Dies ist der Befehl vcf-query, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
vcf-query – VCF-Dateien abfragen
ZUSAMMENFASSUNG
query-vcf [OPTIONAL] file.vcf.gz
OPTIONAL
-c, --Säulen
Liste der durch Kommas getrennten Spaltennamen.
-f, --Format
Der Standardwert ist „%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n“.
-l, --list-columns
Spalten auflisten.
-r, --Region chr:von-bis
Rufen Sie die Region ab. (Führt Tabix aus.)
-h,-?, --help
Diese Hilfemeldung.
Beispiele:
query-vcf file.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001,NA002,NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n' query-vcf file.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'
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