Dies ist die Linux-App namens CStone, deren neueste Version als cstone.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens CStone mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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CStein
BESCHREIBUNG
CStone ist ein De-novo-Assembler für RNA-Seq-Daten, der de Bruijn-ähnliche Graphen verwendet und jedes erzeugte Contig mit einer von drei Graph-Klassifizierungsstufen annotiert, die angibt, ob es garantiert nicht chimär ist oder nicht. Klassifikationsstufen hängen von der Komplexität der Genfamilie ab, von der die Reads abgeleitet werden. Als Nebenprodukt bietet dies auch Einblicke in den strukturellen Aufbau der zugrunde liegenden Genfamilien, die sequenziert wurden. Weitere Details finden Sie in Kürze in unserem Papier: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
Eigenschaften
- De-novo-Assemblierung von RNA-Seq-Daten.
- Identifizierung von nicht-chimären Contigs.
- Plattformübergreifende Kompatibilität.
- Ausführbares Glas verfügbar.
- Keine externen Pakete erforderlich.
- Code leicht zu befolgen und in andere Tools integriert.
- Informationen zur Komplexität der zugrunde liegenden Genfamilien.
- de Bruijn wie (nachsichtiger) Ansatz.
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/cstone/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
