Dies ist die Linux-App namens codonPhyML, deren neueste Version als codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens codonPhyML mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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codonPhyML
BESCHREIBUNG
codonPhyML verwendet Markovasche Codon-Modelle der Evolution bei der Rekonstruktion der Phylogenie. Ausgehend von einer Reihe von Arten, die durch ihre DNA-Sequenzen als Input gekennzeichnet sind, wird codonPhyML den phylogenetischen Baum zurückgeben, der ihre evolutionäre Verwandtschaft am besten beschreibt. Unser Artikel über codonPhyML wurde in der Zeitschrift "Molecular Biology and Evolution" (MBE) veröffentlicht. Für weitere Details folgen Sie dem Link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML ist auf dem Cover von MBE! Sehen Sie sich das an (August 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Für die Multimodel-Version von CodonPhyML verwenden Sie bitte den Tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Eigenschaften
- Markovasche Codon-Modelle der Evolution: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Suchheuristik für die NNI- und SPR-Baumtopologie
- Parameter der Substitutionsrate geschätzt durch maximale Wahrscheinlichkeit
- Multicore-Unterstützung durch OpenMP
- Wahrscheinlichkeit über verschiedene Modelle hinweg vergleichbar (dh AA, NT und CODON)
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Bildung
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal, Befehlszeile
Programmiersprache
C
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/codonphyml/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
