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JSiteDescriptor-Download für Linux

Laden Sie die JSiteDescriptor-Linux-App kostenlos herunter, um sie online in Ubuntu online, Fedora online oder Debian online auszuführen

Dies ist die Linux-App namens JSiteDescriptor, deren neueste Version als binaries.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.

Laden Sie diese App namens JSiteDescriptor mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.

Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:

- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.

- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.

- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.

- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.

- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.

- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.

JSiteDescriptor


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BESCHREIBUNG

Eine Reihe von Java-Programmen, die Koordinaten- und chemische Informationen aus PDB-Dateien extrahieren.

Die Bindungsstellenbereiche werden mithilfe eines gitterbasierten Schemas extrahiert.

Für die Bindungsstelle wird ein räumlich-chemischer Deskriptor basierend auf dem PocketMatch-Algorithmus von Dr. Kalidas (ebenfalls Autor dieses Projekts) generiert.



Eigenschaften

  • Generierung eines PocketMatch-basierten Vektordeskriptors für eine Bindungsstelle
  • Läuft im Einzel-PDB-Dateimodus oder im Batch-Modus
  • Angabe der Stelle als Ligandennachbarschaft – (Ligandcode, Name und Ketten-ID)
  • Angabe der Site als PDB-Subset-Nachbarschaft mithilfe von REGULAR EXPRESSIONS
  • Spezifikation mehrerer Atombereiche, die eine Bindungsstelle auskleiden
  • Die Verarbeitungsdatei im Stapelmodus erfasst Eingabeparameter über eine XML-Datei und entspricht der XSD-Spezifikation
  • Größere Konfigurierbarkeit – Auswahl der Restgruppen, Radius und Kategorien für Standorte
  • Java Swing-Technologie für GUI
  • Einfache und erweiterbare Softwarearchitektur für zukünftige Entwicklungen


Publikum

Wissenschaftsforschung


Benutzeroberfläche

Java-Schaukel


Programmiersprache

Javac


Kategorien

Bioinformatik

Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.


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