wossdatae – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

wossdata – Findet Programme anhand von EDAM-Daten

ZUSAMMENFASSUNG

wossdata -Kennung Schnur [-explodieren boolean] [-Schlüsselwörter anzeigen boolean] -empfindlich boolean
-Unterklassen boolean -obsolet boolean -prägen boolean -Botschaft boolean
-Showbotschaft Schnur -Doppelpunkt boolean -gui boolean [-outfile Outfile] [-html Umschalten]
[-Gruppen boolean] [-alphabetisch boolean]

wossdata -Hilfe

BESCHREIBUNG

wossdata ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Ontology:EDAM,Documentation".

OPTIONAL

Eingang Abschnitt
-Kennung Schnur

Zusätzliche Abschnitt
-explodieren boolean
Die Gruppen, zu denen EMBOSS-Anwendungen gehören, haben zwei Formen, aufgelöst und nicht
explodiert. Die explodierten Gruppennamen sind zahlreicher und oft vage formuliert als
die nicht explodierten. Die Explosionsnamen werden aus Definitionen der Gruppe gebildet
Namen, die wie NAME1:NAME2 beginnen und dann in viele Kombinationen erweitert werden
der Namen als: 'NAME1', 'NAME2', 'NAME1 NAME2', NAME2 NAME1'. Die nicht erweiterten Namen
sind einfach wie: 'NAME1 NAME2'. Standardwert: N

-Schlüsselwörter anzeigen boolean
Standardwert: N

Erweitert Abschnitt
-empfindlich boolean
Standardmäßig werden die Abfrageschlüsselwörter mit den EDAM-Begriffsnamen (und Synonymen) abgeglichen.
nur. Diese Option gleicht die Schlüsselwörter auch mit den EDAM-Begriffsdefinitionen ab und wird
Melden Sie daher (normalerweise) mehr Übereinstimmungen. Standardwert: N

-Unterklassen boolean
Erweitern Sie die Abfrageübereinstimmungen, um alle Begriffe einzuschließen, die Spezialisierungen sind (EDAM
Unterklassen) des übereinstimmenden Typs. Standardwert: Y

-obsolet boolean
Das Standardverhalten besteht darin, veraltete Begriffe nicht zu verwenden oder zurückzugeben. Diese Option wird, wenn festgelegt,
alle Begriffe enthalten. Standardwert: N

-prägen boolean
Wenn Sie diese Option verwenden, wird die EMBOSS-Programmdokumentation durchsucht. Wenn das
auf false gesetzt ist, werden nur die EMBASSY-Programme durchsucht (wenn die
-Botschaftsoption ist wahr). EMBASSY-Programme sind nicht unbedingt Teil von EMBOSS, verwenden aber
die gleichen Codebibliotheken und haben das gleiche Aussehen und Verhalten, werden aber im Allgemeinen entwickelt
von Personen, die möchten, dass die Programme außerhalb des GNU General Public License-Schemas liegen
Standardwert: Y

-Botschaft boolean
Wenn Sie diese Option verwenden, wird die EMBASSY-Programmdokumentation durchsucht. Wenn das
auf false gesetzt ist, werden nur die EMBOSS-Programme durchsucht (wenn die
-Emboss-Option ist wahr). EMBASSY-Programme sind nicht unbedingt Teil von EMBOSS, verwenden aber die
gleichen Codebibliotheken und haben das gleiche Aussehen und Verhalten, werden aber im Allgemeinen entwickelt von
Personen, die wünschen, dass die Programme außerhalb des GNU General Public License-Schemas liegen
Standardwert: Y

-Showbotschaft Schnur
Wenn Sie diese Option verwenden, wird diese EMBASSY-Paketprogrammdokumentation
gesucht. EMBASSY-Programme sind nicht unbedingt Teil von EMBOSS, verwenden aber denselben Code
Bibliotheken und haben das gleiche Erscheinungsbild, werden aber im Allgemeinen von Menschen entwickelt, die
wünschen, dass die Programme außerhalb des GNU General Public License-Schemas liegen

-Doppelpunkt boolean
Die Gruppen, denen EMBOSS-Anwendungen angehören, können bis zu zwei Ebenen umfassen, zum Beispiel die
Die primäre Gruppe 'ALIGNMENT' hat mehrere Untergruppen oder Gruppen der zweiten Ebene, z. B.:
KONSENS, UNTERSCHIEDE, DOT PLOTS, GLOBAL, LOKAL, MEHRFACH. Um Programme zu unterstützen, die parsen
die Ausgabe von wossname, die die Namen dieser Untergruppen erfordert, wird ein Doppelpunkt ':' sein
zwischen der ersten und zweiten Ebene des Gruppennamens platziert, wenn diese Option wahr ist.
Hinweis: Dies gilt nicht, wenn die Gruppennamen mit dem 'explode'
Möglichkeit. Standardwert: N

-gui boolean
Diese Option soll denjenigen helfen, die grafische Benutzeroberflächen entwerfen, um
die EMBOSS-Anwendungen. Einige EMBOSS-Programme sind für die Ausführung in einer GUI ungeeignet,
dazu gehören andere Menüprogramme und interaktive Editoren. Mit dieser Option können Sie
nur die Programme melden, die von einer GUI ausgeführt werden können Standardwert: N

Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile
Standardwert: stdout

html Abschnitt
-html Umschalten
Wenn Sie die Ausgabe an eine Datei senden, wird sie für die Anzeige als Tabelle formatiert
in einem WWW-Dokument. Standardwert: N

-Gruppen boolean
Wenn Sie diese Option verwenden, werden nur die Gruppennamen in die Datei Default . ausgegeben
Wert: N

-alphabetisch boolean
Wenn Sie diese Option verwenden, erhalten Sie eine einzige Liste der Programmnamen und
Beschreibungen statt der Auflistung der Programme in ihren Funktionsgruppen. Standard
Wert: N

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