen
Parameter, die beim Generieren oder Laden der nächsten Karte verwendet werden sollen, Karte Abstand, um
der Abstand zwischen Höhenlinien ausgewählter Karten, Karte Verbreitung, um die Varianz einzustellen
der Gaußschen Gleichungen für die Kartenerzeugung als Bruchteil des Atomradius und Karte zack
um zuvor erstellte oder geladene Karten zu löschen.

Der Effekt von Karte erzeugen und Karte Belastung Befehle werden durch die geändert Karte Maske"
Befehl, der den Teil des Anzeigebereichs begrenzt, der berücksichtigt werden kann
Anzeige von Karten.

Karte Farbe
Das RasMol Karte Farbe Der Befehl färbt die ausgewählten Karten entsprechend den angegebenen Farben
Farbschema. Das Farbschema kann ein Farbname oder ein RBG-Triple-In sein
Klammern oder das Schlüsselwort Atom um zu bewirken, dass die Kartenpunkte mit der Farbe eingefärbt werden
des nächsten Atoms.

Karte erzeugen
Das RasMol Karte erzeugen Der Befehl generiert eine Karte aus allen Atomen, die sich gerade befinden
ausgewählt, indem die durch Gaußsche Verteilungen angenäherten Elektronendichten summiert werden.
Die Höhe jeder Gaußschen Kurve wird durch die Einstellung bestimmt Karte Treppe Befehl.
In der Standardeinstellung des Kartenmaßstabs „True“ verfügt jeder Gaußsche Wert über ein höhenproportionales Element
Art des Atoms. Ob der optionale Parameter „LRSurf“ angegeben ist oder ob der Kartenmaßstab angegeben ist
Wenn false ausgeführt wurde, wird jede Gaußsche Kontur so skaliert, dass sie der Gaußschen Konturebene entspricht
1 liegt beim Van-der-Waals-Radius. In jedem Fall wird eine Standardabweichung ermittelt
Dabei wird die zuletzt angegebene Spanne bzw. Auflösung verwendet. Wenn ein Spread ungleich Null
gegeben wurde, wird der Radius des Atoms mit der Streuung multipliziert, um das zu finden
Standardabweichung. Der Standardwert ist 2/3. Liegt ein Beschluss vor, erfolgt die
Die Streuung wird als 2/3 der Auflösung angenommen.

Wenn beispielsweise die Auflösung 1 beträgt und das betreffende Atom ein Kohlenstoff ist
mit einem Van-der-Waals-Radius von 468 RasMol-Einheiten (1.87 Angström), die abgeleitete
Die Geschwindigkeit beträgt 6667 und die Standardabweichung der Gaußschen Funktion wird mit 1.25 angenommen
Angström.

Wenn die Streuung auf Null gesetzt wurde, wird die Streuung für jedes Atom aus der ermittelt
Van-der-Waals-Radius und dem Sondenatomradius, um den Effekt eines Lee-
Richards Oberfläche.

Wenn vom Kartenselektor keine bestimmte Karte angegeben wurde, wird die neue Karte als nächste zugewiesen
verfügbare Kartennummer.

Wenn durch die Kartenauswahl eine bestimmte Karte angegeben wurde, ersetzt die neue Karte diese Karte. Wenn
Wenn in der Kartenauswahl mehr als eine Karte angegeben wurde, ersetzt die neue Karte die niedrigste
Nummerierung der ausgewählten Karten. In jedem Fall wird die neue Karte zur aktuellen
ausgewählte Karte.

Abhängig von der letzten Karte wird die Karte als Punkte, Netz oder Fläche angezeigt
Der ausgewählte Rendering-Modus oder der im Befehl selbst ausgewählte Modus.

Karte Grad des
Das RasMol Karte Grad des Der Befehl legt die Konturebene fest, die beim Erstellen verwendet werden soll
nachfolgende Darstellungen generierter oder geladener Karten. Wenn das Schlüsselwort MEAN in
Verwendet wird der Pegel relativ zum Mittelwert der Kartendaten. Ansonsten ist das Niveau
absolut.

Im Allgemeinen führt eine niedrigere Ebene dazu, dass die Karte einen größeren Teil des angezeigten Volumens enthält.
während eine höhere Ebene zu einer Karte führt, die weniger des angezeigten Volumens enthält.

Karte Belastung
Das RasMol Karte Belastung Der Befehl lädt eine Kartendatei in RasMol. Die gültigen Formate sind
CCP4-Kartenformat und imgCIF-Format.

Wenn vom Kartenselektor keine bestimmte Karte angegeben wurde, wird die neue Karte als nächste zugewiesen
verfügbare Kartennummer.

Wenn durch die Kartenauswahl eine bestimmte Karte angegeben wurde, ersetzt die neue Karte diese Karte. Wenn
Wenn in der Kartenauswahl mehr als eine Karte angegeben wurde, ersetzt die neue Karte die niedrigste
Nummerierung der ausgewählten Karten. In jedem Fall wird die neue Karte zur aktuellen
ausgewählte Karte.

Die Karte wird abhängig von der letzten Kartendarstellung als Punkte, Netz oder Fläche angezeigt
Modus ausgewählt.

Karte Maske"
Das RasMol Karte Maske" Der Befehl gibt eine Maske an, die zur Begrenzung des Anzeigebereichs verwendet werden soll
Wird für die Darstellung anderer Karten verwendet oder entfernt eine frühere Maske
Spezifikation.

Die Option „ausgewählt“ gibt an, dass die Maske aus dem aktuellen erstellt werden soll
ausgewählte Atome. Der ' Die Option „gibt an, dass die Maske kopiert werden soll
die Karte der angegebenen Nummer. Die Option „none“ entfernt das vorherige
angegebene Maske, falls vorhanden.

Der Kartenselektor gibt die Karte oder Karten an, auf die die angegebene Maske angewendet werden soll
angewandt. Beispielsweise gibt „Nächste ausgewählte Maske zuordnen“ an, dass die aktuelle Maske angezeigt wird
Ausgewählte Atome sollen zum Generieren einer Maske verwendet werden, die auf alle erstellten Karten angewendet werden kann
durch nachfolgende Befehle zum Laden der Karte oder zum Generieren der Karte.

Als Maske kann jede beliebige Karte verwendet werden. Die Teile der Maskenzuordnung, die größer als oder sind
gleich dem Durchschnittswert der Maskenkarte ermöglichen, dass die Werte der Karte maskiert werden
wie angegeben zu verwenden. Die Teile der Maskenkarte liegen unter dem Durchschnittswert von
Die Maskierungskarte bewirkt, dass die Werte der maskierten Karte so behandelt werden, als wären sie es
gleich dem niedrigsten Datenwert der zu maskierenden Karte.

Karte Auflösung
Das RasMol Karte Auflösung Der Befehl gibt die Auflösung in RasMol-Einheiten an oder, wenn a
Es wird eine Zahl mit einem Dezimalpunkt und die zu verwendende Auflösung in Angström angegeben
bei der Erstellung und Darstellung von Karten.

Die Auflösung wird bei Darstellungen von Karten mit dem Kartenabstand angegeben
der Abstand zwischen Konturebenen (siehe Karte Abstand Befehl) und zu schließen
Die Kartenausbreitung, die in generierten Karten aus ausgewählten Atomen verwendet werden soll (siehe Karte Verbreitung
Befehl). Die Kartenausbreitung wird auf zwei Drittel der angegebenen Auflösung eingestellt.

Karte eine Beschränkung
Das RasMol Karte eine Beschränkung Der Befehl wählt bestimmte Karten aus, für die sie aktiviert werden sollen
nachfolgende Kartenbefehle. Dies ähnelt dem Karte wählen Befehl, tut es aber
deaktiviert die Anzeige der Karten, die nicht ausgewählt wurden.

Karte Speichern
Das RasMol Karte Speichern Der Befehl speichert eine imgCIF-Zuordnungsdatei.

Wenn im Kartenselektor keine bestimmte Karte angegeben wurde, werden die aktuell ausgewählten Karten und angezeigt
Ihre Masken werden in die Datei geschrieben, ein Karten- und Maskenpaar pro Datenblock.

Karte Treppe
Das RasMol Karte Treppe Der Befehl wählt die Skalierung von Pseudo-Gauß-Funktionen im aus Karte
erzeugen Befehle. Im Standardwert des Kartenmaßstabs „true“ hat jeder Gaußsche Wert eine Höhe
proportionaler Elementtyp des Atoms. Wenn der Kartenmaßstab false ausgeführt wurde, jeweils
Gaussian wird so skaliert, dass die Gaußsche Konturebene 1 bei van der Waals liegt
Radius. In jedem Fall eine Standardabweichung, die zuletzt ermittelt wurde
Die angegebene Spanne oder Auflösung wird verwendet.

Karte wählen
Das RasMol Karte wählen Der Befehl wählt bestimmte Karten aus, für die sie aktiviert werden sollen
nachfolgende Kartenbefehle. Dies ähnelt dem Karte eine Beschränkung Befehl, tut dies aber nicht
Deaktivieren Sie die Anzeige der nicht ausgewählten Karten.

Wenn die optionale Atom Wenn der Parameter angegeben wird, wählt der Befehl die Atome mit Zentren aus
den Kartenpunkten am nächsten liegen. Der Suchradius kann durch angegeben werden
Parameter Suchradius. Standardmäßig wird nach Atomen innerhalb von 4 Angström plus gesucht
der Sondenradius. Wenn das optional ist . Parameter angegeben ist, ist die neue Auswahl
aus den aktuell ausgewählten Atomen entnommen. Wenn die Optionen hinzufügen Parameter ist
gegeben, wird die neue Auswahl zu den aktuell ausgewählten Atomen hinzugefügt. Die Standardeinstellung ist
in allen Atomen zu suchen.

Karte erklären
Das RasMol Karte erklären Der Befehl liefert Informationen zu den von der Karte angegebenen Karten
Selektor, der in das Befehlsfenster geschrieben werden soll.

Karte Abstand
Das RasMol Karte Abstand Der Befehl gibt den Abstand an, der zwischen den Konturen verwendet werden soll
Linien bei der Erstellung von Kartendarstellungen. Der Abstand beträgt typischerweise
Wird in Angström mit Dezimalpunkt angegeben, kann aber auch in RasMol-Einheiten angegeben werden
(250stel Angtom) als ganze Zahl. Für Karten, die in Gitterkoordinaten geladen sind
Der Abstand ist parallel zu den Zellrändern. Der Standardabstand beträgt ein halbes Angström.

Karte Verbreitung
Das RasMol Karte Verbreitung Der Befehl gibt den Kehrwert der Standardnummer an
Abweichungen pro Radius, die bei der Erstellung von Karten als Summen von Gaußschen zentrierten Karten verwendet werden sollen
auf Atompositionen. Die Standardverteilung beträgt ein zwei Drittel (d. h. jeder Radius deckt ab).
1.5 Standardabweichungen).

Wenn die Streuung auf Null gesetzt wurde, wird die Streuung für jedes Atom aus der ermittelt
Van-der-Waals-Radius und dem Sondenatomradius, um den Effekt eines Lee-
Richards Oberfläche.

Karte zack
Das RasMol Karte zack Der Befehl entfernt die Daten und Darstellungen der Karten
durch den Kartenselektor angegeben. Die Kartennummern der Karten, die nicht entfernt wurden
werden nicht geändert.

Molekül
Das RasMol Molekül Der Befehl wählt eines von bis zu 5 zuvor geladenen Molekülen aus
aktive Manipulation. Dabei werden alle Moleküle angezeigt und können gedreht werden
kollektiv (siehe die drehen alle Befehl), jeweils nur ein Molekül
aktiv für die Manipulation durch die Befehle, die die Details des Renderings steuern.

Überwachen
Das RasMol Monitor Der Befehl ermöglicht die Anzeige von Distanzmonitoren. Ein Abstand
Monitor ist optional eine gestrichelte (gepunktete) Linie zwischen einem beliebigen Atompaar
durch den Abstand zwischen ihnen gekennzeichnet. Der RasMol-Befehl Monitor
Fügt einen solchen Abstandsmonitor zwischen den beiden vom Atom angegebenen Atomen hinzu
als Parameter angegebene Seriennummern

Distanzwächter werden mit dem Befehl ausgeschaltet Monitore aus. Standardmäßig
Monitore zeigen den Abstand zwischen seinen beiden Endpunkten als Beschriftung in der Mitte an
des Monitors. Diese Abstandsbeschriftungen können mit dem Befehl deaktiviert werden kompensieren
Monitore off, und mit dem Befehl wieder aktiviert kompensieren Monitore auf. Wie die meisten anderen
Darstellungen ergibt sich die Farbe eines Monitors aus der Farbe seiner Endpunkte
sofern nicht anders angegeben Farbe Monitore Befehl.

Abstandsmonitore können einem Molekül auch interaktiv mit der Maus hinzugefügt werden.
Verwendung der kompensieren Kommissionierung Monitor Befehl. Ein Klick auf ein Atom führt zu dessen Existenz
in der Rasmol-Befehlszeile identifiziert. Darüber hinaus erhöht jedes ausgewählte Atom a
Modulo-Zähler, so dass im Monitormodus jedes zweite Atom die Entfernung anzeigt
zwischen diesem Atom und dem vorherigen. Mit der Umschalttaste kann der Abstand gebildet werden
überwacht zwischen einem festen Atom und mehreren aufeinanderfolgenden Positionen. Ein Distanzmonitor
kann auch entfernt (umgeschaltet) werden, indem das entsprechende Atomendpunktpaar ausgewählt wird
ein zweites Mal.

Nicht umschalten
Das RasMol NoToggle Der Befehl aktiviert oder deaktiviert die Verwendung der Umschaltfunktion
wird von einigen anderen RasMol-Befehlen verwendet. Wenn kein boolescher Wert angegeben ist,
Der NoToggle-Modus ist AKTIVIERT. Wenn der NoToggle-Modus AKTIVIERT ist, sind alle Umschaltfunktionen verfügbar
ist behindert. Um es auszuschalten, muss man es explizit festlegen nicht umschalten aus.

Einige Befehle, die die Umschaltfunktion verwenden, sind: Farbmodus. Mehr Funktionen als das
Die Nutzung dieser Funktion kann zu einem späteren Zeitpunkt hinzugefügt werden.

Pause Das RasMol Pause Der Befehl wird in Skriptdateien verwendet, um die Skriptdatei lokal zu stoppen
Manipulation durch eine Maus, bis eine beliebige Taste gedrückt wird, um die Skriptdatei neu zu starten. Wartezeit
ist gleichbedeutend mit Pause. Dieser Befehl kann in RasMol-Skriptdateien ausgeführt werden
Unterbrechen Sie die sequentielle Ausführung von Befehlen und ermöglichen Sie dem Benutzer, die zu überprüfen
aktuelles Bild. Wenn RasMol a ausführt Pause Wenn Sie den Befehl in einer Skriptdatei eingeben, wird er angehalten
Ausführung des Rests der Datei, aktualisiert das Bild auf dem Bildschirm und ermöglicht die
Bearbeiten des Bildes mit der Maus und Bildlaufleisten oder Ändern der Größe des Bildes
Grafikfenster. Sobald eine Taste gedrückt wird, kehrt die Steuerung zur Skriptdatei zurück
Zeile nach dem Pause Befehl. Während ein Skript suspendiert ist, kann es sein, dass das Molekül suspendiert ist
wie üblich gedreht, verschoben, skaliert, geschichtet und ausgewählt, alle Menübefehle jedoch
behindert.

Play Das RasMol Spiel & Sport Der Befehl gibt das Aufnahmemedium an, von dem a abgespielt werden soll
Film. Die Startzeit des Wiedergabebildes wird in Sekunden bis zur Millisekundengenauigkeit angegeben.
Da wir auf Computern arbeiten, wird das Medium jeweils als eine Reihe von Dateien angegeben
markiert mit der Startzeit des Wiedergabebildes in Millisekunden als Teil des Namens. Der
Stelle im Namen, an der nach der Startzeit des Wiedergabe-Frames gesucht werden soll
Millisekunden werden durch die Zeichen „ssssss“ mit einer entsprechenden Anzahl gekennzeichnet
Ziffern. RasMol akzeptiert zur Markierung entweder Groß- oder Kleinbuchstaben oder Dezimalziffern
der Ort für die Zeit. Die Play-Off- und Play-Eject-Befehle entfernen effektiv
das angegebene Medium nicht mehr verwenden. Wenn kein Medium angegeben ist, unterbricht Play Off die Wiedergabe
und „Play on“ setzt die Wiedergabe fort. Normalerweise beginnt das Spiel sofort und läuft bis zum Ende
des Mediums. Wenn jedoch Play-off und/oder eine Kombination von Play-offs von und
vorher wird abspielen bis eingegeben Spiel & Sport tippe Mittel, Diese Einstellungen werden verwendet.

