Dies ist die Linux-App namens Subread, deren neueste Version als subread-2.0.4-Windows-x86_64.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations betrieben werden.
Laden Sie diese App namens Subread mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
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BESCHREIBUNG
Das Subread-Softwarepaket ist ein Toolkit zur Verarbeitung von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. Es umfasst den Subread-Aligner, den Subjunc-Exon-Exon-Junction-Detektor und das FeatureCounts-Read-Zusammenfassungsprogramm.
Der Subread-Aligner kann verwendet werden, um sowohl gDNA-seq- als auch RNA-seq-Reads auszurichten. Der Subjunc-Aligner wurde speziell für die Erkennung von Exon-Exon-Übergängen entwickelt. Für die Kartierung von RNA-seq-Reads führt Subread lokale Alignments und Subjunc globale Alignments durch. Subread und Subjunc wurden in der folgenden Arbeit veröffentlicht: Yang Liao, Gordon K Smyth und Wei Shi. „Der Subread-Aligner: schnelle, genaue und skalierbare Lesezuordnung durch Seed-and-Vote“, Nucleic Acids Research, 2013, 41(10):e108
Eigenschaften
- Read-Aligner
- Sequenzierung der nächsten Generation
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
C
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/subread/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
