Dies ist die Linux-App namens EXCAVATOR-tool, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen EXCAVATOR-Tool herunter und führen Sie sie online aus, um mit OnWorks kostenlos unter Linux online zu laufen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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EXCAVATOR-Tool zum Ausführen unter Linux online
BESCHREIBUNG
ACHTUNG!!!!!ACHTUNG!!!!!ACHTUNG!!!!!ACHTUNG!!!!!Wir haben kürzlich auf BMC Genomics ein neuartiges Softwarepaket namens XCAVATOR zur Identifizierung von CNVs/CNAs aus Short- und Long-Reads-Genom-Sequenzierungsexperimenten veröffentlicht (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR ist frei verfügbar unter http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR ist ein neuartiges Softwarepaket zur Erkennung von Kopienzahlvarianten (CNVs) aus Sequenzierungsdaten des gesamten Exoms.
EXCAVATOR wurde auf Genome Biology veröffentlicht (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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BEACHTUNG!!!!! Um das EXCAVATOR-Tool richtig verwenden zu können, müssen Benutzer die Uniqueome-Mapping-Dateien unter dem folgenden Link herunterladen:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (für hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Eigenschaften
- Next Generation Sequencing
- Nummernvarianten kopieren
- Sequenzierung des gesamten Exoms
Programmiersprache
Perl
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/excavatortool/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
