Dies ist der Befehl ugene, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
UGENE - integrierte Bioinformatik-Suite
ZUSAMMENFASSUNG
Hugen -ui
Hugen [OPTIONAL]
BESCHREIBUNG
UGENE ist eine plattformübergreifende Umgebung für die DNA- und Proteinsequenzanalyse. UGENE
integriert die gängigsten Bioinformatik-Rechenalgorithmen und bietet beide GUIs
und eine Befehlszeilenschnittstelle zur Durchführung komplexer Analysen der Genomdaten.
Die wichtigsten Merkmale UGENE:
* Ansicht und Analyse annotierter DNA- oder Proteinsequenzen
* Visualisierung und Bearbeitung von Chromatogrammen
* Integrierter 3D-Viewer für Dateien in den Formaten PDB und MMDB
* Integrierte Unterstützung von Suchanfragen an NCBI-Datenbanken
* Ausrichtung mehrerer Sequenzen mit MUSCLE3, MUSCLE4 und KAlign
* Erstellung und Suche von HMM-Profilen basierend auf der Quelle von HMMER2 und HMMER3
* Moderne Algorithmen zur Vorhersage der Sekundärstruktur von Proteinen basierend auf GORIV und PsiPred
* Phylogenetische Analyse mit Phylip
* PCR-Primer-Design mit dem Primer3-Paket
* Klonen in silico
* Suchen Sie mit SITECON nach Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen in DNA-Sequenzen
* Suche nach Restriktionsenzymen und Integration mit REBASE
* Suche nach direkten und invertierten Wiederholungen
* DNA-Referenzassemblierung mit Bowtie
* Protein-Rückübersetzung
* Suche nach ORFs
* Designer für komplexe Rechenabläufe und Abfragen
UGENE ist modular aufgebaut und fast die gesamte Funktionalität ist in Plugins enthalten.
Im Inneren UGENE wurde mit Unterstützung der Parallelität entwickelt, um von der Nutzung zu profitieren
Multicore-Computer. Jede Rechenaufgabe in UGENE wird im Hintergrund ausgeführt und funktioniert
Blockieren Sie nicht die Benutzerinteraktion mit der grafischen Oberfläche.
OPTIONAL
-ui Führen Sie die GUI-Version von aus UGENE
--help Gibt eine Nutzungsmeldung aus, die alle Befehlszeilenoptionen und das Programm kurz zusammenfasst
Version, dann beenden.
--Lizenz
Dump-Lizenzinformationen
--task= or Schemaname> [Schemaoptionen]
Führen Sie ein bestimmtes Workflow-Schema aus
--status-bar-hide
Aufgabenstatusleiste nicht anzeigen
--ini-file=
Laden Sie die benutzerdefinierte UGENE-Einstellungsdatei
--log-no-show-level
Nachrichtenebene im Protokoll nicht anzeigen
--log-no-show-date
Datums- und Uhrzeitinformationen werden nicht im Protokoll angezeigt
--log-no-show-category
Nachrichtenkategorie nicht im Protokoll anzeigen
--log-level-trace
Trace-Protokollmeldungen anzeigen
--log-level-none
Protokollnachrichten werden nicht angezeigt
--log-level-info
Fehler- und Infoprotokollmeldungen anzeigen (Standard)
--log-level-error
Zeigt nur Fehlerprotokollmeldungen an
--log-level-details
Details zu Protokollmeldungen anzeigen
--log-color-output
farbige Ausgabemeldungen
--task-remote-machine=
Führen Sie bereitgestellte Aufgaben auf einem bestimmten Remote-Computer aus
--ugene-stay-alive
Stoppen Sie Ugene nicht, nachdem Sie bestimmte Aufgaben erledigt haben
--transl=
Übersetzungen der angegebenen Sprache laden. Die Sprache wird als zweibuchstabige ISO angegeben
639 Sprachcode
BEFEHLE
UGENE verfügt über Befehle für die wichtigsten Funktionen. Befehle können ausgeführt werden als
Hugen [Befehlsargumente]
Hugen --task= [Befehlsargumente]
Sehen Sie sich die Hilfe für jeden ausgeführten Befehl an Hugen --help= .
Die Liste der verfügbaren Befehle kann mit ausgegeben werden Hugen --helfen.
Nutzen Sie ugene online über die Dienste von onworks.net