Ab Version 2.7.5 unterstützt RasMol die Wiedergabe von Skripten und Datendateien.

Print Das RasMol drucken Der Befehl sendet das aktuell angezeigte Bild an den lokalen Standard
Drucker mithilfe des nativen Druckertreibers des Betriebssystems. Hinweis: Dieser Befehl ist
Wird unter UNIX oder VMS noch nicht unterstützt. Es soll die Vorteile von Microsoft nutzen
Windows- und Apple Macintosh-Druckertreiber. Dadurch können beispielsweise Bilder erstellt werden
direkt auf einem Nadeldrucker gedruckt.

Bei Verwendung von RasMol auf einem UNIX- oder VMS-System kann diese Funktionalität erreicht werden durch
entweder das Generieren einer PostScript-Datei mit RasMol schreiben ps or schreiben vectps
Befehle ausführen und diese ausdrucken oder eine Rasterbilddatei generieren und ein Dienstprogramm verwenden, um
Geben Sie das auf dem lokalen Drucker aus.

Verlassen Beenden Sie das RasMol-Programm. Die RasMol-Befehle wunsch und verlassen sind synonym,
außer innerhalb verschachtelter Skripte. In diesem Fall, wunsch beendet nur den aktuellen
Ebene, während verlassen beendet alle verschachtelten Skriptebenen.

Rekord Das RasMol Rekord Der Befehl gibt das Aufnahmemedium an, auf dem der Film gespeichert werden soll. Seit
Wir arbeiten an Computern, das Medium wird als Vorlage für einen Satz angegeben
Dateien, jeweils markiert mit der Startzeit des Wiedergabebildes in Millisekunden (statt
als Sekunden, um die Einbettung eines Dezimalpunkts zu vermeiden) als Teil des Namens. Der Ort in
Der Name, der durch die Startzeit des Wiedergabebilds in Millisekunden ersetzt werden soll, ist
gekennzeichnet durch die Zeichen „ssssss“ mit einer entsprechenden Anzahl von Ziffern. RasMol
akzeptiert entweder Groß- oder Kleinbuchstaben oder Dezimalziffern, um die Stelle für das zu markieren
Zeit. Die Record Off-Befehle entfernen das angegebene Medium aus der Verwendung. Wenn kein Medium
Wenn „Record Off“ angegeben ist, wird die Aufnahme unterbrochen und „Record On“ setzt die Aufnahme fort
zum nächsten verfügbaren Zeitpunkt auf demselben Medium. Der Bildschirm ist das Standardmedium und
ist standardmäßig aktiviert. Das Schreiben auf die Festplatte muss explizit angegeben werden, damit die Festplatte
nicht unbeabsichtigt voll wird. Der Typ eines Aufzeichnungsmediums kann ein sein
Bildtyp wie GIF, Pict oder PNG, um die tatsächlichen Bildschirmbilder oder das Skript aufzuzeichnen
Zeichnen Sie die RasMol-Befehle auf, die zum Generieren der Frames verwendet werden.

Normalerweise beginnt die Aufnahme mit der Startzeit des Wiedergabebilds bei 0 Sekunden. Eine Nicht-Null
Die Startzeit in Sekunden kann mit angegeben werden Rekord von Befehl wie in Rekord
von 25 or Rekord von 37.25 um bei der Organisation der zusammenzustellenden Filmszenen zu helfen
später in entsprechender Reihenfolge. Der Rekord bis Der Befehl ermöglicht eine Obergrenze für
Die Aufnahmezeit kann in Sekunden eingestellt werden. Standardmäßig ist keine Begrenzung vorgesehen. Ausgabe der
Befehle

Rekord von 600

Rekord bis 1800

würde zu einem 20-minütigen Filmabschnitt führen, der 10 Minuten nach Beginn eines Films beginnen soll
längerer Film. Diese Befehle ermöglichen die Kontrolle über das Umschreiben ausgewählter Zeitsegmente.

Inspiration
Das RasMol erfrischen Der Befehl zeichnet das aktuelle Bild neu. Dies ist in Skripten nützlich
Gewährleistung der Anwendung einer komplexen Liste von Parameteränderungen.

Neunummerieren
Das RasMol neu nummerieren Der Befehl nummeriert die Reste in einem Makromolekül der Reihe nach
Kette. Der optionale Parameter gibt den Wert des ersten Rests in an
Reihenfolge. Standardmäßig ist dieser Wert eins. Bei Proteinen ist jede Aminosäure nummeriert
nacheinander vom N-Terminus zum C-Terminus. Für Nukleinsäuren jede Base
ist vom 5'-Terminus bis zum 3'-Terminus nummeriert. Alle Ketten im Strom
Datenbank werden neu nummeriert und Lücken in der ursprünglichen Reihenfolge werden ignoriert. Der Anfang
Der Wert für die Nummerierung kann negativ sein.

Zurücksetzen Das RasMol zurückstellen Der Befehl stellt die ursprüngliche Ansichtstransformation und den Mittelpunkt wieder her
Drehung. Die Skala ist auf den Standardwert eingestellt. Zoom 100, das Rotationszentrum
wird auf den geometrischen Mittelpunkt des aktuell geladenen Moleküls gesetzt, Zentrum alle, fehlen uns die Worte.
Die Mitte wird in die Mitte des Bildschirms verschoben und der Blickpunkt auf eingestellt
Standardausrichtung.

Dieser Befehl sollte nicht mit RasMol verwechselt werden zack Befehl, der die löscht
aktuell gespeichertes Molekül, wodurch das Programm in seinen Ausgangszustand zurückversetzt wird.

einschränken
Das RasMol eine Beschränkung Der Befehl definiert beide den aktuell ausgewählten Bereich des
Molekül und deaktiviert die Darstellung (der meisten) dieser Teile des Moleküls
nicht mehr ausgewählt. Alle nachfolgenden RasMol-Befehle, die die Farbe eines Moleküls ändern
oder Darstellung wirken sich nur auf die aktuell ausgewählte Region aus. Der Parameter von a
eine Beschränkung Der Befehl ist ein RasMol-Atomausdruck, der für jedes Atom von ausgewertet wird
das aktuelle Molekül. Dieser Befehl ist dem RasMol sehr ähnlich wählen Befehl,
ausgeschlossen eine Beschränkung deaktiviert die Drahtmodell, Raumfüllung und Rückgrat Darstellungen in
die nicht ausgewählte Region.

Geben Sie „help expression“ ein, um weitere Informationen zu RasMol-Atomausdrücken zu erhalten, oder sehen Sie unter
Abschnitt Atom Ausdrücke.

Farbbänder
Das RasMol Farbbänder Der Befehl zeigt das aktuell geladene Protein oder die aktuell geladene Nukleinsäure an als
eine glatte, feste „Band“-Oberfläche, die entlang des Rückgrats des Proteins verläuft. Der
Zwischen jeder Aminosäure, deren Alpha-Kohlenstoff derzeit ausgewählt ist, wird ein Band gezeichnet.
Die Farbe des Bandes wird durch das RasMol verändert Farbe Band Befehl. Wenn die
Die aktuelle Farbbandfarbe ist keine (Standardeinstellung), die Farbe wird vom Alpha übernommen
Kohlenstoff an jeder Position entlang seiner Länge.

Die Breite des Bandes an jeder Position wird durch den optionalen Parameter in bestimmt
die üblichen RasMol-Einheiten. Standardmäßig wird die Breite des Menübands von übernommen
Sekundärstruktur des Proteins oder ein konstanter Wert von 720 (2.88 Angström) für
Nukleinsäuren. Die Standardbreite von Protein-Alpha-Helices und Beta-Sheets beträgt 380
(1.52 Angström) und 100 (0.4 Angström) für Windungen und Zufallsspulen. Das Sekundäre
Die Strukturzuweisung erfolgt entweder aus der PDB-Datei oder wird mithilfe des DSSP berechnet
Algorithmus, wie er von der verwendet wird Struktur Befehl. Dieser Befehl ähnelt dem RasMol
Befehl Stränge Dadurch wird das biomolekulare Band als parallele Tiefenmarkierung dargestellt
Kurven.

Drehen Drehen Sie das Molekül um die angegebene Achse. Zulässige Werte für die Achse
Parameter sind „x“, „y“, „z“ und „bond“. Der ganzzahlige Parameter gibt den Winkel in an
Grad, um den die Struktur gedreht werden soll. Für die X- und Y-Achse werden positive Werte verschoben
der nächstgelegene Punkt nach oben und rechts, und negative Werte verschieben ihn nach unten und links,
jeweils. Für die Z-Achse wirkt eine positive Drehung im Uhrzeigersinn und eine negative
Winkel gegen den Uhrzeigersinn.

Alternativ kann dieser Befehl verwendet werden, um anzugeben, welche Drehungen die Maus bzw
Wählscheiben steuern. Wenn drehen Anleihe was immer dies auch sein sollte. ausgewählt ist, wird die horizontale Bildlaufleiste angezeigt
steuert die Drehung um die von der ausgewählte Achse Anleihe src dst wählen Befehl.
If drehen alle was immer dies auch sein sollte. ausgewählt ist und mehrere Moleküle geladen wurden, dann alle
Moleküle drehen sich gemeinsam. In allen anderen Fällen steuern die Maus und die Wählräder das
die Drehung des Moleküls, ausgewählt durch die Molekül n Befehl.

Russisch
Das RasMol Russisch Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die russischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

Gespeichert Speichern Sie den aktuell ausgewählten Satz von Atomen in einer Proteindatenbank (PDB), MDL,
Datei im Alchemy(tm)- oder XYZ-Format. Der Unterschied zwischen diesem Befehl und dem
RasMol schreiben Der Befehl wurde gelöscht. Der einzige Unterschied besteht darin, dass es kein Format gibt
Bezeichner der Speichern Befehl erzeugt a PDB Datei und die schreiben Befehl erzeugt a
GIF Bild.

Skript Das RasMol Skript Der Befehl liest eine Reihe von RasMol-Befehlen nacheinander aus einem Text
Datei und führt sie aus. Dadurch können Sequenzen häufig verwendeter Befehle erstellt werden
gespeichert und mit einem einzigen Befehl ausgeführt. Eine RasMol-Skriptdatei kann eine weitere enthalten
Skriptbefehl bis zu einer maximalen „Tiefe“ von 10, was komplizierte Sequenzen von ermöglicht
auszuführende Aktionen. RasMol ignoriert alle Zeichen nach dem ersten „#“-Zeichen
in jeder Zeile, sodass die Skripte mit Anmerkungen versehen werden können. Skriptdateien sind oft auch
kommentiert mit RasMol Echo Befehl.

Die gebräuchlichste Methode zum Generieren einer RasMol-Skriptdatei ist die Verwendung von schreiben Skript or
schreiben Rasmol Befehle, um die erforderliche Befehlsfolge auszugeben
Regenerieren Sie die aktuelle Ansicht, Darstellung und Farbgebung des aktuellen
angezeigtes Molekül.

Der RasMol-Befehl Quelle ist gleichbedeutend mit dem Skript Befehl.

Auswählen Definieren Sie den aktuell ausgewählten Bereich des Moleküls. Alle nachfolgenden RasMol
Befehle, die ein Molekül manipulieren oder nur seine Farbe oder Darstellung ändern
wirkt sich auf die aktuell ausgewählte Region aus. Der Parameter von a wählen Der Befehl ist ein RasMol
Ausdruck, der für jedes Atom des aktuellen Moleküls ausgewertet wird. Das aktuell
Ausgewählter (aktiver) Bereich des Moleküls sind jene Atome, die die Expression bewirken
wahr bewerten. Um das gesamte Molekül auszuwählen, verwenden Sie den RasMol-Befehl wählen alle.
Das Verhalten der wählen Befehl ohne Parameter wird durch die bestimmt
RasMol Hetero und Hydrierung Parameter.

Geben Sie „help expression“ ein, um weitere Informationen zu RasMol-Atomausdrücken zu erhalten, oder sehen Sie unter
Abschnitt Atom Ausdrücke.

Stelle den Das RasMol kompensieren Mit dem Befehl kann der Benutzer verschiedene interne Programmparameter ändern
wie zum Beispiel diejenigen, die die Rendering-Optionen steuern. Jeder Parameter hat seinen eigenen Satz bzw
zulässige Parameteroptionen. Normalerweise wird dies durch Weglassen der Parameteroption zurückgesetzt
Parameter auf seinen Standardwert zurücksetzen. Nachfolgend finden Sie eine Liste gültiger Parameternamen.

Anzeigen Das RasMol erklären Der Befehl zeigt Details zum Status des aktuell geladenen Befehls an
Molekül. Der Befehl erklären Information listet den Namen, die Klassifizierung und die Klassifizierung des Moleküls auf.
PDB-Code und die Anzahl der darin enthaltenen Atome, Ketten und Gruppen. Wenn Wasserstoffbrücken entstehen,
Disulfidbrücken oder Sekundärstrukturen wurden bestimmt, die Anzahl der
hbonds, ssbonds, Helices, Leitern und Windungen werden ebenfalls angezeigt. Der
Befehl erklären Zentrum zeigt alle von der ausgewählten Zentrierwerte ungleich Null an Zentrum
[CenX, CenY, CenZ] Befehl. Der Befehl erklären Phipsi zeigt die Phi- und Psi-Winkel von
die aktuell ausgewählten Reste und die Omega-Winkel der cis-Peptidbindungen. Der
Befehl erklären RamPrint (oder „show RPP“ oder „show RamachandranPrinterPlot“) zeigt a
einfache Ramachandran-Druckhandlung im Stil von Frances Bernsteins Fisipl
Programm. Der Befehl erklären Drehung (oder 'show rot' oder 'show 'rotate') zeigt die
aktuell ausgewählte Werte von z, y, x und Bindungsrotationen, falls vorhanden. Der Befehl erklären
ausgewählt (oder „Ausgewählte Gruppe anzeigen“ oder „Ausgewählte Kette anzeigen“ oder „Ausgewählte anzeigen“.
atom' ) zeigt die Gruppen (Standard), Ketten oder Atome der aktuellen Auswahl. Der
Befehl erklären Reihenfolge listet die Reste auf, aus denen jede Kette des Moleküls besteht.
Der Befehl erklären Symmetrie zeigt die Raumgruppe und Elementarzelle des Moleküls. Der
Befehl erklären Übersetzung zeigt alle von der ausgewählten Übersetzungswerte ungleich Null an
Übersetzen Befehl. Der Befehl erklären Zoom Zeigt jeden Zoom ungleich Null an
Wert ausgewählt durch die Zoom Befehl.

Platte Das RasMol Platte Der Befehl aktiviert, deaktiviert oder positioniert die Z-Clipping-Ebene des
Molekül. Das Programm zeichnet nur die weiter entfernten Teile des Moleküls
vom Betrachter entfernt als die Plattenebene. Ganzzahlige Werte reichen von Null bis zum
ganz hinten im Molekül bis 100, was vollständig vor dem Molekül liegt.
Zwischenwerte bestimmen den Prozentsatz des zu zeichnenden Moleküls.

Dieser Befehl interagiert mit dem Tiefe Befehl, der an der Rückseite eines befestigt wird
gegebene Z-Clipping-Ebene.

Raumfüllung
Das RasMol Raumfüllung Der Befehl wird verwendet, um alle aktuell ausgewählten Elemente darzustellen
Atome als feste Kugeln. Dieser Befehl wird verwendet, um sowohl Kugelvereinigungen als auch zu erzeugen
Kugel-Stab-Modelle eines Moleküls. Der Befehl, Raumfüllung wahr, der Standard,
stellt jedes Atom als Kugel mit Van-der-Waals-Radius dar. Der Befehl Raumfüllung
WOW! schaltet die Darstellung des ausgewählten Atoms als Kugeln aus. Ein Kugelradius
kann als Ganzzahl in RasMol-Einheiten (1/250 Angström) oder als Wert angegeben werden
enthält einen Dezimalpunkt. Ein Wert von 500 (2.0 Angström) oder mehr führt zu a
Fehler „Parameterwert zu groß“.

