wiggle2gff3p – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

wiggle2gff3.pl – Konvertiert Dateien im UCSC WIG-Format in gff3-Dateien

ZUSAMMENFASSUNG

wiggle2gff3.pl [Optionen] WIG_FILE > load_data.gff3

Konvertiert Dateien im UCSC WIG-Format in gff3-Dateien, die zum Laden in GBrowse geeignet sind
Datenbanken. Dies wird für quantitative Daten mit hoher Dichte wie CNV, SNP und Expression verwendet
Arrays.

BESCHREIBUNG

Verwenden Sie diesen Konverter, wenn Sie umfangreiche quantitative Daten mit dem Xyplot anzeigen möchten.
Dichte oder Heatmap-Glyphen und zu viele Datenelemente (Tausende), um in GBrowse geladen zu werden. Es
Erstellt eine oder mehrere platzsparende Binärdateien mit den quantitativen Daten, z
sowie eine kleine GFF3-Datei, die in Chado oder andere GBrowse-Datenbanken geladen werden kann.

Typische Verwendung ist wie folgt:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

Optionen
Folgende Optionen werden akzeptiert:

--method= Legen Sie die Methode für die Darstellung der GFF3-Linien fest
Jeder quantitative Datenpunkt im Track.
Der Standardwert ist „microarray_oligo“.

--source= Legen Sie das Quellfeld für die GFF3-Datei fest. Die Standardeinstellung ist
keine.

--gff3 Erstellt eine Datei im GFF3-Format (Standardeinstellung)

--featurefile Erstellt eine Datei im „featurefile“-Format – das ist die
vereinfachtes Format für GBrowse-Uploads. Das
Die Option ist nicht mit der Option --gff3 kompatibel.

--sample Wenn true, werden sehr große Dateien (>5 MB) abgetastet
um die minimale, maximale und Standardabweichung zu ermitteln; ansonsten
Um diese Statistiken zu erhalten, wird die gesamte Datei gescannt.
Dadurch werden die Dateien schneller verarbeitet, es können jedoch Ausreißer übersehen werden
Werte.

--path= Geben Sie das Verzeichnis an, in dem das binäre Wiggle abgelegt werden soll
Dateien. Der Standardwert ist das aktuelle temporäre Verzeichnis
(/ Tmp oder was auch immer für Ihr Betriebssystem geeignet ist).

--base= Identisch mit „--path“.

--trackname gibt die Tracknamenbasis für die Wigfile-Erstellung an

--help Diese Dokumentation.

Dieses Skript akzeptiert eine Vielzahl von Optionsstilen, einschließlich abgekürzter Optionen
(„--meth=foo“), Einzelzeichenoptionen („-m foo“) und andere gängige Varianten.

Binär wackeln Dateien
Die von diesem Dienstprogramm erstellten binären „Wiggle“-Dateien können mit gelesen werden
Bio::Graphics::Wiggle-Modul. Die quantitativen Daten sind auf den Bereich von 1-255 skaliert
(viel Verlust an Präzision, aber immer noch mehr als genug für die Datenvisualisierung) und gespeichert
in einem gepackten Format, in dem jede Datei der Länge eines einzelnen Chromosoms entspricht oder
contig.

Nach der Erstellung sollten die Binärdateien nicht verschoben oder umbenannt werden, es sei denn, Sie sind vorsichtig
Nehmen Sie entsprechende Änderungen an den Pfadnamen vor, die durch das Attribut „wigfile“ in der GFF3 angegeben werden
Datei-Feature-Linien. Sie sollten auch vorsichtig sein, wenn Sie den Befehl cp zum Kopieren verwenden
Binärdateien; Sie sind mit „Löchern“ formatiert, sodass keine Daten fehlen
nehmen keinen Platz auf der Festplatte ein. Wenn Sie sie kopieren, werden die Löcher mit Nullen und dem gefüllt
Platzersparnisse gehen verloren. Verwenden Sie besser den Befehl „tar“ mit seiner Option --sparse
Verschieben Sie die Dateien von einem Ort an einen anderen.

Beispiel PERÜCKE Reichen Sie das
Dieses Beispiel stammt vonhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# Dateiname: example.wig
#
# 300 Basisbreites Balkendiagramm, AutoScale ist standardmäßig aktiviert == grafische Darstellung
# Grenzwerte ändern sich dynamisch, um immer den gesamten Datenumfang anzuzeigen
# im Anzeigefenster, Priorität = 20 positioniert dies als zweites Diagramm
# Beachten Sie, dass für das Bettformat ein nullrelatives, halboffenes Koordinatensystem verwendet wird
track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format" \
Sichtbarkeit=Vollfarbe=200,100,0 altColor=0,100,200 Priorität=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 Basisbreites Balkendiagramm an beliebig verteilten Positionen,
# Schwellenwertlinie bei y=11.76 gezeichnet
# AutoScale Off-Anzeigebereich auf [0:25] eingestellt
# priorität = 10 positioniert dies als erstes Diagramm
# Beachten Sie, dass für dieses Format ein relatives Koordinatensystem verwendet wird
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
Visibility=full autoScale=off viewLimits=0.0:25.0 color=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=Ein-Priorität=10
variableStep chrom=chr19 span=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# Diagramm mit 200 Basisbreitenpunkten alle 300 Basen, 50 Pixel hohes Diagramm
# autoScale aus und Anzeigebereich auf [0:1000] eingestellt
# priorität = 30 positioniert dies als drittes Diagramm
# Beachten Sie, dass für dieses Format ein relatives Koordinatensystem verwendet wird
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" Visibility=full \
autoScale=off viewLimits=0:1000 color=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=Punktepriorität=30
FixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Diese können Sie mit dem folgenden Befehl in eine ladbare GFF3-Datei umwandeln:

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> example.gff3

Die Ausgabe sieht folgendermaßen aus:

##gff-Version 3

chr19 Beispiel Beispiel 59302001 59304700 . . . Name=Bettformat;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 Beispiel Beispiel 59304701 59308020 . . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 Beispiel Beispiel 59307401 59310400 . . . Name=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

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