Dies ist die Linux-App namens QUASR, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als QUASR_v7.01.tar heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens QUASR herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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QUASR läuft online unter Linux
BESCHREIBUNG
QUASR ist eine leichtgewichtige Pipeline, die für die Verarbeitung und Analyse von NGS-Daten (Next Generation Sequencing) von den Plattformen Illumina, 454 und Ion Torrent geschrieben wurde. Obwohl es ursprünglich für virale Daten geschrieben wurde, ist es generisch genug, um mit jedem NGS-Datensatz zu arbeiten. Zu den Funktionen gehören:Duplikatentfernung
Demultiplexen
Primer-Entfernung
Qualitätssicherung (QA)-Grafik
Qualitätskontrolle (QC)
Konsensbildung
Minderheitsvariantenbestimmung
Darstellung von Minderheitsvarianten
Die aktuelle Hauptversion ist 6.X, die in Python3 geschrieben ist. 7.X ist meine Neufassung in Java, aber noch in Arbeit. Beide sind so leichtgewichtig wie möglich geschrieben, sodass sie mit minimalem Speicherbedarf auf einem Desktop oder Laptop sowie auf einem Rechencluster ausgeführt werden können.
Wenn Sie Probleme mit QUASR haben, kontaktieren Sie mich bitte unter der in der README-Datei angegebenen E-Mail-Adresse.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/quasr/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
