Dies ist der Befehl sumatra, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
sumatra – schneller und exakter Vergleich und Clustering von Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
Sumatra [Optionen] [Datensatz2]
BESCHREIBUNG
Sumatra berechnet alle paarweisen LCS-Werte (Longest Common Subsequence) von eins
Nukleotiddatensatz oder zwischen zwei Nukleotiddatensätzen.
OPTIONAL
-h [H]elp – drucken Hilfe
-l Die Länge der Referenzsequenz ist am kürzesten.
-L Die Länge der Referenzsequenz ist am größten.
-a Die Länge der Referenzsequenz ist die Alignment-Länge (Standard).
-n Die Punktzahl wird durch die Länge der Referenzsequenz normalisiert (Standard).
-r Rohwert, nicht normalisiert.
-d Die Bewertung wird in Distanz ausgedrückt (Standard: Bewertung wird in Ähnlichkeit ausgedrückt).
-t ##.##
Punkteschwelle. Wenn die Bewertung normalisiert und in Ähnlichkeit ausgedrückt wird (Standard),
es handelt sich um eine Identität, z. B. 0.95 für eine Identität von 95 %. Wenn die Punktzahl normalisiert ist und
ausgedrückt in der Entfernung beträgt sie (1.0 - Identität), z. B. 0.05 für eine Identität von 95 %.
Wenn die Punktzahl nicht normalisiert und in Ähnlichkeit ausgedrückt wird, ist sie die Länge der
Längste gemeinsame Folge. Wenn die Punktzahl nicht normalisiert und ausgedrückt wird in
Abstand, es ist (Referenzlänge - LCS-Länge).
Es werden nur Sequenzpaare mit einer Ähnlichkeit über ##.## gedruckt. Standard: 0.00 (Nr
Schwelle).
-p ## Anzahl der für die Berechnung verwendeten Threads (Standard=1).
-g ns werden durch as ersetzt (Standard: Sequenzen mit ns werden verworfen).
-x Fügt vier zusätzliche Spalten mit der Anzahl und Länge beider Sequenzen hinzu.
Datensatz1
(Erstes Argument) der zu analysierende Nukleotiddatensatz
Datensatz2
(Zweites Argument) optional der zweite Nukleotiddatensatz
ERGEBNISSE
Beschreibung der Ergebnistabelle
Spalte 1: Identifikatorsequenz 1
Spalte 2: Identifikatorsequenz 2
Spalte 3: Punktzahl
Spalte 4: Anzahl der Sequenz 1 (nur mit Option -x)
Spalte 5: Anzahl der Sequenz 2 (nur mit Option -x)
Spalte 6: Länge der Sequenz 1 (nur mit Option -x)
Spalte 7: Länge der Sequenz 2 (nur mit Option -x)
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