Dies ist die Linux-App namens FamSeq, deren neueste Version als FamSeq1.0.2.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens FamSeq mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
FamSeq
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BESCHREIBUNG
Es ist immer noch eine Herausforderung, seltene Varianten zu nennen. In familienbasierten Sequenzierungsstudien sollten Informationen aller Familienmitglieder genutzt werden, um neue Keimbahnmutationen genauer zu identifizieren. FamSeq dient diesem Zweck, indem es anhand der Rohdaten seiner/ihrer gesamten Familie die Wahrscheinlichkeit angibt, dass eine Person Träger einer Variante ist. FamSeq berücksichtigt De-novo-Mutationen und kann Variantenaufrufe auf Chromosom X durchführen.
Um Schwankungen in der Datenkomplexität Rechnung zu tragen, besteht FamSeq aus drei verschiedenen Implementierungen des Mendelschen genetischen Modells: dem Bayes'schen Netzwerkalgorithmus, dem Elston-Stewart-Algorithmus und dem Markov-Ketten-Monte-Carlo-Algorithmus. Um die Software effizient und für große Familien anwendbar zu machen, haben wir den Bayes'schen Netzwerkalgorithmus, der mit Stammbäumen mit Inzuchtschleifen zurechtkommt, ohne Einbußen bei der Berechnungsgenauigkeit auf einer NVIDIA®-Grafikverarbeitungseinheit parallelisiert.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/famseq/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
