Dies ist die Linux-App mit dem Namen PF_HP, deren neueste Version als README.txt heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens PF_HP mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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PF_HP
BESCHREIBUNG
Selbst im vereinfachten zweidimensionalen HP-Modell (hydrophob/polar) ist die Vorhersage der Proteinfaltung NP-vollständig. Wir implementieren einen Brute-Force-Algorithmus mit serieller und paralleler Ausführung, um kurze Eingaben von HP-Sequenzen (0-1 Bitstrings) zu lösen.
Selbst im vereinfachten zweidimensionalen HP-Modell (hydrophob/polar) ist die Proteinfaltung bereits NP-vollständig. Hier implementieren wir einen Brute-Force-Algorithmus zur Lösung kurzer Eingabesequenzen (0-1-Bitstrings) für die Proteinfaltung.
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Paypal: paypal.me/GerritLeder
Credits
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Leitender Ermittler
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Gerrit Leder: Design und Test von Proteinfaltungsalgorithmen und erste Implementierung in Eiffel.
Eiffel-Berater
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Finnian Reilly: Eiffel-Codeoptimierung und Parallelverarbeitungsanpassung.
www.hex11software.com
finnisch bei eiffel hyphen loop dot com
Eigenschaften
- Parallele Berechnung mit Befehlszeilenflag -pf2_mt
- Der Standardwert ist 4 Threads und kann mit dem Schalter -threads angepasst werden ...
- Benutzerdefinierter 0-1-Bitstring mit Befehlszeilenflag -sequence ...
- serieller Algorithmus mit Befehlszeilenflag -pf2
- To-Do: Bugfix pf3 und pf3_mt, Implementierung mit Richtungen S, R und L
- To-Do: lib EL void-sicher machen
- To-Do: Unit-Tests auf CLI und IDE
Publikum
Gesundheitswirtschaft, Wissenschaft/Forschung, Bildung
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Programmiersprache
Eiffel
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/pfhp/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
