Dies sind die Befehlssplazer, die beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden können
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Splazer ========
ZUSAMMENFASSUNG
Splazer [OPTIONEN] Splazer [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
SplazerS verwendet eine Präfix-Suffix-Zuordnungsstrategie, um Lesesequenzen aufzuteilen. Bei einem SAM
Als Eingabe wird eine Datei mit zugeordneten Lesevorgängen angegeben, alle nicht zugeordneten, aber verankerten Lesevorgänge sind es
Split-Mapping auf verankernde Zielregionen (Option angeben). -an),wenn eine Fasta/q-Datei
Wenn die Anzahl der Lesevorgänge angegeben ist, werden die Lesevorgänge auf die gesamte Referenzsequenz aufgeteilt.
(c) Copyright 2010 bei Anne-Katrin Emde.
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
Hauptoptionen::
-o, --Ausgabe FILE
Ändern Sie den Namen der Ausgabedatei. Standard: .Ergebnis.
-f, --nach vorne
Berechnen Sie nur Vorwärtsübereinstimmungen
-r, --umkehren
Berechnen Sie nur Umkehrkomplement-Übereinstimmungen
-i, --Prozent-Identität NUM
Identitätsschwellenwert in Prozent. Im Bereich [50..100]. Standard: 92.
-rr, --Erkennungsrate NUM
Stellen Sie die prozentuale Erkennungsrate im Bereich [80..100] ein. Standard: 99.
-PD, --param-dir DIR
Vom Benutzer berechnete Parameterdateien im Verzeichnis lesen .
-id, --indels
Indel zulassen. Standard: nur Nichtübereinstimmungen.
-NS, --Bibliothekslänge NUM
Länge der Bibliothek mit gepaartem Ende. Im Bereich [1..inf]. Standard: 220.
Le-, --Bibliotheksfehler NUM
Längentoleranz der Bibliothek mit gepaartem Ende. Im Bereich [0..inf]. Standard: 50.
-m, --max-Treffer NUM
Nur Ausgabe der besten Hits. Im Bereich [1..inf]. Standard: 100.
--einzigartig
Nur eindeutige beste Übereinstimmungen ausgeben (-m 1 -DR 0 -pa).
-tr, --trim-liest NUM
Trim liest auf die angegebene Länge. Standard: aus. Im Bereich [14..inf].
-mcl, --min-clipped-len NUM
Mindest. Leselänge für Leseausschnitt im Bereich [1..inf]. Standard: 0.
-qih, --qualität-in-header
Qualitätszeichenfolge im Fasta-Header
-du, --outputUnmapped FILE
Ausgabedateiname für nicht zugeordnete Lesevorgänge
-v, - ausführlich
ausführlicher Modus
-vv, --verbose
sehr ausführlicher Modus
Ausgabeformatoptionen::
-a, --Ausrichtung
Geben Sie die Ausrichtung für jede Übereinstimmung aus
-pa, --purge-mehrdeutig
Purge liest mit mehr als max-hits besten Übereinstimmungen
-DR, --Entfernungsbereich NUM
Berücksichtigen Sie nur Übereinstimmungen mit höchstens NUM weiteren Fehlern im Vergleich zu den besten (Standard).
alle ausgeben)
-oder, --Ausgabeformat NUM
Ausgabeformat festlegen. 0 = RazerS, 1 = Enhanced Fasta, 2 = Eland, 3 = GFF, 4 = SAM. In
Bereich [0..4].
-gn, --genom-benennung NUM
Wählen Sie aus, wie Genome benannt werden. 0 = Fasta-ID verwenden, 1 = Aufzählung beginnend mit 1. In
Bereich [0..1]. Standard: 0.
-R, --read-benennung NUM
Wählen Sie aus, wie Lesevorgänge benannt werden. 0 = Fasta-ID verwenden, 1 = Aufzählung beginnend mit 1. In
Bereich [0..1]. Standard: 0.
-Also, --Sortierreihenfolge NUM
Wählen Sie aus, wie Übereinstimmungen sortiert werden. 0 = gelesene Nummer, 1 = Genomposition. Im Bereich
[0..1]. Standard: 0.
-pf, --positionsformat NUM
Wählen Sie die Nummerierung der Anfangs-/Endpositionen (siehe Abschnitt „Koordinaten“ unten). 0 = Lückenraum,
1 = Positionsraum. Im Bereich [0..1]. Standard: 0.
Split-Mapping-Optionen::
-sm, --split-mapping NUM
Mindest. Übereinstimmungslänge für Präfix/Suffix-Zuordnung (um geteilte Zuordnung zu deaktivieren, auf 0 setzen)
Standard: 18.
-maxG, --max-lücke NUM
max. Länge der mittleren Lücke Standard: 10000.
-minG, --min-gap NUM
Mindest. Länge der Mittellücke (für Edit Distance Mapping etwa 10 % der Leselänge).
empfohlen) Standard: 0.
-ep, --errors-prefix NUM
max. Anzahl der Fehler bei der Präfixübereinstimmung. Standard: 1.
-es, --errors-suffix NUM
max. Anzahl der Fehler bei der Suffixübereinstimmung. Standard: 1.
-gl, --genome-len NUM
Genomlänge in MB zur Berechnung der erwarteten Anzahl zufälliger Übereinstimmungen im Bereich
[-inf..10000]. Standard: 3000.
-an, --verankert
verankertes geteiltes Mapping, es werden nur nicht zugeordnete Lesevorgänge mit zugeordneten Verknüpfungen berücksichtigt,
erfordert, dass die Lesevorgänge im SAM-Format erfolgen
-pc, --penalty-c NUM
Prozent der Leselänge, wird als Strafe für Split-Gap verwendet. Standard: 2.
Filteroptionen::
-oc, --Überfluss-Schnitt NUM
Stellen Sie das K-Mer-Überschuss-Schnittverhältnis ein. Im Bereich [0..1].
-rl, --Repeat-Länge NUM
Einfache Wiederholungen der Länge überspringen . Im Bereich [1..inf]. Standard: 1000.
-tl, --Tabu-Länge NUM
Tabulänge festlegen. Im Bereich [1..inf]. Vorgabe: 1.
-lm, --wenig Speicher
Reduzieren Sie die Speichernutzung auf Kosten der Laufzeit
Verifizierungsoptionen:
-mN, --match-N
N entspricht allen anderen Zeichen. Standard: N entspricht nichts.
-ed, --error-distr FILE
Fehlerverteilung in DATEI schreiben.
VERSION
Splazers-Version: 1.1 Letzte Aktualisierung April 2011
Verwenden Sie Splazer online über die Dienste von onworks.net