Die Temperatur Die Option setzt den Radius jeder Kugel auf den in ihr gespeicherten Wert
Temperaturfeld. Null- oder negative Werte haben keine Auswirkung und Werte größer als
2.0 werden auf 2.0 gekürzt. Der Benutzer Mit dieser Option kann der Radius jeder Kugel festgelegt werden
wird durch zusätzliche Zeilen in der PDB-Datei des Moleküls mithilfe der FARBE von Raster 3D angegeben
Datensatzerweiterung.

Der RasMol-Befehl cpk ist gleichbedeutend mit dem Raumfüllung Befehl.

Der RasMol-Befehl cpknew ist gleichbedeutend mit dem Raumfüllung Befehl, außer dass a
Es wird ein etwas anderer Farbsatz verwendet.

Spanisch
Das RasMol Spanisch Der Befehl setzt die Menüs und Meldungen auf die spanischen Versionen.

Dieser Befehl funktioniert möglicherweise nicht ordnungsgemäß, es sei denn, die entsprechenden Schriftarten wurden installiert.
Die Befehle Bulgarisch, Chinesisch, English, Französisch, Italienisch, Russisch und Spanisch Mai
kann zur Auswahl von Bulgarisch, Chinesisch, Englisch, Französisch, Italienisch, Japanisch und Russisch verwendet werden
und spanische Menüs und Meldungen, wenn die entsprechenden Schriftarten installiert wurden.

SSBonds
Das RasMol ssbonds Der Befehl wird verwendet, um die Disulfidbrücken der darzustellen
Proteinmolekül als entweder gepunktete Linien oder Zylinder zwischen den verbundenen
Cysteine. Das erste Mal, dass die ssbonds Wird der Befehl verwendet, sucht das Programm
Die Struktur des Proteins, um Halb-Cystein-Paare (Cysteine, deren Schwefele enthalten sind) zu finden
innerhalb von 3 Angström voneinander liegen) und meldet die Anzahl der Brücken an die
Benutzer. Der Befehl ssbonds on zeigt die ausgewählten „Anleihen“ als gepunktete Linien an und die
Befehl ssbonds WOW! deaktiviert die Anzeige von SSbonds im aktuell ausgewählten Bereich.
Die Auswahl von Disulfidbrücken ist identisch mit der von normalen Bindungen und kann angepasst werden
mit RasMol kompensieren Bondmodus Befehl. Die Farbe von Disulfidbindungen kann sein
geändert mit Farbe ssbonds Befehl. Standardmäßig hat jede Disulfidbindung das
Farben seiner verbundenen Atome.

Standardmäßig werden Disulfidbindungen zwischen den Schwefelatomen im Cystein gebildet
Gruppen. Durch die Verwendung der kompensieren ssbonds Beherrschen Sie die Position des Cystein-Alpha
Stattdessen können Kohlenstoffe verwendet werden.

Star Das RasMol star Der Befehl wird verwendet, um alle aktuell ausgewählten Atome als darzustellen
Sterne (sechs Striche, jeweils einer in x-, -x-, y-, -y-, z- und -z-Richtung). Der
Befehle wählen nicht gebunden gefolgt von star 75 sind nützlich, um ungebundene Atome zu markieren
a Drahtmodell Anzeige mit weniger Overhead als bereitgestellt Raumfüllung 75 Das kann sein
Dies erfolgt automatisch für alle nachfolgenden Drahtmodellanzeigen mit dem Befehl kompensieren
Bondmodus nicht gebunden.

Der Befehl star wahr, Die Standardeinstellung stellt jedes Atom als Stern mit Strichen dar
Länge gleich dem Van-der-Waals-Radius. Der Befehl star WOW! schaltet die aus
Darstellung des ausgewählten Atoms als Sterne. Es kann eine Sternhublänge angegeben werden
als Ganzzahl in RasMol-Einheiten (1/250 Angström) oder als Wert mit einer Dezimalzahl
Punkt. Ein Wert von 500 (2.0 Angström) oder mehr führt zu einem „Parameterwert auch“.
großer" Fehler.

Die Temperatur Die Option setzt die Strichlänge jedes Sterns auf den in gespeicherten Wert
sein Temperaturfeld. Null- oder negative Werte haben keine Auswirkung, Werte größer
als 2.0 werden auf 2.0 gekürzt. Der Benutzer Option ermöglicht die Hublänge jedes einzelnen
Stern, der durch zusätzliche Zeilen in der PDB-Datei des Moleküls mithilfe von Raster angegeben werden soll
3Ds COLOR-Datensatzerweiterung.

Das RasMol Raumfüllung Der Befehl kann für eine künstlerischere Darstellung von Atomen verwendet werden als
Kugeln.

Stereo Das RasMol Stereo Der Befehl ermöglicht die nebeneinanderliegende Stereoanzeige von Bildern. Stereo
Die Anzeige eines Moleküls kann entweder durch Auswählen ein- oder ausgeschaltet werden Stereo von
die Optionen Menü aufrufen oder die Befehle eingeben Stereo on or Stereo aus.

Ab RasMol Version 2.7.2.1 ist die Stereo Menüauswahl und den Befehl
Stereo ohne Argumente Zyklus vom Anfangszustand von Stereo WOW! zu Stereo on in
Schielmodus zu Stereo on im Wall-Eyed-Modus und dann zurück zu Stereo aus.

Der Trennwinkel zwischen den beiden Ansichten kann mit angepasst werden kompensieren Stereo [-]
Befehl, wobei positive Werte zu Schielen führen und negative
Werte bei entspanntem (wandäugigem) Betrachten. Die Einbeziehung von [-] in England, Stereo
Befehl, wie zum Beispiel in Stereo 3 or Stereo -5, steuert auch Winkel und
Richtung.

Der Stereobefehl ist nur teilweise implementiert. Wenn Stereo eingeschaltet ist, wird die
Das Bild ist nicht richtig neu zentriert. (Dies kann mit a erfolgen Übersetzen x -
Befehl.) Es wird in Vektor-PostScript-Ausgabedateien nicht unterstützt und wird nicht von gespeichert
die schreiben Skript Befehl, und im Allgemeinen ist noch keine ordnungsgemäße Schnittstelle vorhanden
mehrere weitere Funktionen des Programms.

Strände
Das RasMol Stränge Der Befehl zeigt das aktuell geladene Protein oder die aktuell geladene Nukleinsäure an als
ein glattes „Band“ aus tiefenkurven, das entlang des Rückgrats des Proteins verläuft.
Das Band besteht aus mehreren parallel zueinander verlaufenden Strängen
entlang der Peptidebene jedes Rests. Das Band wird zwischen jedem Amino gezogen
Säure, deren Alpha-Kohlenstoff derzeit ausgewählt ist. Die Farbe des Bandes wird geändert
vom RasMol Farbe Band Befehl. Wenn die aktuelle Farbbandfarbe ist keine (Das
Standardmäßig wird die Farbe vom Alpha-Kohlenstoff an jeder Position entlang seiner übernommen
Länge. Die mittleren und äußersten Stränge können unabhängig voneinander gefärbt werden
Farbe band1 und Farbe band2 Befehle bzw. Die Anzahl der Stränge in
Das Band kann mit RasMol verändert werden kompensieren Stränge Befehl.

Die Breite des Bandes an jeder Position wird durch den optionalen Parameter in bestimmt
die üblichen RasMol-Einheiten. Standardmäßig wird die Breite des Menübands von übernommen
Sekundärstruktur des Proteins oder ein konstanter Wert von 720 für Nukleinsäuren
(was ein Band mit einer Breite von 2.88 Angström erzeugt). Die Standardbreite von Protein Alpha
Helices und Beta-Faltblätter beträgt 380 (1.52 Angström) und 100 (0.4 Angström) für Windungen
und Zufallsspule. Die Sekundärstrukturzuweisung erfolgt entweder aus der PDB-Datei oder
berechnet mit dem DSSP-Algorithmus, wie er von verwendet wird Struktur Befehl. Dieser Befehl
ähnelt dem RasMol-Befehl Farbbänder was das biomolekulare Band zu einem macht
glatte schattierte Oberfläche.

Struktur
Das RasMol Struktur Der Befehl berechnet Sekundärstrukturzuweisungen für
aktuell geladenes Protein. Wenn die ursprüngliche PDB-Datei eine strukturelle Zuweisung enthielt
Datensätze (HELIX, SHEET und TURN) werden verworfen. Zunächst die Wasserstoffbrückenbindungen
des aktuellen Moleküls gefunden werden, sofern dies noch nicht geschehen ist. Das Sekundäre
Die Struktur wird dann mithilfe des DSSP-Algorithmus von Kabsch und Sander bestimmt. Einmal
Nach Abschluss meldet das Programm die Anzahl der gefundenen Helices, Stränge und Windungen.

Oberfläche
Das RasMol Oberfläche Der Befehl rendert eine Lee-Richards-Moleküloberfläche, die sich daraus ergibt
Rollen eines Sondenatoms auf den ausgewählten Atomen. Der angegebene Wert gibt den Radius an
der Sonde. Wenn in der ersten Form angegeben, die Evolute der Oberfläche der Sonde
dargestellt (die lösungsmittelfreie Oberfläche). Bei Angabe im zweiten Formular der Umschlag
Die Positionen der Sondenmitte werden angezeigt (das verfügbare Lösungsmittel).
Oberfläche).

Spur Das RasMol Spur Der Befehl zeigt einen glatten Spline zwischen aufeinanderfolgenden Alpha-Kohlenstoffen an
Positionen. Dieser Spline verläuft nicht genau durch die Alpha-Kohlenstoffposition von
jeder Rest, folgt aber dem gleichen Weg wie Bänder, Stränge und Cartoons. Hinweis
dass Rückstände als angezeigt werden können Bänder, Stränge, Karikaturen oder als verfolgen.
Durch die Aktivierung einer dieser Darstellungen werden die anderen deaktiviert. Es kann jedoch zu Rückständen kommen
gleichzeitig als Backbone und als eine der oben genannten Darstellungen dargestellt werden.
Dies kann sich in zukünftigen Versionen von RasMol ändern. Vor Version 2.6, Spur wurde
Synonym zu Rückgrat.

Spur Temperatur zeigt das Rückgrat bei hoher Temperatur als breiteren Zylinder an
Faktoren und dünner bei niedrigeren. Diese Darstellung ist für Röntgenzwecke nützlich
Kristallographen und NMR-Spektroskopiker.

Übersetzen
Das RasMol Übersetzen Der Befehl verschiebt die Position des Molekülzentrums weiter
der Bildschirm. Der Achsenparameter gibt an, entlang welcher Achse sich das Molekül befinden soll
verschoben und der ganzzahlige Parameter gibt die absolute Position des Moleküls an
Mitte von der Mitte des Bildschirms. Zulässige Werte für den Achsenparameter sind
„x“, „y“ und „z“. Die Verschiebungswerte müssen zwischen -100 und 100 liegen
entsprechen einer Bewegung des aktuellen Moleküls knapp über den Bildschirm hinaus. Ein positives „x“
Eine Verschiebung bewegt das Molekül nach rechts, und eine positive „y“-Verschiebung bewegt sich
das Molekül über den Bildschirm. Das Befehlspaar Übersetzen x 0 und Übersetzen y 0
zentriert das Molekül auf dem Bildschirm.

Unbond Der RasMol-Befehl lösen Entfernt die vorgesehene Bindung aus dem
Zeichnung.

Der Befehl lösen ohne Argumente entfernt eine Bindung, die zuvor vom ausgewählt wurde Anleihe
wählen Befehl.

Drahtgitter-
Das RasMol Drahtmodell Der Befehl stellt jede Bindung innerhalb des ausgewählten Bereichs dar
Molekül als Zylinder, Linie oder tiefenabhängiger Vektor. Die Anzeige von Anleihen als
Tiefenabhängige Vektoren (die umso dunkler dargestellt werden, je weiter sie vom Betrachter entfernt sind) werden durch aktiviert
der Befehl Drahtmodell or Drahtmodell auf. Die ausgewählten Anleihen werden als angezeigt
Zylinder durch Angabe eines Radius entweder als Ganzzahl in RasMol-Einheiten oder als enthaltender Radius
ein Dezimalpunkt als Wert in Angström. Ein Parameterwert von 500 (2.0 Angström)
oder höher führt zu einem Fehler „Parameterwert zu groß“. Anleihen können gefärbt sein
Verwendung der Farbe Bande Befehl.

Wenn es sich bei den ausgewählten Bindungen um Atome alternativer Konformere handelt, dann handelt es sich um die Bindungen
in der Mitte auf einen Radius von .8 des angegebenen Radius (bzw. auf den Radius) verengt
als optionaler zweiter Parameter angegeben).

Nicht gebundene Atome, die im Normalfall unsichtbar werden könnten Drahtmodell anzeigen kann
durch ein vorangehendes Zeichen gekennzeichnet sein kompensieren Bondmodus nicht gebunden Befehl. Wenn nahezu kolinear
Bindungen an Atome führen dazu, dass sie in einer Drahtgitterdarstellung schwer zu erkennen sind kompensieren
Bondmodus alle Der Befehl fügt Markierungen für hinzu alle Atome in Folge Drahtmodell Befehl
Hinrichtungen.

Schreiben Schreiben Sie das aktuelle Bild in eine Datei in einem Standardformat. Derzeit unterstütztes Bild
Dateiformate umfassen bmp (Microsoft-Bitmap) und gif (Compuserve GIF), Iris (IRIS
RGB), ppm (Tragbare Pixmap), ras (Sun-Rasterdatei), ps und epsf (Gekapselt
PostScript), Monops (Monochrome Encapsulated PostScript), Bild (Apple PICT), vectps
(Vektorpostskript). Der schreiben command kann auch zum Generieren von Befehlen verwendet werden
Skripte für andere Grafikprogramme. Das Format Skript schreibt eine Datei mit
das RasMol Skript Befehle zum Reproduzieren des aktuellen Bildes. Das Format molscript
schreibt die Befehle aus, die zum Rendern der aktuellen Ansicht des Moleküls erforderlich sind
Bänder im Molscript-Programm von Per Kraulis und das Format Kinnmagier die Befehle für
David Richardsons Programm Mage. Die folgenden Formate sind für weitere Zwecke nützlich
Verarbeitung: povray (POVRay 2), povray3 (POVRay 3 – in Entwicklung), vrml (VRML
Datei). Schließlich werden mehrere Formate bereitgestellt, um Phi-Psi-Daten für die Auflistung bereitzustellen
oder für Phipsi (Phi-Psi-Daten als annotierte Liste mit cis-Omega), Ramachan und RDF
und RamachandranDataFile (Phi-Psi-Daten als Zahlenspalten für Gnuplot), RPP und
RamachandranPrinterPlot (Phi-Psi-Daten als Druckerplot).

Der Unterschied zwischen diesem Befehl und dem RasMol Speichern Der Befehl wurde gelöscht.
Der einzige Unterschied besteht darin, dass ohne Formatbezeichner die Speichern Befehl erzeugt a
PDB Datei und die schreiben Befehl erzeugt a GIF Bild.

zack Löscht den Inhalt der aktuellen Datenbank und setzt Parametervariablen auf zurück
ihren anfänglichen Standardzustand.

Zoom Ändern Sie die Vergrößerung des aktuell angezeigten Bildes. Boolesche Parameter
Vergrößern Sie den Maßstab des aktuellen Moleküls oder setzen Sie ihn zurück. Ein ganzzahliger Parameter
Gibt die gewünschte Vergrößerung als Prozentsatz des Standardmaßstabs an. Der
Der minimale Parameterwert beträgt 10; Der maximale Parameterwert ist abhängig von
Größe des angezeigten Moleküls. Bei mittelgroßen Proteinen liegt dieser bei etwa 500.

SET PARAMETER

RasMol verfügt über eine Reihe interner Parameter, die mithilfe von geändert werden können kompensieren Befehl.
Diese Parameter steuern eine Reihe von Programmoptionen wie Rendering-Optionen und Maus
Tastenzuordnungen.

Auswahl von Play.fps Radius Record.aps

Stelle den Raumbeduftung
Das RasMol Umgebungs- Der Parameter wird verwendet, um die Menge an Umgebungsluft (bzw
Umgebungslicht in der Szene. Der Umgebungs- Der Wert muss zwischen 0 und 100 liegen
Steuert die prozentuale Intensität des dunkelsten Farbtons eines Objekts. Für eine solide
Objekt, dies ist die Intensität der von der Lichtquelle abgewandten oder nach innen gerichteten Oberflächen
Schatten. Bei tiefenabhängigen Objekten ist dies die Intensität der Objekte, die am weitesten von der Tiefe entfernt sind
Zuschauer.

