Dies ist der Befehl zalign, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
zalign - paralleles lokales Alignment von biologischen Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
ausrichten [-s Scores] [-S split] [-H hblk] [-V vblk] file1 file2
BESCHREIBUNG
zAlign ist ein lokaler Sequenz-Aligner, der speziell für die Verwendung mit großer biologischer DNA bestimmt ist
Sequenzen mit mehr als 1 Mbp (Millionen Basenpaare). Es verwendet das Smith-Waterman-Genau
Algorithmus mit affiner Lückenkostenfunktion, um diese Aufgabe auszuführen.
Allgemein Optionen:
-h Diese Hilfe anzeigen und beenden
-s
Geben Sie eine durch Kommas getrennte Liste von Scores an, die bei der Berechnung der Ausrichtung verwendet werden sollen
Matrizen während des gesamten Programms. Die Liste muss das Format . haben
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (ohne Anführungszeichen) und wird darin geparst
PRÄZISE Reihenfolge; Zwischen den Werten sind keine Leerzeichen zulässig. Falls es nicht nähere Angaben gibt
Parameter werden diese auf Standardwerte gesetzt und eine Warnmeldung ausgegeben;
übersteigende Parameter werden verworfen
Stufe 2 Optionen:
-S
(nur mpialign) Anzahl der Teile, in die die Ausrichtungsmatrix aufgeteilt werden soll; danach
Schritt wird ein zyklisches Blockmodell angewendet, das jeden Teil gleichmäßig auf alle aufteilt
verfügbare Knoten
-H
(nur mpialign) Anzahl der horizontalen Unterteilungen, die von jedem Knoten zu seinem . gemacht werden
Ausrichtungs-Submatrix; da dieser Wert die Blockbreite definiert, sollte eine gute Wahl
Erlauben Sie zwei volle Matrixzeilen, um die Cache-Seiten des Prozessors anzupassen, wodurch der Algorithmus verbessert wird
Leistung
-V
(nur mpialign) Anzahl der vertikalen Unterteilungen, die von jedem Knoten an seiner Ausrichtung vorgenommen werden
Untermatrix; Dieser Wert wirkt sich direkt auf den Umfang der Kommunikation zwischen den Knoten aus und ist
wird NUR verwendet, wenn 'split' auf 1 gesetzt ist, andernfalls wird es auf die Anzahl der verfügbaren gesetzt
Fiber Node
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