Dies ist die Linux-App namens ForceGen, deren neueste Version als ForceGenV0.4.jar heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens ForceGen mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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ForceGen
BESCHREIBUNG
Bitte zitieren:ForceGen: Ableitung der atomaren kovalenten Bindungskonstante für Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Journal of Molecular Modeling (2018), (24)5. DOI: 10.1007/s00894-017-3530-6
Anleitungsvideo:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Dieses ausführbare Java-JAR leitet Bindungskraftkonstanten zweiter Ordnung für Bindungsdehnung und Bindungswinkel aus quantenmechanischen Gaußschen Berechnungen ab. Die Berechnungen sind kompatibel mit der Amber-Kraftfeldfamilie oder jedem Kraftfeld, das aus dem Tensor zweiter Ordnung des Hessischen aus Molekülfragmenten abgeleitet wurde. Die Ausgabe wurde mit dem Gromacs-Topologieformat kompatibel gemacht.
Anwendungsbeispiele sind die Ableitung von Bindungskraftkonstanten und Gleichgewichtswerten für:
-gebundene Metalle in aktiven Proteinzentren
-modifizierte Aminosäuren
-kleine Moleküle/Arzneimittelmoleküle
Eine ZIP-Datei mit Beispieldateien finden Sie, indem Sie dem Link „Alle Dateien durchsuchen“ folgen.
Geschrieben von Dr. Anthony Nash (Oxford)
Unterstützt von Dr. Thomas Collier, Prof. Helen Birch &
Eigenschaften
- Ableitung der Bindungsdehnungskraftkonstante
- Ableitung der Bindungswinkelkraftkonstante
- Kompatibilität mit der Gromacs-Topologie
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/forcegen/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.