Dieser Parameter wird üblicherweise zur Korrektur von Monitoren mit unterschiedlichem „Gamma“ verwendet
„Werte“ (Helligkeit), um zu ändern, wie hell oder dunkel ein gedrucktes Bild wann erscheint
gedruckt werden oder um das Tiefengefühl für Drahtmodell- oder Banddarstellungen zu verändern.

Stelle den Achsen
Das RasMol Achsen Der Parameter steuert die Anzeige orthogonaler Koordinatenachsen auf dem
aktuelle Anzeige. Die Koordinatenachsen sind diejenigen, die in der Moleküldatendatei verwendet werden, und
Der Ursprung ist die Mitte des Begrenzungsrahmens des Moleküls. Der kompensieren Achsen Befehl ist
ähnlich den Befehlen kompensieren gebundene Box und kompensieren Einheitszelle die den Begrenzungsrahmen anzeigen
bzw. die kristallographische Elementarzelle.

Stelle den Backfade
Das RasMol zurückblenden Der Parameter wird verwendet, um das Backfade auf den angegebenen Wert zu steuern
Hintergrundfarbe statt Schwarz. Dies wird durch die Befehle gesteuert kompensieren
zurückblenden on und kompensieren zurückblenden aus. Dies kann beispielsweise verwendet werden, um Tiefenschärfe zu erzeugen.
Cue-Bilder, die zu Weiß statt zu Schwarz verblassen.

Stelle den Hintergrund
Das RasMol Hintergrund Parameter wird verwendet, um die Farbe der „Leinwand“ festzulegen.
Hintergrund. Die Farbe kann entweder als Farbname oder durch Kommas getrennt angegeben werden
Dreiergruppe der Komponenten Rot, Grün, Blau (RGB) in eckigen Klammern. Eingabe der
Befehl Hilfe Farben gibt eine Liste der vordefinierten Farbnamen aus, die von erkannt werden
RasMol. Beim Betrieb unter X Windows erkennt RasMol auch Farben im X
Farbnamendatenbank des Servers.

Der Befehl kompensieren Hintergrund ist gleichbedeutend mit dem RasMol-Befehl Hintergrund.

Stelle den BondMode
Das RasMol kompensieren Bondmodus Der Befehl steuert den Mechanismus zur Auswahl einzelner Personen
bindet und verändert die Darstellung von gebundenen und nichtgebundenen Atomen nacheinander
Drahtmodell Befehle.

Bei Verwendung der wählen und eine Beschränkung Befehle wird eine bestimmte Bindung ausgewählt, wenn i)
Der Bondmodus ist or und eines der verbundenen Atome ausgewählt wird, oder ii) das
Bondmode ist und und beide durch die Bindung verbundenen Atome werden ausgewählt. Daher ein
Mit dem Befehl kann eine einzelne Bindung eindeutig identifiziert werden kompensieren Bondmodus und
und dann die Atome an beiden Enden eindeutig auswählen.

Die Bondmodus [alle | keine | nicht gebunden] Befehle hinzufügen star 75 or Raumfüllung 75 Marker
für die bezeichneten Atome Drahtmodell zeigt an. Sterne werden verwendet, wenn das angegebene ist
Der Drahtgitterradius ist Null.

Stelle den Bande
Das RasMol Bande Der Parameter wird verwendet, um die Anzeige von Doppel- und Dreifachbindungen als zu steuern
mehrere Leitungen oder Zylinder. Derzeit werden Anleiheaufträge nur aus MDL Mol gelesen
Dateien, Sybyl Mol2-Formatdateien, Tripos Alchemy-Formatdateien, CIF und mmCIF und
passende PDB-Dateien. Doppelte (und dreifache) Bindungen werden in einigen PDB-Dateien durch angegeben
Angabe einer bestimmten Bindung zweimal (und dreimal) in CONECT-Datensätzen. Der Befehl
kompensieren Bande on ermöglicht die Anzeige von Anleiheaufträgen und den Befehl kompensieren Bande WOW!
deaktiviert sie.

Stelle den BoundBox
Das RasMol gebundene Box Der Parameter steuert die Anzeige der aktuellen Moleküle
Begrenzungsrahmen auf dem Display. Der Begrenzungsrahmen ist orthogonal zur Datendatei
ursprüngliche Koordinatenachsen. Der kompensieren gebundene Box Der Befehl ähnelt den Befehlen kompensieren
Achsen und kompensieren Einheitszelle die orthogonale Koordinatenachsen und den Begrenzungsrahmen anzeigen,
beziehungsweise.

Stelle den Karikatur
Das RasMol Karikatur Der Parameter wird verwendet, um die Anzeige der Cartoon-Version von zu steuern
die Farbbänder Anzeige. Standardmäßig werden die C-Termini von Beta-Sheets als angezeigt
Pfeilspitzen. Dies kann mit aktiviert und deaktiviert werden kompensieren Karikaturen
Befehl. Die Tiefe des Cartoons kann mit angepasst werden Karikaturen
Befehl. Das kompensieren Karikaturen Ein Befehl ohne Parameter gibt diese beiden Optionen zurück
zu
ihre Standardwerte.

Stelle den CisAngle
Das RasMol cisangle Der Parameter steuert den Grenzwinkel zur Identifizierung des cis-Peptids
Fesseln. Wenn kein Wert angegeben wird, wird der Cutoff auf 90 Grad eingestellt.

Stelle den Display
Dieser Befehl steuert den Anzeigemodus in RasMol. Standardmäßig, kompensieren Display
normal RasMol zeigt das Molekül in der vom Benutzer angegebenen Darstellung an.
Der Befehl kompensieren Display ausgewählt Ändert den Anzeigemodus so, dass das Molekül angezeigt wird
vorübergehend gezeichnet, um den aktuell ausgewählten Teil des Moleküls anzuzeigen. Der
Das vom Benutzer festgelegte Farbschema und die Darstellung bleiben unverändert. In diesem
In der Darstellung werden alle ausgewählten Atome gelb dargestellt und alle nicht ausgewählten Atome
werden blau dargestellt. Die Farbe des Hintergrunds wird ebenfalls in ein dunkles Grau geändert
Zeigt die Änderung des Anzeigemodus an. Dieser Befehl wird normalerweise nur von verwendet
externe grafische Benutzeroberflächen (GUIs).

Stelle den Schriftgröße
Das RasMol kompensieren Schriftgröße Der Befehl wird verwendet, um die Größe der Zeichen zu steuern
Atometiketten bilden. Dieser Wert entspricht der Höhe des angezeigten Zeichens
in Pixel. Der Maximalwert von Schriftgröße beträgt 48 Pixel und der Standardwert ist 8
Pixel hoch. Durch Anhängen des „FS“ kann ein fester oder proportionaler Abstand gewählt werden.
bzw. „PS“-Modifikatoren. Der Standardwert ist „FS“. Um Atombeschriftungen anzuzeigen
Der Bildschirm verwendet das RasMol Etikette Befehl und zum Ändern der angezeigten Farbe
Etiketten verwenden Sie die Farbe Etiketten Befehl.

Stelle den FontStroke
Das RasMol kompensieren Schriftstrich Mit dem Befehl wird die Größe der Strichbreite gesteuert
der Zeichen, die Atombezeichnungen bilden. Dieser Wert ist der Radius in Pixel von
Zylinder, die zur Bildung der Striche verwendet werden. Der Sonderwert „0“ wird standardmäßig verwendet
für die normale Einzelpixel-Strichbreite, die ein schnelles Zeichnen ermöglicht und
Drehung des Bildes. Es werden Werte ungleich Null bereitgestellt, um eine künstlerischere Gestaltung zu ermöglichen
Atometiketten für die Veröffentlichung auf Kosten zusätzlicher Zeit beim Rendern des Bildes.

Wenn breitere Striche verwendet werden, empfiehlt sich eine größere Schriftgröße, z. B. durch die Verwendung von
RasMol kompensieren Schriftgröße 24 PS Befehl, gefolgt von kompensieren Schriftstrich 2

Um Atombezeichnungen auf dem Bildschirm anzuzeigen, verwenden Sie RasMol Etikette befehlen und ändern
Die Farbe der angezeigten Beschriftungen wird verwendet Farbe Etiketten Befehl.

Stelle den HBonds
Das RasMol hbonds Der Parameter bestimmt, ob Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den gebildet werden
Donor- und Akzeptoratome der Wasserstoffbrücke, kompensieren hbonds Sidechain oder zwischen dem
Alpha-Kohlenstoffatome des Proteinrückgrats und zwischen den Phosphoratomen des
Nukleinsäure-Rückgrat, kompensieren hbonds Rückgrat. Die tatsächliche Darstellung von Wasserstoffbrückenbindungen
wird durch die kontrollierte hbonds Befehl. Zeichnen von Wasserstoffbrückenbindungen zwischen Protein Alpha
Kohlenstoffe oder Nukleinsäure-Phosphoratome sind nützlich, wenn der Rest des Moleküls
ist in lediglich schematischer Darstellung wie z Rückgrat, Farbbänder or Stränge.
Dieser Parameter ähnelt dem RasMol ssbonds Parameters.

Stelle den Hetero
Das RasMol Hetero Der Parameter wird verwendet, um das Standardverhalten von RasMol zu ändern
wählen Befehl, also das Verhalten von wählen ohne Parameter. Wenn das
Wert ist falsch, der Standard wählen Die Region enthält keine heterogenen Atome
(Siehe den vordefinierten Satz Hetero ). Wenn dieser Wert ist wahr, der Standard wählen
Die Region kann Heteroatome enthalten. Dieser Parameter ähnelt dem RasMol Hydrierung
Parameter, der bestimmt, ob Wasserstoffatome in den Standardwert einbezogen werden sollen
Satz. Wenn beides Hetero und Hydrierung sind wahr, wählen ohne Parameter ist
entspricht wählen alle.

Stelle den Sanduhr
Das RasMol Sanduhr Mit dem Parameter kann der Benutzer die Verwendung des aktivieren und deaktivieren
„Sanduhr“-Cursor, der von RasMol verwendet wird, um anzuzeigen, dass das Programm gerade beschäftigt ist
Zeichnen des nächsten Frames. Der Befehl kompensieren Sanduhr on aktiviert die Anzeige, während
kompensieren Sanduhr WOW! verhindert, dass RasMol den Cursor ändert. Dies ist nützlich, wenn
Drehen des Moleküls, Ausführen einer Befehlsfolge aus einer Skriptdatei oder Verwenden von
Interprozesskommunikation zur Ausführung komplexer Befehlssequenzen. In diesen Fällen
Ein „blinkender“ Cursor könnte ablenken.

Stelle den Wasserstoff
Das RasMol Hydrierung Der Parameter wird verwendet, um das „Standard“-Verhalten des zu ändern
RasMol wählen Befehl, also das Verhalten von wählen ohne Parameter. Wann
dieser Wert ist falsch, der Standard wählen Region enthält keinen Wasserstoff,
Deuterium- oder Tritiumatome (siehe vordefinierten Satz). Hydrierung ). Wenn dieser Wert
is wahr, der Standard wählen Die Region kann Wasserstoffatome enthalten. Dieser Parameter ist
ähnlich dem RasMol Hetero Parameter, der bestimmt, ob heterogene Atome
sollte im Standardsatz enthalten sein. Wenn beides Hydrierung und Hetero sind wahr, wählen
ohne Parameter ist äquivalent zu wählen alle.

Stelle den Kinemage
Das RasMol kompensieren Kinnmagier Der Befehl steuert die Menge an Details, die in einem Kinemage gespeichert werden
Ausgabedatei, die von RasMol generiert wurde schreiben Kinnmagier Befehl. Die Ausgabe Kinemage
Dateien sollen von David Richardsons Mage-Programm angezeigt werden. kompensieren
Kinnmagier falsch, Standardmäßig wird nur die aktuell angezeigte Darstellung gespeichert
die generierte Ausgabedatei. Der Befehl kompensieren Kinnmagier wahr, erzeugt eine komplexere
Kinemage, das sowohl die Wireframe- als auch die Backbone-Darstellung enthält
die Koordinatenachsen, den Begrenzungsrahmen und die Kristallelementarzelle.

Stelle den Menüs
Das RasMol kompensieren Menüs Der Befehl aktiviert die Menüschaltflächen oder die Menüleiste des Canvas-Fensters.
Dieser Befehl wird normalerweise nur von grafischen Benutzeroberflächen oder zum Erstellen von verwendet
Bei Verwendung von Microsoft Windows sollte das Bild so groß wie möglich sein.

Stelle den Überwachen
Das RasMol kompensieren Monitor Befehl aktiviert Monitore. Die Entfernungsüberwachungsetiketten können ggf
mit dem Befehl ausgeschaltet werden kompensieren Monitor off, und mit dem Befehl wieder aktiviert kompensieren
Monitor auf.

Stelle den Maus
Das RasMol kompensieren Maus Der Befehl legt Drehung, Verschiebung, Skalierung und Zoom fest
Mausbindungen. Der Standardwert ist Rasmol die für Zwei-Tasten-Mäuse geeignet ist
(Bei Mäusen mit drei Tasten sind die zweite und dritte Taste synonym.) XY-Rotation
wird mit der ersten Taste gesteuert, die XY-Verschiebung mit der zweiten. Zusätzlich
Funktionen werden durch Gedrückthalten einer Zusatztaste auf der Tastatur gesteuert. [Umschalt] und
Die erste Taste führt die Skalierung aus, [Shift] und die zweite Taste führt Z- aus.
Drehung, und [Strg] und die erste Maustaste steuern die Schnittebene. Der
Einblick und Quanten Optionen bieten die gleichen Mausbindungen wie andere Pakete für
erfahrene Benutzer.

Stelle den Kleben an der Gravur
Das RasMol kompensieren Kommissionierung Eine Reihe von Befehlen beeinflusst, wie ein Benutzer mit einem interagieren kann
Molekül, das in RasMol auf dem Bildschirm angezeigt wird.

Aktivieren/Deaktivieren Atom Login Kommissionierung: Mit der Maus auf ein Atom klicken
führt zur Identifizierung und Anzeige des Restnamens, der Restnummer und des Atoms
Geben Sie im Befehlsfenster den Namen, die Seriennummer des Atoms und die Kette ein. Dieses Verhalten kann sein
mit dem Befehl deaktiviert kompensieren Kommissionierung keine und mit dem Befehl wiederhergestellt kompensieren
Kommissionierung Ident. Der Befehl kompensieren Kommissionierung koordinieren fügt die Atomkoordinaten des hinzu
Atom zur Anzeige.

Deaktivieren der Kommissionierung durch Verwendung kompensieren Kommissionierung WOW! ist nützlich bei der Ausführung Pause
Befehl in RasMol-Skripten, da er die Anzeige falscher Nachrichten auf dem verhindert
Befehlszeile, während das Skript angehalten ist.

Messen Entfernungen, Angles und Torsionen: Interaktive Messung von Entfernungen,
Winkel und Torsionen werden mit den Befehlen erreicht: kompensieren Kommissionierung Entfernung kompensieren
Kommissionierung Monitor, kompensieren Kommissionierung Winkel und kompensieren Kommissionierung Drehung, jeweils. In diesen
In den verschiedenen Modi führt ein Klick auf ein Atom dazu, dass es mit dem Rasmol-Befehl identifiziert wird
Linie. Darüber hinaus erhöht jedes ausgewählte Atom einen Modulo-Zähler, sodass in
Distanzmodus, jedes zweite Atom zeigt die Distanz an (oder Distanzmonitor)
zwischen diesem Atom und dem vorherigen. Im Winkelmodus wird jedes dritte Atom angezeigt
der Winkel zwischen den vorherigen drei Atomen und im Torsionsmodus jedes vierte Atom
zeigt die Torsion zwischen den letzten vier Atomen an. Durch Gedrückthalten der Umschalttaste
Beim Picken eines Atoms wird dieser Modulo-Zähler nicht erhöht und ermöglicht z
Beispielsweise können die Abstände aufeinanderfolgender Atome von einem festen Atom angezeigt werden. Sehen
die Monitor Befehl zur Steuerung der Anzeige von Distanzüberwachungslinien und
Etiketten.

