Dies ist die Linux-App namens Protospacer Workbench, deren neueste Version als Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Protospacer Workbench mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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Protospacer-Werkbank
BESCHREIBUNG
Protospacer Workbench hilft beim Entwerfen, Analysieren und Freigeben von CRISPR-Zielstellen für jeden Organismus oder Satz von FASTA-formatierten Sequenzen.Das Design von Guide-RNAs für das CRISPR/Cas Genome Editing System ist intuitiv einfach, aber rechnerisch schwierig. Die Hauptschwierigkeit ergibt sich aus der Notwendigkeit, potenzielle Off-Targets zu identifizieren, die sich stark von dem beabsichtigten Ziel unterscheiden können. Aktuelle Online-Tools für das Guide-RNA-Design bieten eine benutzerfreundliche Schnittstelle zu Sequenzmapping-Software wie Bowtie oder BLAST. Obwohl diese Kartierungsalgorithmen schnell sind, wurden sie jedoch nicht mit einer hohen Fehlertoleranz entwickelt, die für die Bestimmung potenzieller Zielabweichungen von entscheidender Bedeutung ist. Wo Online-Tools versagen, sind Offline-Tools erfolgreich. Offline-Tools erfordern jedoch Kenntnisse der Befehlszeile, die nur wenige, die CRISPR verwenden, haben. Protospacer Workbench zielt darauf ab, die Lücke zwischen Online- und Offline-Guide-RNA-Design zu schließen. Die Software ist derzeit für OS X verfügbar und wird in Kürze auf andere Betriebssysteme portiert.
Eigenschaften
- Finden Sie schnell alle verfügbaren CRISPR-Ziele
- Bewerten Sie Guide-RNA-Designs gründlich
- Teilen Sie Ziele und Leit-RNA-Listen
- Design für jeden Organismus
- Mehrere Datenbanken verwalten
- Schritt-für-Schritt-Workflow
- Erhalten Sie Berichte zur erwarteten Leit-RNA-Leistung
- Nutzen Sie mehrere Tools von Drittanbietern über eine Benutzeroberfläche
- Multi-Target-Design
- Verwalten Sie große Ziel-/Leit-RNA-Listen
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
