Dies ist der Befehl seqan_tcoffee, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
seqan_tcoffee – Ausrichtung mehrerer Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
seqan_tcoffee -s [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
SeqAn::T-Coffee ist ein Tool zur Ausrichtung mehrerer Sequenzen.
(c) Copyright 2009 bei Tobias Rausch
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
Hauptoptionen::
-s, --seq FILE
Name der Multi-Fasta-Eingabedatei. Gültige Dateitypen sind: fa, FA, Fa, fasta, FASTA und
Fasta.
-a, --Alphabet STR
Das verwendete Sequenzalphabet. Eines aus Protein, DNA und RNA. Standard: Protein.
-o, --outfile FILE
Name der Ausgabedatei. Gültige Dateitypen sind: fasta und msf. Standard: out.fasta.
Optionen zur Generierung von Segmentübereinstimmungen::
-m, --Methode STR
Definiert die Generierungsmethode für Übereinstimmungen. Zur Auswahl mehrerer Generierungsmethoden
Erinnern Sie sich an diese Option mit unterschiedlichen Argumenten. Einer von global, lokal, überlappend und
lcs. Standard: global und lokal.
-l, --Bibliotheken FILE
Name der Matchdatei. Um mehrere Dateien auszuwählen, rufen Sie diese Option mit unterschiedlichen Optionen auf
Argumente. Gültige Dateitypen sind: Blast, Mums, Aln und Lib.
Bewertungsoptionen::
-g, --gop NUM
Gap-Open-Strafe Standard: -13.
-e, --gex NUM
Lückenerweiterungsstrafe Standard: -1.
-meine, --Matrix STR
Bewertungsmatrix Standard: Blosum62.
-Frau, --msc NUM
Spielstand Standard: 5.
-mm, --mmsc NUM
Nichtübereinstimmungsstrafe Standard: -4.
Optionen für den Führungsbaum::
-u, --usetree STR
Name der Datei, die den Newick Guide Tree enthält.
-b, --bauen STR
Methode zum Erstellen des Baums. Folgende Methoden stehen zur Verfügung: Neighbor-Joining (nj),
UPGMA-Einzelverknüpfung (min.), UPGMA-Vollverknüpfung (max.), UPGMA-Durchschnittsverknüpfung
(Durchschnitt), UPGMA-gewichtete durchschnittliche Verknüpfung (WAVG). Neighbor-Joining erzeugt ein nicht verwurzeltes
Baum, den wir am letzten verbundenen Paar verwurzeln. Einer von nj, min, max, avg und wavg.
Standard: nj.
Ausrichtungsauswertungsoptionen::
-i, --im Ordner FILE
Name der Ausrichtungsdatei Gültige Dateitypen sind: fa, FA, Fa, fasta und
SCHNELL.
VERSION
seqan_tcoffee Version: Version 1.11 (30. Juli 2009) Revision: 4637 Letzte Aktualisierung Juli
2012
Nutzen Sie seqan_tcoffee online über die Dienste von onworks.net
