Dies ist die Linux-App namens MIPGen, deren neueste Version als mipgen_v15.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens MIPGen mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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MIPGen
BESCHREIBUNG
Generator für molekulare Wechselwirkungspotentiale
MIPGEN ist ein Python-Programm, das Raster für molekulare Interaktionspotentiale berechnet
über ein bestimmtes Molekül, das entweder ein Protein oder eine kleine organische Verbindung (Arzneimittel) sein kann.
Die Ausgabe wird eine Reihe von Rastern im DX-Format (*.dx) sein, die der Benutzer verwenden kann
zur Visualisierung mit jedem molekularen Visualisierungsprogramm wie VMD, PyMol, Chimera ...
Weitere Informationen zu Abhängigkeiten und Verwendung finden Sie in der Dokumentation.
Benutzer können gerne jeden Fehler oder jede Anfrage im Menü BUGS & REQUESTS posten. (Sourceforge-Konto wird benötigt).
Eigenschaften
- Vollautomatische MIP-Generierung anhand einer einfachen PDB-Datei.
- Open-Source-Code. Benutzer sind herzlich eingeladen, zur Erweiterung der Sonden oder zur Verbesserung des Codes beizutragen.
- Berechnen Sie gitterbasierte molekulare Interaktionspotentiale über Peptiden und anderen makromolekularen Systemen (bei großen Systemen wahrscheinlich immer noch langsam).
- Berechnen Sie den MIP über kleine Moleküle
- Anpassbare Sonden. Bereits implementiert: Hydrophobe, H-Brücken-Donor-, H-Brücken-Akzeptor- und Elektrostatik-Sonden.
- Automatische Zuweisung von Atomtypen zu kleinen Molekülen und Proteinen durch Schnittstelle mit Open-Source-Antechamber und tLeap aus dem AmbertTools-Paket (http://ambermd.org)
Publikum
Wissenschaft/Forschung, fortgeschrittene Endbenutzer, Entwickler, Endbenutzer/Desktop
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Programmiersprache
Python
Datenbankumgebung
SQLite
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/mipgen/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
