Dies ist der Befehl rastep, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
rastep – (Raster3D Thermal Ellipsoid Program)
ZUSAMMENFASSUNG
Rastep [-h] [-iso] [-BFarbe Bmin Bmax] [-wahrscheinlich Pebene] [-fancy[0-3]] [-Radius R] <
infile.pdb > Ellipsoide.r3d
Rastep -tabellieren [Tabdatei] [-by_atomtype] [-mit [comtabfile]] < infile.pdb >
Statistiken.Text
Rastep liest eine PDB-Koordinatendatei. Diese Datei muss beschreibende ANISOU-Datensätze enthalten
Atome anisotrop verfeinert. Rastep Sie können entweder eine Eingabedatei für Raster3D erstellen
Renderprogramm oder führen Sie eine statistische Analyse der atomaren Anisotropie für verschiedene durch
Klassen von Eingabeatomen. Standardmäßig erstellt das Programm eine Ellipsoid+Stab-Szene
Beschreibung, in der jedes Atom durch ein Ellipsoid dargestellt wird, das eine Isofläche von einschließt
die Wahrscheinlichkeitsdichtefunktion. Diese werden allgemein als thermische Ellipsoide bezeichnet.
Das Programm kann in einem alternativen Modus ausgeführt werden, der durch die Option -tabulate gesteuert wird
Die primäre Ausgabe an stdout ist eine Liste der Eigenwerte der Uij-Matrix, gefolgt von
die entsprechende atomare Anisotropie und isotrope Ueq für jedes Atom in der Eingabedatei
mit einem ATOM-Datensatz und einem passenden ANISOU-Datensatz. Dieser Modus wird von verwendet
Validierungstools Parvati und Skittls.
Beispiele:
Zur Beschreibung thermischer Ellipsoide mit einer Wahrscheinlichkeit von 50 %, mit Standard-CPK-Farben und
Senden Sie es zum sofortigen Rendern in eine PNG-Datei
rastep < infile.pdb | render -png picture.png
Um dieselben von Biso gefärbten Ellipsoiden zu beschreiben, werden Header-Datensätze weggelassen, damit die
Die resultierende Eingabedatei kann mit anderen Szenenkomponenten zusammengeführt werden
rastep -h -Bcolor 10. 30. < infile.pdb > ellipsoids.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d otherstuff.r3d | rendern > picture.png
OPTIONAL
-Auto
Automatische Auswahl des Betrachtungswinkels, der so gewählt wird, dass die Ausbreitung der Atome entlang der Ansicht minimiert wird
Richtung.
-BFarbe Bmin Bmax
Weisen Sie Farben basierend auf B-Werten zu, anstatt ATOM-Datensätze mit Eingaben oder Standardwerten zu vergleichen
COLOR-Aufzeichnungen. Atome mit B <= Bmin werden dunkelblau gefärbt; Atome mit B >= Bmax werden
hellrot gefärbt sein; Atomen mit Bmin < B < Bmax werden Farben mit gleichmäßiger Schattierung zugewiesen
durch das Spektrum von Blau bis Rot.
-fancy[0-6]
Die -schick Die Option wählt zunehmend komplexere Darstellungen der gerenderten Ellipsoide aus.
-fancy0 [Standard] = feste Oberfläche
-fancy1 = Hauptachsen des Ellipsoids, mit transparenter Begrenzungsfläche
-fancy2 = farbige Äquatorialebenen des Ellipsoids
-fancy3 = farbige Äquatorialebenen mit transparenter Begrenzungsfläche
-fancy4 = transparente Begrenzungsfläche mit der längsten Hauptachse
-fancy5 = für ORTEP-Liebhaber ein solides Ellipsoid mit einem fehlenden Oktanten
-fancy6 = für ORTEP-Liebhaber, die den fehlenden Oktanten in einer separaten Farbe haben möchten
-h
Header-Datensätze in der Ausgabe unterdrücken. Standardmäßig Rastep erzeugt eine Ausgabedatei, die
beginnt mit Header-Datensätzen, die einen Standardsatz von Skalierungs- und Verarbeitungsoptionen enthalten.
