Dies ist die Linux-App namens qure, deren neueste Version als QuRe_v0.99971.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens qure mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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qure
BESCHREIBUNG
QuRe ist ein Programm zur Rekonstruktion viraler Quasispezies, das speziell für die Analyse von Long-Read-NGS-Daten (>100 bp) entwickelt wurde. Die Software führt einen Abgleich von Sequenzfragmenten mit einem Referenzgenom durch, findet eine optimale Aufteilung des Genoms in gleitende Fenster basierend auf Abdeckung und Diversität und versucht, alle einzelnen Sequenzen der viralen Quasispezies – zusammen mit ihrer Prävalenz – mithilfe einer Heuristik zu rekonstruieren Algorithmus, der multinomiale Verteilungen verschiedener Virusvarianten vergleicht, die sich über die gesamte Genomabteilung hinweg überlappen. QuRe verfügt über eine integrierte Poisson-Fehlerkorrekturmethode und ein probabilistisches Clustering nach der Rekonstruktion, beide parametrisiert auf gegebenen Fehlerraten in homopolymeren und nicht-homopolymeren Regionen.Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/qure/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