Beschriftung Atome mit die Maus: Die Maus kann auch zum Umschalten der Anzeige verwendet werden
eine Atombezeichnung auf einem bestimmten Atom. Der RasMol-Befehl kompensieren Kommissionierung Etikette Entfernt ein Etikett
von einem ausgewählten Atom, wenn es bereits eines hat oder an diesem Atom eine prägnante Beschriftung anzeigt
anders positionieren.

Zentrierung Rotation mit die Maus: Ein Molekül kann auf einem bestimmten Atom zentriert sein
Position mit den RasMol-Befehlen kompensieren Kommissionierung Zentrum or kompensieren Kommissionierung Zentrum. In
In diesem Modus führt die Auswahl eines Atoms dazu, dass alle weiteren Drehungen um diesen Punkt erfolgen.

Kleben an der Gravur a Bindung as a Rotation Achse: Als Rotationsachse kann jede beliebige Bindung gewählt werden
für den Teil des Moleküls jenseits des zweiten ausgewählten Atoms. Dieses Feature
sollte mit Vorsicht verwendet werden, da es natürlich die Konformation des verändert
Molekül. Nach der Ausführung kompensieren Kommissionierung Anleihe oder verwenden Sie das entsprechende „Pick Bond“ in
Im Menü „Einstellungen“ wird mit der gleichen Maus eine zu drehende Bindung ausgewählt
Klicks, wie sie zum Auswählen von Atomen für eine Entfernungsmessung verwendet werden. Normalerweise das
sollte durchgeführt werden, wenn eine Bindung besteht, aber wenn keine Bindung vorhanden ist, wird sie hinzugefügt. Der
Die Bindung kann nicht zur Rotation verwendet werden, wenn sie Teil eines Rings beliebiger Größe ist. Alles Anleihen
Die für die Rotation ausgewählten Dateien werden gespeichert, sodass sie ordnungsgemäß gemeldet werden können
Schreiben eines Skripts, aber nur die zuletzt ausgewählte Bindung darf aktiv rotiert werden.

Der Weg zu Atom/Gruppe/Kette Auswahl Kommissionierung: Atome, Gruppen und Ketten können sein
ausgewählt (als ob mit dem wählen Befehl), mit dem kompensieren Kommissionierung Atom, kompensieren Kommissionierung
Gruppe, kompensieren Kommissionierung Kette Befehle. Für jeden dieser Befehle kann die Umschalttaste gedrückt werden
kann verwendet werden, um eine neue Auswahl zur alten hinzuzufügen, und die Steuertaste kann verwendet werden
um eine neue Auswahl aus der alten löschen zu lassen. Wenn das kompensieren Kommissionierung Atom Befehl ist
Gegebenenfalls kann mit der Maus ein Kästchen um die Atome ausgewählt oder gezogen werden
Auswahl ist erwünscht. Wenn das kompensieren Kommissionierung Gruppe Der Befehl wird gegeben und es wird ein beliebiger Befehl ausgewählt
Atom führt zur Auswahl aller Atome, deren Restzahl mit dem übereinstimmt
ausgewähltes Atom, wenn auch in unterschiedlichen Ketten. Wenn das kompensieren Kommissionierung Kette Befehl ist
Gegebenenfalls führt die Auswahl eines beliebigen Atoms zur Auswahl aller Atome, die in der Kette übereinstimmen
Identifikator mit dem ausgewählten Atom.

Stelle den Play
Das RasMol kompensieren play.fps Der Befehl gibt die Anzahl der Bilder pro Sekunde für die Wiedergabe an
von dem Spiel & Sport Befehl (Standard 24 Bilder pro Sekunde).

In der aktuellen Version von RasMol wird der Spielzeitpunkt dadurch nicht gesteuert
Parameters.

Stelle den Radius
Das RasMol kompensieren radius Der Befehl wird verwendet, um das Verhalten des RasMol zu ändern Punkte
Befehl abhängig vom Wert des Lösungsmittel Parameter. Wann Lösungsmittel is wahr,
die radius Der Parameter steuert, ob eine echte Van-der-Waals-Oberfläche erzeugt wird
die Punkte Befehl. Wenn der Wert von radius etwas anderes als Null ist, ist dieser Wert
wird als Radius jedes Atoms anstelle seines wahren vdW-Werts verwendet. Wenn der Wert von
Lösungsmittel is wahr, Dieser Parameter bestimmt den Radius der „Sondenkugel“ (Lösungsmittel).
Der Parameter kann als Ganzzahl in Rasmol-Einheiten oder mit einer Dezimalzahl angegeben werden
Punkt in Angström. Der Standardwert dieses Parameters wird durch den Wert bestimmt
of Lösungsmittel und ändern Lösungsmittel wird zurückgesetzt radius auf den neuen Standardwert zurückgesetzt.

Stelle den Rekord
Das RasMol kompensieren record.aps gibt die maximale Geschwindigkeit auf dem Bildschirm in Angström pro Sekunde an
Sekunde beim Animieren von Übersetzungen, Drehungen und Zooms (Standard 10 A/Sekunde).

Das RasMol kompensieren record.aps Der Befehl gibt die Anzahl der Bilder pro Sekunde für die Aufnahme an
von dem Rekord Befehl (Standard 24 Bilder pro Sekunde).

Das RasMol kompensieren record.dwell Der Befehl legt die Verweildauer in Sekunden bei einer Änderung fest
im Erscheinungsbild (Standard 5 Sek.).

Stelle den ShadePower
Die Schattenkraft Der Parameter (von RasTop übernommen) bestimmt die Farbaufteilung
(der Kontrast), der beim Rendern fester Objekte verwendet wird. Dieser Wert liegt zwischen 0 und 100
Passt die Schattierung einer Objektoberfläche entlang der Richtung des Lichts an
Quelle. Eine Änderung des Shadepower-Parameters ändert weder das Maximum noch die Leistung
Mindestwerte dieser Schattierung, ebenso wie das Ändern der Umgebungs- Parameter. Ein Wert von
100 konzentriert das Licht auf die Oberseite der Kugeln und ergibt ein hochglänzendes, glasiges Aussehen
Rendering (siehe die specpower Parameter). Ein Wert von 0 verteilt das Licht auf die
gesamtes Objekt.

Diese Implementierung von Shadepower unterscheidet sich von der in RasTop nur in der Auswahl
Bereich (0 bis 100 gegenüber -20 bis 20 in RasTop).

Stelle den Shadow
Das RasMol kompensieren Schatten Der Befehl aktiviert und deaktiviert das aktuelle Raytracing
gerendertes Bild. Derzeit ist nur die raumfüllende Darstellung schattiert bzw. schattiert
Schatten werfen. Durch die Aktivierung der Schattenfunktion wird das Z-Clipping automatisch deaktiviert
(Platten-)Ebene mit dem Befehl Platte aus. Raytracing dauert normalerweise etwa
mehrere Sekunden für ein mittelgroßes Protein. Es empfiehlt sich eine Abschattung
normalerweise deaktiviert sein, während das Molekül transformiert oder manipuliert wird, und
Wird erst aktiviert, wenn ein geeigneter Standpunkt ausgewählt wurde, um eine größere Sicht zu bieten
Eindruck von Tiefe.

Stelle den SlabMode
Das RasMol Plattenmodus Der Parameter steuert die Rendering-Methode von Objekten, die durch geschnitten werden
Plattenebene (Z-Clipping). Gültige Slabmode-Parameter sind „reject“, „half“,
„hohl“, „massiv“ und „Abschnitt“.

Stelle den Lösungsmittel
Das RasMol kompensieren Lösungsmittel Der Befehl wird verwendet, um das Verhalten des RasMol zu steuern Punkte
Befehl. Abhängig vom Wert des Lösungsmittel Parameter, der Punkte Befehl entweder
erzeugt eine Van-der-Waals-Oberfläche oder eine lösungsmittelzugängliche Oberfläche um den Strom herum
ausgewählte Menge von Atomen. Durch Ändern dieses Parameters wird der Wert automatisch zurückgesetzt
das RasMol radius Parameter. Der Befehl kompensieren Lösungsmittel falsch, der Standardwert,
gibt an, dass eine Van-der-Waals-Oberfläche erzeugt werden soll und setzt den Wert von zurück
radius bis Null. Der Befehl kompensieren Lösungsmittel was immer dies auch sein sollte. zeigt an, dass ein „Connolly“ oder
„Richards“ lösungsmittelzugängliche Oberfläche sollte gezeichnet und fixiert werden radius
Parameter, der Lösungsmittelradius, auf 1.2 Angström (oder 300 RasMol-Einheiten).

Stelle den Spiegelnd
Das RasMol kompensieren spiegelnd Der Befehl aktiviert und deaktiviert die Anzeige von Specular
Hervorhebungen auf festen Objekten, gezeichnet von RasMol. Glanzlichter erscheinen weiß
Reflexionen der Lichtquelle auf der Oberfläche des Objekts. Der aktuelle RasMol
Die Implementierung verwendet eine Näherungsfunktion, um dieses Highlight zu generieren.

Die spiegelnden Glanzlichter auf den Oberflächen fester Objekte können durch Verwendung verändert werden
der Spiegelreflexionskoeffizient, der mit RasMol geändert wird kompensieren
specpower Befehl.

Stelle den SpecPower
Die specpower Der Parameter bestimmt den Glanz fester Objekte, die von gerendert werden
RasMol. Dieser Wert zwischen 0 und 100 passt den verwendeten Reflexionskoeffizienten an
Berechnungen für Glanzlichter. Die Glanzlichter sind aktiviert und deaktiviert
vom RasMol kompensieren spiegelnd Befehl. Werte um 20 oder 30 erzeugen ein plastisches Aussehen
Oberflächen. Hohe Werte stehen für glänzendere Oberflächen wie Metalle, während niedrigere Werte für glänzendere Oberflächen stehen
Werte erzeugen diffusere/stumpfere Oberflächen.

Stelle den SSBonds
Das RasMol ssbonds Der Parameter bestimmt, ob Disulfidbrücken gezeichnet werden
zwischen den Schwefelatomen in der Seitenkette (Standardeinstellung) oder zwischen dem Alpha
Kohlenstoffatome im Rückgrat der Cysteinreste. Die tatsächliche Anzeige von
Disulfidbrücken werden durch die gesteuert ssbonds Befehl. Disulfidbrücken zeichnen
zwischen Alpha-Kohlenstoffatomen ist nützlich, wenn der Rest des Proteins nur in a dargestellt wird
schematische Darstellung wie z Rückgrat, Farbbänder or Stränge. Dieser Parameter ist
ähnlich dem RasMol hbonds Parameters.

Stelle den Stereo
Das RasMol kompensieren Stereo Der Parameter steuert den Abstand zwischen links und rechts
Bilder. Durch das Ein- und Ausschalten von Stereo wird die Mitte des Moleküls nicht neu positioniert.

Die Stereoansicht eines Moleküls kann entweder durch Auswählen ein- oder ausgeschaltet werden Stereo
von dem Optionen Menü aufrufen oder die Befehle eingeben Stereo on or Stereo aus.

Der Trennwinkel zwischen den beiden Ansichten kann mit angepasst werden kompensieren Stereo [-]
Befehl, wobei positive Werte zu Schielen führen und negative
Werte bei entspanntem (wandäugigem) Betrachten. Derzeit wird die Stereowiedergabe nicht unterstützt
in Vektor Postscript Ausgabedateien.

Stelle den Strände
Das RasMol Stränge Der Parameter steuert die Anzahl der parallelen Stränge
in den Banddarstellungen von Proteinen angezeigt. Die zulässigen Werte für
Dieser Parameter ist 1, 2, 3, 4, 5 und 9. Der Standardwert ist 5. Die Anzahl der
Die Anzahl der Stränge ist für alle angezeigten Bänder konstant. Allerdings ist die Bandbreite
(die Trennung zwischen Strängen) kann Rest für Rest gesteuert werden
mit RasMol Farbbänder Befehl.

Stelle den Transparent
Das RasMol transparente Der Parameter steuert das Schreiben transparenter GIFs durch
schreiben gif Befehl. Dies kann durch die gesteuert werden kompensieren transparente on und
kompensieren transparente WOW! Befehle.

Stelle den Einheitszelle
Das RasMol Einheitszelle Der Parameter steuert die Anzeige der kristallographischen Einheit
Zelle auf der aktuellen Anzeige. Die Kristallzelle wird nur bei Bedarf aktiviert
Informationen zur Kristallsymmetrie sind in der PDB-, CIF- oder mmCIF-Datendatei enthalten. Der
RasMol-Befehl erklären Symmetrie Zeigt Details zur Raumgruppe und Einheit des Kristalls an
Zellachsen. Der kompensieren Einheitszelle Der Befehl ähnelt den Befehlen kompensieren Achsen und kompensieren
gebundene Box die orthogonale Koordinatenachsen und den Begrenzungsrahmen anzeigen,
beziehungsweise.

Stelle den VectPS
Das RasMol vectps Der Parameter wird verwendet, um die Art und Weise zu steuern, in der das RasMol schreiben
Der Befehl generiert Vektor-PostScript-Ausgabedateien. Der Befehl kompensieren vectps on ermöglicht
die Verwendung schwarzer Umrisse um Kugeln und Zylinderbindungen, die „Cartoon-
wie" hochauflösende Ausgabe. Allerdings ist die aktuelle Implementierung von RasMol
stellt fälschlicherweise Kugeln dar, die von mehr als einer anderen Kugel überschnitten werden.
Daher werden „Ball-and-Stick“-Modelle korrekt gerendert, jedoch nicht mit großer Raumfüllung
Kugelmodelle. Cartoon-Umrisse können per Befehl standardmäßig deaktiviert werden kompensieren
vectps aus.

Stelle den Schreiben
Das RasMol schreiben Der Parameter steuert die Verwendung des Speichern und schreiben Befehle innerhalb
Skripte, die jedoch nur über die Befehlszeile ausgeführt werden dürfen. Standardmäßig ist dieser Wert
is falsch, Verbot der Generierung von Dateien in Skripten, die beim Start ausgeführt werden
(z. B. solche, die über einen WWW-Browser gestartet werden). Animatoren können jedoch RasMol starten
interaktiv: Typ kompensieren schreiben on und führen Sie dann ein Skript aus, um jeden Frame zu generieren
mit dem Quellbefehl.

ATOM AUSDRÜCKE

RasMol-Atomausdrücke identifizieren eindeutig eine beliebige Gruppe von Atomen innerhalb eines Moleküls.
Atomausdrücke bestehen entweder aus primitiven Ausdrücken, vordefinierten Mengen und Vergleichen
Betreiber, . Ausdrücke oder logische (boolesche) Kombinationen des oben genannten Ausdrucks
Typen.

Mithilfe der logischen Operatoren können mithilfe einfacherer Abfragen komplexe Abfragen erstellt werden
die standardmäßigen booleschen Konnektoren und, or und nicht. Diese können durch die Symbole abgekürzt werden
„&“, „|“ bzw. „!“. Um die Rangfolge zu ändern, können Klammern verwendet werden
der Betreiber. Der Einfachheit halber kann für die boolesche Disjunktion auch ein Komma verwendet werden.

Der Atomausdruck wird daher für jedes Atom ausgewertet Protein und Rückgrat wählt Protein aus
Rückgratatome, nicht die Protein- und [Nukleinsäure-]Rückgratatome!

Primitive Ausdrücke
RasMol-Primitivausdrücke sind die Grundbausteine ​​des Atoms
Ausdrücke. Es gibt zwei Arten von primitiven Ausdrücken. Der erste Typ wird verwendet
um eine bestimmte Restzahl oder einen Bereich von Restzahlen zu identifizieren. Ein einzelner Rückstand ist
wird durch seine Nummer (Position in der Reihenfolge) identifiziert und ein Bereich wird durch angegeben
Unter- und Obergrenze werden durch einen Bindestrich getrennt. Zum Beispiel wählen 5,6,7,8
ist auch wählen 5-8. Beachten Sie, dass dadurch die angegebenen Restzahlen insgesamt ausgewählt werden
Makromolekülketten.

Der zweite Typ eines primitiven Ausdrucks gibt eine Folge von Feldern an, die erforderlich sind
Übereinstimmung für ein bestimmtes Atom. Der erste Teil spezifiziert einen Rest (oder eine Gruppe von Resten)
und ein optionaler zweiter Teil spezifiziert die Atome innerhalb dieser Reste. Der erste
Teil besteht aus einem Restnamen, optional gefolgt von einer Restnummer und/oder
Kettenidentifikator.