Die -h Flag unterdrückt diese Header-Datensätze. Diese Option ist für die Erstellung von Dateien nützlich
die nur einen Teil einer Szene beschreiben und später mit dem Deskriptor kombiniert werden sollen
Dateien, die von anderen Programmen erstellt wurden.
-iso
Kraftisotrope Wahrscheinlichkeitsflächen (Kugeln). Standardmäßig sucht Rastep nach ANISOU
Datensätze in der PDB-Datei und verwenden Sie diese zur Generierung von Ellipsoiden. Wenn kein ANISOU-Eintrag vorhanden ist
Wenn für ein bestimmtes Atom ein B-Wert vorliegt, wird der im ATOM/HETATM-Datensatz angegebene B-Wert verwendet
Erzeugen Sie stattdessen eine Kugel. Auswählen der -iso Die Option zwingt das Programm, B zu verwenden
Wert im ATOM-Datensatz, auch wenn auch ein ANISOU-Datensatz vorhanden ist.
-Mini
Automatische Ausrichtung (wie in -auto) und kleiner Plot (176 x 208).
-keine Wasserstoffe
Zeichnen Sie keine Wasserstoffatome auf, auch wenn sie in der PDB-Datei vorhanden sind.
-wahrscheinlich Pebene
Standardmäßig werden Isoflächen so gezeichnet, dass sie das 50 %-Wahrscheinlichkeitsniveau in der Dichte einschließen
Funktion, die durch die Uij-Werte im ANISOU-Datensatz beschrieben wird. Der -wahrscheinlich Option ermöglicht es Ihnen,
Wählen Sie stattdessen eine andere Wahrscheinlichkeitsstufe. Wenn 0 < Plevel < 1, wird dieser Wert interpretiert
als Bruch; Wenn Plevel > 1, wird dieser Wert als Prozentwert interpretiert.
-Radius R
Standardmäßig zeichnet Rastep Bindungen mit einem Radius von 0.10 A zwischen benachbarten Atomen
Algorithmus als Stäbe. Mit dieser Option können Sie den Radius der Bindungen ändern. Wenn der Radius
auf 0 gesetzt ist, werden keine Anleihen gezogen.
-tabellieren [Tabdatei]
Die Option -tabulate fordert das Programm auf, Statistiken zu sammeln und auszudrucken
Verteilung der Anisotropie zwischen Atomen in der Eingabedatei, anstatt eine Eingabe zu erzeugen
Datei zum Rendern. Die Hauptachsen und die Anisotropie jedes Atoms werden in stdout geschrieben. Ein
Die gesamte statistische Zusammenfassung wird bei Angabe in die Tab-Datei geschrieben, andernfalls in die Standardausgabe.
-by_atomtype
Die Option -by_atomtype ist ein Modifikator für -tabulate. Es bewirkt eine weitere Unterteilung von
Atome nach Atomtyp bei der Erstellung statistischer Zusammenfassungen. Atomtypen werden entnommen
Spalten 77:78 der PDB ATOM-Datensätze.
-mit [comtabfile]
Tabellarische Verteilung der Anisotropie in Schalen nach Abstand vom Massenschwerpunkt. Ausgabe an
comtabfile, falls angegeben, andernfalls an stdout.
ANMERKUNG
Es besteht, wenn überhaupt, kaum eine Konsistenz im Format zwischen den verschiedenen Programmen, die schreiben
anisotrope Verschiebungsparameter. Dieses Programm interpretiert die Uij-Werte in der Reihenfolge
für ANISOU-Datensätze im PDB-Format angegeben. Das heißt, die Spalten 29–70 des PDB-Datensatzes sind
werden als ganze Zahlen interpretiert, die 10000 * Uij darstellen, in der Reihenfolge U11 U22 U33 U12 U13 U23.
Beachten Sie insbesondere, dass die Reihenfolge der Kreuzbegriffe nicht mit der von ORTEP verwendeten übereinstimmt
oder shelx, die ohnehin beide das PDB-Format nicht verwenden. Allerdings wird das Programm shelxpro
Erstellen Sie korrekt formatierte PDB-Datensätze aus einer Shelx-Koordinatendatei.
SOURCE
Netz URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html Kontakt:
Ethan A. Merritt
Universität von Washington, Seattle WA 98195
[E-Mail geschützt]
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