Dies ist der Befehl tcodee, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
tcode - Identifizieren Sie proteincodierende Regionen mithilfe der Fickett TESTCODE-Statistik
ZUSAMMENFASSUNG
tcode -Reihenfolge Fortsetzung -Datendatei Datendatei -Fenster ganze Zahl -Schritt ganze Zahl -Handlung Umschalten
-outfile berichten -Graph Xygraph
tcode -Hilfe
BESCHREIBUNG
tcode ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Nukleisch:Genfindung".
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung
-Datendatei Datendatei
Die Standarddatendatei ist Etcode.dat und enthält Codierungswahrscheinlichkeiten für jede Basis.
Die Wahrscheinlichkeiten beziehen sich sowohl auf Positions- als auch auf Zusammensetzungsinformationen. Standard
Wert: Etcode.dat
Erforderlich Abschnitt
-Fenster ganze Zahl
Dies ist die Anzahl der Nukleotidbasen, für die die TESTCODE-Statistik gilt
jedes Mal durchgeführt. Das Fenster schiebt sich dann entlang der Sequenz und deckt dieselbe ab
Anzahl der Basen jedes Mal. Standardwert: 200
Erweitert Abschnitt
-Schritt ganze Zahl
Das ausgewählte Fenster wird standardmäßig um drei . entlang der Nukleotidsequenz verschoben
Basen auf einmal, wobei der Frame beibehalten wird (obwohl der Algorithmus nicht Frame-sensitiv ist).
Dies kann geändert werden, um das Inkrement der Folie zu erhöhen oder zu verringern. Standardwert:
3
Ausgang Abschnitt
-Handlung Umschalten
Bei der Auswahl wird ein Diagramm der Sequenz (X-Achse) gegen den Kodierungsscore (Y
Achse) angezeigt. Sequenz oberhalb der grünen Linie ist Codierung, die unterhalb der roten
Zeile ist nicht kodiert. Standardwert: N
-outfile berichten
-Graph Xygraph
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