Dies ist die Linux-App namens ParaSim, deren neueste Version als parasim-v0.05.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens ParaSim mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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ParaSim
BESCHREIBUNG
Diversitätsbewertungen und Vergleiche großer Substanzdatenbanken erfordern die Berechnung der Ähnlichkeiten von Millionen von Verbindungen in erschwinglicher Zeit. ParaSim begegnet dieser Herausforderung, indem es die Berechnungen entsprechend der Anzahl der auf einer einzelnen Maschine verfügbaren Rechenkerne parallelisiert. Es ist für den Durchsatz einer sehr großen Anzahl von Abfragestrukturen gegenüber einer sehr großen Anzahl von Referenzstrukturen optimiert. Als besondere Funktion ermöglicht ParaSim die Speicherung und den Zugriff auf häufig abgefragte Datensätze als persistente Objekte im Speicher für kurze Antwortzeiten.
ParaSim berechnet chemische Ähnlichkeiten basierend auf binären Strukturfingerabdrücken. Es berechnet Fingerabdrücke nicht selbst, sondern verlässt sich dabei auf Software von Drittanbietern. Grundsätzlich können alle Arten von strukturellen Fingerabdrücken, die in einem Array von Bits (einem Bitset) gespeichert werden können, von ParaSim verwendet werden.
Siehe das Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) für eine detaillierte Dokumentation.
Feedback sehr geschätzt!
Eigenschaften
- Nutzt mehrere Rechenkerne
- Kann Fingerabdrücke dauerhaft im Speicher speichern und darauf zugreifen
- Berichtete Ergebnisse: Abfragemolekül-ID, Referenzmolekül-ID, Ähnlichkeitskoeffizient und optional zusätzliche Daten wie Smiles/InChi-Key/Chime-String usw.
- Ermöglicht eine benutzerdefinierte Anzahl von Treffern pro Abfrage und Ähnlichkeitsschwellenwerte
- Ermöglicht unterschiedliche Fingerabdruck-Bitsatzgrößen
- Stellt auf Anfrage detaillierte Fortschrittsinformationen bereit
- Keine Installation erforderlich
- Liest Fingerabdrücke als Base64-codierte Bitsätze aus .txt- oder .txt.gz-Dateien
- Demoanwendungen für RDKit, PipelinePilot(TM) und Knime enthalten
- Enthaltene Skripte für die Suche direkt aus SDF- oder Smiles-Dateien
Publikum
Entwickler, Endbenutzer/Desktop, Tester, Wissenschaft/Forschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile, Konsole/Terminal
Programmiersprache
C, Perl, Python
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/parasim/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