Der zweite Teil besteht aus einem Punkt, gefolgt von einem Atomnamen. Ein Atom
Der Name kann aus bis zu vier alphabetischen oder numerischen Zeichen bestehen. Ein optionales Semikolon
gefolgt von einer alternativen Konformationskennung, kann angehängt werden. Eine optionale
Es kann auch ein Schrägstrich gefolgt von einer Modellnummer angehängt werden.

Ein Sternchen kann als Platzhalter für ein ganzes Feld und ein Fragezeichen als Platzhalter verwendet werden
Einzelzeichen-Platzhalter.

Vergleich Betreiber
Teile eines Moleküls können auch durch Gleichheit, Ungleichheit und unterschieden werden
Bestellbetreiber auf ihren Eigenschaften. Das Format eines solchen Vergleichsausdrucks ist
ein Eigenschaftsname, gefolgt von einem Vergleichsoperator und dann einem ganzzahligen Wert.

Die Atomeigenschaften, die in RasMol verwendet werden können, sind: Atomnr für die Atomserie
Anzahl, elemno für die Ordnungszahl des Atoms (Elements), resno für den Rückstand
Anzahl, radius für den Raumfüllradius in RasMol-Einheiten (oder Null, wenn nicht dargestellt).
als Kugel) und Temperatur für den isotropen Temperaturwert des PDB.

Der Gleichheitsoperator wird entweder mit „=“ oder „==“ bezeichnet. Der Ungleichungsoperator as
entweder „<>“, „!=" oder „/=". Die Ordnungsoperatoren sind „<“ für „Kleiner als“ und „<=“ für
kleiner als oder gleich, „>“ für größer als und „>“ für größer als oder gleich.

Innerhalb Ausdrücke
Ein RasMol . Mit dem Ausdruck können Atome anhand ihrer Nähe ausgewählt werden
eine weitere Gruppe von Atomen. A . Der Ausdruck benötigt zwei durch Komma getrennte Parameter
und in Klammern gesetzt. Das erste Argument ist ein ganzzahliger Wert namens
Der „Grenzabstand“ zwischen dem Ausdruck „innerhalb“ und dem zweiten Argument ist beliebig gültig
Atomausdruck. Der Grenzabstand wird in ganzzahligen RasMol-Einheiten ausgedrückt
oder Angström mit einem Dezimalpunkt. Ein Atom wird ausgewählt, wenn es sich innerhalb der befindet
Grenzabstand eines der durch das zweite Argument definierten Atome. Dies erlaubt
Es werden komplexe Ausdrücke erstellt, die verschachtelt sind . Ausdrücke.

Zum Beispiel der Befehl wählen innerhalb(3.2,Rückgrat) wählt jedes Atom innerhalb eines 3.2 aus
Angström-Radius eines beliebigen Atoms in einem Protein- oder Nukleinsäurerückgrat. Innerhalb
Ausdrücke sind besonders nützlich für die Auswahl der Atome um ein aktives Zentrum.

Vordefiniert Sets
RasMol-Atomausdrücke können vordefinierte Mengen enthalten. Bei diesen Sätzen handelt es sich um einzelne Schlüsselwörter
die Teile eines Moleküls von Interesse darstellen. Vordefinierte Sets sind oft vorhanden
Abkürzungen für primitive Atomausdrücke. In einigen Fällen ist die Verwendung von vordefinierten
Sets ermöglichen die Auswahl von Bereichen eines Moleküls, die sonst nicht möglich wären
ausgezeichnet. Nachfolgend finden Sie eine Liste der aktuell vordefinierten Sets. In
Zusätzlich zu den hier aufgeführten Mengen behandelt RasMol auch Elementnamen (und deren).
Pluralformen) als vordefinierte Mengen, die alle Atome dieses Elementtyps enthalten, d. h. die
Befehl wählen Sauerstoff entspricht dem Befehl wählen Elemno=8.

Vordefiniert Sets

AT Stelle den Dieses Set enthält die Atome in den komplementären Nukleotiden Adenosin und
Thymidin (A bzw. T). Alle Nukleotide werden als einer der beiden Sätze klassifiziert
at oder das Set cg Dieser Satz entspricht den RasMol-Atomausdrücken bei, und
Nukleinsäure und nicht gg.

Acidic Stelle den
Der Satz saurer Aminosäuren. Dies sind die Resttypen Asp und Glu. Alles Amino
Säuren werden als beides klassifiziert sauer, basic or neutral. Dieses Set entspricht
die RasMol-Atomausdrücke asp, glu und Amino- und nicht (Basic or neutral).

Azyklisch Stelle den
Der Satz von Atomen in Aminosäuren, die keinen Zyklus oder Ring enthalten. Alle Aminosäuren sind
als beides klassifiziert zyklisch or azyklisch. Dieser Satz entspricht dem RasMol-Atom
Ausdruck Amino- und nicht zyklisch.

Aliphatisch Stelle den
Dieses Set enthält die aliphatischen Aminosäuren. Dies sind die Aminosäuren Ala, Gly,
Ile, Leu und Val. Dieser Satz entspricht dem RasMol-Atomausdruck ähm, gly,
und, Leu, Wert

Aftershave Stelle den
Der Satz von Alpha-Kohlenstoffen im Proteinmolekül. Dieses Set ist ungefähr
äquivalent zum RasMol-Atomausdruck *.CA. Dieser Befehl sollte nicht verwechselt werden
mit dem vordefinierten Satz Helix welches die Atome in den Aminosäuren der enthält
Alpha-Helices des Proteins.

Amino Stelle den
Dieses Set enthält alle in Aminosäureresten enthaltenen Atome. Das ist nützlich
zur Unterscheidung des Proteins von der Nukleinsäure und heterogenen Atomen in der
aktuelle Moleküldatenbank.

Aromatisch Stelle den
Der Satz von Atomen in Aminosäuren, die aromatische Ringe enthalten. Das sind die Amino
Säuren His, Phe, Trp und Tyr. Weil sie alle aromatischen Ringe enthalten
Dieser Satz ist Mitglied des vordefinierten Satzes zyklisch. Dieses Set entspricht dem
RasMol-Atomausdrücke seine, phe, trp, tyr und zyklisch und nicht pro.

Backbone (Rückgrat) Stelle den
Dieses Set enthält die vier Atome jeder Aminosäure, die das Polypeptid NC- bilden.
CO-Rückgrat von Proteinen und die Atome des Zuckerphosphat-Rückgrats von Nukleinsäuren
Säuren. Verwenden Sie die vordefinierten RasMol-Sets Protein und Nukleinsäure unterscheiden zwischen
die beiden Formen des Rückgrats. Atome in Nukleinsäuren und Proteinen sind beides Rückgrat
or Sidechain. Dieser Satz entspricht dem RasMol-Ausdruck (Eiweiß or nuklear)
und nicht Sidechain.

Der vordefinierte Satz Hauptkette ist gleichbedeutend mit dem Satz Rückgrat.

Grundlagen Stelle den
Der Satz basischer Aminosäuren. Dies sind die Resttypen Arg, His und Lys. Alle
Aminosäuren werden als beides klassifiziert sauer, basic or neutral. Dieser Satz ist
äquivalent zu den RasMol-Atomausdrücken arg, seine, Lilie und Amino- und nicht (sauer
or neutral).

Verbunden Stelle den
Dieser Satz enthält alle Atome in der aktuellen Moleküldatenbank, an die gebunden ist
mindestens ein weiteres Atom.

Buried Stelle den
Dieses Set enthält die Atome in den Aminosäuren, die dazu neigen (bevorzugt), vergraben zu werden
innerhalb des Proteins, fern von Kontakt mit Lösungsmittelmolekülen. Dieses Set bezieht sich auf die
Aminosäurepräferenz und nicht die tatsächliche Lösungsmittelzugänglichkeit für den Strom
Eiweiß. Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert Oberfläche or begraben. Dieser Satz ist
äquivalent zum RasMol-Atomausdruck Amino- und nicht Oberfläche.

CG Stelle den Dieses Set enthält die Atome in den komplementären Nukleotiden Cytidin und Guanosin
(C bzw. G). Alle Nukleotide werden als einer der beiden Sätze klassifiziert at oder unter der
kompensieren cg Dieser Satz entspricht den RasMol-Atomausdrücken c, g und Nukleinsäure und
nicht an.

Berechnet Stelle den
Dieses Set enthält die geladenen Aminosäuren. Das sind die Aminosäuren, die es gibt
entweder sauer or Basic. Aminosäuren werden als beide klassifiziert berechnet or
neutral. Dieser Satz entspricht den RasMol-Atomausdrücken sauer or basic und
Amino- und nicht neutral.

Zyklisch Stelle den
Der Satz von Atomen in Aminosäuren, die einen Zyklus oder Ringe enthalten. Alle Aminosäuren sind
als beides klassifiziert zyklisch or azyklisch. Dieses Set besteht aus den Aminosäuren His,
Phe, Pro, Trp und Tyr. Die Mitglieder des vordefinierten Satzes aromatisch sind Mitglieder von
dieses Set. Die einzige zyklische, aber nichtaromatische Aminosäure ist Prolin. Dieses Set ist
äquivalent zu den RasMol-Atomausdrücken seine, phe, pro, trp, tyr und aromatisch or
pro und Amino- und nicht azyklisch.

Cystin Stelle den
Dieses Set enthält die Atome von Cysteinresten, die Teil eines Disulfids sind
Brücke, also halbe Cystine. RasMol bestimmt automatisch Disulfidbrücken, wenn
weder der vordefinierte Satz Cystin noch das RasMol ssbonds Befehl verwendet wurden
da das Molekül geladen wurde. Der Satz an freien Cysteinen kann mit bestimmt werden
der RasMol-Atomausdruck cs und nicht Cystin.

Wendel Stelle den
Dieses Set enthält alle Atome, die wie bestimmt Teil einer Protein-Alpha-Helix sind
entweder vom Autor der PDB-Datei oder vom DSSP-Algorithmus von Kabsch und Sander. Standardmäßig,
RasMol verwendet gegebenenfalls die in der PDB-Datei angegebene Sekundärstrukturbestimmung
existiert. Andernfalls wird der DSSP-Algorithmus verwendet, wie er von RasMol verwendet wird Struktur
Befehl.

Dieser vordefinierte Satz sollte nicht mit dem vordefinierten Satz verwechselt werden Alpha welche
enthält die Alpha-Kohlenstoffatome eines Proteins.

Hetero Stelle den
Dieser Satz enthält alle heterogenen Atome im Molekül. Das sind die Atome
beschrieben durch HETATM-Einträge in der PDB-Datei. Diese enthalten typischerweise Wasser,
Cofaktoren und andere Lösungsmittel und Liganden. Alle Hetero Atome werden als beides klassifiziert
Ligand or Lösungsmittel Atome. Diese heterogen Lösungsmittel Atome werden weiter klassifiziert
entweder Wasser or Ionen.

Wasserstoff Stelle den
Dieser vordefinierte Satz enthält alle Wasserstoff-, Deuterium- und Tritiumatome des
aktuelles Molekül. Dieser vordefinierte Satz entspricht dem RasMol-Atomausdruck
Elemno=1.

hydrophober Stelle den
Dieses Set enthält alle hydrophoben Aminosäuren. Dies sind die Aminosäuren Ala,
Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met und Trp. Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert
Hydrophob or Polar. Dieser Satz entspricht den RasMol-Atomausdrücken ähm,
Leu, Wert, und, pro, phe, getroffen, trp und Amino- und nicht Polar.

Ionen Stelle den
Dieses Set enthält alle heterogenen Phosphat- und Sulfat-Ionen im Strom
Moleküldatendatei. Eine große Anzahl dieser Ionen wird manchmal mit assoziiert
Protein- und Nukleinsäurestrukturen, bestimmt durch Röntgenkristallographie. Diese
Atome neigen dazu, ein Bild zu überladen. Alle Hetero Atome werden als beides klassifiziert Ligand or
Lösungsmittel Atome. Alle Lösungsmittel Atome werden als beides klassifiziert Wasser or Ionen.

Large Stelle den
Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert kleine, mittlere or groß. Dieser Satz ist
äquivalent zum RasMol-Atomausdruck Amino- und nicht (klein or Mittel).

Ligand Stelle den
Dieses Set enthält alle heterogenen Cofaktor- und Ligandeneinheiten, die es gibt
in der aktuellen Moleküldatendatei enthalten. Diese Menge ist als alle definiert Hetero
Atome, die es nicht sind Lösungsmittel Atome. Daher entspricht diese Menge dem RasMol-Atom
Ausdruck Hetero und nicht Lösungsmittel.

Medium Stelle den
Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert kleine, mittlere or groß. Dieser Satz ist
äquivalent zum RasMol-Atomausdruck Amino- und nicht (groß or klein).

Neutral Stelle den
Der Satz neutraler Aminosäuren. Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert sauer,
basic or neutral. Dieser Satz entspricht dem RasMol-Atomausdruck Amino- und
nicht (sauer or Basic).

Nuklear Stelle den
Die Gesamtheit aller Atome in Nukleinsäuren, die aus den vier Nukleotidbasen besteht
Adenosin, Cytidin, Guanosin und Thymidin (A, C, G bzw. T). Alle
Neukleotide werden als beides klassifiziert Purin or Pyrimidin. Dieses Set ist gleichwertig
zu den RasMol-Atomausdrücken a,c,g,t und Purin or Pyrimidin. Die Symbole für
RNA-Nukleotide (U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU,
und PSU) werden ebenfalls als Mitglieder dieser Gruppe anerkannt.

Polar Stelle den
Dieses Set enthält die polaren Aminosäuren. Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert
Hydrophob or Polar. Dieser Satz entspricht dem RasMol-Atomausdruck Amino-
und nicht hydrophob.

Proteine Stelle den
Die Menge aller Atome in Proteinen. Dies besteht aus dem vordefinierten Satz RasMol Amino-
und allgemeine Änderungen nach der Übersetzung.

Purin Stelle den
Der Satz von Purinnukleotiden. Dies sind die Basen Adenosin und Guanosin (A und
G). Alle Nukleotide sind entweder Purine or Pyrimidine. Dieser Satz ist
äquivalent zu den RasMol-Atomausdrücken a,g und Nukleinsäure und nicht Pyrimidin.

Pyrimidin Stelle den
Der Satz von Pyrimidinnukleotiden. Dies sind die Basen Cytidin und Thymidin (C
bzw. T). Alle Nukleotide sind entweder Purine or Pyrimidine. Dieser Satz
entspricht den RasMol-Atomausdrücken c,t und Nukleinsäure und nicht purin.

Selected Stelle den
Dieser Satz enthält den Satz von Atomen in der aktuell ausgewählten Region. Das aktuell
Der ausgewählte Bereich wird durch das Vorstehende definiert wählen or eine Beschränkung Befehl und nicht der
Atomausdruck, der die enthält ausgewählt Stichwort.

Blatt Stelle den
Dieses Set enthält alle Atome, die gemäß Bestimmung Teil eines Protein-Beta-Faltblatts sind
entweder der Autor der PDB-Datei oder der DSSP-Algorithmus von Kabsch und Sander. Standardmäßig,
RasMol verwendet gegebenenfalls die in der PDB-Datei angegebene Sekundärstrukturbestimmung
existiert. Andernfalls wird der DSSP-Algorithmus verwendet, wie er von RasMol verwendet wird Struktur
Befehl.

Seitenkette Stelle den
Dieses Set enthält die funktionellen Seitenketten aller Aminosäuren und deren Basen
Nukleotid. Dies sind die Atome, die nicht Teil des Polypeptid-NCCO-Rückgrats sind
Proteine ​​oder das Zuckerphosphat-Rückgrat von Nukleinsäuren. Verwenden Sie RasMol
vordefinierte Sätze Protein und Nukleinsäure zwischen den beiden Formen unterscheiden
Seitenkette. Atome in Nukleinsäuren und Proteinen sind beides Rückgrat or Sidechain.
Dieser Satz entspricht dem RasMol-Ausdruck (Eiweiß or nuklear) und nicht
Rückgrat.

Small Stelle den
Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert kleine, mittlere or groß. Dieser Satz ist
äquivalent zum RasMol-Atomausdruck Amino- und nicht (Mittel or groß).

Lösungsmittel Stelle den
Dieser Satz enthält die Lösungsmittelatome in der Molekülkoordinatendatei. Dies sind die
heterogene Wassermoleküle, Phosphat- und Sulfationen. Alle Hetero Atome sind
als beides klassifiziert Ligand or Lösungsmittel Atome. Alle Lösungsmittel Atome werden klassifiziert als
entweder Wasser or Ionen. Dieser Satz entspricht den RasMol-Atomausdrücken Hetero
und nicht Ligand und Wasser or Ionen.

