Dies ist die Linux-App namens JSiteDescriptor, deren neueste Version als binaries.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens JSiteDescriptor mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
JSiteDescriptor
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BESCHREIBUNG
Eine Reihe von Java-Programmen, die Koordinaten- und chemische Informationen aus PDB-Dateien extrahieren.
Die Bindungsstellenbereiche werden mithilfe eines gitterbasierten Schemas extrahiert.
Für die Bindungsstelle wird ein räumlich-chemischer Deskriptor basierend auf dem PocketMatch-Algorithmus von Dr. Kalidas (ebenfalls Autor dieses Projekts) generiert.
Eigenschaften
- Generierung eines PocketMatch-basierten Vektordeskriptors für eine Bindungsstelle
- Läuft im Einzel-PDB-Dateimodus oder im Batch-Modus
- Angabe der Stelle als Ligandennachbarschaft – (Ligandcode, Name und Ketten-ID)
- Angabe der Site als PDB-Subset-Nachbarschaft mithilfe von REGULAR EXPRESSIONS
- Spezifikation mehrerer Atombereiche, die eine Bindungsstelle auskleiden
- Die Verarbeitungsdatei im Stapelmodus erfasst Eingabeparameter über eine XML-Datei und entspricht der XSD-Spezifikation
- Größere Konfigurierbarkeit – Auswahl der Restgruppen, Radius und Kategorien für Standorte
- Java Swing-Technologie für GUI
- Einfache und erweiterbare Softwarearchitektur für zukünftige Entwicklungen
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
Javac
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