Oberfläche Stelle den
Dieses Set enthält die Atome in den Aminosäuren, die sich tendenziell (bevorzugt) befinden
Oberfläche von Proteinen, in Kontakt mit Lösungsmittelmolekülen. Dieses Set bezieht sich auf die
Aminosäurepräferenz und nicht die tatsächliche Lösungsmittelzugänglichkeit für den Strom
Eiweiß. Alle Aminosäuren werden als beide klassifiziert Oberfläche or begraben. Dieser Satz ist
äquivalent zum RasMol-Atomausdruck Amino- und nicht begraben.

Wende Stelle den
Dieser Satz enthält alle Atome, die gemäß Bestimmung Teil einer Proteinwindung sind
entweder der Autor der PDB-Datei oder der DSSP-Algorithmus von Kabsch und Sander. Standardmäßig,
RasMol verwendet gegebenenfalls die in der PDB-Datei angegebene Sekundärstrukturbestimmung
existiert. Andernfalls wird der DSSP-Algorithmus verwendet, wie er von RasMol verwendet wird Struktur
Befehl.

Wasser Stelle den
Dieses Set enthält alle heterogenen Wassermoleküle in der aktuellen Datenbank. A
Eine große Anzahl von Wassermolekülen ist manchmal mit Proteinen und Nukleinsäuren verbunden
Säurestrukturen, bestimmt durch Röntgenkristallographie. Diese Atome neigen dazu, Unordnung zu verursachen
Bild. Alle Hetero Atome werden als beides klassifiziert Ligand or Lösungsmittel Atome. Die
Lösungsmittel Atome werden weiter als beides klassifiziert Wasser or Ionen.

Stelle den Zusammenfassung
Die folgende Tabelle fasst RasMols Klassifizierung der häufigsten Aminosäuren zusammen.

FARBE SCHEMA

Das RasMol Farbe Der Befehl ermöglicht verschiedene Objekte (z. B. Atome, Bindungen und Bänder).
Segmente) eine bestimmte Farbe erhalten. Typischerweise ist diese Farbe entweder ein RasMol
vordefinierter Farbname oder ein RGB-Triple. Darüber hinaus unterstützt auch RasMol alt, Amino,
Kette, aufladen, cpk, Gruppe, Modell, formschön, Struktur Temperatur or Benutzer Farbschemata
für Atome und hbond tippe Farbschema für Wasserstoffbrückenbindungen und elektrostatisch Potenzial
Farbschema für Punktflächen. Die derzeit 24 vordefinierten Farbnamen sind Schwarz, Blau,
BlueTint, Braun, Cyan, Gold, Grau, Grün, GreenBlue, GreenTint, HotPink, Magenta, Orange,
Pink, PinkTint, Lila, Rot, RedOrange, SeaGreen, SkyBlue, Violett, Weiß, Gelb und
YellowTint

Wenn Sie häufig eine Farbe verwenden möchten, die nicht vordefiniert ist, können Sie ein einzeiliges Skript schreiben.
Zum Beispiel, wenn Sie die Datei erstellen grau.col enthält die Zeile, Farbe [180,180,180]
#grau, dann der befehl Skript grau.col Färbt den aktuell ausgewählten Atomsatz grau.

Andere Farben
Das RasMol alt Das Farbschema (Alternate Conformer) kodiert die Grundstruktur
eine Farbe und wendet eine begrenzte Anzahl von Farben auf jedes alternative Konformer an. In
ein RasMol, das für 8-Bit-Farbsysteme entwickelt wurde, 4 Farben sind alternativ zulässig
Konformere. Ansonsten stehen 8 Farben zur Verfügung.

Amino Farben
Das RasMol Amino- Das Farbschema färbt Aminosäuren entsprechend der traditionellen Aminosäure
saure Eigenschaften. Der Zweck der Färbung besteht darin, Aminosäuren in einer ungewöhnlichen Form zu identifizieren
oder überraschende Umgebung. Die äußeren Teile eines Proteins, die polar sind, sind sichtbar
(helle) Farben und unpolare Rückstände dunkler. Die meisten Farben sind heilig
Tradition. Dieses Farbschema ähnelt dem formschön Schema.

Kette Farben
Das RasMol Kette Das Farbschema weist jeder makromolekularen Kette eine einzigartige Farbe zu.
Dieses Farbschema eignet sich besonders zur Unterscheidung der Teile von
multimere Struktur oder die einzelnen „Stränge“ einer DNA-Kette. Kette kann sein
ausgewählt aus dem RasMol Farben Menü.

Berechnen Farben
Das RasMol berechnen Das Farbschema kodiert jedes Atom entsprechend der Ladung farblich
Wert, der in der Eingabedatei (oder im Beta-Faktor-Feld von PDB-Dateien) gespeichert ist. Hohe Werte sind
blau eingefärbt (positiv) und niedrigere Werte rot eingefärbt (negativ). Eher
Anstatt eine feste Skala zu verwenden, bestimmt dieses Schema die Maximal- und Minimalwerte der
Ladungs-/Temperaturfeld und interpoliert entsprechend von Rot nach Blau. Somit,
Bei Grün kann nicht davon ausgegangen werden, dass es sich um eine Gebühr ohne Nettogebühr handelt.

Der Unterschied zwischen den berechnen und Temperatur Die Anzahl der Farbschemata nimmt zu
Die Temperaturwerte verlaufen von blau nach rot, wohingegen die Ladungswerte steigen
von Rot nach Blau.

Wenn das Ladungs-/Temperaturfeld vernünftige Werte speichert, ist es möglich, das zu verwenden
RasMol Farbe Punkte Potenzial Befehl zum Farbkodieren einer Punktoberfläche (erzeugt von
Punkte Befehl) durch elektrostatisches Potential.

Kpc Farben
Das RasMol cpk Die Farbgebung orientiert sich an den Farben des beliebten Kunststoffs
Raumfüllende Modelle, die von Corey und Pauling entwickelt und später verbessert wurden
Kultun. Dieses Farbschema färbt „Atom“-Objekte nach dem Atomtyp (Elementtyp). Das
ist das von Chemikern üblicherweise verwendete Schema. Die Zuordnung am häufigsten
Die verwendeten Elementtypen für Farben sind unten angegeben.

Gruppe an Farben
Das RasMol Gruppe Das Farbschema kodiert Reste anhand ihrer Position in a
makromolekulare Kette. Jede Kette wird als glattes Spektrum von Blau bis Blau dargestellt
grün, gelb und orange bis rot. Daher der N-Terminus von Proteinen und der 5'-Terminus
von Nukleinsäuren sind rot gefärbt und der C-Terminus von Proteinen und der 3'-Terminus von
Nukleinsäuren sind blau dargestellt. Wenn eine Kette eine große Anzahl heterogener Elemente aufweist
Mit ihm verbundene Moleküle können dazu führen, dass das Makromolekül nicht vollständig dargestellt wird
„Bereich“ des Spektrums. Gruppe an kann aus dem RasMol ausgewählt werden Farben Menü.

Wenn mit einer Kette eine große Anzahl heterogener Moleküle verbunden ist, wird die
Makromoleküle werden möglicherweise nicht im gesamten Spektrum dargestellt. Wenn RasMol
Führt eine Gruppenfärbung durch und entscheidet anhand des Rückstands, welche Farbpalette verwendet wird
Nummerierung in der PDB-Datei angegeben. Daher wird die niedrigste Restzahl in angezeigt
blau und die höchste Restzahl wird rot angezeigt. Leider, wenn ein PDB
Die Datei enthält eine große Anzahl von Heteroatomen, z. B. Wassermoleküle, die sie besetzen
Bei hohen Restzahlen wird das Protein am blaugrünen Ende angezeigt
Spektrum und die Gewässer im gelb-roten Ende des Spektrums. Das wird verschärft
dadurch, dass typischerweise viel mehr Wassermoleküle als Aminosäurereste vorhanden sind. Der
Die Lösung für dieses Problem besteht darin, den Befehl zu verwenden kompensieren Hetero WOW! vor dem Anwenden der
Gruppenfarbschema. Dies kann auch durch Umschalten erreicht werden Hetero Atome auf die
Optionen Menü vor der Auswahl Gruppe an auf die Farbe Speisekarte. Dieser Befehl gibt Anweisungen
RasMol verwendet in der Gruppenfarbskalierung nur Nicht-Hetero-Reste.

NMR Modell Farben
Das RasMol Modell Das Farbschema kodiert jedes NMR-Modell mit einer bestimmten Farbe. Der
Die NMR-Modellnummer wird als numerischer Wert verwendet. Hohe Werte werden in Blau und eingefärbt
niedrigere Werte rot eingefärbt. Anstatt einen festen Maßstab zu verwenden, bestimmt dieses Schema
den Maximalwert der NMR-Modellnummer und interpoliert von Rot nach Blau
passend.

Formschön Farben
Das RasMol formschön Das Farbschema kodiert Reste nach Aminosäureeigenschaften. Das
Das Schema basiert auf Bob Flettericks „Shapely Models“. Jede Aminosäure und jede Nukleinsäure
Säurerückstände erhalten eine einzigartige Farbe. Der formschön Das Farbschema wird von David verwendet
Bacons Raster3D-Programm. Dieses Farbschema ähnelt dem Amino- Farbschema.

Struktur Farben
Das RasMol Struktur Das Farbschema färbt das Molekül sekundär nach Protein
Struktur. Alpha-Helices sind magentafarben, [240,0,128], Beta-Sheets sind es
gelb gefärbt, [255,255,0], Windungen sind hellblau gefärbt, [96,128,255] und alle
andere Rückstände sind weiß gefärbt. Die Sekundärstruktur wird entweder aus dem gelesen
PDB-Datei (HELIX-, SHEET- und TURN-Datensätze), falls verfügbar, oder mit Kabsch ermittelt
und Sanders DSSP-Algorithmus. Das RasMol Struktur Der Befehl kann zum Erzwingen verwendet werden
Zu verwendende Strukturzuweisung des DSSP.

Temperaturen Farben
Das RasMol Temperatur Das Farbschema kodiert jedes Atom entsprechend
anisotroper Temperaturwert (Beta), der in der PDB-Datei gespeichert ist. Normalerweise ergibt dies eine
Maß für die Beweglichkeit/Unsicherheit der Position eines bestimmten Atoms. Hohe Werte sind
in wärmeren (roten) Farben und niedrigeren Werten in kälteren (blauen) Farben gefärbt. Das
Das Merkmal wird oft verwendet, um einen „Skalenwert“ zuzuordnen [z. B. die Aminosäurevariabilität
in viralen Mutanten] mit jedem Atom in einer PDB-Datei und färben Sie das Molekül ein
passend.

Der Unterschied zwischen den Temperatur und berechnen Die Anzahl der Farbschemata nimmt zu
Die Temperaturwerte verlaufen von blau nach rot, wohingegen die Ladungswerte steigen
von Rot nach Blau.

Mitglied Farben
Das RasMol Benutzer Farbschema ermöglicht es RasMol, das im gespeicherte Farbschema zu verwenden
PDB-Datei. Die Farben für jedes Atom werden in COLO-Datensätzen im PDB gespeichert
Datendatei. Diese Konvention wurde durch das Raster3D-Programm von David Bacon eingeführt.

HBond Typ Farben
Das RasMol tippe Das Farbschema gilt nur für Wasserstoffbrückenbindungen und wird daher in verwendet
Befehl Farbe hbonds Art. Dieses Schema kodiert jede Wasserstoffbindung entsprechend
auf den Abstand entlang einer Proteinkette zwischen Wasserstoffbrückendonor und -akzeptor.
Diese schematische Darstellung wurde von Belhadj-Mostefa und Milner-White eingeführt.
Diese Darstellung gibt einen guten Einblick in die Sekundärstruktur von Proteinen (Hbonds).
sich bildende Alpha-Helices erscheinen rot, diejenigen, die sich bilden, erscheinen gelb und diese
sich bildende Windungen erscheinen magenta).

unsere digitalen Möglichkeiten Farben
Das RasMol Potenzial Das Farbschema gilt nur für Punktoberflächen und wird daher in verwendet
der Befehl Farbe Punkte Potential. Dieses Schema färbt jedes aktuell angezeigte Bild ein
Punkt durch das elektrostatische Potential an diesem Punkt im Raum. Dieses Potenzial ist
berechnet unter Verwendung des Coulombschen Gesetzes unter Berücksichtigung des Temperatur-/Ladungsfeldes des Eingangs
Datei als die mit diesem Atom verbundene Ladung. Das ist die gleiche Interpretation
verwendet von der Farbe berechnen Befehl. Wie berechnen Farbschema niedrige Werte sind
blau/weiß und hohe Werte sind rot.

Amino Säure Codes
In der folgenden Tabelle sind die Namen, Einzelbuchstaben- und Drei-Buchstaben-Codes aufgeführt
der Aminosäuren.

Booleans
Ein boolescher Parameter ist ein Wahrheitswert. Gültige boolesche Werte sind „wahr“ und „falsch“.
und ihre Synonyme „ein“ und „aus“. Boolesche Parameter werden häufig von RasMol verwendet
um eine Darstellung oder Option entweder zu aktivieren oder zu deaktivieren.

FILE FORMATEN

Proteine Datum Bank Mappen

Wenn Sie nicht über die PDB-Dokumentation verfügen, finden Sie möglicherweise die folgende Zusammenfassung des PDB
Dateiformat nützlich. Die Proteindatenbank ist eine computergestützte Archivdatenbank für
makromolekulare Strukturen. Die Datenbank wurde 1971 von Brookhaven National eingerichtet
Laboratory, Upton, New York, als öffentlich zugängliches Archiv für aufgelöste kristallographische Daten
Strukturen. Die Bank verwendet ein einheitliches Format zur Speicherung von Atomkoordinaten und Teilbindungen
Konnektivitäten, wie sie aus kristallographischen Studien abgeleitet wurden. Im Jahr 1999 wurde die Proteindatenbank
wechselte in den Forschungsverbund Strukturbiologie.

PDB-Dateieinträge bestehen aus Datensätzen mit jeweils 80 Zeichen. Unter Verwendung der Lochkarten-Analogie:
Die Spalten 1 bis 6 enthalten eine Datensatztypkennung, die Spalten 7 bis 70 enthalten Daten. In
Bei älteren Einträgen sind die Spalten 71 bis 80 normalerweise leer, können aber Sequenzinformationen enthalten
von Bibliotheksverwaltungsprogrammen hinzugefügt. In neuen Einträgen, die dem PDB-Format von 1996 entsprechen,
Diese Spalten enthalten weitere Informationen. Die ersten vier Zeichen des Datensatzes
Bezeichner reichen aus, um den Datensatztyp und die jeweilige Syntax eindeutig zu identifizieren
Der Datensatz ist unabhängig von der Reihenfolge der Datensätze innerhalb eines Eintrags für eine bestimmte Person
Makromolekül.

Die einzigen Datensatztypen, die für das RasMol-Programm von großem Interesse sind, sind ATOM und
HETATM-Aufzeichnungen, die die Position jedes Atoms beschreiben. ATOM/HETATM-Datensätze enthalten
Standardatomnamen und Restabkürzungen sowie Sequenzkennungen,
Koordinaten in Angström-Einheiten, Belegungen und thermische Bewegungsfaktoren. Die genauen Details
werden unten als FORTRAN-Formatanweisung angegeben. Die Spalte „fmt“ gibt die Verwendung von an
Feld in allen PDB-Formaten, im Format 1992 und früher oder im Format 1996 und später
Formate.

Reste treten in der Reihenfolge auf, beginnend mit dem N-terminalen Rest für Proteine ​​und dem 5'-Terminus
für Nukleinsäuren. Wenn die Restsequenz bekannt ist, können bestimmte Atomseriennummern bekannt sein
weggelassen, um das spätere Einfügen eventuell fehlender Atome zu ermöglichen. In jedem Rest befinden sich Atome
in einer Standardweise geordnet, beginnend mit dem Rückgrat (NCCO für Proteine) und
Sie verläuft entlang der Seitenkette immer weiter vom Alpha-Kohlenstoff entfernt.

HETATM-Datensätze werden zur Definition posttranslationaler Modifikationen und Cofaktoren verwendet
mit dem Hauptmolekül verbunden. TER-Datensätze werden als Hauptunterbrechungen interpretiert
Rückgrat des Moleküls.

Falls vorhanden, prüft RasMol auch HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1,
SCALE-, MODEL-, ENDMDL-, EXPDTA- und END-Datensätze. Informationen wie Name, Datenbankcode,
Revisionsdatum und Klassifizierung des Moleküls werden aus HEADER und COMPND extrahiert
Datensätze werden erste Sekundärstrukturzuweisungen aus HELIX, SHEET und TURN übernommen
Datensätze, und das Ende der Datei kann durch einen END-Datensatz angezeigt werden.

RasMol Dolmetschen of PDB Felder
Bei den Atomen 9999.000, 9999.000 und 9999.000 wird davon ausgegangen, dass es sich um Insight-Pseudoatome handelt
Atome und werden von RasMol ignoriert. Es wird auch davon ausgegangen, dass Atomnamen mit „Q“ beginnen
Pseudoatome oder Positionsmarker.

Wenn eine Datendatei eine NMR-Struktur enthält, können mehrere Konformationen eingefügt werden
eine einzelne PDB-Datei, die durch Paare von MODEL- und ENDMDL-Datensätzen begrenzt ist. RasMol wird angezeigt
alle in der Datei enthaltenen NMR-Modelle.

Die Restnamen „CSH“, „CYH“ und „CSM“ gelten als Pseudonyme für Cystein „CYS“.
Die Rückstandsnamen „WAT“, „H20“, „SOL“ und „TIP“ gelten als Pseudonyme für Wasser
„HOH“. Der Rückstandsname „D20“ wird als schweres Wasser „DOD“ bezeichnet. Der Restname „SUL“
gilt als Sulfation „SO4“. Der Rückstandsname „CPR“ gilt als cis-
Prolin und wird als „PRO“ übersetzt. Der Restname „TRY“ gilt als a
Pseudonym für Tryptophan „TRP“.

RasMol verwendet die HETATM-Felder, um die Sätze Hetero, Wasser, Lösungsmittel und Ligand zu definieren.
Jede Gruppe mit dem Namen „HOH“, „DOD“, „SO4“ oder „PO4“ (oder einem Alias ​​einer dieser Gruppen).
Namen gemäß den vorstehenden Regeln) gilt als Lösungsmittel und gilt als
definiert durch ein HETATM-Feld.

RasMol berücksichtigt nur CONECT-Konnektivitätsdatensätze in PDB-Dateien, die weniger als enthalten
256 Atome. Dies wird im Abschnitt zur Molekülbestimmung näher erläutert
Konnektivität. CONECT-Datensätze, die eine Bindung mehr als einmal definieren, werden als interpretiert
Angabe der Bindungsreihenfolge dieser Bindung, dh eine zweimal angegebene Bindung ist eine doppelte
Bindung und eine Bindung, die dreimal (oder öfter) angegeben wird, ist eine Dreifachbindung. Das ist kein
Standard-PDB-Funktion.

PDB Farbe Schema Normen
RasMol akzeptiert auch den ergänzenden Datensatztyp COLO in den PDB-Dateien. Das
Das Datensatzformat wurde von David Bacons Raster3D-Programm zur Spezifikation eingeführt
Farbschema, das beim Rendern des Moleküls verwendet werden soll. Diese Erweiterung ist es nicht
wird derzeit vom PDB unterstützt. Der COLO-Datensatz hat denselben grundlegenden Datensatztyp wie
die oben beschriebenen ATOM- und HETATM-Datensätze.

Durch einen Matching-Prozess werden den Atomen Farben zugeordnet. Das Feld „Maske“ wird in verwendet
Der Matching-Prozess läuft wie folgt ab. Zuerst liest RasMol das gesamte ATOM ein und merkt es sich.
HETATM- und COLO-Datensätze in der Eingabereihenfolge. Wenn die benutzerdefinierte ('Benutzer') Farbe
Wenn das Schema ausgewählt ist, geht RasMol nacheinander jeden gespeicherten ATOM/HETATM-Datensatz durch.
und sucht nach einem COLO-Datensatz, der in allen Spalten 7 bis 30 übereinstimmt
Der erste gefundene COLO-Datensatz bestimmt die Farbe und den Radius des Atoms.

Beachten Sie, dass sich die Komponenten Rot, Grün und Blau an den gleichen Positionen befinden wie die X-, Y- und Y-Komponenten.
und Z-Komponenten eines ATOM- oder HETA-Datensatzes, und der Van-der-Waals-Radius geht ein
der Ort der Besetzung. Die Komponenten Rot, Grün und Blau müssen alle vorhanden sein
Bereich 0 bis 1.

Damit ein COLO-Datensatz Farb- und Radiusangaben für mehr bereitstellen kann
mehr als ein Atom (z. B. basierend auf Rest, Atomtyp oder einem anderen Kriterium, für das).
Beschriftungen können irgendwo in den Spalten 7 bis 30 angegeben werden), ein „Egal“-Zeichen,
das Rautezeichen „#“ (Zahl oder Kreuzzeichen) wird verwendet. Dieses Zeichen, wenn es in a gefunden wird
COLO-Datensatz, entspricht jedem Zeichen in der entsprechenden Spalte in einem ATOM/HETATM
aufzeichnen. Alle anderen Zeichen müssen identisch übereinstimmen, um als Übereinstimmung zu gelten. Als
Erweiterung der Spezifikation ist jedes Atom, das nicht mit einem COLO-Datensatz übereinstimmt
in weiß angezeigt.

Mehrere NMR Models
RasMol lädt alle NMR-Modelle aus einer PDB-Datei, unabhängig davon, welcher Befehl verwendet wird:
Belastung pdb or Belastung nmrpdb

Sobald mehrere NMR-Konformationen geladen wurden, können sie mit manipuliert werden
Atom-Ausdruckserweiterungen, beschrieben in Primitive Ausdrücke. Insbesondere die
Befehl eine Beschränkung * / 1 wird die Anzeige nur auf das erste Modell beschränken.

CIF und mmCIF Format Mappen
CIF ist der IUCr-Standard für die Präsentation kleiner Moleküle und mmCIF ist vorgesehen
als Ersatz für das Festfeld-PDB-Format zur Darstellung von
makromolekulare Strukturen. RasMol kann Datensätze in beiden Formaten akzeptieren.

Es gibt viele nützliche Websites im World Wide Web, auf denen Informationstools und
Es gibt Software rund um CIF, mmCIF und PDB. Die folgenden sind gut
Ausgangspunkte für die Erkundung:

Die International Union of Crystallography (IUCr) bietet Zugang zu Software,
Wörterbücher, Richtlinienerklärungen und Dokumentation zu CIF und mmCIF unter:
IUCr, Chester, England (www.iucr.org/iucr-top/cif/) mit vielen Spiegelseiten.

Das Nucleic Acid Database Project bietet Zugriff auf seine Einträge, Software und
Dokumentation, mit einer mmCIF-Seite, die Zugriff auf das Wörterbuch und mmCIF bietet
Softwaretools an der Rutgers University, New Jersey, USA
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) mit vielen Spiegelseiten.

Diese Version von RasMol beschränkt die CIF- oder mmCIF-Tag-Werte auf im Wesentlichen gleiche Werte
Konventionen, wie sie für das Festfeld-PDB-Format verwendet werden. Somit Kettenbezeichner und
Alternative Konformationsbezeichner sind auf ein einzelnes Zeichen, Atomnamen, beschränkt
sind auf 4 Zeichen usw. beschränkt. RasMol interpretiert das folgende CIF und mmCIF
Tags: Es wird über mehrere Datenblöcke nach den gewünschten Tags gesucht, also a
Ein einzelner Datensatz kann aus mehreren Datenblöcken, aber mehreren Datensätzen bestehen
dürfen nicht in derselben Datei gestapelt werden.

MASCHINENSPEZIFISCH SUPPORT

In den folgenden Abschnitten wird Unterstützung für Monochrom X-Windows, Tcl / Tk VPI, UNIX Steckdosen
basierend VPI, Kompilieren RasWin mit Borland und MetroWerks sind beschrieben.

Monochrom X-Windows Unterstützung
RasMol unterstützt die vielen monochromen UNIX-Workstations, die typischerweise im akademischen Bereich zu finden sind.
wie Low-End-SUN-Workstations und NCD-X-Terminals. Die X11-Version von RasMol
(bei Kompilierung im 8-Bit-Modus) erkennt jetzt schwarze und weiße X-Windows-Anzeigen und
ermöglicht automatisches Dithering. Die Verwendung von Laufzeitfehlerdiffusions-Dithering
bedeutet, dass im Monochrom-Modus alle Anzeigemodi von RasMol verfügbar sind. Für
Um die besten Ergebnisse zu erzielen, sollten Benutzer mit dem Befehl „Set Ambient“ experimentieren, um sicherzustellen, dass dies der Fall ist
Maximaler Kontrast in den resultierenden Bildern.

Tcl / Tk IPC Unterstützung
Version 4 der Tk-Grafikbibliothek hat das für die Kommunikation zwischen ihnen verwendete Protokoll geändert
Tk-Anwendungen. RasMol Version 2.6 wurde so geändert, dass es kommunizieren konnte
Sowohl dieses neue Protokoll als auch das vorherige Protokoll der Version 3 werden von RasMol unterstützt
v2.5. Obwohl Tcl/Tk 3.x-Anwendungen möglicherweise nur mit anderen 3.x-Anwendungen kommunizieren
Anwendungen und Tcl/Tk 4.x-Anwendungen mit anderen 4.x-Anwendungen, diese Änderungen
Ermöglichen Sie RasMol die Kommunikation zwischen Prozessen mit beiden Protokollen (möglicherweise).
gleichzeitig).

UNIX Steckdosen basierend IPC
Die UNIX-Implementierung von RasMol unterstützt Socket-Kommunikation im BSD-Stil. Ein
Der identische Socket-Mechanismus wird auch für VMS, Apple Macintosh und entwickelt
Microsoft Windows-Systeme. Dies sollte eine interaktive Anzeige von RasMol ermöglichen
Ergebnisse einer Berechnung auf einem Remote-Host. Das aktuelle Protokoll fungiert als TCP/IP
Server auf Port 21069, der Befehlszeilen ausführt, bis entweder der Befehl wunsch or
der Befehl verlassen wird getippt. Der Befehl Exit vom RasMol-Server, der Befehl
verlassen Beide trennen die aktuelle Sitzung und beenden RasMol. Diese Funktionalität
kann mit dem UNIX-Befehl getestet werden telnet 21069

Kompilieren RasWin mit Borland und MetroWerks
Im Zuge der Umstellung von Version 2.5 wurden einige Änderungen am Quellcode vorgenommen
auf 2.6, damit die Microsoft Windows-Version von RasMol mit dem kompiliert werden kann
Borland C/C++-Compiler. Zu diesen Korrekturen gehören Namensänderungen für die Standardbibliothek
und spezieller Code, um einen Fehler in _fmemset zu vermeiden. Weitere Änderungen wurden vorgenommen
Übergang von 2.6 auf 2.7, um die Kompilierung mit den MetroWerks-Compilern zu ermöglichen.

LITERATUR

Molekular- Grafiken

[1] Nelson Max, „Computer Representation of Molecular Surfaces“, IEEE Computer Graphics
and Applications, S. 21–29, August 1983.

[2] Arthur M. Lesk, „Protein Architecture: A Practical Approach“, IRL Press Publishers,
1991

Molekular- Grafiken Programme

[3] Per J. Kraulis, „MOLSCRIPT: Ein Programm zur Erstellung sowohl detaillierter als auch schematischer Darstellungen von
Protein Structures“, Journal of Applied Crystallography, Bd. 24, S. 946–950, 1991.

[4] David Bacon und Wayne F. Anderson, „A Fast Algorithm for Rendering Space-Filling.“
Molecule Pictures“, Journal of Molecular Graphics, Bd. 6, Nr. 4, S. 219–220, Dezember 1988.

[5] David C. Richardson und Jane S. Richardson, „The Kinemage: Ein Werkzeug für die Wissenschaft.“
Communication“, Protein Science, Bd. 1, Nr. 1, S. 3–9, Januar 1992.

[6] Mike Carson, „RIBBONS 2.0“, Journal of Applied Crystallography, Bd. 24, S. 958–961,
1991

[7] Conrad C. Huang, Eric F. Pettersen, Teri E. Klein, Thomas E. Ferrin und Robert
Langridge, „Conic: A Fast Renderer for Space-Filling Molecules with Shadows“, Journal of
Molecular Graphics, Bd. 9, Nr. 4, S. 230–236, Dezember 1991.

Molekular- Biologie Algorithms

[8] Wolfgang Kabsch und Christian Sander, „Dictionary of Protein Secondary Structure:
Mustererkennung wasserstoffgebundener und geometrischer Merkmale“, Biopolymers, Bd. 22,
S. 2577-2637, 1983.

[9] Michael L. Connolly, „Lösungsmittelzugängliche Oberflächen von Proteinen und Nukleinsäuren“,
Science, Bd. 221, Nr. 4612, S. 709–713, August 1983.

[10] Khaled Belhadj-Mostefa, Ron Poet und E. James Milner-White, „Displaying Inter-Main
Chain Hydrogen Bond Patterns in Proteins“, Journal of Molecular Graphics, Band 9, Nr. 3,
S. 194–197, September 1991.

[11] Mike Carson, „Ribbon Models of Macromolecules“, Journal of Molecular Graphics, Band 5,
Nr. 2, S. 103-106, Juni 1987.

[12] Mike Carson und Charles E. Bugg, „Algorithm for Ribbon Models of Proteins“, Journal
of Molecular Graphics, Bd. 4, Nr. 2, S. 121-122, Juni 1986.

[13] H. Iijima, JB Dunbar Jr. und G. Marshall, „Calibration of Effective van der Waals
Atomare Kontaktradien für Proteine ​​und Peptide“, Proteine: Struktur, Funktionen und
Genetics, Bd. 2, S. 330–339,1987, XNUMX.

Grafiken Algorithms

[14] J. Foley, A. van Dam, S. Feiner und J. Hughes, „Computer Graphics: Principles and
Practice“, 2. Auflage, Addison Wesley Publishers, 1990.

[15] J. Cleary und G. Wyvill, „Analyse eines Algorithmus für schnelles Raytracing unter Verwendung von Uniform
Space Subdivision“, The Visual Computer, Bd. 4, S. 65-83, 1988.

[16] Thomas Porter, „Spherical Shading“, Computer Graphics Band 12, ACM SIGGRAPH,
S. 282-285, 1978.

[17] Jean-Michel Cense, „Exakte Sichtbarkeitsberechnung für raumfüllende molekulare Modelle“,
Journal of Molecular Graphics, Bd. 9, Nr. 3, S. 191-193, September 1991.

[18] Chris Schafmeister, „Fast Algorithm for Generating CPK Images on Graphics.“
Workstations“, Journal of Molecular Graphics, Bd. 8, Nr. 4, S. 201–206, Dezember 1990.

[19] Bruce A. Johnson, „MSURF: Ein schnelles und allgemeines Programm zur Darstellung von
Molecular Surfaces“, Journal of Molecular Graphics, Bd. 5, Nr. 3, S. 167–169, September
1987

Reichen Sie das Formate

[20] Frances C. Bernstein et al., „The Protein Data Bank: A Computer-Based Archival File.“
for Macromolecular Structures“, Journal of Molecular Biology, Bd. 112, S. 535–542, 1977.

[21] Arthur Dalby, James G. Nourse, W. Douglas Hounshell, Ann KI Gushurst, David L.
Grier, Burton A. Leland und John Laufer, „Beschreibung mehrerer chemischer Dateiformate
Wird von Computerprogrammen verwendet, die bei Molecular Design Limited entwickelt wurden“, Journal of Chemical
Information and Computer Sciences, Bd. 32, Nr. 3, S. 244–255, 1992.

[22] Adobe Systems Inc., „PostScript Language Reference Manual“, Addison-Wesley
Publishers, Reading, Mass., 1985.

[23] Philip E. Bourne et al., „The Macromolecular Crystallographic Information File
(mmCIF)", Meth. Enzymol. (1997) 277, 571-590.

[24] Sydney R. Hall, „The STAR File: a New Format for Electronic Data Transfer and
Archivierung“, Journal of Chemical Information and Computer Sciences, Bd. 31, 326-333, 1991.

Nutzen Sie Rasmol online über die Dienste von onworks.net